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OPENSEQ.org
ef
Genes: A B A+B
Length: 171 619 776
Sequences: 451 623 351
Seq/Len: 2.64 1.01 0.45
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.44
2 0.00 0.00 0.45
5 0.00 0.00 0.50
10 0.00 0.00 0.51
20 0.00 0.00 0.53
100 0.01 0.01 0.53
∞ 0.05 0.06 0.54
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
19_L 564_D 1.58 0.59 0.00
24_P 29_K 1.54 0.56 0.00
116_V 336_E 1.49 0.52 0.00
23_E 511_L 1.41 0.46 0.00
16_L 339_V 1.41 0.46 0.00
138_L 570_G 1.41 0.46 0.00
52_L 76_L 1.34 0.41 0.00
19_L 59_R 1.32 0.40 0.00
130_L 136_V 1.31 0.39 0.00
104_T 16_V 1.30 0.39 0.00
21_D 29_K 1.28 0.37 0.00
16_L 594_T 1.28 0.37 0.00
145_L 598_I 1.26 0.35 0.00
52_L 59_R 1.24 0.34 0.00
162_V 499_L 1.23 0.34 0.00
129_A 294_F 1.22 0.33 0.00
55_T 611_A 1.22 0.33 0.00
74_V 257_L 1.22 0.33 0.00
136_G 523_D 1.22 0.33 0.00
158_G 479_P 1.21 0.32 0.00
41_L 305_V 1.18 0.30 0.00
149_L 337_H 1.16 0.29 0.00
100_Q 491_I 1.16 0.29 0.00
116_V 339_V 1.15 0.29 0.00
149_L 264_L 1.15 0.28 0.00
72_S 89_S 1.13 0.27 0.00
114_L 185_L 1.12 0.27 0.00
72_S 442_R 1.12 0.26 0.00
153_M 290_L 1.10 0.26 0.00
45_V 115_S 1.10 0.26 0.00
100_Q 318_I 1.10 0.25 0.00
114_L 527_Q 1.10 0.25 0.00
87_S 328_I 1.10 0.25 0.00
15_L 561_L 1.10 0.25 0.00
153_M 545_L 1.09 0.25 0.00
47_R 350_E 1.09 0.25 0.00
134_I 414_S 1.09 0.25 0.00
55_T 610_K 1.09 0.25 0.00
121_A 93_V 1.08 0.24 0.00
132_F 572_G 1.07 0.24 0.00
22_D 592_S 1.05 0.23 0.00
73_V 46_V 1.04 0.22 0.00
78_L 590_I 1.04 0.22 0.00
48_D 494_L 1.03 0.22 0.00
48_D 6_L 1.03 0.22 0.00
54_N 419_V 1.03 0.21 0.00
132_F 355_T 1.02 0.21 0.00
138_L 532_G 1.02 0.21 0.00
43_A 24_A 1.02 0.21 0.00
81_L 266_N 1.02 0.21 0.00
130_L 417_S 1.01 0.21 0.00
53_L 491_I 1.01 0.21 0.00
17_D 33_R 1.01 0.21 0.00
16_L 250_Q 1.01 0.21 0.00
72_S 420_D 1.01 0.20 0.00
97_L 435_V 1.00 0.20 0.00
162_V 242_D 1.00 0.20 0.00
120_T 290_L 1.00 0.20 0.00
124_E 123_D 1.00 0.20 0.00
44_S 497_N 0.99 0.20 0.00
15_L 75_L 0.99 0.20 0.00
68_P 65_D 0.99 0.20 0.00
49_L 22_E 0.98 0.19 0.00
102_I 10_N 0.98 0.19 0.00
72_S 477_P 0.98 0.19 0.00
72_S 346_P 0.98 0.19 0.00
87_S 501_L 0.98 0.19 0.00
146_R 20_A 0.98 0.19 0.00
158_G 423_Q 0.98 0.19 0.00
103_A 471_L 0.98 0.19 0.00
92_P 353_S 0.97 0.19 0.00
158_G 18_E 0.97 0.19 0.00
154_D 246_P 0.97 0.19 0.00
99_H 540_A 0.97 0.19 0.00
100_Q 30_I 0.97 0.19 0.00
114_L 564_D 0.96 0.18 0.00
43_A 172_L 0.96 0.18 0.00
14_S 472_A 0.96 0.18 0.00
94_L 15_H 0.96 0.18 0.00
18_R 564_D 0.96 0.18 0.00
23_E 433_L 0.96 0.18 0.00
17_D 29_K 0.95 0.18 0.00
96_A 233_L 0.95 0.18 0.00
33_K 606_I 0.95 0.18 0.00
49_L 341_A 0.95 0.18 0.00
129_A 416_V 0.95 0.18 0.00
80_A 264_L 0.94 0.17 0.00
116_V 611_A 0.94 0.17 0.00
153_M 103_S 0.94 0.17 0.00
78_L 295_E 0.94 0.17 0.00
91_I 387_Y 0.94 0.17 0.00
55_T 326_D 0.93 0.17 0.00
82_A 82_H 0.93 0.17 0.00
149_L 326_D 0.93 0.17 0.00
122_P 402_R 0.93 0.17 0.00
48_D 33_R 0.93 0.17 0.00
134_I 288_L 0.92 0.17 0.00
151_T 339_V 0.92 0.17 0.00
31_P 516_R 0.92 0.17 0.00
45_V 299_Q 0.92 0.17 0.00
134_I 445_P 0.92 0.17 0.00
147_L 448_M 0.92 0.17 0.00
76_Y 325_L 0.92 0.17 0.00
48_D 29_K 0.92 0.16 0.00
49_L 16_V 0.92 0.16 0.00
82_A 470_C 0.92 0.16 0.00
132_F 543_R 0.92 0.16 0.00
80_A 402_R 0.91 0.16 0.00
132_F 471_L 0.91 0.16 0.00
149_L 351_V 0.91 0.16 0.00
95_E 495_S 0.91 0.16 0.00
136_G 83_Y 0.91 0.16 0.00
94_L 21_A 0.91 0.16 0.00
60_E 328_I 0.91 0.16 0.00
134_I 170_L 0.91 0.16 0.00
98_I 239_D 0.91 0.16 0.00
96_A 185_L 0.91 0.16 0.00
140_A 557_L 0.91 0.16 0.00
113_T 125_Q 0.90 0.16 0.00
76_Y 127_C 0.90 0.16 0.00
158_G 586_R 0.90 0.16 0.00
92_P 233_L 0.90 0.16 0.00
87_S 351_V 0.90 0.16 0.00
54_N 237_G 0.90 0.16 0.00
98_I 4_R 0.90 0.16 0.00
16_L 511_L 0.90 0.16 0.00
105_F 46_V 0.90 0.16 0.00
45_V 605_E 0.90 0.16 0.00
32_D 318_I 0.90 0.16 0.00
96_A 296_R 0.89 0.15 0.00
14_S 574_F 0.89 0.15 0.00
78_L 495_S 0.89 0.15 0.00
48_D 1_M 0.89 0.15 0.00
116_V 143_V 0.89 0.15 0.00
15_L 47_E 0.89 0.15 0.00
55_T 354_L 0.89 0.15 0.00
47_R 464_P 0.89 0.15 0.00
55_T 564_D 0.89 0.15 0.00
163_V 174_L 0.89 0.15 0.00
12_Q 572_G 0.89 0.15 0.00
53_L 72_T 0.89 0.15 0.00
109_I 320_L 0.89 0.15 0.00
128_N 386_Y 0.89 0.15 0.00
21_D 33_R 0.88 0.15 0.00
40_Q 416_V 0.88 0.15 0.00
19_L 33_R 0.88 0.15 0.00
102_I 221_G 0.88 0.15 0.00
43_A 238_F 0.88 0.15 0.00
134_I 562_E 0.88 0.15 0.00
132_F 82_H 0.88 0.15 0.00
53_L 332_D 0.88 0.15 0.00
35_V 110_L 0.88 0.15 0.00
48_D 549_G 0.88 0.15 0.00
157_S 552_V 0.88 0.15 0.00
20_T 64_L 0.87 0.15 0.00
123_G 192_L 0.87 0.15 0.00
151_T 91_T 0.87 0.15 0.00
97_L 112_R 0.87 0.15 0.00
113_T 401_R 0.87 0.15 0.00
116_V 292_V 0.87 0.15 0.00
52_L 107_G 0.87 0.15 0.00
47_R 204_L 0.87 0.14 0.00
116_V 24_A 0.86 0.14 0.00
45_V 334_V 0.86 0.14 0.00
100_Q 354_L 0.86 0.14 0.00
16_L 518_Y 0.86 0.14 0.00
105_F 599_R 0.86 0.14 0.00
81_L 61_Q 0.86 0.14 0.00
68_P 79_A 0.86 0.14 0.00
70_G 350_E 0.86 0.14 0.00
136_G 266_N 0.86 0.14 0.00
134_I 563_F 0.86 0.14 0.00
53_L 75_L 0.86 0.14 0.00
132_F 72_T 0.86 0.14 0.00
151_T 616_R 0.86 0.14 0.00
129_A 93_V 0.86 0.14 0.00
134_I 496_L 0.85 0.14 0.00
41_L 258_L 0.85 0.14 0.00
153_M 221_G 0.85 0.14 0.00
94_L 600_T 0.85 0.14 0.00
132_F 326_D 0.85 0.14 0.00
136_G 293_L 0.85 0.14 0.00
136_G 571_T 0.85 0.14 0.00
124_E 541_V 0.85 0.14 0.00
53_L 526_L 0.85 0.14 0.00
158_G 52_G 0.85 0.14 0.00
64_T 241_R 0.84 0.14 0.00
134_I 59_R 0.84 0.14 0.00
55_T 277_G 0.84 0.14 0.00
138_L 494_L 0.84 0.14 0.00
79_P 599_R 0.84 0.14 0.00
100_Q 170_L 0.84 0.13 0.00
130_L 256_R 0.84 0.13 0.00
69_A 70_T 0.84 0.13 0.00
55_T 476_R 0.84 0.13 0.00
99_H 536_V 0.84 0.13 0.00
16_L 82_H 0.84 0.13 0.00
145_L 36_L 0.83 0.13 0.00
38_L 395_V 0.83 0.13 0.00
115_R 233_L 0.83 0.13 0.00
68_P 159_L 0.83 0.13 0.00
62_D 174_L 0.83 0.13 0.00
74_V 470_C 0.83 0.13 0.00
128_N 368_F 0.83 0.13 0.00
52_L 443_D 0.83 0.13 0.00
16_L 263_A 0.83 0.13 0.00
148_L 132_T 0.83 0.13 0.00
52_L 515_L 0.83 0.13 0.00
19_L 494_L 0.83 0.13 0.00
109_I 412_S 0.83 0.13 0.00
25_G 318_I 0.83 0.13 0.00
47_R 419_V 0.83 0.13 0.00
109_I 47_E 0.83 0.13 0.00
72_S 565_E 0.83 0.13 0.00
80_A 480_S 0.83 0.13 0.00
71_T 433_L 0.83 0.13 0.00
20_T 57_T 0.83 0.13 0.00
132_F 83_Y 0.83 0.13 0.00
156_E 138_L 0.82 0.13 0.00
94_L 455_T 0.82 0.13 0.00
143_M 54_A 0.82 0.13 0.00
61_A 160_A 0.82 0.13 0.00
162_V 193_Y 0.82 0.13 0.00
55_T 78_I 0.82 0.13 0.00
119_R 186_A 0.82 0.13 0.00
94_L 27_F 0.82 0.13 0.00
21_D 544_R 0.82 0.13 0.00
105_F 464_P 0.82 0.13 0.00
128_N 61_Q 0.82 0.13 0.00
61_A 135_S 0.82 0.13 0.00
98_I 152_P 0.82 0.13 0.00
14_S 373_A 0.82 0.13 0.00
118_A 534_R 0.82 0.13 0.00
16_L 302_E 0.82 0.13 0.00
45_V 15_H 0.82 0.13 0.00
41_L 567_A 0.81 0.13 0.00
106_E 417_S 0.81 0.13 0.00
83_G 530_I 0.81 0.13 0.00
19_L 272_E 0.81 0.13 0.00
127_H 243_A 0.81 0.13 0.00
103_A 414_S 0.81 0.13 0.00
132_F 524_A 0.81 0.13 0.00
149_L 235_S 0.81 0.13 0.00
124_E 273_F 0.81 0.13 0.00
105_F 361_G 0.81 0.13 0.00
102_I 290_L 0.81 0.12 0.00
151_T 267_R 0.81 0.12 0.00
81_L 268_F 0.81 0.12 0.00
113_T 403_N 0.81 0.12 0.00
80_A 526_L 0.81 0.12 0.00
105_F 252_F 0.81 0.12 0.00
111_R 418_L 0.81 0.12 0.00
76_Y 574_F 0.81 0.12 0.00
150_Q 73_H 0.81 0.12 0.00
86_A 113_D 0.81 0.12 0.00
14_S 259_Q 0.81 0.12 0.00
56_T 264_L 0.81 0.12 0.00
43_A 295_E 0.81 0.12 0.00
48_D 58_A 0.81 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
0985 0.45 ef Δgene:(1, 1) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.00 Done
0982 0.29 ef Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.00 Done
0979 0.31 ef Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.00 Done - Shared
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