May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org

YKGF - YKGG
UniProt: P77536 - P77433
Length: 706
Sequences: 432
Seq/Len: 0.62
I_Prob: 0.84

YKGF - Uncharacterized electron transport protein YkgF
Paralog alert: 0.09 [within 20: 0.00] - ratio of genomes with paralogs
Cluster includes: YKGF
YKGG - Uncharacterized protein YkgG
Paralog alert: 0.82 [within 20: 0.55] - ratio of genomes with paralogs
Cluster includes: YKGG
GREMLIN Results (Scaled_score > 1):

Legend: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.

Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score I_Prob
226_R 158_L 2.30 0.84
88_R 6_E 2.01 0.68
88_R 3_N 1.99 0.66
67_D 11_V 1.51 0.28
265_A 213_K 1.48 0.25
226_R 157_S 1.45 0.23
206_C 7_F 1.41 0.21
196_F 158_L 1.41 0.20
155_V 211_L 1.35 0.17
74_S 7_F 1.32 0.15
265_A 205_S 1.31 0.15
225_A 89_S 1.31 0.15
268_T 213_K 1.30 0.14
162_R 210_E 1.27 0.13
45_L 140_E 1.26 0.13
61_H 140_E 1.21 0.11
41_M 137_G 1.20 0.10
377_P 148_S 1.18 0.09
167_R 70_A 1.18 0.09
15_R 79_K 1.17 0.09
241_M 172_I 1.17 0.09
197_L 159_L 1.16 0.09
171_E 164_L 1.16 0.09
80_N 228_I 1.15 0.08
269_G 205_S 1.12 0.07
299_S 11_V 1.11 0.07
29_N 35_N 1.10 0.07
230_T 158_L 1.09 0.07
216_V 103_L 1.08 0.06
409_A 164_L 1.08 0.06
95_R 69_K 1.07 0.06
139_G 207_A 1.06 0.06
265_A 211_L 1.06 0.06
91_E 101_E 1.06 0.06
67_D 15_L 1.06 0.06
180_T 200_I 1.05 0.06
33_R 211_L 1.05 0.06
20_D 151_E 1.05 0.06
236_I 65_T 1.05 0.06
262_A 215_V 1.04 0.05
181_P 214_V 1.04 0.05
379_S 163_S 1.04 0.05
86_F 7_F 1.02 0.05
197_L 87_V 1.01 0.05
161_D 70_A 1.01 0.05
307_R 218_H 1.01 0.05
109_V 115_A 1.01 0.05
179_E 172_I 1.00 0.05
307_R 206_T 1.00 0.05
128_D 85_S 1.00 0.04
344_V 134_A 1.00 0.04
158_I 211_L 0.99 0.04
375_R 137_G 0.99 0.04
243_R 124_A 0.99 0.04
291_L 146_L 0.99 0.04
102_Q 48_D 0.99 0.04
467_H 45_Q 0.98 0.04
74_S 3_N 0.97 0.04
155_V 205_S 0.97 0.04
51_W 221_V 0.96 0.04
34_I 205_S 0.96 0.04
20_D 128_K 0.95 0.04
225_A 213_K 0.95 0.04
325_Y 150_A 0.95 0.04
227_M 172_I 0.95 0.04
220_T 158_L 0.95 0.04
165_I 224_V 0.95 0.04
335_S 211_L 0.94 0.04
73_L 146_L 0.94 0.04
249_A 181_E 0.94 0.04
202_G 11_V 0.94 0.03
234_T 98_G 0.94 0.03
80_N 143_G 0.94 0.03
262_A 16_G 0.94 0.03
208_F 201_S 0.94 0.03
162_R 183_L 0.93 0.03
325_Y 158_L 0.93 0.03
41_M 34_A 0.93 0.03
128_D 9_N 0.93 0.03
15_R 76_R 0.93 0.03
362_C 15_L 0.92 0.03
40_K 74_A 0.92 0.03
269_G 58_M 0.92 0.03
155_V 206_T 0.92 0.03
133_V 51_I 0.92 0.03
311_R 148_S 0.91 0.03
274_L 196_C 0.91 0.03
230_T 157_S 0.91 0.03
432_N 172_I 0.91 0.03
55_A 50_F 0.91 0.03
95_R 72_E 0.91 0.03
264_G 34_A 0.90 0.03
183_A 226_L 0.90 0.03
118_E 207_A 0.90 0.03
244_I 13_Q 0.89 0.03
344_V 127_A 0.89 0.03
212_E 144_V 0.89 0.03
261_S 228_I 0.89 0.03
405_M 5_G 0.89 0.03
370_N 40_Q 0.89 0.03
403_I 27_D 0.89 0.03
293_I 62_C 0.89 0.03
256_T 177_A 0.89 0.03
166_R 214_V 0.89 0.03
453_P 210_E 0.89 0.03
378_L 148_S 0.88 0.03
316_G 215_V 0.88 0.03
293_I 161_E 0.88 0.03
331_H 220_P 0.88 0.03
164_Q 223_A 0.88 0.03
365_C 154_R 0.88 0.03
461_R 217_V 0.88 0.03
221_N 58_M 0.88 0.03
459_S 11_V 0.88 0.03
457_G 166_I 0.87 0.03
91_E 76_R 0.87 0.03
411_S 68_A 0.87 0.03
76_K 173_L 0.87 0.03
458_E 4_R 0.87 0.03
80_N 186_K 0.87 0.03
128_D 75_I 0.86 0.02
375_R 66_S 0.86 0.02
18_I 181_E 0.86 0.02
226_R 154_R 0.86 0.02
41_M 199_I 0.86 0.02
424_A 137_G 0.86 0.02
46_G 68_A 0.86 0.02
165_I 138_L 0.86 0.02
413_P 78_C 0.86 0.02
51_W 206_T 0.86 0.02
317_A 4_R 0.85 0.02
187_F 130_G 0.85 0.02
376_I 220_P 0.85 0.02
321_T 153_G 0.85 0.02
269_G 201_S 0.85 0.02
349_L 227_I 0.84 0.02
249_A 10_N 0.84 0.02
362_C 206_T 0.84 0.02
165_I 9_N 0.84 0.02
203_I 166_I 0.84 0.02
247_T 161_E 0.84 0.02
65_N 200_I 0.84 0.02
468_Q 48_D 0.83 0.02
147_Q 69_K 0.83 0.02
171_E 105_Q 0.83 0.02
136_T 172_I 0.83 0.02
386_R 203_P 0.83 0.02
20_D 111_V 0.83 0.02
110_V 144_V 0.83 0.02
326_R 59_L 0.83 0.02
408_Y 74_A 0.83 0.02
50_E 69_K 0.83 0.02
97_I 143_G 0.82 0.02
418_V 4_R 0.82 0.02
133_V 140_E 0.82 0.02
202_G 130_G 0.82 0.02
185_T 206_T 0.82 0.02
227_M 159_L 0.82 0.02
247_T 26_E 0.82 0.02
55_A 167_L 0.82 0.02
24_R 217_V 0.82 0.02
400_Q 73_A 0.81 0.02
235_H 57_V 0.81 0.02
82_G 198_N 0.81 0.02
147_Q 145_V 0.81 0.02
337_Y 141_S 0.81 0.02
263_V 225_Y 0.81 0.02
338_P 125_E 0.81 0.02
286_P 158_L 0.81 0.02
456_D 14_A 0.81 0.02
293_I 221_V 0.81 0.02
293_I 12_A 0.81 0.02
288_E 61_R 0.80 0.02
95_R 9_N 0.80 0.02
398_A 137_G 0.80 0.02
383_L 103_L 0.80 0.02
90_K 227_I 0.80 0.02
407_A 156_L 0.80 0.02
365_C 218_H 0.80 0.02
212_E 212_I 0.80 0.02
122_V 74_A 0.80 0.02
319_M 217_V 0.80 0.02
265_A 58_M 0.80 0.02
461_R 153_G 0.80 0.02
263_V 60_T 0.79 0.02
47_H 217_V 0.79 0.02
266_R 217_V 0.79 0.02
187_F 7_F 0.79 0.02
102_Q 144_V 0.79 0.02
245_A 138_L 0.79 0.02
356_K 90_G 0.79 0.02
202_G 164_L 0.79 0.02
387_R 53_F 0.79 0.02
163_H 227_I 0.79 0.02
190_Q 76_R 0.79 0.02
305_E 47_C 0.79 0.02
93_A 143_G 0.79 0.02
88_R 10_N 0.79 0.02
367_A 133_Y 0.79 0.02
291_L 131_V 0.79 0.02
340_P 158_L 0.79 0.02
407_A 79_K 0.79 0.02
92_D 104_Q 0.78 0.02
221_N 130_G 0.78 0.02
241_M 138_L 0.78 0.02
172_R 66_S 0.78 0.02
21_P 74_A 0.78 0.02
68_A 45_Q 0.78 0.02
161_D 217_V 0.78 0.02
459_S 212_I 0.78 0.02
123_N 183_L 0.78 0.02
335_S 210_E 0.78 0.02
293_I 195_S 0.78 0.02
169_L 143_G 0.78 0.02
249_A 172_I 0.78 0.02
57_Q 6_E 0.78 0.02
345_I 217_V 0.78 0.02
95_R 105_Q 0.77 0.02
158_I 215_V 0.77 0.02
452_L 54_A 0.77 0.01
230_T 62_C 0.77 0.01
371_V 206_T 0.77 0.01
230_T 223_A 0.77 0.01
184_M 223_A 0.77 0.01
196_F 60_T 0.77 0.01
62_V 172_I 0.77 0.01
174_G 228_I 0.77 0.01
89_T 227_I 0.77 0.01
105_N 48_D 0.77 0.01
321_T 212_I 0.77 0.01
155_V 214_V 0.77 0.01
421_M 5_G 0.76 0.01
399_E 201_S 0.76 0.01
20_D 113_D 0.76 0.01
336_I 228_I 0.76 0.01
99_Q 172_I 0.76 0.01
243_R 17_R 0.76 0.01
110_V 84_Q 0.76 0.01
154_V 215_V 0.76 0.01
8_T 102_R 0.76 0.01
194_E 4_R 0.76 0.01
321_T 99_I 0.76 0.01
131_I 210_E 0.76 0.01
29_N 227_I 0.76 0.01
200_E 60_T 0.76 0.01
292_V 52_Q 0.76 0.01
321_T 217_V 0.75 0.01
234_T 128_K 0.75 0.01
215_S 147_F 0.75 0.01
221_N 213_K 0.75 0.01
57_Q 48_D 0.75 0.01
380_K 162_Y 0.75 0.01
173_L 54_A 0.75 0.01
230_T 88_I 0.75 0.01
16_Q 80_E 0.75 0.01
158_I 154_R 0.75 0.01
262_A 133_Y 0.75 0.01
49_E 50_F 0.75 0.01
40_K 68_A 0.75 0.01
97_I 139_T 0.75 0.01
121_G 49_A 0.75 0.01
217_C 50_F 0.75 0.01
160_K 211_L 0.75 0.01
294_V 82_G 0.75 0.01
423_G 226_L 0.75 0.01
107_R 64_L 0.75 0.01
64_S 76_R 0.75 0.01
423_G 70_A 0.74 0.01
346_S 69_K 0.74 0.01
58_I 22_E 0.74 0.01
17_Q 137_G 0.74 0.01
450_R 146_L 0.74 0.01
272_T 196_C 0.74 0.01
299_S 72_E 0.74 0.01
101_A 197_I 0.74 0.01
272_T 5_G 0.74 0.01
Legend: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the UniProt sequences. The value of the raw score is the function of the learning procedure, L2 normalization and APC (entropic) correction.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

Text file of predictions
(includes both intra and inter preds)

Page generated in 0.2357 seconds.