May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
rpob_rpoc_nter
Genes: A B A+B
Length: 329 713 1013
Sequences: 1807 1691 745
Seq/Len: 5.49 2.37 0.74
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.09 0.09 0.00
2 0.09 0.09 0.00
5 0.09 0.09 0.00
10 0.09 0.09 0.01
20 0.09 0.09 0.04
100 0.09 0.09 0.71
∞ 0.09 0.09 1.03
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
266_S 553_T 1.43 0.63 0.00
289_L 28_L 1.40 0.60 0.00
205_M 206_A 1.31 0.53 0.00
305_D 99_K 1.31 0.53 0.00
46_I 693_L 1.29 0.51 0.00
278_I 650_V 1.29 0.51 0.00
303_I 553_T 1.28 0.50 0.00
81_I 435_I 1.23 0.46 0.00
176_C 28_L 1.22 0.45 0.00
130_I 214_N 1.19 0.43 0.00
293_P 155_V 1.17 0.41 0.00
131_C 498_I 1.16 0.40 0.00
77_D 142_E 1.15 0.39 0.00
69_S 91_T 1.15 0.39 0.00
206_E 518_N 1.13 0.38 0.00
88_L 704_M 1.09 0.35 0.00
123_I 361_S 1.09 0.34 0.00
280_D 425_I 1.07 0.33 0.00
108_G 200_R 1.07 0.33 0.00
314_L 98_V 1.07 0.33 0.00
244_E 429_M 1.06 0.32 0.00
257_V 476_K 1.06 0.32 0.00
72_E 49_L 1.06 0.32 0.00
246_K 666_S 1.05 0.32 0.00
250_D 475_V 1.05 0.32 0.00
61_I 96_L 1.04 0.30 0.00
146_V 602_E 1.03 0.30 0.00
130_I 662_S 1.03 0.30 0.00
131_C 100_L 1.03 0.30 0.00
305_D 581_T 1.02 0.29 0.00
171_L 616_I 1.02 0.29 0.00
108_G 145_I 1.01 0.29 0.00
182_R 576_S 1.01 0.29 0.00
100_L 132_D 1.01 0.28 0.00
303_I 162_G 1.00 0.28 0.00
88_L 578_Y 1.00 0.28 0.00
39_L 75_L 1.00 0.28 0.00
314_L 501_A 0.99 0.28 0.00
303_I 35_F 0.99 0.27 0.00
25_K 708_V 0.99 0.27 0.00
59_V 91_T 0.99 0.27 0.00
227_Q 408_S 0.98 0.27 0.00
213_P 91_T 0.98 0.27 0.00
134_T 24_V 0.98 0.27 0.00
53_G 451_R 0.98 0.27 0.00
300_L 102_L 0.98 0.26 0.00
182_R 429_M 0.98 0.26 0.00
110_V 379_E 0.98 0.26 0.00
263_T 692_T 0.97 0.26 0.00
110_V 220_I 0.97 0.26 0.00
69_S 518_N 0.97 0.26 0.00
85_L 200_R 0.97 0.26 0.00
116_T 476_K 0.97 0.26 0.00
85_L 666_S 0.97 0.26 0.00
137_N 387_N 0.97 0.26 0.00
171_L 459_M 0.96 0.26 0.00
156_S 476_K 0.96 0.25 0.00
114_D 627_G 0.96 0.25 0.00
29_E 699_L 0.95 0.25 0.00
181_E 683_A 0.95 0.25 0.00
68_Y 692_T 0.95 0.25 0.00
140_I 483_D 0.95 0.24 0.00
280_D 78_P 0.95 0.24 0.00
282_V 699_L 0.94 0.24 0.00
146_V 412_E 0.93 0.23 0.00
56_V 172_Y 0.92 0.23 0.00
233_D 673_H 0.92 0.23 0.00
227_Q 185_D 0.92 0.23 0.00
131_C 363_L 0.92 0.23 0.00
71_K 704_M 0.92 0.23 0.00
132_H 145_I 0.92 0.23 0.00
63_G 203_K 0.92 0.22 0.00
282_V 172_Y 0.91 0.22 0.00
134_T 487_L 0.91 0.22 0.00
35_F 453_I 0.91 0.22 0.00
315_G 150_H 0.91 0.22 0.00
31_L 466_V 0.91 0.22 0.00
171_L 591_Y 0.91 0.22 0.00
82_L 408_S 0.90 0.22 0.00
197_D 662_S 0.90 0.22 0.00
280_D 346_Y 0.90 0.21 0.00
169_G 85_C 0.90 0.21 0.00
123_I 426_I 0.90 0.21 0.00
252_I 137_V 0.89 0.21 0.00
171_L 435_I 0.89 0.21 0.00
177_Y 97_R 0.89 0.21 0.00
271_K 463_Q 0.89 0.21 0.00
298_K 503_K 0.89 0.21 0.00
198_L 530_I 0.88 0.21 0.00
272_A 28_L 0.88 0.21 0.00
200_K 96_L 0.88 0.21 0.00
210_T 137_V 0.88 0.20 0.00
180_V 630_V 0.88 0.20 0.00
133_L 539_T 0.88 0.20 0.00
171_L 85_C 0.88 0.20 0.00
180_V 109_A 0.88 0.20 0.00
24_A 73_Y 0.88 0.20 0.00
72_E 429_M 0.88 0.20 0.00
220_A 579_A 0.88 0.20 0.00
283_Q 650_V 0.88 0.20 0.00
245_E 236_K 0.88 0.20 0.00
211_I 87_I 0.88 0.20 0.00
78_I 652_Y 0.88 0.20 0.00
39_L 589_T 0.87 0.20 0.00
256_P 673_H 0.87 0.20 0.00
214_E 545_F 0.87 0.20 0.00
115_I 581_T 0.87 0.20 0.00
147_Q 132_D 0.87 0.20 0.00
263_T 479_L 0.86 0.20 0.00
211_I 60_Q 0.86 0.20 0.00
130_I 92_Y 0.86 0.19 0.00
299_S 514_F 0.86 0.19 0.00
39_L 582_N 0.86 0.19 0.00
90_V 209_I 0.86 0.19 0.00
209_G 389_F 0.86 0.19 0.00
91_R 668_I 0.86 0.19 0.00
138_A 647_R 0.86 0.19 0.00
311_G 673_H 0.86 0.19 0.00
50_S 569_I 0.85 0.19 0.00
31_L 383_S 0.85 0.19 0.00
205_M 459_M 0.85 0.19 0.00
298_K 135_T 0.85 0.19 0.00
295_L 405_F 0.85 0.19 0.00
303_I 205_P 0.85 0.19 0.00
182_R 8_K 0.85 0.19 0.00
231_F 579_A 0.85 0.19 0.00
278_I 616_I 0.85 0.19 0.00
85_L 33_D 0.85 0.19 0.00
124_V 61_S 0.85 0.19 0.00
90_V 624_D 0.85 0.19 0.00
291_K 365_E 0.84 0.18 0.00
226_E 172_Y 0.84 0.18 0.00
300_L 73_Y 0.84 0.18 0.00
142_M 595_T 0.84 0.18 0.00
220_A 663_V 0.84 0.18 0.00
220_A 394_R 0.84 0.18 0.00
121_V 196_V 0.83 0.18 0.00
111_T 360_L 0.83 0.18 0.00
205_M 86_Q 0.83 0.18 0.00
124_V 587_L 0.83 0.18 0.00
239_Q 576_S 0.83 0.18 0.00
148_R 615_V 0.83 0.18 0.00
293_P 394_R 0.83 0.18 0.00
233_D 176_I 0.83 0.18 0.00
184_A 60_Q 0.83 0.18 0.00
271_K 711_D 0.83 0.18 0.00
221_A 375_P 0.83 0.18 0.00
208_N 195_F 0.83 0.18 0.00
284_R 693_L 0.82 0.17 0.00
115_I 210_L 0.82 0.17 0.00
310_R 530_I 0.82 0.17 0.00
285_T 695_A 0.82 0.17 0.00
28_L 26_Y 0.82 0.17 0.00
272_A 156_F 0.82 0.17 0.00
35_F 47_Y 0.82 0.17 0.00
35_F 663_V 0.82 0.17 0.00
180_V 63_S 0.82 0.17 0.00
303_I 57_F 0.82 0.17 0.00
227_Q 393_D 0.82 0.17 0.00
59_V 580_Q 0.82 0.17 0.00
134_T 145_I 0.81 0.17 0.00
301_T 490_Q 0.81 0.17 0.00
198_L 471_V 0.81 0.17 0.00
187_V 137_V 0.81 0.17 0.00
130_I 579_A 0.81 0.17 0.00
299_S 711_D 0.81 0.17 0.00
236_D 479_L 0.81 0.17 0.00
148_R 704_M 0.81 0.17 0.00
208_N 713_G 0.81 0.17 0.00
188_E 220_I 0.81 0.17 0.00
172_L 29_S 0.81 0.17 0.00
69_S 507_G 0.81 0.17 0.00
89_A 98_V 0.81 0.17 0.00
118_D 666_S 0.81 0.17 0.00
309_S 604_H 0.81 0.17 0.00
228_L 666_S 0.81 0.17 0.00
288_E 440_G 0.80 0.17 0.00
175_A 433_I 0.80 0.17 0.00
68_Y 473_R 0.80 0.17 0.00
146_V 610_E 0.80 0.17 0.00
61_I 652_Y 0.80 0.16 0.00
70_T 392_E 0.80 0.16 0.00
229_E 483_D 0.80 0.16 0.00
156_S 65_N 0.80 0.16 0.00
60_E 204_L 0.80 0.16 0.00
148_R 673_H 0.80 0.16 0.00
39_L 689_A 0.80 0.16 0.00
246_K 589_T 0.80 0.16 0.00
102_L 502_V 0.80 0.16 0.00
215_E 464_F 0.80 0.16 0.00
171_L 569_I 0.80 0.16 0.00
74_V 668_I 0.80 0.16 0.00
301_T 156_F 0.80 0.16 0.00
114_D 145_I 0.80 0.16 0.00
311_G 399_A 0.79 0.16 0.00
144_I 184_L 0.79 0.16 0.00
205_M 349_E 0.79 0.16 0.00
204_E 577_V 0.79 0.16 0.00
232_V 135_T 0.79 0.16 0.00
182_R 11_I 0.79 0.16 0.00
264_V 199_D 0.79 0.16 0.00
120_D 660_V 0.79 0.16 0.00
300_L 68_L 0.79 0.16 0.00
89_A 366_I 0.79 0.16 0.00
24_A 44_E 0.79 0.16 0.00
297_K 580_Q 0.78 0.16 0.00
123_I 476_K 0.78 0.16 0.00
89_A 683_A 0.78 0.15 0.00
149_G 458_E 0.78 0.15 0.00
26_V 576_S 0.78 0.15 0.00
167_P 553_T 0.78 0.15 0.00
193_E 28_L 0.78 0.15 0.00
120_D 658_Q 0.78 0.15 0.00
146_V 363_L 0.78 0.15 0.00
291_K 508_S 0.78 0.15 0.00
85_L 196_V 0.78 0.15 0.00
252_I 587_L 0.78 0.15 0.00
33_R 145_I 0.77 0.15 0.00
120_D 119_E 0.77 0.15 0.00
203_I 602_E 0.77 0.15 0.00
315_G 496_K 0.77 0.15 0.00
156_S 652_Y 0.77 0.15 0.00
125_K 665_A 0.77 0.15 0.00
57_T 651_D 0.77 0.15 0.00
177_Y 53_F 0.77 0.15 0.00
128_H 147_S 0.77 0.15 0.00
185_Y 407_R 0.77 0.15 0.00
50_S 654_D 0.77 0.15 0.00
113_A 302_I 0.77 0.15 0.00
257_V 481_L 0.76 0.15 0.00
56_V 16_G 0.76 0.15 0.00
313_S 656_S 0.76 0.15 0.00
146_V 583_E 0.76 0.15 0.00
282_V 123_Y 0.76 0.15 0.00
295_L 547_V 0.76 0.15 0.00
304_K 200_R 0.76 0.15 0.00
203_I 650_V 0.76 0.15 0.00
80_E 612_G 0.76 0.15 0.00
233_D 485_D 0.76 0.14 0.00
253_L 53_F 0.76 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.3532 seconds.