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OPENSEQ.org
dlta-dltd_bs
Genes: A B A+B
Length: 503 392 846
Sequences: 38038 295 244
Seq/Len: 75.62 0.75 0.29
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.00 0.02
2 0.10 0.00 0.05
5 0.14 0.01 0.27
10 0.17 0.01 0.27
20 0.19 0.01 0.27
100 0.24 0.02 0.28
∞ 0.30 0.05 0.29
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
442_A 312_V 1.67 0.52 0.00
423_V 44_N 1.65 0.51 0.00
28_T 312_V 1.55 0.44 0.00
16_Q 125_I 1.52 0.42 0.00
250_M 302_L 1.50 0.40 0.00
423_V 363_K 1.39 0.34 0.00
62_E 267_Y 1.38 0.33 0.00
226_L 172_L 1.36 0.32 0.00
353_S 63_Y 1.35 0.32 0.00
423_V 228_K 1.35 0.32 0.00
218_D 269_K 1.35 0.32 0.00
448_E 279_G 1.34 0.31 0.00
246_Q 67_Y 1.33 0.30 0.00
247_M 331_R 1.30 0.29 0.00
246_Q 103_S 1.30 0.29 0.00
82_V 106_H 1.27 0.27 0.00
401_I 58_L 1.26 0.26 0.00
335_E 239_S 1.25 0.26 0.00
77_H 274_V 1.25 0.26 0.00
80_I 324_T 1.24 0.26 0.00
337_Q 386_T 1.24 0.26 0.00
87_P 331_R 1.24 0.25 0.00
203_Y 121_K 1.22 0.25 0.00
66_I 374_V 1.19 0.23 0.00
87_P 78_F 1.18 0.23 0.00
408_M 368_I 1.18 0.23 0.00
235_L 211_M 1.18 0.23 0.00
289_I 119_G 1.17 0.22 0.00
37_D 277_L 1.17 0.22 0.00
58_Y 37_K 1.17 0.22 0.00
393_C 299_L 1.16 0.22 0.00
80_I 247_A 1.16 0.22 0.00
383_A 196_W 1.16 0.22 0.00
61_M 76_D 1.15 0.21 0.00
423_V 252_K 1.15 0.21 0.00
334_E 339_N 1.15 0.21 0.00
423_V 262_I 1.15 0.21 0.00
176_C 47_M 1.15 0.21 0.00
144_E 245_K 1.14 0.21 0.00
212_L 360_Y 1.14 0.21 0.00
230_L 39_S 1.13 0.20 0.00
404_H 136_S 1.13 0.20 0.00
478_F 126_V 1.13 0.20 0.00
89_E 317_N 1.12 0.20 0.00
331_I 265_P 1.11 0.20 0.00
73_V 106_H 1.10 0.19 0.00
12_E 359_P 1.10 0.19 0.00
71_G 359_P 1.10 0.19 0.00
308_T 100_G 1.10 0.19 0.00
89_E 174_F 1.10 0.19 0.00
55_I 58_L 1.10 0.19 0.00
403_L 271_K 1.09 0.19 0.00
77_H 361_F 1.09 0.19 0.00
478_F 48_F 1.09 0.19 0.00
401_I 60_D 1.09 0.19 0.00
302_V 335_Y 1.09 0.19 0.00
348_V 262_I 1.08 0.18 0.00
303_T 352_F 1.08 0.18 0.00
424_R 273_K 1.08 0.18 0.00
219_A 224_S 1.08 0.18 0.00
250_M 174_F 1.08 0.18 0.00
230_L 141_F 1.08 0.18 0.00
104_I 352_F 1.07 0.18 0.00
235_L 173_R 1.07 0.18 0.00
19_A 300_D 1.06 0.18 0.00
363_E 325_G 1.06 0.18 0.00
82_V 48_F 1.06 0.17 0.00
71_G 110_F 1.06 0.17 0.00
298_A 90_G 1.05 0.17 0.00
43_I 346_G 1.04 0.17 0.00
199_V 297_M 1.04 0.17 0.00
442_A 216_D 1.04 0.17 0.00
484_I 340_K 1.04 0.17 0.00
248_C 146_S 1.03 0.17 0.00
226_L 370_W 1.03 0.17 0.00
300_V 127_S 1.03 0.17 0.00
484_I 351_D 1.03 0.16 0.00
312_I 241_S 1.03 0.16 0.00
444_I 278_K 1.03 0.16 0.00
202_L 106_H 1.03 0.16 0.00
305_V 106_H 1.03 0.16 0.00
232_K 125_I 1.02 0.16 0.00
355_S 149_Q 1.02 0.16 0.00
403_L 141_F 1.02 0.16 0.00
111_I 236_K 1.02 0.16 0.00
325_P 312_V 1.02 0.16 0.00
425_S 153_L 1.01 0.16 0.00
290_F 102_Q 1.01 0.16 0.00
348_V 158_Q 1.01 0.16 0.00
389_G 43_L 1.01 0.16 0.00
361_E 346_G 1.01 0.16 0.00
320_V 317_N 1.00 0.15 0.00
190_Q 127_S 1.00 0.15 0.00
104_I 362_M 1.00 0.15 0.00
5_H 278_K 1.00 0.15 0.00
24_G 380_I 1.00 0.15 0.00
411_E 370_W 1.00 0.15 0.00
203_Y 135_G 0.99 0.15 0.00
100_A 67_Y 0.99 0.15 0.00
8_Q 277_L 0.99 0.15 0.00
208_S 267_Y 0.99 0.15 0.00
492_I 178_Q 0.99 0.15 0.00
212_L 129_Q 0.99 0.15 0.00
13_T 218_Y 0.99 0.15 0.00
146_F 110_F 0.99 0.15 0.00
353_S 347_F 0.98 0.15 0.00
412_E 239_S 0.98 0.15 0.00
149_I 320_W 0.98 0.15 0.00
145_T 147_A 0.98 0.15 0.00
273_P 145_Y 0.98 0.15 0.00
176_C 280_K 0.98 0.15 0.00
167_N 365_T 0.98 0.14 0.00
230_L 238_K 0.97 0.14 0.00
441_I 249_Q 0.97 0.14 0.00
480_Y 243_L 0.97 0.14 0.00
162_Q 120_K 0.97 0.14 0.00
292_T 243_L 0.97 0.14 0.00
419_Q 124_F 0.97 0.14 0.00
177_A 264_N 0.97 0.14 0.00
439_Y 96_V 0.97 0.14 0.00
80_I 52_Y 0.97 0.14 0.00
364_L 168_M 0.97 0.14 0.00
421_Q 132_I 0.96 0.14 0.00
99_G 295_F 0.96 0.14 0.00
193_F 111_A 0.96 0.14 0.00
324_K 79_H 0.96 0.14 0.00
3_L 92_T 0.96 0.14 0.00
61_M 54_Q 0.96 0.14 0.00
329_I 160_D 0.96 0.14 0.00
91_I 151_L 0.96 0.14 0.00
191_A 119_G 0.96 0.14 0.00
416_H 295_F 0.96 0.14 0.00
347_I 321_Y 0.96 0.14 0.00
352_P 149_Q 0.95 0.14 0.00
360_G 347_F 0.95 0.14 0.00
501_V 172_L 0.95 0.14 0.00
5_H 107_S 0.95 0.14 0.00
73_V 323_Y 0.95 0.14 0.00
64_H 312_V 0.95 0.14 0.00
172_T 275_P 0.95 0.14 0.00
444_I 38_E 0.95 0.14 0.00
486_M 309_P 0.95 0.14 0.00
66_I 58_L 0.95 0.14 0.00
250_M 65_P 0.94 0.14 0.00
223_P 54_Q 0.94 0.14 0.00
181_V 146_S 0.94 0.14 0.00
75_A 210_S 0.94 0.14 0.00
458_T 324_T 0.94 0.14 0.00
423_V 279_G 0.94 0.14 0.00
289_I 332_T 0.94 0.14 0.00
404_H 214_K 0.94 0.13 0.00
413_I 173_R 0.94 0.13 0.00
96_E 173_R 0.94 0.13 0.00
205_C 177_V 0.94 0.13 0.00
71_G 106_H 0.94 0.13 0.00
347_I 154_A 0.94 0.13 0.00
162_Q 117_L 0.94 0.13 0.00
305_V 242_E 0.94 0.13 0.00
412_E 121_K 0.94 0.13 0.00
256_Q 252_K 0.94 0.13 0.00
325_P 276_K 0.94 0.13 0.00
58_Y 113_H 0.93 0.13 0.00
438_E 302_L 0.93 0.13 0.00
445_V 351_D 0.93 0.13 0.00
414_E 321_Y 0.93 0.13 0.00
31_E 292_Y 0.93 0.13 0.00
348_V 152_D 0.93 0.13 0.00
413_I 54_Q 0.93 0.13 0.00
227_F 311_F 0.92 0.13 0.00
423_V 162_E 0.92 0.13 0.00
193_F 134_R 0.92 0.13 0.00
91_I 306_G 0.92 0.13 0.00
82_V 310_M 0.92 0.13 0.00
383_A 41_T 0.92 0.13 0.00
492_I 214_K 0.92 0.13 0.00
445_V 384_Y 0.92 0.13 0.00
492_I 377_D 0.92 0.13 0.00
204_P 337_K 0.92 0.13 0.00
384_G 102_Q 0.92 0.13 0.00
141_K 336_K 0.92 0.13 0.00
302_V 153_L 0.92 0.13 0.00
320_V 326_F 0.91 0.13 0.00
389_G 358_D 0.91 0.13 0.00
305_V 263_D 0.91 0.13 0.00
470_P 164_K 0.91 0.12 0.00
121_V 194_Q 0.91 0.12 0.00
307_I 56_Q 0.91 0.12 0.00
292_T 72_L 0.91 0.12 0.00
305_V 353_S 0.91 0.12 0.00
75_A 273_K 0.91 0.12 0.00
41_A 259_D 0.91 0.12 0.00
429_I 242_E 0.91 0.12 0.00
212_L 304_D 0.91 0.12 0.00
366_E 242_E 0.91 0.12 0.00
187_F 72_L 0.91 0.12 0.00
93_K 106_H 0.91 0.12 0.00
58_Y 72_L 0.91 0.12 0.00
347_I 48_F 0.91 0.12 0.00
271_V 193_G 0.90 0.12 0.00
69_F 74_R 0.90 0.12 0.00
140_V 84_F 0.90 0.12 0.00
51_K 378_K 0.90 0.12 0.00
329_I 295_F 0.90 0.12 0.00
69_F 383_F 0.90 0.12 0.00
406_Y 206_K 0.90 0.12 0.00
399_F 369_G 0.90 0.12 0.00
73_V 148_L 0.90 0.12 0.00
150_Y 64_L 0.90 0.12 0.00
301_A 100_G 0.90 0.12 0.00
421_Q 244_N 0.90 0.12 0.00
112_D 59_K 0.90 0.12 0.00
68_S 156_N 0.89 0.12 0.00
435_G 340_K 0.89 0.12 0.00
38_R 269_K 0.89 0.12 0.00
64_H 267_Y 0.89 0.12 0.00
38_R 156_N 0.89 0.12 0.00
70_L 351_D 0.89 0.12 0.00
380_T 371_K 0.89 0.12 0.00
172_T 37_K 0.89 0.12 0.00
320_V 344_A 0.89 0.12 0.00
58_Y 107_S 0.89 0.12 0.00
245_V 316_V 0.89 0.12 0.00
282_E 333_D 0.89 0.12 0.00
224_K 124_F 0.89 0.12 0.00
343_E 242_E 0.89 0.12 0.00
75_A 325_G 0.89 0.12 0.00
342_G 126_V 0.89 0.12 0.00
245_V 119_G 0.89 0.12 0.00
245_V 199_N 0.89 0.12 0.00
324_K 243_L 0.88 0.12 0.00
80_I 57_M 0.88 0.12 0.00
77_H 352_F 0.88 0.12 0.00
150_Y 110_F 0.88 0.12 0.00
305_V 236_K 0.88 0.12 0.00
312_I 334_Y 0.88 0.12 0.00
255_S 328_K 0.88 0.12 0.00
283_R 224_S 0.88 0.12 0.00
479_I 60_D 0.88 0.12 0.00
360_G 82_N 0.88 0.12 0.00
71_G 103_S 0.88 0.12 0.00
399_F 262_I 0.88 0.12 0.00
486_M 200_A 0.88 0.12 0.00
497_I 253_R 0.88 0.12 0.00
392_F 116_Q 0.88 0.12 0.00
286_K 237_D 0.87 0.12 0.00
312_I 338_V 0.87 0.11 0.00
61_M 109_N 0.87 0.11 0.00
94_I 373_W 0.87 0.11 0.00
423_V 303_K 0.87 0.11 0.00
494_R 331_R 0.87 0.11 0.00
298_A 236_K 0.87 0.11 0.00
104_I 249_Q 0.87 0.11 0.00
303_T 112_A 0.87 0.11 0.00
82_V 374_V 0.87 0.11 0.00
263_D 312_V 0.87 0.11 0.00
273_P 44_N 0.87 0.11 0.00
233_S 84_F 0.87 0.11 0.00
87_P 334_Y 0.86 0.11 0.00
470_P 54_Q 0.86 0.11 0.00
312_I 353_S 0.86 0.11 0.00
71_G 327_P 0.86 0.11 0.00
406_Y 269_K 0.86 0.11 0.00
9_T 268_K 0.86 0.11 0.00
222_K 55_D 0.86 0.11 0.00
428_V 380_I 0.86 0.11 0.00
149_I 172_L 0.86 0.11 0.00
411_E 129_Q 0.86 0.11 0.00
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154_S 54_Q 0.81 0.10 0.00
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4_L 363_K 0.81 0.10 0.00
300_V 69_S 0.81 0.10 0.00
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101_E 101_S 0.81 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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