May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
PA2-TssK-TssG
Genes: A B A+B
Length: 443 335 753
Sequences: 812 847 678
Seq/Len: 1.83 2.53 0.9
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.71
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.24
10 0.00 0.00 0.64
20 0.00 0.00 0.87
100 0.02 0.02 0.89
∞ 0.11 0.11 0.90
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
14_L 237_A 1.88 0.92 0.47
67_V 70_E 1.78 0.89 0.39
396_I 188_H 1.41 0.67 0.16
304_I 156_A 1.34 0.61 0.13
150_R 218_I 1.32 0.60 0.12
61_I 221_E 1.30 0.58 0.11
99_A 265_F 1.30 0.58 0.11
300_L 70_E 1.19 0.48 0.08
434_L 150_F 1.17 0.46 0.07
288_Y 133_W 1.14 0.44 0.07
72_S 247_S 1.14 0.43 0.06
251_L 198_R 1.14 0.43 0.06
144_C 131_P 1.13 0.42 0.06
289_Q 82_L 1.11 0.41 0.06
48_E 66_V 1.11 0.41 0.06
278_E 25_F 1.08 0.39 0.05
423_F 28_V 1.08 0.38 0.05
290_H 62_P 1.08 0.38 0.05
209_L 102_E 1.07 0.38 0.05
205_V 304_R 1.07 0.38 0.05
235_M 30_L 1.07 0.37 0.05
396_I 27_A 1.07 0.37 0.05
42_W 251_R 1.06 0.37 0.05
288_Y 62_P 1.06 0.37 0.05
287_R 254_I 1.05 0.36 0.05
289_Q 69_V 1.04 0.35 0.04
205_V 232_Q 1.04 0.35 0.04
245_L 172_N 1.03 0.34 0.04
386_V 38_E 1.03 0.34 0.04
308_L 251_R 1.03 0.34 0.04
175_P 195_S 1.03 0.34 0.04
290_H 133_W 1.02 0.34 0.04
46_A 51_L 1.02 0.34 0.04
319_L 25_F 1.02 0.33 0.04
100_L 17_R 1.02 0.33 0.04
5_K 278_L 1.02 0.33 0.04
228_G 197_L 1.02 0.33 0.04
240_I 69_V 1.02 0.33 0.04
58_K 250_F 1.01 0.33 0.04
386_V 220_E 1.01 0.33 0.04
311_V 55_A 1.01 0.33 0.04
322_Q 197_L 1.01 0.33 0.04
405_F 252_I 1.00 0.32 0.04
270_G 301_R 1.00 0.32 0.04
13_L 262_F 1.00 0.31 0.04
436_L 296_R 0.99 0.31 0.04
202_L 167_K 0.99 0.31 0.04
202_L 82_L 0.98 0.30 0.04
166_K 204_A 0.98 0.30 0.04
89_P 71_F 0.98 0.30 0.04
433_E 295_L 0.97 0.30 0.03
396_I 211_C 0.97 0.29 0.03
400_S 122_H 0.97 0.29 0.03
441_I 320_G 0.96 0.29 0.03
18_H 234_G 0.96 0.29 0.03
131_D 291_I 0.96 0.29 0.03
369_A 272_Y 0.96 0.29 0.03
257_H 266_L 0.96 0.29 0.03
14_L 268_I 0.96 0.29 0.03
96_I 196_V 0.96 0.29 0.03
34_T 208_A 0.96 0.28 0.03
168_A 207_V 0.96 0.28 0.03
262_Y 265_F 0.96 0.28 0.03
146_R 69_V 0.95 0.28 0.03
245_L 182_L 0.95 0.28 0.03
110_A 67_D 0.95 0.28 0.03
184_D 316_T 0.95 0.28 0.03
265_L 24_L 0.94 0.28 0.03
149_F 268_I 0.94 0.27 0.03
74_F 318_W 0.94 0.27 0.03
205_V 264_E 0.94 0.27 0.03
275_F 27_A 0.94 0.27 0.03
50_D 251_R 0.94 0.27 0.03
293_Q 182_L 0.93 0.27 0.03
425_F 134_R 0.93 0.27 0.03
348_A 182_L 0.93 0.27 0.03
48_E 254_I 0.93 0.27 0.03
425_F 139_R 0.93 0.27 0.03
270_G 213_E 0.93 0.26 0.03
205_V 156_A 0.93 0.26 0.03
275_F 123_H 0.93 0.26 0.03
188_S 256_Q 0.92 0.26 0.03
210_G 69_V 0.92 0.26 0.03
163_V 51_L 0.91 0.25 0.03
336_H 130_L 0.91 0.25 0.03
162_Y 143_Q 0.91 0.25 0.03
307_V 65_D 0.91 0.25 0.03
397_P 88_G 0.90 0.25 0.03
77_G 101_S 0.90 0.25 0.03
87_V 62_P 0.90 0.24 0.03
268_M 123_H 0.90 0.24 0.03
96_I 261_R 0.90 0.24 0.03
270_G 159_G 0.90 0.24 0.03
67_V 187_A 0.90 0.24 0.03
202_L 198_R 0.90 0.24 0.03
262_Y 24_L 0.90 0.24 0.03
403_T 140_V 0.90 0.24 0.02
293_Q 89_L 0.89 0.24 0.02
12_M 154_L 0.89 0.24 0.02
61_I 258_D 0.89 0.24 0.02
168_A 256_Q 0.89 0.24 0.02
99_A 269_G 0.89 0.24 0.02
169_V 204_A 0.89 0.24 0.02
42_W 318_W 0.89 0.24 0.02
105_G 82_L 0.89 0.23 0.02
140_V 241_E 0.89 0.23 0.02
188_S 94_S 0.89 0.23 0.02
142_V 220_E 0.88 0.23 0.02
49_L 291_I 0.88 0.23 0.02
31_K 152_A 0.88 0.23 0.02
367_V 265_F 0.88 0.23 0.02
223_N 180_L 0.88 0.23 0.02
170_V 123_H 0.88 0.23 0.02
251_L 219_L 0.88 0.23 0.02
234_F 266_L 0.88 0.23 0.02
160_Q 23_S 0.88 0.23 0.02
243_T 239_L 0.88 0.23 0.02
262_Y 87_I 0.88 0.23 0.02
384_I 250_F 0.88 0.23 0.02
320_P 306_G 0.88 0.23 0.02
154_G 53_F 0.88 0.23 0.02
297_F 314_G 0.87 0.23 0.02
368_G 80_A 0.87 0.23 0.02
194_A 21_E 0.87 0.23 0.02
268_M 186_R 0.87 0.23 0.02
251_L 221_E 0.87 0.23 0.02
276_G 266_L 0.87 0.23 0.02
258_P 96_L 0.87 0.23 0.02
412_E 217_A 0.87 0.22 0.02
333_L 22_Y 0.87 0.22 0.02
119_L 265_F 0.86 0.22 0.02
53_F 154_L 0.86 0.22 0.02
150_R 312_R 0.86 0.22 0.02
74_F 200_Y 0.86 0.22 0.02
293_Q 261_R 0.86 0.22 0.02
9_Q 224_N 0.86 0.22 0.02
74_F 259_W 0.86 0.22 0.02
122_Y 68_R 0.86 0.22 0.02
190_L 252_I 0.86 0.22 0.02
154_G 307_A 0.86 0.22 0.02
196_A 217_A 0.86 0.22 0.02
240_I 269_G 0.86 0.22 0.02
14_L 244_R 0.85 0.22 0.02
275_F 104_A 0.85 0.21 0.02
288_Y 59_L 0.85 0.21 0.02
227_G 197_L 0.85 0.21 0.02
62_S 252_I 0.85 0.21 0.02
272_L 59_L 0.85 0.21 0.02
336_H 261_R 0.85 0.21 0.02
84_A 264_E 0.85 0.21 0.02
383_G 240_G 0.85 0.21 0.02
443_N 196_V 0.85 0.21 0.02
414_M 88_G 0.85 0.21 0.02
157_Q 214_R 0.85 0.21 0.02
396_I 290_D 0.85 0.21 0.02
111_R 121_F 0.85 0.21 0.02
355_E 182_L 0.84 0.21 0.02
14_L 100_Y 0.84 0.21 0.02
112_R 17_R 0.84 0.21 0.02
123_T 43_G 0.84 0.21 0.02
46_A 17_R 0.84 0.20 0.02
300_L 300_I 0.84 0.20 0.02
383_G 124_R 0.84 0.20 0.02
407_L 49_D 0.84 0.20 0.02
157_Q 207_V 0.83 0.20 0.02
43_G 240_G 0.83 0.20 0.02
386_V 46_A 0.83 0.20 0.02
35_Q 37_Q 0.83 0.20 0.02
239_L 106_G 0.83 0.20 0.02
59_L 297_H 0.83 0.20 0.02
215_T 283_L 0.83 0.20 0.02
111_R 315_W 0.83 0.20 0.02
260_Q 82_L 0.83 0.20 0.02
236_M 133_W 0.83 0.20 0.02
96_I 82_L 0.83 0.20 0.02
256_V 18_G 0.83 0.20 0.02
331_S 283_L 0.83 0.20 0.02
5_K 315_W 0.82 0.20 0.02
250_Y 177_M 0.82 0.20 0.02
5_K 214_R 0.82 0.20 0.02
425_F 213_E 0.82 0.20 0.02
384_I 293_L 0.82 0.20 0.02
344_F 289_Y 0.82 0.20 0.02
142_V 291_I 0.82 0.20 0.02
317_I 244_R 0.82 0.20 0.02
408_E 222_Q 0.82 0.20 0.02
194_A 24_L 0.82 0.20 0.02
267_T 218_I 0.82 0.20 0.02
407_L 236_D 0.82 0.20 0.02
425_F 283_L 0.82 0.19 0.02
67_V 238_V 0.82 0.19 0.02
267_T 37_Q 0.82 0.19 0.02
198_L 266_L 0.82 0.19 0.02
341_S 265_F 0.82 0.19 0.02
161_A 108_S 0.82 0.19 0.02
46_A 208_A 0.82 0.19 0.02
413_D 265_F 0.82 0.19 0.02
117_E 298_E 0.82 0.19 0.02
152_L 197_L 0.82 0.19 0.02
46_A 180_L 0.81 0.19 0.02
401_N 59_L 0.81 0.19 0.02
427_V 49_D 0.81 0.19 0.02
304_I 62_P 0.81 0.19 0.02
106_N 33_D 0.81 0.19 0.02
321_L 136_Y 0.81 0.19 0.02
434_L 102_E 0.81 0.19 0.02
125_Y 66_V 0.81 0.19 0.02
239_L 93_S 0.81 0.19 0.02
47_L 234_G 0.81 0.19 0.02
150_R 254_I 0.81 0.19 0.02
165_L 287_L 0.81 0.19 0.02
370_V 53_F 0.81 0.19 0.02
34_T 31_V 0.81 0.19 0.02
161_A 224_N 0.81 0.19 0.02
90_N 238_V 0.81 0.19 0.02
304_I 291_I 0.81 0.19 0.02
358_R 120_L 0.81 0.19 0.02
186_V 88_G 0.81 0.19 0.02
387_K 316_T 0.81 0.19 0.02
160_Q 206_L 0.81 0.19 0.02
197_Y 298_E 0.81 0.19 0.02
376_L 287_L 0.81 0.19 0.02
416_Q 161_G 0.80 0.19 0.02
256_V 291_I 0.80 0.19 0.02
258_P 267_P 0.80 0.19 0.02
97_Y 110_E 0.80 0.19 0.02
383_G 119_D 0.80 0.19 0.02
44_F 134_R 0.80 0.18 0.02
397_P 133_W 0.80 0.18 0.02
292_D 300_I 0.80 0.18 0.02
59_L 68_R 0.80 0.18 0.02
86_D 225_R 0.80 0.18 0.02
139_M 194_E 0.80 0.18 0.02
27_D 254_I 0.80 0.18 0.02
233_D 210_Q 0.80 0.18 0.02
244_E 94_S 0.80 0.18 0.02
211_H 87_I 0.80 0.18 0.02
179_I 285_D 0.80 0.18 0.02
411_A 174_K 0.80 0.18 0.02
133_N 65_D 0.80 0.18 0.02
417_L 291_I 0.80 0.18 0.02
61_I 81_R 0.80 0.18 0.02
289_Q 304_R 0.80 0.18 0.02
390_P 120_L 0.80 0.18 0.02
269_L 284_R 0.80 0.18 0.02
116_A 254_I 0.80 0.18 0.02
14_L 107_D 0.80 0.18 0.02
30_M 295_L 0.80 0.18 0.02
379_L 95_P 0.80 0.18 0.02
431_F 257_L 0.80 0.18 0.02
195_S 219_L 0.79 0.18 0.02
123_T 69_V 0.79 0.18 0.01
17_Q 79_R 0.79 0.18 0.01
110_A 181_G 0.79 0.18 0.01
210_G 126_H 0.79 0.18 0.01
166_K 41_G 0.79 0.18 0.01
333_L 257_L 0.79 0.18 0.01
420_S 299_E 0.79 0.18 0.01
132_S 118_L 0.79 0.18 0.01
410_N 322_E 0.79 0.18 0.01
144_C 184_S 0.79 0.18 0.01
123_T 49_D 0.79 0.18 0.01
362_P 104_A 0.79 0.18 0.01
6_I 201_F 0.79 0.18 0.01
104_T 295_L 0.79 0.18 0.01
242_R 250_F 0.79 0.18 0.01
144_C 263_H 0.79 0.18 0.01
425_F 135_K 0.79 0.18 0.01
433_E 154_L 0.79 0.18 0.01
28_N 160_L 0.79 0.18 0.01
67_V 64_S 0.79 0.18 0.01
249_H 293_L 0.79 0.18 0.01
58_K 30_L 0.79 0.18 0.01
190_L 69_V 0.79 0.18 0.01
161_A 95_P 0.79 0.18 0.01
300_L 317_S 0.79 0.18 0.01
64_A 265_F 0.78 0.18 0.01
207_S 196_V 0.78 0.18 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.6236 seconds.