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OPENSEQ.org
RIR1 - RIR2
UniProt: P00452 - P69924
Length: 1137
Sequences: 696
Seq/Len: 0.64
I_Prob: 0.00
RIR1 - Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit alpha
Paralog alert: 0.25 [within 20: 0.00] - ratio of genomes with paralogs
Cluster includes: RIR1 RIR3 		RIR2 - Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
Paralog alert: 0.27 [within 20: 0.00] - ratio of genomes with paralogs
Cluster includes: RIR2 RIR4
GREMLIN Results (Scaled_score > 1):

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.

Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score I_Prob
322_N 53_E 1.41 0.00
173_Y 326_F 1.32 0.00
608_T 54_V 1.30 0.00
433_V 54_V 1.27 0.00
519_N 206_A 1.27 0.00
560_K 54_V 1.22 0.00
102_L 194_L 1.22 0.00
285_F 137_V 1.19 0.00
499_P 137_V 1.18 0.00
339_I 290_Y 1.18 0.00
712_Q 118_I 1.17 0.00
504_K 71_K 1.15 0.00
129_K 54_V 1.15 0.00
569_N 199_M 1.15 0.00
500_I 330_S 1.14 0.00
32_G 68_E 1.14 0.00
397_E 326_F 1.14 0.00
57_D 149_K 1.13 0.00
193_V 338_T 1.13 0.00
557_E 273_C 1.12 0.00
129_K 275_D 1.12 0.00
373_E 326_F 1.11 0.00
27_D 152_E 1.11 0.00
578_L 133_D 1.10 0.00
377_R 355_S 1.10 0.00
608_T 152_E 1.08 0.00
611_L 118_I 1.07 0.00
554_A 323_D 1.06 0.00
92_K 149_K 1.06 0.00
393_V 160_E 1.04 0.00
608_T 323_D 1.04 0.00
268_I 237_R 1.04 0.00
301_A 288_A 1.03 0.00
499_P 227_G 1.02 0.00
216_R 120_S 1.01 0.00
383_E 354_V 1.01 0.00
648_K 48_F 1.01 0.00
136_D 271_Q 1.01 0.00
233_S 43_K 1.01 0.00
397_E 156_S 1.00 0.00
124_T 150_R 1.00 0.00
504_K 282_Q 1.00 0.00
356_F 358_L 0.99 0.00
133_T 68_E 0.99 0.00
385_D 54_V 0.98 0.00
174_I 306_C 0.98 0.00
76_D 276_L 0.98 0.00
699_Y 85_D 0.98 0.00
443_A 219_F 0.97 0.00
713_Q 227_G 0.97 0.00
255_G 62_D 0.97 0.00
604_E 325_P 0.97 0.00
538_N 67_P 0.97 0.00
604_E 194_L 0.97 0.00
139_R 225_M 0.97 0.00
355_L 157_Y 0.97 0.00
229_E 225_M 0.97 0.00
661_H 198_L 0.97 0.00
361_V 34_Y 0.97 0.00
120_L 268_E 0.96 0.00
696_N 335_W 0.96 0.00
79_Y 20_F 0.96 0.00
734_T 118_I 0.96 0.00
47_I 232_I 0.96 0.00
554_A 114_F 0.96 0.00
498_Y 223_E 0.96 0.00
53_I 309_V 0.95 0.00
180_L 322_L 0.95 0.00
176_V 326_F 0.95 0.00
733_N 350_Q 0.95 0.00
679_L 241_L 0.95 0.00
264_L 71_K 0.95 0.00
417_V 348_A 0.95 0.00
93_A 222_R 0.95 0.00
358_P 225_M 0.95 0.00
325_V 212_S 0.94 0.00
51_D 276_L 0.94 0.00
255_G 336_I 0.94 0.00
377_R 297_M 0.94 0.00
657_P 204_L 0.94 0.00
251_R 340_L 0.94 0.00
679_L 297_M 0.94 0.00
693_I 112_W 0.94 0.00
241_S 301_N 0.93 0.00
301_A 82_T 0.93 0.00
377_R 17_P 0.93 0.00
604_E 303_D 0.93 0.00
604_E 271_Q 0.93 0.00
539_L 60_R 0.93 0.00
412_I 350_Q 0.93 0.00
286_Q 225_M 0.93 0.00
691_Q 123_Y 0.93 0.00
193_V 354_V 0.92 0.00
218_P 52_E 0.92 0.00
320_K 34_Y 0.92 0.00
350_G 78_L 0.92 0.00
129_K 68_E 0.92 0.00
31_E 303_D 0.92 0.00
368_F 194_L 0.92 0.00
33_L 331_N 0.92 0.00
691_Q 200_S 0.92 0.00
229_E 235_I 0.92 0.00
728_T 327_Q 0.92 0.00
30_A 320_V 0.91 0.00
351_E 323_D 0.91 0.00
189_R 86_S 0.91 0.00
238_N 123_Y 0.91 0.00
620_M 212_S 0.90 0.00
321_N 150_R 0.90 0.00
420_C 133_D 0.90 0.00
490_D 283_Q 0.90 0.00
478_L 198_L 0.90 0.00
557_E 126_I 0.90 0.00
608_T 325_P 0.90 0.00
568_F 314_N 0.90 0.00
301_A 199_M 0.90 0.00
430_I 118_I 0.90 0.00
733_N 349_P 0.89 0.00
460_A 348_A 0.89 0.00
500_I 85_D 0.89 0.00
351_E 286_D 0.89 0.00
632_T 199_M 0.89 0.00
480_E 323_D 0.89 0.00
348_L 273_C 0.89 0.00
650_G 114_F 0.89 0.00
494_D 299_G 0.89 0.00
320_K 353_E 0.89 0.00
104_D 275_D 0.89 0.00
384_K 286_D 0.89 0.00
414_I 68_E 0.88 0.00
77_Y 151_A 0.88 0.00
211_I 353_E 0.88 0.00
348_L 55_D 0.88 0.00
350_G 270_K 0.88 0.00
549_Y 290_Y 0.88 0.00
532_S 54_V 0.88 0.00
222_F 77_N 0.88 0.00
612_R 316_R 0.87 0.00
313_V 272_E 0.87 0.00
286_Q 219_F 0.87 0.00
625_S 346_Q 0.87 0.00
611_L 303_D 0.87 0.00
384_K 152_E 0.87 0.00
602_L 229_A 0.87 0.00
136_D 289_D 0.87 0.00
35_N 276_L 0.87 0.00
216_R 29_Y 0.86 0.00
600_E 68_E 0.86 0.00
650_G 223_E 0.86 0.00
138_D 303_D 0.86 0.00
368_F 334_P 0.86 0.00
526_K 301_N 0.86 0.00
688_F 37_F 0.86 0.00
652_L 117_T 0.86 0.00
283_K 89_G 0.86 0.00
314_E 90_R 0.86 0.00
41_V 122_S 0.86 0.00
173_Y 229_A 0.86 0.00
364_L 37_F 0.86 0.00
51_D 329_R 0.86 0.00
691_Q 85_D 0.85 0.00
130_Q 68_E 0.85 0.00
659_Y 299_G 0.85 0.00
238_N 85_D 0.85 0.00
360_D 145_E 0.85 0.00
532_S 147_I 0.85 0.00
515_I 96_L 0.85 0.00
129_K 278_V 0.85 0.00
254_I 231_I 0.85 0.00
691_Q 40_L 0.85 0.00
357_S 334_P 0.85 0.00
412_I 349_P 0.85 0.00
326_E 280_A 0.84 0.00
129_K 159_D 0.84 0.00
357_S 118_I 0.84 0.00
500_I 18_M 0.84 0.00
495_Y 34_Y 0.84 0.00
329_R 313_T 0.84 0.00
538_N 303_D 0.84 0.00
727_K 205_E 0.84 0.00
727_K 116_E 0.84 0.00
467_F 219_F 0.84 0.00
476_D 145_E 0.84 0.00
415_Q 115_S 0.84 0.00
103_Y 57_S 0.84 0.00
60_E 277_F 0.84 0.00
524_L 335_W 0.84 0.00
40_Q 271_Q 0.84 0.00
201_S 225_M 0.84 0.00
529_K 199_M 0.83 0.00
82_A 267_E 0.83 0.00
453_N 326_F 0.83 0.00
479_E 149_K 0.83 0.00
238_N 54_V 0.83 0.00
542_K 278_V 0.83 0.00
229_E 94_V 0.83 0.00
176_V 99_L 0.83 0.00
307_P 348_A 0.83 0.00
488_A 233_R 0.83 0.00
550_Y 326_F 0.83 0.00
708_K 327_Q 0.83 0.00
138_D 296_S 0.83 0.00
286_Q 41_I 0.83 0.00
301_A 320_V 0.83 0.00
653_R 142_V 0.83 0.00
560_K 303_D 0.83 0.00
483_I 137_V 0.82 0.00
553_K 137_V 0.82 0.00
307_P 150_R 0.82 0.00
76_D 87_I 0.82 0.00
638_P 124_T 0.82 0.00
199_A 20_F 0.82 0.00
213_S 88_Q 0.82 0.00
649_D 58_R 0.82 0.00
626_S 54_V 0.82 0.00
496_Q 206_A 0.82 0.00
91_K 275_D 0.82 0.00
431_A 219_F 0.82 0.00
384_K 255_S 0.82 0.00
135_I 327_Q 0.82 0.00
504_K 225_M 0.82 0.00
126_E 278_V 0.82 0.00
427_D 100_I 0.82 0.00
484_L 289_D 0.82 0.00
487_R 141_I 0.82 0.00
655_V 282_Q 0.81 0.00
608_T 143_T 0.81 0.00
26_L 298_I 0.81 0.00
154_K 316_R 0.81 0.00
480_E 64_Q 0.81 0.00
139_R 207_I 0.81 0.00
370_A 227_G 0.81 0.00
670_W 48_F 0.81 0.00
324_G 316_R 0.81 0.00
307_P 216_S 0.81 0.00
658_D 19_F 0.81 0.00
531_Y 29_Y 0.81 0.00
710_P 118_I 0.81 0.00
285_F 207_I 0.81 0.00
696_N 53_E 0.81 0.00
624_T 312_I 0.81 0.00
115_Y 84_L 0.81 0.00
609_H 310_E 0.80 0.00
472_I 220_A 0.80 0.00
633_N 310_E 0.80 0.00
318_V 283_Q 0.80 0.00
601_A 318_Q 0.80 0.00
31_E 275_D 0.80 0.00
608_T 275_D 0.80 0.00
163_G 143_T 0.80 0.00
326_E 50_R 0.80 0.00
353_I 112_W 0.80 0.00
194_K 270_K 0.80 0.00
679_L 271_Q 0.80 0.00
345_T 29_Y 0.80 0.00
459_I 92_P 0.80 0.00
292_C 217_F 0.80 0.00
233_S 77_N 0.80 0.00
115_Y 122_S 0.80 0.00
166_Y 273_C 0.80 0.00
513_L 122_S 0.80 0.00
331_R 221_E 0.80 0.00
384_K 303_D 0.80 0.00
227_L 147_I 0.80 0.00
693_I 91_S 0.80 0.00
323_R 30_D 0.80 0.00
510_R 141_I 0.80 0.00
61_T 250_L 0.80 0.00
424_S 312_I 0.80 0.00
351_E 317_M 0.80 0.00
111_E 278_V 0.79 0.00
552_L 96_L 0.79 0.00
490_D 316_R 0.79 0.00
697_T 46_S 0.79 0.00
726_V 219_F 0.79 0.00
353_I 349_P 0.79 0.00
191_Q 193_K 0.79 0.00
86_I 300_L 0.79 0.00
551_L 349_P 0.79 0.00
56_S 282_Q 0.79 0.00
238_N 280_A 0.79 0.00
504_K 301_N 0.79 0.00
646_A 347_V 0.79 0.00
175_L 356_S 0.79 0.00
173_Y 309_V 0.79 0.00
636_E 333_I 0.79 0.00
301_A 97_L 0.79 0.00
377_R 303_D 0.79 0.00
650_G 360_G 0.79 0.00
651_I 355_S 0.79 0.00
650_G 124_T 0.79 0.00
235_D 301_N 0.78 0.00
452_V 260_P 0.78 0.00
166_Y 255_S 0.78 0.00
164_E 275_D 0.78 0.00
528_G 35_D 0.78 0.00
433_V 77_N 0.78 0.00
503_A 308_Y 0.78 0.00
Legend: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the UniProt sequences. The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

Text file of predictions (includes both intra and inter preds)
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