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OPENSEQ.org
JM
Genes: A B A+B
Length: 145 1024 1160
Sequences: 542 829 456
Seq/Len: 3.74 0.81 0.39
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.31
10 0.00 0.00 0.37
20 0.00 0.02 0.39
100 0.01 0.04 0.40
∞ 0.08 0.13 0.41
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
52_F 928_P 1.69 0.62 0.00
33_P 926_H 1.69 0.62 0.00
108_W 937_P 1.58 0.55 0.00
23_V 173_V 1.48 0.47 0.00
37_R 867_L 1.47 0.47 0.00
34_V 815_F 1.46 0.46 0.00
95_G 432_L 1.40 0.42 0.00
90_G 770_L 1.40 0.41 0.00
101_R 430_L 1.32 0.37 0.00
95_G 228_T 1.31 0.36 0.00
55_L 72_V 1.29 0.34 0.00
108_W 430_L 1.28 0.34 0.00
72_E 925_R 1.27 0.33 0.00
37_R 73_M 1.27 0.33 0.00
108_W 565_W 1.26 0.33 0.00
35_V 925_R 1.25 0.32 0.00
32_S 717_L 1.24 0.31 0.00
90_G 177_I 1.22 0.30 0.00
15_L 840_R 1.22 0.30 0.00
25_P 274_I 1.22 0.30 0.00
41_L 169_L 1.21 0.29 0.00
95_G 606_L 1.20 0.28 0.00
23_V 642_F 1.18 0.28 0.00
101_R 490_R 1.18 0.28 0.00
65_P 536_I 1.18 0.27 0.00
38_L 717_L 1.17 0.27 0.00
23_V 174_I 1.17 0.27 0.00
94_V 738_E 1.16 0.27 0.00
95_G 741_A 1.16 0.26 0.00
114_V 629_I 1.16 0.26 0.00
94_V 216_Y 1.15 0.26 0.00
32_S 926_H 1.15 0.26 0.00
33_P 906_L 1.15 0.26 0.00
106_A 168_R 1.15 0.26 0.00
39_F 869_M 1.14 0.25 0.00
33_P 966_W 1.14 0.25 0.00
108_W 320_N 1.13 0.25 0.00
131_I 693_L 1.11 0.24 0.00
75_L 307_L 1.10 0.23 0.00
90_G 469_F 1.10 0.23 0.00
72_E 490_R 1.10 0.23 0.00
109_R 601_V 1.10 0.23 0.00
126_L 642_F 1.10 0.23 0.00
54_S 606_L 1.09 0.23 0.00
17_L 65_R 1.08 0.22 0.00
66_D 538_G 1.07 0.22 0.00
96_V 55_T 1.07 0.22 0.00
37_R 502_V 1.07 0.22 0.00
29_G 317_F 1.07 0.22 0.00
34_V 270_L 1.07 0.22 0.00
74_E 274_I 1.06 0.21 0.00
48_E 539_F 1.06 0.21 0.00
15_L 473_L 1.05 0.21 0.00
29_G 723_E 1.05 0.21 0.00
67_L 627_S 1.05 0.21 0.00
39_F 931_P 1.04 0.20 0.00
36_V 29_D 1.04 0.20 0.00
83_L 1003_A 1.03 0.20 0.00
36_V 636_V 1.03 0.20 0.00
61_E 286_R 1.03 0.20 0.00
89_E 629_I 1.03 0.20 0.00
23_V 274_I 1.03 0.20 0.00
114_V 486_V 1.02 0.19 0.00
68_V 305_L 1.02 0.19 0.00
108_W 126_F 1.02 0.19 0.00
33_P 832_F 1.02 0.19 0.00
94_V 138_S 1.01 0.19 0.00
108_W 380_Q 1.01 0.19 0.00
103_L 324_L 1.01 0.19 0.00
46_A 484_T 1.01 0.19 0.00
63_L 814_P 1.01 0.19 0.00
108_W 566_V 1.01 0.19 0.00
33_P 642_F 1.01 0.19 0.00
90_G 829_R 1.00 0.18 0.00
24_N 597_W 1.00 0.18 0.00
41_L 924_Y 1.00 0.18 0.00
100_Y 854_P 1.00 0.18 0.00
25_P 489_A 1.00 0.18 0.00
66_D 78_V 0.99 0.18 0.00
38_L 303_L 0.99 0.18 0.00
43_H 540_Y 0.99 0.18 0.00
100_Y 318_S 0.99 0.18 0.00
26_D 489_A 0.98 0.18 0.00
96_V 70_N 0.98 0.18 0.00
32_S 431_M 0.98 0.18 0.00
42_K 97_R 0.98 0.18 0.00
42_K 350_A 0.98 0.18 0.00
25_P 906_L 0.98 0.18 0.00
13_L 162_F 0.98 0.17 0.00
47_F 627_S 0.97 0.17 0.00
111_V 203_L 0.97 0.17 0.00
96_V 73_M 0.97 0.17 0.00
108_W 68_P 0.97 0.17 0.00
35_V 264_R 0.97 0.17 0.00
36_V 495_S 0.97 0.17 0.00
68_V 237_L 0.97 0.17 0.00
98_A 324_L 0.97 0.17 0.00
114_V 129_F 0.96 0.17 0.00
96_V 135_R 0.96 0.17 0.00
100_Y 390_A 0.96 0.17 0.00
33_P 697_F 0.96 0.17 0.00
34_V 579_R 0.96 0.17 0.00
52_F 118_S 0.96 0.17 0.00
47_F 112_P 0.96 0.17 0.00
83_L 822_D 0.96 0.17 0.00
19_A 384_V 0.96 0.17 0.00
77_P 797_Y 0.96 0.17 0.00
116_A 997_A 0.95 0.17 0.00
90_G 700_L 0.95 0.17 0.00
36_V 992_L 0.95 0.16 0.00
100_Y 397_E 0.95 0.16 0.00
124_L 728_L 0.95 0.16 0.00
40_E 828_F 0.94 0.16 0.00
124_L 978_E 0.94 0.16 0.00
100_Y 931_P 0.94 0.16 0.00
40_E 536_I 0.94 0.16 0.00
122_V 239_E 0.94 0.16 0.00
14_D 432_L 0.94 0.16 0.00
99_A 907_D 0.93 0.16 0.00
103_L 693_L 0.93 0.16 0.00
122_V 400_L 0.93 0.16 0.00
23_V 93_A 0.93 0.16 0.00
95_G 994_G 0.93 0.16 0.00
102_D 274_I 0.93 0.16 0.00
95_G 307_L 0.93 0.15 0.00
33_P 888_F 0.93 0.15 0.00
17_L 216_Y 0.93 0.15 0.00
15_L 325_E 0.92 0.15 0.00
11_T 830_E 0.92 0.15 0.00
86_S 149_E 0.92 0.15 0.00
29_G 970_R 0.92 0.15 0.00
119_L 227_L 0.92 0.15 0.00
114_V 69_L 0.92 0.15 0.00
109_R 68_P 0.92 0.15 0.00
106_A 839_E 0.92 0.15 0.00
36_V 177_I 0.92 0.15 0.00
79_E 658_K 0.92 0.15 0.00
95_G 367_K 0.92 0.15 0.00
15_L 306_L 0.92 0.15 0.00
64_D 721_L 0.91 0.15 0.00
89_E 312_L 0.91 0.15 0.00
36_V 609_F 0.91 0.15 0.00
27_L 1001_L 0.91 0.15 0.00
100_Y 176_R 0.91 0.15 0.00
50_A 594_A 0.91 0.15 0.00
51_D 165_L 0.91 0.15 0.00
100_Y 132_Q 0.91 0.15 0.00
94_V 963_T 0.91 0.15 0.00
91_S 123_L 0.91 0.15 0.00
49_N 544_G 0.91 0.15 0.00
77_P 597_W 0.91 0.15 0.00
127_G 518_F 0.91 0.15 0.00
112_V 82_L 0.91 0.15 0.00
39_F 170_N 0.91 0.15 0.00
75_L 62_K 0.90 0.14 0.00
38_L 26_Y 0.90 0.14 0.00
33_P 277_E 0.90 0.14 0.00
43_H 972_F 0.90 0.14 0.00
100_Y 628_P 0.90 0.14 0.00
104_G 760_R 0.90 0.14 0.00
32_S 403_R 0.90 0.14 0.00
97_L 580_R 0.90 0.14 0.00
47_F 485_L 0.90 0.14 0.00
17_L 1015_L 0.90 0.14 0.00
56_Y 876_Q 0.90 0.14 0.00
96_V 87_M 0.89 0.14 0.00
100_Y 140_Q 0.89 0.14 0.00
18_S 592_D 0.89 0.14 0.00
38_L 441_G 0.89 0.14 0.00
70_S 62_K 0.89 0.14 0.00
15_L 952_M 0.89 0.14 0.00
112_V 238_D 0.89 0.14 0.00
92_R 396_L 0.89 0.14 0.00
28_N 850_V 0.89 0.14 0.00
16_A 537_P 0.89 0.14 0.00
90_G 746_K 0.89 0.14 0.00
83_L 587_Q 0.89 0.14 0.00
37_R 299_Y 0.89 0.14 0.00
108_W 968_L 0.88 0.14 0.00
25_P 199_I 0.88 0.14 0.00
131_I 249_G 0.88 0.14 0.00
98_A 1024_L 0.88 0.14 0.00
39_F 62_K 0.87 0.14 0.00
33_P 186_R 0.87 0.14 0.00
91_S 97_R 0.87 0.14 0.00
126_L 216_Y 0.87 0.14 0.00
26_D 565_W 0.87 0.14 0.00
42_K 135_R 0.87 0.13 0.00
118_E 567_L 0.87 0.13 0.00
51_D 592_D 0.87 0.13 0.00
64_D 271_S 0.87 0.13 0.00
94_V 266_I 0.87 0.13 0.00
75_L 379_Y 0.87 0.13 0.00
58_R 74_V 0.86 0.13 0.00
33_P 813_Y 0.86 0.13 0.00
108_W 431_M 0.86 0.13 0.00
66_D 738_E 0.86 0.13 0.00
1_C 490_R 0.86 0.13 0.00
36_V 684_N 0.86 0.13 0.00
92_R 213_G 0.86 0.13 0.00
67_L 158_L 0.86 0.13 0.00
11_T 42_T 0.86 0.13 0.00
34_V 970_R 0.86 0.13 0.00
96_V 709_G 0.86 0.13 0.00
66_D 67_R 0.86 0.13 0.00
90_G 169_L 0.86 0.13 0.00
39_F 614_E 0.86 0.13 0.00
11_T 432_L 0.86 0.13 0.00
34_V 302_S 0.86 0.13 0.00
95_G 773_W 0.86 0.13 0.00
91_S 233_L 0.85 0.13 0.00
126_L 670_A 0.85 0.13 0.00
32_S 887_F 0.85 0.13 0.00
96_V 408_L 0.85 0.13 0.00
97_L 169_L 0.85 0.13 0.00
31_P 181_R 0.85 0.13 0.00
104_G 996_R 0.85 0.13 0.00
47_F 540_Y 0.85 0.13 0.00
43_H 770_L 0.85 0.13 0.00
33_P 970_R 0.85 0.13 0.00
99_A 380_Q 0.85 0.13 0.00
100_Y 715_T 0.85 0.13 0.00
122_V 308_L 0.85 0.13 0.00
47_F 429_Y 0.85 0.13 0.00
73_L 60_L 0.85 0.13 0.00
24_N 589_Y 0.84 0.13 0.00
50_A 264_R 0.84 0.13 0.00
56_Y 918_D 0.84 0.13 0.00
96_V 79_E 0.84 0.13 0.00
114_V 819_S 0.84 0.12 0.00
95_G 724_L 0.84 0.12 0.00
71_E 801_L 0.84 0.12 0.00
67_L 169_L 0.84 0.12 0.00
102_D 344_R 0.84 0.12 0.00
100_Y 1024_L 0.84 0.12 0.00
68_V 148_K 0.84 0.12 0.00
68_V 14_T 0.84 0.12 0.00
77_P 964_G 0.84 0.12 0.00
94_V 816_N 0.84 0.12 0.00
52_F 193_P 0.83 0.12 0.00
95_G 442_W 0.83 0.12 0.00
90_G 840_R 0.83 0.12 0.00
107_S 536_I 0.83 0.12 0.00
73_L 826_S 0.83 0.12 0.00
94_V 853_D 0.83 0.12 0.00
13_L 1015_L 0.83 0.12 0.00
24_N 814_P 0.83 0.12 0.00
33_P 523_G 0.83 0.12 0.00
76_R 907_D 0.83 0.12 0.00
42_K 614_E 0.83 0.12 0.00
94_V 571_S 0.83 0.12 0.00
108_W 426_L 0.83 0.12 0.00
94_V 383_E 0.83 0.12 0.00
94_V 691_K 0.83 0.12 0.00
33_P 593_Y 0.82 0.12 0.00
91_S 755_A 0.82 0.12 0.00
75_L 694_Q 0.82 0.12 0.00
68_V 82_L 0.82 0.12 0.00
56_Y 833_K 0.82 0.12 0.00
17_L 381_G 0.82 0.12 0.00
83_L 939_D 0.82 0.12 0.00
51_D 832_F 0.82 0.12 0.00
96_V 46_G 0.82 0.12 0.00
114_V 552_Q 0.82 0.12 0.00
22_R 709_G 0.82 0.12 0.00
67_L 935_K 0.82 0.12 0.00
98_A 778_A 0.82 0.12 0.00
28_N 779_E 0.82 0.12 0.00
93_Y 506_L 0.82 0.12 0.00
108_W 510_A 0.82 0.12 0.00
31_P 401_L 0.82 0.12 0.00
108_W 377_G 0.82 0.12 0.00
32_S 430_L 0.81 0.12 0.00
103_L 472_L 0.81 0.12 0.00
98_A 307_L 0.81 0.12 0.00
26_D 93_A 0.81 0.12 0.00
33_P 284_D 0.81 0.12 0.00
95_G 269_L 0.81 0.12 0.00
111_V 614_E 0.81 0.12 0.00
33_P 897_V 0.81 0.12 0.00
18_S 976_Q 0.81 0.12 0.00
83_L 72_V 0.81 0.12 0.00
94_V 777_L 0.81 0.12 0.00
78_G 310_G 0.81 0.12 0.00
91_S 245_G 0.81 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
9879 0.39 JM Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9856 0.47 JM Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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