May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ACB-TssK-TssG
Genes: A B A+B
Length: 454 332 759
Sequences: 803 862 690
Seq/Len: 1.77 2.6 0.91
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.03
5 0.00 0.00 0.24
10 0.00 0.00 0.64
20 0.00 0.00 0.88
100 0.02 0.02 0.89
∞ 0.11 0.11 0.90
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
15_L 229_T 2.03 0.95 0.74
68_I 67_E 1.40 0.67 0.25
406_I 180_N 1.37 0.64 0.23
313_L 150_A 1.30 0.58 0.19
444_I 144_Y 1.27 0.55 0.17
103_A 257_F 1.25 0.54 0.16
148_R 66_L 1.20 0.49 0.13
297_Y 127_S 1.19 0.48 0.13
296_A 246_I 1.16 0.46 0.12
154_K 209_L 1.16 0.46 0.12
245_W 31_L 1.15 0.45 0.11
255_A 164_L 1.13 0.43 0.10
328_I 26_I 1.13 0.43 0.10
244_F 258_L 1.11 0.41 0.10
6_K 270_I 1.11 0.41 0.10
443_D 287_L 1.10 0.41 0.09
43_Y 243_E 1.09 0.39 0.09
261_L 190_S 1.09 0.39 0.09
326_I 32_L 1.08 0.39 0.09
272_F 25_F 1.08 0.39 0.09
406_I 28_A 1.08 0.39 0.09
89_L 59_P 1.08 0.38 0.09
297_Y 59_P 1.07 0.38 0.08
158_A 50_F 1.06 0.37 0.08
299_H 59_P 1.06 0.36 0.08
280_G 293_Q 1.05 0.36 0.08
299_H 127_S 1.05 0.36 0.08
115_I 115_F 1.05 0.36 0.07
211_T 296_R 1.05 0.36 0.07
73_E 239_D 1.04 0.35 0.07
215_I 95_N 1.03 0.34 0.07
298_K 66_L 1.02 0.34 0.07
6_K 205_E 1.02 0.33 0.07
76_Q 221_Q 1.02 0.33 0.07
275_L 25_F 1.01 0.33 0.06
317_L 243_E 1.00 0.32 0.06
14_F 254_Y 1.00 0.32 0.06
446_I 288_D 0.99 0.32 0.06
59_I 242_I 0.99 0.32 0.06
62_L 212_D 0.99 0.32 0.06
142_A 43_S 0.99 0.31 0.06
174_I 216_T 0.99 0.31 0.06
164_H 198_T 0.98 0.31 0.06
175_G 198_T 0.98 0.31 0.06
437_V 46_D 0.98 0.31 0.06
47_K 48_F 0.98 0.31 0.06
415_F 244_I 0.98 0.30 0.06
316_L 62_E 0.97 0.30 0.06
49_S 63_I 0.97 0.30 0.06
78_P 94_T 0.97 0.30 0.06
194_P 87_G 0.97 0.29 0.05
146_L 125_E 0.97 0.29 0.05
196_L 244_I 0.97 0.29 0.05
378_G 73_V 0.96 0.29 0.05
451_V 312_M 0.96 0.29 0.05
410_S 116_N 0.96 0.29 0.05
208_L 190_S 0.96 0.29 0.05
120_S 290_S 0.96 0.29 0.05
172_L 282_D 0.95 0.28 0.05
50_F 283_L 0.95 0.28 0.05
406_I 202_F 0.95 0.28 0.05
280_G 204_Q 0.95 0.28 0.05
433_I 29_T 0.95 0.28 0.05
15_L 93_Y 0.94 0.28 0.05
394_I 242_I 0.94 0.28 0.05
100_I 188_M 0.94 0.28 0.05
253_A 231_C 0.94 0.28 0.05
134_D 283_L 0.94 0.27 0.05
255_A 174_L 0.94 0.27 0.05
84_P 136_Y 0.94 0.27 0.05
435_I 204_Q 0.94 0.27 0.05
285_F 117_H 0.94 0.27 0.05
202_E 208_K 0.94 0.27 0.05
379_S 264_S 0.94 0.27 0.05
78_P 25_F 0.93 0.27 0.05
75_Y 310_F 0.93 0.27 0.05
194_P 248_P 0.93 0.27 0.05
47_K 199_I 0.93 0.27 0.05
202_E 196_E 0.93 0.27 0.05
297_Y 56_L 0.93 0.26 0.04
59_I 31_L 0.92 0.26 0.04
2_F 172_S 0.92 0.26 0.04
103_A 261_Q 0.92 0.26 0.04
45_V 128_I 0.91 0.26 0.04
51_D 243_E 0.91 0.25 0.04
302_L 253_Q 0.91 0.25 0.04
49_S 246_I 0.91 0.25 0.04
177_I 117_H 0.90 0.25 0.04
272_F 80_V 0.90 0.25 0.04
28_E 246_I 0.90 0.25 0.04
24_D 189_L 0.90 0.25 0.04
19_H 226_G 0.90 0.24 0.04
168_G 215_T 0.90 0.24 0.04
75_Y 28_A 0.90 0.24 0.04
156_L 189_L 0.90 0.24 0.04
444_I 95_N 0.90 0.24 0.04
320_I 52_T 0.90 0.24 0.04
329_A 298_T 0.90 0.24 0.04
104_L 18_Q 0.89 0.24 0.04
153_F 260_H 0.89 0.24 0.04
15_L 260_H 0.89 0.24 0.04
255_A 80_V 0.89 0.24 0.04
272_F 257_F 0.89 0.24 0.04
409_R 241_K 0.88 0.24 0.04
208_L 148_L 0.88 0.23 0.04
238_S 189_L 0.88 0.23 0.04
267_H 258_L 0.88 0.23 0.04
100_I 253_Q 0.88 0.23 0.04
427_M 283_L 0.88 0.23 0.04
176_K 150_A 0.88 0.23 0.04
330_L 130_Y 0.88 0.23 0.04
60_L 35_M 0.88 0.23 0.04
31_L 287_L 0.88 0.23 0.04
217_A 80_V 0.87 0.23 0.04
421_H 117_H 0.87 0.23 0.04
141_E 186_K 0.87 0.23 0.04
298_K 75_L 0.87 0.23 0.04
34_T 316_P 0.87 0.23 0.04
342_L 108_T 0.87 0.23 0.04
190_K 308_G 0.87 0.23 0.04
43_Y 310_F 0.87 0.23 0.04
321_I 134_V 0.87 0.23 0.04
300_H 38_N 0.87 0.23 0.04
221_T 275_C 0.87 0.23 0.04
38_V 304_G 0.87 0.22 0.04
47_K 172_S 0.86 0.22 0.03
132_T 244_I 0.86 0.22 0.03
104_L 121_S 0.86 0.22 0.03
384_E 50_F 0.86 0.22 0.03
60_L 257_F 0.86 0.22 0.03
331_K 107_E 0.86 0.22 0.03
306_F 306_G 0.86 0.22 0.03
114_L 173_G 0.86 0.22 0.03
62_L 199_I 0.86 0.22 0.03
270_R 75_L 0.86 0.22 0.03
434_C 237_Q 0.86 0.22 0.03
137_T 76_T 0.86 0.22 0.03
309_L 67_E 0.86 0.22 0.03
211_T 224_L 0.86 0.22 0.03
417_I 46_D 0.86 0.22 0.03
44_G 232_G 0.86 0.22 0.03
154_K 246_I 0.86 0.22 0.03
315_D 57_N 0.86 0.22 0.03
389_A 88_A 0.86 0.22 0.03
17_P 105_R 0.86 0.22 0.03
436_Y 62_E 0.85 0.22 0.03
396_L 211_G 0.85 0.22 0.03
420_H 314_R 0.85 0.22 0.03
75_Y 251_R 0.85 0.22 0.03
164_H 205_E 0.85 0.22 0.03
406_I 282_D 0.85 0.22 0.03
273_F 88_A 0.85 0.22 0.03
441_F 249_L 0.85 0.22 0.03
286_S 258_L 0.85 0.22 0.03
279_A 276_S 0.85 0.22 0.03
261_L 210_A 0.85 0.22 0.03
10_G 206_S 0.85 0.22 0.03
249_A 99_Q 0.85 0.21 0.03
342_L 114_L 0.85 0.21 0.03
114_L 64_E 0.85 0.21 0.03
407_P 81_G 0.85 0.21 0.03
375_F 121_S 0.85 0.21 0.03
409_R 130_Y 0.85 0.21 0.03
211_T 60_A 0.84 0.21 0.03
175_G 248_P 0.84 0.21 0.03
416_E 254_Y 0.84 0.21 0.03
211_T 256_K 0.84 0.21 0.03
280_G 153_G 0.84 0.21 0.03
126_Q 46_D 0.84 0.21 0.03
124_R 118_K 0.84 0.21 0.03
302_L 174_L 0.84 0.21 0.03
255_A 170_E 0.84 0.21 0.03
38_V 252_Q 0.84 0.21 0.03
268_P 89_L 0.84 0.21 0.03
412_V 131_H 0.83 0.20 0.03
63_E 244_I 0.83 0.20 0.03
250_L 261_Q 0.83 0.20 0.03
417_I 228_N 0.83 0.20 0.03
453_N 188_M 0.83 0.20 0.03
101_Y 104_Q 0.83 0.20 0.03
250_L 66_L 0.83 0.20 0.03
393_A 232_G 0.83 0.20 0.03
23_Q 170_E 0.83 0.20 0.03
254_H 87_G 0.83 0.20 0.03
68_I 103_Q 0.83 0.20 0.03
331_K 189_L 0.83 0.20 0.03
65_V 257_F 0.83 0.20 0.03
37_A 134_V 0.83 0.20 0.03
62_L 22_S 0.82 0.20 0.03
196_L 116_N 0.82 0.20 0.03
272_F 321_D 0.82 0.20 0.03
357_V 174_L 0.82 0.20 0.03
173_P 303_S 0.82 0.20 0.03
278_L 178_Q 0.82 0.20 0.03
337_Y 287_L 0.82 0.20 0.03
216_K 66_L 0.82 0.20 0.03
389_A 193_F 0.82 0.19 0.03
239_G 169_A 0.82 0.19 0.03
308_Q 120_T 0.82 0.19 0.03
434_C 118_K 0.81 0.19 0.03
142_A 211_G 0.81 0.19 0.03
229_N 172_S 0.81 0.19 0.03
168_G 88_A 0.81 0.19 0.03
100_I 61_T 0.81 0.19 0.03
426_R 155_V 0.81 0.19 0.03
191_F 227_I 0.81 0.19 0.03
103_A 108_T 0.81 0.19 0.03
432_T 116_N 0.81 0.19 0.03
32_N 146_D 0.81 0.19 0.03
177_I 283_L 0.81 0.19 0.03
128_H 63_I 0.81 0.19 0.03
309_L 292_I 0.81 0.19 0.03
393_A 118_K 0.81 0.19 0.03
340_G 65_S 0.80 0.19 0.03
367_L 215_T 0.80 0.19 0.03
100_I 252_Q 0.80 0.19 0.03
333_I 48_F 0.80 0.19 0.03
196_L 185_L 0.80 0.19 0.03
370_I 314_R 0.80 0.19 0.03
407_P 127_S 0.80 0.19 0.03
208_L 75_L 0.80 0.19 0.03
114_L 119_L 0.80 0.19 0.03
58_H 229_T 0.80 0.19 0.03
409_R 129_T 0.80 0.18 0.03
144_I 122_Q 0.80 0.18 0.03
217_A 239_D 0.80 0.18 0.03
318_D 197_I 0.80 0.18 0.03
412_V 51_E 0.80 0.18 0.03
65_V 133_P 0.80 0.18 0.03
219_I 28_A 0.80 0.18 0.03
167_D 24_E 0.80 0.18 0.03
85_E 199_I 0.80 0.18 0.03
204_L 258_L 0.79 0.18 0.03
47_K 188_M 0.79 0.18 0.03
47_K 18_Q 0.79 0.18 0.02
44_G 90_P 0.79 0.18 0.02
302_L 82_L 0.79 0.18 0.02
50_F 266_K 0.79 0.18 0.02
68_I 230_F 0.79 0.18 0.02
285_F 97_I 0.79 0.18 0.02
84_P 130_Y 0.79 0.18 0.02
167_D 197_I 0.79 0.18 0.02
75_Y 254_Y 0.79 0.18 0.02
190_K 199_I 0.79 0.18 0.02
391_L 119_L 0.79 0.18 0.02
435_I 133_P 0.79 0.18 0.02
89_L 60_A 0.79 0.18 0.02
60_L 104_Q 0.79 0.18 0.02
278_L 187_T 0.79 0.18 0.02
110_N 34_H 0.79 0.18 0.02
147_L 17_F 0.78 0.18 0.02
355_I 301_Q 0.78 0.18 0.02
169_F 137_E 0.78 0.18 0.02
208_L 326_S 0.78 0.18 0.02
422_E 208_K 0.78 0.18 0.02
417_I 265_L 0.78 0.18 0.02
386_R 279_L 0.78 0.18 0.02
397_H 308_G 0.78 0.17 0.02
18_Q 250_K 0.78 0.17 0.02
79_A 264_S 0.78 0.17 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2459 seconds.