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OPENSEQ.org

RS3 - SECY
UniProt: P0A7V3 - P0AGA2
Length: 676
Sequences: 884
Seq/Len: 1.37
I_Prob: 0.48

RS3 - 30S ribosomal protein S3
Paralog alert: 0.02 [within 20: 0.00] - ratio of genomes with paralogs
Cluster includes: RS3
SECY - Protein translocase subunit SecY
Paralog alert: 0.10 [within 20: 0.00] - ratio of genomes with paralogs
Cluster includes: SECY
GREMLIN Results (Scaled_score > 1):

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.

Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score I_Prob
41_Q 225_V 1.69 0.48
6_H 268_K 1.52 0.35
101_I 366_I 1.44 0.29
103_I 292_S 1.41 0.27
154_S 77_I 1.34 0.22
66_V 53_L 1.29 0.19
137_A 422_T 1.22 0.15
162_I 87_S 1.21 0.15
21_T 370_M 1.19 0.14
162_I 336_V 1.17 0.13
169_R 87_S 1.17 0.13
72_R 350_G 1.16 0.13
6_H 272_A 1.16 0.13
124_L 380_Y 1.14 0.12
207_I 18_E 1.13 0.11
43_L 66_M 1.13 0.11
39_V 76_S 1.12 0.11
55_I 31_I 1.12 0.11
76_V 350_G 1.09 0.10
55_I 353_V 1.09 0.10
115_L 18_E 1.08 0.10
172_R 430_E 1.07 0.09
207_I 240_G 1.06 0.09
12_L 430_E 1.05 0.09
185_N 329_C 1.05 0.08
14_I 151_N 1.03 0.08
129_M 281_S 1.03 0.08
121_T 44_I 1.03 0.08
162_I 33_F 1.03 0.08
209_G 378_A 1.02 0.08
28_E 283_I 1.02 0.08
151_V 415_D 1.02 0.08
173_V 277_A 1.01 0.07
126_R 37_S 1.01 0.07
93_D 384_I 1.01 0.07
103_I 52_L 1.01 0.07
29_F 118_Q 1.01 0.07
72_R 385_C 1.00 0.07
23_F 132_S 1.00 0.07
129_M 26_V 1.00 0.07
72_R 281_S 0.99 0.07
120_I 371_T 0.99 0.07
202_I 170_F 0.99 0.07
13_G 243_R 0.98 0.07
43_L 303_L 0.98 0.07
93_D 99_H 0.98 0.07
143_R 164_L 0.98 0.06
136_R 238_E 0.97 0.06
163_A 326_I 0.97 0.06
143_R 64_F 0.97 0.06
123_Q 179_T 0.97 0.06
75_I 75_A 0.97 0.06
158_G 409_V 0.97 0.06
143_R 230_V 0.97 0.06
170_E 268_K 0.96 0.06
70_T 267_L 0.96 0.06
56_V 370_M 0.96 0.06
39_V 290_I 0.96 0.06
55_I 110_E 0.96 0.06
103_I 91_I 0.96 0.06
79_K 349_S 0.96 0.06
124_L 121_R 0.96 0.06
176_H 68_S 0.96 0.06
76_V 366_I 0.95 0.06
119_S 336_V 0.95 0.06
147_K 92_I 0.95 0.06
202_I 253_Q 0.95 0.06
9_G 357_R 0.95 0.06
161_E 330_F 0.94 0.06
117_A 40_P 0.94 0.06
33_L 113_R 0.94 0.06
99_A 231_T 0.93 0.05
138_V 59_T 0.93 0.05
16_K 148_L 0.93 0.05
126_R 284_I 0.93 0.05
23_F 439_K 0.93 0.05
108_K 190_I 0.92 0.05
196_I 286_F 0.92 0.05
23_F 50_A 0.92 0.05
54_R 51_K 0.92 0.05
202_I 373_L 0.91 0.05
42_Y 82_I 0.91 0.05
42_Y 326_I 0.91 0.05
106_V 28_G 0.90 0.05
198_V 60_I 0.90 0.05
151_V 290_I 0.90 0.05
75_I 59_T 0.90 0.05
207_I 128_A 0.90 0.05
31_D 433_L 0.90 0.05
153_V 132_S 0.90 0.05
158_G 98_V 0.90 0.05
114_K 337_F 0.90 0.05
41_Q 130_F 0.90 0.05
143_R 284_I 0.90 0.05
69_H 414_M 0.90 0.05
45_K 326_I 0.90 0.05
158_G 284_I 0.90 0.05
138_V 89_S 0.89 0.05
77_I 248_Y 0.89 0.05
110_E 168_T 0.89 0.04
21_T 75_A 0.89 0.04
144_L 222_L 0.89 0.04
143_R 332_Y 0.88 0.04
154_S 45_D 0.88 0.04
154_S 141_N 0.88 0.04
107_R 248_Y 0.88 0.04
152_E 88_A 0.88 0.04
75_I 80_L 0.88 0.04
151_V 407_L 0.88 0.04
66_V 118_Q 0.87 0.04
165_T 322_A 0.87 0.04
5_V 253_Q 0.87 0.04
14_I 53_L 0.87 0.04
25_N 385_C 0.86 0.04
63_S 91_I 0.86 0.04
86_K 335_L 0.86 0.04
190_H 119_Y 0.86 0.04
168_Y 403_G 0.86 0.04
97_V 416_F 0.86 0.04
5_V 286_F 0.86 0.04
142_M 425_M 0.86 0.04
5_V 384_I 0.86 0.04
169_R 19_L 0.86 0.04
108_K 415_D 0.85 0.04
96_G 366_I 0.85 0.04
65_R 333_T 0.85 0.04
154_S 125_L 0.85 0.04
130_F 292_S 0.85 0.04
77_I 175_G 0.85 0.04
140_N 378_A 0.85 0.04
106_V 310_L 0.84 0.04
60_P 264_H 0.84 0.04
149_I 269_V 0.84 0.04
84_V 157_Y 0.84 0.04
185_N 53_L 0.84 0.04
34_D 258_Y 0.84 0.04
202_I 347_K 0.84 0.04
41_Q 22_R 0.84 0.04
141_A 190_I 0.84 0.04
106_V 433_L 0.83 0.04
54_R 50_A 0.83 0.04
72_R 310_L 0.83 0.04
94_I 382_T 0.83 0.04
38_K 158_F 0.83 0.04
134_M 337_F 0.83 0.04
185_N 246_V 0.83 0.04
35_S 381_I 0.83 0.04
58_E 107_K 0.83 0.04
99_A 343_A 0.82 0.03
85_E 132_S 0.82 0.03
128_V 413_I 0.82 0.03
23_F 61_I 0.82 0.03
6_H 55_Q 0.82 0.03
158_G 275_I 0.82 0.03
55_I 370_M 0.82 0.03
118_D 254_G 0.82 0.03
142_M 126_V 0.82 0.03
133_A 174_L 0.82 0.03
161_E 258_Y 0.82 0.03
203_F 82_I 0.81 0.03
141_A 310_L 0.81 0.03
90_V 180_E 0.81 0.03
93_D 221_L 0.81 0.03
146_A 194_G 0.81 0.03
208_L 31_I 0.81 0.03
215_E 7_L 0.81 0.03
29_F 424_M 0.81 0.03
21_T 166_T 0.81 0.03
17_P 180_E 0.81 0.03
136_R 33_F 0.81 0.03
119_S 402_G 0.81 0.03
93_D 147_G 0.81 0.03
14_I 199_L 0.81 0.03
76_V 315_P 0.81 0.03
207_I 155_A 0.80 0.03
196_I 257_V 0.80 0.03
185_N 346_L 0.80 0.03
144_L 390_F 0.80 0.03
163_A 74_R 0.80 0.03
96_G 207_I 0.80 0.03
166_E 274_V 0.80 0.03
101_I 235_V 0.80 0.03
162_I 77_I 0.80 0.03
207_I 394_A 0.80 0.03
67_T 71_A 0.80 0.03
112_D 373_L 0.80 0.03
119_S 97_V 0.80 0.03
91_V 82_I 0.80 0.03
53_S 77_I 0.80 0.03
64_I 54_E 0.80 0.03
168_Y 127_L 0.79 0.03
153_V 38_F 0.79 0.03
85_E 123_G 0.79 0.03
79_K 376_V 0.79 0.03
34_D 321_Y 0.79 0.03
79_K 44_I 0.79 0.03
25_N 44_I 0.79 0.03
154_S 50_A 0.79 0.03
108_K 386_L 0.79 0.03
16_K 344_D 0.79 0.03
55_I 326_I 0.79 0.03
90_V 202_A 0.79 0.03
80_K 327_F 0.79 0.03
21_T 164_L 0.79 0.03
55_I 435_K 0.79 0.03
124_L 233_F 0.79 0.03
128_V 199_L 0.79 0.03
121_T 278_I 0.79 0.03
18_W 194_G 0.79 0.03
167_W 336_V 0.78 0.03
167_W 407_L 0.78 0.03
123_Q 83_M 0.78 0.03
79_K 30_L 0.78 0.03
116_V 32_V 0.78 0.03
84_V 125_L 0.78 0.03
108_K 124_T 0.78 0.03
10_I 81_G 0.78 0.03
52_V 116_I 0.78 0.03
35_S 416_F 0.78 0.03
193_Y 250_K 0.78 0.03
113_A 379_L 0.78 0.03
118_D 113_R 0.78 0.03
17_P 216_H 0.78 0.03
129_M 335_L 0.78 0.03
76_V 239_R 0.78 0.03
86_K 199_L 0.78 0.03
68_I 38_F 0.77 0.03
84_V 230_V 0.77 0.03
186_T 401_F 0.77 0.03
14_I 30_L 0.77 0.03
5_V 382_T 0.77 0.03
14_I 371_T 0.77 0.03
92_A 22_R 0.77 0.03
84_V 240_G 0.77 0.03
97_V 411_V 0.77 0.03
16_K 234_V 0.77 0.03
108_K 269_V 0.77 0.03
154_S 128_A 0.76 0.03
101_I 352_F 0.76 0.03
122_S 401_F 0.76 0.03
15_V 246_V 0.76 0.03
124_L 341_E 0.76 0.03
66_V 226_L 0.76 0.03
88_R 192_F 0.76 0.03
8_N 378_A 0.76 0.03
131_R 325_I 0.76 0.03
154_S 154_F 0.76 0.03
19_N 425_M 0.76 0.03
185_N 431_S 0.76 0.03
202_I 123_G 0.76 0.03
68_I 329_C 0.76 0.03
120_I 320_L 0.76 0.03
215_E 10_Q 0.76 0.03
33_L 22_R 0.76 0.03
25_N 217_F 0.76 0.03
84_V 329_C 0.76 0.03
45_K 21_R 0.75 0.03
61_A 72_L 0.75 0.03
88_R 149_V 0.75 0.03
23_F 48_V 0.75 0.03
99_A 54_E 0.75 0.03
135_K 187_I 0.75 0.03
79_K 91_I 0.75 0.03
Legend: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the UniProt sequences. The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

Text file of predictions
(includes both intra and inter preds)

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