May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
K-M
Genes: A B A+B
Length: 447 484 904
Sequences: 167 250 184
Seq/Len: 0.37 0.52 0.2
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.19
5 0.01 0.00 0.20
10 0.01 0.00 0.20
20 0.01 0.00 0.20
100 0.01 0.00 0.20
∞ 0.01 0.00 0.20
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
367_S 395_P 1.74 0.46 0.00
186_I 52_K 1.67 0.41 0.00
222_V 358_T 1.40 0.27 0.00
191_L 461_I 1.38 0.26 0.00
28_V 27_S 1.36 0.25 0.00
222_V 48_E 1.35 0.25 0.00
367_S 477_A 1.33 0.24 0.00
418_H 173_A 1.33 0.24 0.00
161_P 333_G 1.30 0.23 0.00
367_S 202_A 1.30 0.22 0.00
28_V 320_A 1.29 0.22 0.00
78_K 105_T 1.26 0.21 0.00
313_Y 21_S 1.26 0.21 0.00
10_V 262_V 1.26 0.21 0.00
248_H 230_L 1.26 0.21 0.00
205_K 484_Q 1.25 0.20 0.00
214_F 105_T 1.25 0.20 0.00
268_C 304_M 1.22 0.19 0.00
28_V 182_V 1.22 0.19 0.00
377_N 366_K 1.20 0.18 0.00
84_V 366_K 1.19 0.18 0.00
253_D 57_S 1.18 0.18 0.00
259_V 115_I 1.18 0.18 0.00
367_S 355_I 1.17 0.17 0.00
378_A 404_I 1.16 0.17 0.00
78_K 466_V 1.16 0.17 0.00
328_M 360_T 1.16 0.17 0.00
272_T 298_T 1.16 0.17 0.00
71_R 342_K 1.16 0.17 0.00
260_T 228_V 1.16 0.17 0.00
28_V 298_T 1.15 0.17 0.00
226_T 318_S 1.14 0.17 0.00
236_S 438_K 1.13 0.16 0.00
164_Y 301_A 1.13 0.16 0.00
358_G 290_V 1.13 0.16 0.00
259_V 118_Y 1.12 0.16 0.00
337_D 108_G 1.12 0.16 0.00
399_V 385_I 1.12 0.16 0.00
106_G 277_G 1.12 0.16 0.00
370_T 54_Q 1.11 0.15 0.00
93_T 329_A 1.11 0.15 0.00
399_V 312_V 1.11 0.15 0.00
251_Y 364_G 1.10 0.15 0.00
367_S 223_K 1.10 0.15 0.00
328_M 444_K 1.09 0.15 0.00
174_L 424_M 1.09 0.15 0.00
117_E 10_M 1.08 0.15 0.00
191_L 52_K 1.08 0.15 0.00
213_D 119_K 1.08 0.15 0.00
352_Y 476_T 1.08 0.14 0.00
399_V 172_A 1.07 0.14 0.00
308_L 440_N 1.07 0.14 0.00
321_K 298_T 1.07 0.14 0.00
385_M 57_S 1.06 0.14 0.00
363_A 122_I 1.06 0.14 0.00
328_M 29_L 1.06 0.14 0.00
410_F 183_K 1.06 0.14 0.00
324_R 404_I 1.05 0.14 0.00
68_S 326_K 1.05 0.14 0.00
236_S 366_K 1.05 0.14 0.00
250_A 444_K 1.05 0.14 0.00
23_Y 21_S 1.05 0.14 0.00
298_A 90_D 1.05 0.14 0.00
253_D 259_A 1.04 0.13 0.00
221_N 232_R 1.04 0.13 0.00
236_S 238_K 1.04 0.13 0.00
106_G 139_V 1.03 0.13 0.00
349_A 226_G 1.03 0.13 0.00
396_R 169_I 1.03 0.13 0.00
222_V 300_S 1.03 0.13 0.00
149_K 163_F 1.03 0.13 0.00
367_S 54_Q 1.03 0.13 0.00
384_T 103_G 1.03 0.13 0.00
337_D 249_V 1.02 0.13 0.00
191_L 437_N 1.02 0.13 0.00
155_R 63_Y 1.02 0.13 0.00
153_L 163_F 1.02 0.13 0.00
222_V 442_Q 1.02 0.13 0.00
340_A 295_N 1.02 0.13 0.00
14_G 373_F 1.02 0.13 0.00
248_H 374_R 1.02 0.13 0.00
171_S 397_S 1.01 0.13 0.00
386_N 158_Y 1.01 0.13 0.00
329_A 318_S 1.01 0.13 0.00
65_I 178_W 1.01 0.13 0.00
272_T 102_D 1.01 0.13 0.00
193_F 271_F 1.01 0.13 0.00
198_M 338_G 1.01 0.12 0.00
222_V 283_K 1.01 0.12 0.00
86_L 211_V 1.01 0.12 0.00
85_R 284_F 1.00 0.12 0.00
118_P 463_T 1.00 0.12 0.00
356_G 483_I 1.00 0.12 0.00
28_V 358_T 1.00 0.12 0.00
93_T 299_I 1.00 0.12 0.00
421_A 391_V 0.99 0.12 0.00
361_N 6_A 0.99 0.12 0.00
193_F 14_F 0.99 0.12 0.00
37_K 333_G 0.99 0.12 0.00
191_L 55_A 0.98 0.12 0.00
149_K 465_L 0.98 0.12 0.00
97_S 67_L 0.98 0.12 0.00
272_T 63_Y 0.98 0.12 0.00
351_S 24_T 0.98 0.12 0.00
236_S 475_R 0.98 0.12 0.00
236_S 253_A 0.98 0.12 0.00
114_N 322_V 0.98 0.12 0.00
84_V 293_R 0.98 0.12 0.00
222_V 415_V 0.98 0.12 0.00
202_A 337_A 0.97 0.12 0.00
71_R 22_V 0.97 0.12 0.00
49_P 404_I 0.97 0.12 0.00
148_N 235_E 0.97 0.12 0.00
63_T 108_G 0.97 0.12 0.00
410_F 117_K 0.97 0.12 0.00
78_K 357_V 0.97 0.12 0.00
322_S 215_K 0.97 0.12 0.00
260_T 344_N 0.96 0.11 0.00
260_T 209_A 0.96 0.11 0.00
33_F 478_P 0.96 0.11 0.00
32_S 36_A 0.96 0.11 0.00
231_K 386_R 0.96 0.11 0.00
270_W 317_V 0.95 0.11 0.00
358_G 299_I 0.95 0.11 0.00
260_T 480_I 0.95 0.11 0.00
51_R 372_T 0.95 0.11 0.00
279_I 290_V 0.95 0.11 0.00
251_Y 419_V 0.95 0.11 0.00
378_A 185_T 0.95 0.11 0.00
253_D 101_G 0.95 0.11 0.00
222_V 156_E 0.95 0.11 0.00
76_W 105_T 0.95 0.11 0.00
434_Q 309_R 0.95 0.11 0.00
222_V 74_G 0.95 0.11 0.00
189_N 418_D 0.94 0.11 0.00
171_S 459_S 0.94 0.11 0.00
221_N 29_L 0.94 0.11 0.00
398_V 363_N 0.94 0.11 0.00
148_N 231_G 0.94 0.11 0.00
260_T 124_A 0.94 0.11 0.00
149_K 440_N 0.94 0.11 0.00
98_T 187_A 0.94 0.11 0.00
281_S 420_V 0.94 0.11 0.00
400_R 260_G 0.94 0.11 0.00
399_V 175_L 0.94 0.11 0.00
78_K 322_V 0.94 0.11 0.00
96_K 465_L 0.94 0.11 0.00
370_T 277_G 0.94 0.11 0.00
274_N 378_I 0.94 0.11 0.00
309_E 161_Y 0.94 0.11 0.00
360_Y 216_N 0.93 0.11 0.00
98_T 471_Y 0.93 0.11 0.00
32_S 178_W 0.93 0.11 0.00
250_A 265_Q 0.93 0.11 0.00
134_S 396_K 0.93 0.11 0.00
27_L 317_V 0.93 0.11 0.00
316_G 251_G 0.93 0.11 0.00
363_A 395_P 0.93 0.11 0.00
407_V 317_V 0.93 0.11 0.00
111_Y 61_Y 0.93 0.11 0.00
385_M 259_A 0.93 0.11 0.00
396_R 351_T 0.93 0.11 0.00
399_V 352_E 0.93 0.11 0.00
17_W 32_L 0.93 0.11 0.00
28_V 160_A 0.93 0.11 0.00
435_D 193_A 0.93 0.10 0.00
425_R 260_G 0.92 0.10 0.00
422_D 242_F 0.92 0.10 0.00
437_M 286_G 0.92 0.10 0.00
82_M 404_I 0.92 0.10 0.00
27_L 329_A 0.92 0.10 0.00
399_V 187_A 0.92 0.10 0.00
360_Y 355_I 0.92 0.10 0.00
437_M 333_G 0.92 0.10 0.00
251_Y 67_L 0.92 0.10 0.00
230_I 382_T 0.92 0.10 0.00
351_S 105_T 0.92 0.10 0.00
111_Y 10_M 0.92 0.10 0.00
220_V 357_V 0.92 0.10 0.00
193_F 17_A 0.92 0.10 0.00
208_V 359_G 0.92 0.10 0.00
145_R 456_V 0.91 0.10 0.00
220_V 244_G 0.91 0.10 0.00
410_F 202_A 0.91 0.10 0.00
148_N 301_A 0.91 0.10 0.00
367_S 77_V 0.91 0.10 0.00
250_A 224_V 0.91 0.10 0.00
351_S 453_G 0.91 0.10 0.00
308_L 126_L 0.91 0.10 0.00
144_G 45_K 0.91 0.10 0.00
111_Y 170_A 0.91 0.10 0.00
221_N 53_V 0.91 0.10 0.00
298_A 440_N 0.91 0.10 0.00
408_A 276_D 0.91 0.10 0.00
226_T 231_G 0.91 0.10 0.00
328_M 400_E 0.91 0.10 0.00
289_V 461_I 0.91 0.10 0.00
236_S 367_V 0.91 0.10 0.00
360_Y 65_G 0.91 0.10 0.00
337_D 329_A 0.91 0.10 0.00
197_W 281_P 0.91 0.10 0.00
192_K 216_N 0.91 0.10 0.00
187_D 419_V 0.91 0.10 0.00
259_V 75_F 0.91 0.10 0.00
399_V 163_F 0.91 0.10 0.00
155_R 291_V 0.91 0.10 0.00
411_L 375_I 0.91 0.10 0.00
408_A 138_E 0.90 0.10 0.00
259_V 169_I 0.90 0.10 0.00
172_M 412_D 0.90 0.10 0.00
62_E 2_E 0.90 0.10 0.00
374_Y 301_A 0.90 0.10 0.00
97_S 116_E 0.90 0.10 0.00
374_Y 22_V 0.90 0.10 0.00
234_A 363_N 0.90 0.10 0.00
360_Y 260_G 0.90 0.10 0.00
107_S 443_C 0.90 0.10 0.00
384_T 391_V 0.90 0.10 0.00
65_I 12_E 0.89 0.10 0.00
193_F 295_N 0.89 0.10 0.00
316_G 102_D 0.89 0.10 0.00
352_Y 61_Y 0.89 0.10 0.00
226_T 210_I 0.89 0.10 0.00
436_Y 10_M 0.89 0.10 0.00
171_S 410_D 0.89 0.10 0.00
420_Y 135_I 0.89 0.10 0.00
370_T 396_K 0.89 0.10 0.00
222_V 474_P 0.89 0.10 0.00
14_G 295_N 0.89 0.10 0.00
194_R 61_Y 0.89 0.10 0.00
407_V 1_K 0.89 0.10 0.00
148_N 291_V 0.89 0.10 0.00
407_V 32_L 0.89 0.10 0.00
281_S 448_A 0.88 0.10 0.00
86_L 179_Q 0.88 0.10 0.00
272_T 118_Y 0.88 0.10 0.00
352_Y 343_Y 0.88 0.10 0.00
354_Q 292_P 0.88 0.10 0.00
329_A 316_S 0.88 0.10 0.00
327_F 414_E 0.88 0.10 0.00
322_S 404_I 0.88 0.10 0.00
221_N 106_K 0.88 0.10 0.00
292_F 394_G 0.88 0.09 0.00
350_K 180_N 0.88 0.09 0.00
183_L 122_I 0.88 0.09 0.00
370_T 115_I 0.88 0.09 0.00
292_F 420_V 0.87 0.09 0.00
150_K 341_G 0.87 0.09 0.00
222_V 184_K 0.87 0.09 0.00
367_S 126_L 0.87 0.09 0.00
199_D 426_I 0.87 0.09 0.00
153_L 25_N 0.87 0.09 0.00
337_D 327_I 0.87 0.09 0.00
189_N 182_V 0.87 0.09 0.00
57_S 250_N 0.87 0.09 0.00
388_N 115_I 0.87 0.09 0.00
35_M 373_F 0.87 0.09 0.00
169_M 446_V 0.87 0.09 0.00
222_V 137_S 0.87 0.09 0.00
398_V 230_L 0.87 0.09 0.00
352_Y 483_I 0.87 0.09 0.00
165_Y 329_A 0.87 0.09 0.00
128_M 347_P 0.87 0.09 0.00
158_K 71_A 0.87 0.09 0.00
239_E 304_M 0.87 0.09 0.00
28_V 416_G 0.86 0.09 0.00
228_V 336_S 0.86 0.09 0.00
398_V 275_E 0.86 0.09 0.00
113_F 74_G 0.86 0.09 0.00
260_T 116_E 0.86 0.09 0.00
58_F 381_P 0.86 0.09 0.00
111_Y 386_R 0.86 0.09 0.00
239_E 400_E 0.86 0.09 0.00
253_D 296_S 0.86 0.09 0.00
220_V 141_K 0.86 0.09 0.00
253_D 41_G 0.86 0.09 0.00
414_S 274_L 0.86 0.09 0.00
57_S 230_L 0.86 0.09 0.00
412_Q 6_A 0.86 0.09 0.00
6_K 152_E 0.86 0.09 0.00
82_M 458_I 0.86 0.09 0.00
281_S 417_L 0.86 0.09 0.00
230_I 461_I 0.86 0.09 0.00
26_T 418_D 0.86 0.09 0.00
335_R 262_V 0.86 0.09 0.00
171_S 338_G 0.86 0.09 0.00
306_G 303_K 0.86 0.09 0.00
239_E 190_Y 0.86 0.09 0.00
83_R 211_V 0.86 0.09 0.00
237_Y 453_G 0.86 0.09 0.00
83_R 269_G 0.86 0.09 0.00
360_Y 155_K 0.86 0.09 0.00
205_K 370_K 0.86 0.09 0.00
259_V 63_Y 0.86 0.09 0.00
170_D 96_D 0.86 0.09 0.00
173_Y 115_I 0.85 0.09 0.00
321_K 381_P 0.85 0.09 0.00
237_Y 210_I 0.85 0.09 0.00
227_T 364_G 0.85 0.09 0.00
107_S 471_Y 0.85 0.09 0.00
324_R 33_D 0.85 0.09 0.00
422_D 411_F 0.85 0.09 0.00
186_I 135_I 0.85 0.09 0.00
33_F 178_W 0.85 0.09 0.00
421_A 286_G 0.85 0.09 0.00
259_V 254_V 0.85 0.09 0.00
367_S 218_Y 0.85 0.09 0.00
38_S 114_K 0.85 0.09 0.00
183_L 202_A 0.85 0.09 0.00
30_G 173_A 0.85 0.09 0.00
155_R 457_T 0.84 0.09 0.00
367_S 266_D 0.84 0.09 0.00
378_A 421_G 0.84 0.09 0.00
367_S 101_G 0.84 0.09 0.00
85_R 234_D 0.84 0.09 0.00
363_A 158_Y 0.84 0.09 0.00
86_L 61_Y 0.84 0.09 0.00
220_V 243_Q 0.84 0.09 0.00
149_K 431_T 0.84 0.09 0.00
251_Y 423_N 0.84 0.09 0.00
420_Y 294_P 0.84 0.09 0.00
186_I 437_N 0.84 0.09 0.00
12_V 102_D 0.84 0.09 0.00
329_A 301_A 0.84 0.09 0.00
332_K 314_P 0.84 0.09 0.00
18_H 382_T 0.84 0.09 0.00
324_R 52_K 0.84 0.09 0.00
337_D 395_P 0.84 0.09 0.00
226_T 301_A 0.84 0.09 0.00
129_Y 135_I 0.84 0.09 0.00
84_V 272_T 0.84 0.09 0.00
93_T 316_S 0.84 0.09 0.00
193_F 237_T 0.84 0.09 0.00
164_Y 87_E 0.84 0.09 0.00
422_D 450_A 0.83 0.09 0.00
185_T 326_K 0.83 0.09 0.00
149_K 92_G 0.83 0.09 0.00
126_K 340_P 0.83 0.09 0.00
130_D 149_K 0.83 0.09 0.00
260_T 193_A 0.83 0.09 0.00
76_W 104_Y 0.83 0.09 0.00
113_F 371_K 0.83 0.09 0.00
309_E 107_K 0.83 0.09 0.00
196_S 188_D 0.83 0.09 0.00
220_V 235_E 0.83 0.09 0.00
174_L 456_V 0.83 0.09 0.00
322_S 343_Y 0.83 0.09 0.00
37_K 90_D 0.83 0.09 0.00
35_M 318_S 0.83 0.09 0.00
260_T 245_P 0.83 0.09 0.00
316_G 461_I 0.83 0.09 0.00
58_F 163_F 0.83 0.09 0.00
260_T 452_K 0.83 0.09 0.00
358_G 205_S 0.83 0.09 0.00
371_D 135_I 0.83 0.09 0.00
76_W 398_N 0.83 0.09 0.00
410_F 34_Q 0.83 0.09 0.00
130_D 445_S 0.83 0.09 0.00
164_Y 162_H 0.83 0.09 0.00
222_V 127_G 0.83 0.09 0.00
410_F 12_E 0.83 0.09 0.00
118_P 44_A 0.83 0.09 0.00
239_E 329_A 0.83 0.09 0.00
111_Y 67_L 0.83 0.09 0.00
367_S 30_T 0.83 0.09 0.00
147_L 262_V 0.83 0.09 0.00
253_D 236_N 0.83 0.09 0.00
90_A 364_G 0.82 0.08 0.00
249_K 104_Y 0.82 0.08 0.00
78_K 262_V 0.82 0.08 0.00
191_L 182_V 0.82 0.08 0.00
78_K 479_V 0.82 0.08 0.00
352_Y 409_L 0.82 0.08 0.00
171_S 211_V 0.82 0.08 0.00
396_R 65_G 0.82 0.08 0.00
353_E 256_S 0.82 0.08 0.00
422_D 251_G 0.82 0.08 0.00
296_T 188_D 0.82 0.08 0.00
292_F 282_L 0.82 0.08 0.00
66_T 90_D 0.82 0.08 0.00
97_S 439_M 0.82 0.08 0.00
150_K 176_S 0.82 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2287 seconds.