May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
K-N
Genes: A B A+B
Length: 447 303 688
Sequences: 167 209 166
Seq/Len: 0.37 0.69 0.24
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.96
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.03 0.01
2 0.00 0.03 0.01
5 0.01 0.03 0.22
10 0.01 0.03 0.22
20 0.01 0.03 0.22
100 0.01 0.03 0.22
∞ 0.01 0.04 0.22
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
85_R 245_S 1.81 0.55 0.00
260_T 44_I 1.59 0.41 0.00
183_L 271_I 1.58 0.41 0.00
367_S 56_F 1.58 0.41 0.00
191_L 167_L 1.54 0.39 0.00
226_T 33_D 1.53 0.38 0.00
367_S 290_K 1.51 0.37 0.00
171_S 172_V 1.50 0.36 0.00
378_A 37_G 1.48 0.35 0.00
202_A 162_I 1.44 0.33 0.00
335_R 297_E 1.42 0.32 0.00
325_G 55_Y 1.42 0.31 0.00
259_V 303_Y 1.41 0.31 0.00
250_A 260_Y 1.41 0.31 0.00
410_F 40_T 1.39 0.30 0.00
97_S 178_K 1.37 0.29 0.00
378_A 188_S 1.36 0.29 0.00
270_W 199_P 1.35 0.28 0.00
268_C 222_F 1.34 0.27 0.00
367_S 288_R 1.32 0.27 0.00
193_F 175_Y 1.32 0.26 0.00
386_N 81_G 1.31 0.26 0.00
191_L 10_L 1.31 0.26 0.00
236_S 248_Q 1.29 0.25 0.00
54_T 288_R 1.27 0.24 0.00
107_S 36_M 1.27 0.24 0.00
367_S 99_K 1.27 0.24 0.00
370_T 61_A 1.27 0.24 0.00
202_A 267_G 1.26 0.23 0.00
32_S 30_D 1.24 0.23 0.00
296_T 245_S 1.24 0.23 0.00
68_S 49_K 1.22 0.22 0.00
222_V 56_F 1.21 0.21 0.00
33_F 255_F 1.21 0.21 0.00
309_E 25_A 1.20 0.21 0.00
148_N 96_K 1.20 0.21 0.00
199_D 173_T 1.19 0.21 0.00
153_L 241_A 1.19 0.20 0.00
292_F 224_N 1.19 0.20 0.00
222_V 22_K 1.19 0.20 0.00
53_V 83_I 1.18 0.20 0.00
438_G 32_R 1.17 0.20 0.00
174_L 178_K 1.17 0.20 0.00
28_V 271_I 1.16 0.19 0.00
421_A 62_N 1.16 0.19 0.00
248_H 226_R 1.16 0.19 0.00
310_S 288_R 1.16 0.19 0.00
352_Y 34_I 1.15 0.19 0.00
28_V 302_N 1.15 0.19 0.00
106_G 224_N 1.14 0.18 0.00
60_M 261_K 1.14 0.18 0.00
82_M 241_A 1.14 0.18 0.00
82_M 257_A 1.13 0.18 0.00
248_H 181_W 1.12 0.18 0.00
296_T 88_A 1.12 0.18 0.00
423_S 267_G 1.12 0.18 0.00
28_V 78_I 1.12 0.18 0.00
129_Y 207_M 1.11 0.17 0.00
57_S 35_L 1.11 0.17 0.00
393_N 224_N 1.11 0.17 0.00
381_Y 221_F 1.10 0.17 0.00
82_M 221_F 1.10 0.17 0.00
207_K 99_K 1.10 0.17 0.00
260_T 76_K 1.10 0.17 0.00
179_S 279_A 1.10 0.17 0.00
385_M 45_D 1.09 0.17 0.00
240_P 226_R 1.09 0.17 0.00
191_L 45_D 1.09 0.17 0.00
251_Y 19_D 1.08 0.17 0.00
62_E 178_K 1.08 0.16 0.00
148_N 175_Y 1.08 0.16 0.00
186_I 216_E 1.08 0.16 0.00
312_T 300_M 1.08 0.16 0.00
201_Q 234_A 1.08 0.16 0.00
407_V 296_F 1.08 0.16 0.00
357_Y 226_R 1.08 0.16 0.00
83_R 55_Y 1.07 0.16 0.00
57_S 247_D 1.07 0.16 0.00
96_K 207_M 1.07 0.16 0.00
379_Y 299_D 1.06 0.16 0.00
278_Y 20_N 1.06 0.16 0.00
251_Y 20_N 1.06 0.16 0.00
377_N 245_S 1.05 0.15 0.00
85_R 55_Y 1.05 0.15 0.00
375_N 172_V 1.05 0.15 0.00
400_R 92_F 1.05 0.15 0.00
337_D 95_K 1.04 0.15 0.00
253_D 60_T 1.04 0.15 0.00
47_D 36_M 1.04 0.15 0.00
240_P 253_R 1.04 0.15 0.00
28_V 75_T 1.04 0.15 0.00
53_V 44_I 1.04 0.15 0.00
240_P 181_W 1.04 0.15 0.00
381_Y 73_V 1.03 0.15 0.00
432_T 42_E 1.03 0.15 0.00
360_Y 172_V 1.03 0.15 0.00
14_G 200_V 1.03 0.15 0.00
398_V 172_V 1.03 0.14 0.00
282_K 222_F 1.02 0.14 0.00
138_K 198_C 1.02 0.14 0.00
328_M 295_N 1.02 0.14 0.00
193_F 234_A 1.02 0.14 0.00
342_E 39_T 1.02 0.14 0.00
50_T 274_Y 1.02 0.14 0.00
148_N 34_I 1.01 0.14 0.00
384_T 250_L 1.01 0.14 0.00
29_P 271_I 1.01 0.14 0.00
155_R 36_M 1.01 0.14 0.00
367_S 96_K 1.01 0.14 0.00
51_R 249_I 1.01 0.14 0.00
269_A 55_Y 1.01 0.14 0.00
370_T 281_N 1.01 0.14 0.00
384_T 179_G 1.01 0.14 0.00
237_Y 226_R 1.01 0.14 0.00
310_S 245_S 1.01 0.14 0.00
319_Y 48_E 1.00 0.14 0.00
153_L 56_F 1.00 0.14 0.00
184_R 294_R 1.00 0.14 0.00
94_G 14_A 1.00 0.14 0.00
51_R 260_Y 1.00 0.14 0.00
360_Y 194_L 1.00 0.14 0.00
213_D 34_I 1.00 0.14 0.00
221_N 215_I 1.00 0.14 0.00
259_V 97_S 0.99 0.14 0.00
317_G 73_V 0.99 0.14 0.00
55_V 282_Q 0.99 0.13 0.00
309_E 36_M 0.99 0.13 0.00
160_Y 74_L 0.99 0.13 0.00
222_V 44_I 0.99 0.13 0.00
399_V 158_P 0.98 0.13 0.00
419_E 301_W 0.98 0.13 0.00
118_P 16_L 0.98 0.13 0.00
347_V 268_D 0.98 0.13 0.00
68_S 286_S 0.98 0.13 0.00
278_Y 255_F 0.98 0.13 0.00
432_T 179_G 0.97 0.13 0.00
147_L 55_Y 0.97 0.13 0.00
72_Q 296_F 0.97 0.13 0.00
252_G 281_N 0.97 0.13 0.00
419_E 253_R 0.97 0.13 0.00
352_Y 177_I 0.97 0.13 0.00
250_A 26_Y 0.97 0.13 0.00
349_A 247_D 0.97 0.13 0.00
340_A 195_L 0.97 0.13 0.00
296_T 16_L 0.97 0.13 0.00
337_D 34_I 0.96 0.13 0.00
327_F 55_Y 0.96 0.13 0.00
395_Q 66_D 0.96 0.13 0.00
329_A 33_D 0.96 0.13 0.00
407_V 220_I 0.96 0.13 0.00
170_D 32_R 0.96 0.12 0.00
274_N 263_E 0.96 0.12 0.00
352_Y 200_V 0.96 0.12 0.00
343_A 278_N 0.96 0.12 0.00
244_D 267_G 0.96 0.12 0.00
222_V 105_L 0.96 0.12 0.00
11_G 199_P 0.95 0.12 0.00
377_N 169_S 0.95 0.12 0.00
418_H 63_I 0.95 0.12 0.00
144_G 177_I 0.95 0.12 0.00
252_G 222_F 0.95 0.12 0.00
137_T 289_V 0.95 0.12 0.00
399_V 61_A 0.95 0.12 0.00
149_K 96_K 0.95 0.12 0.00
76_W 25_A 0.95 0.12 0.00
385_M 173_T 0.95 0.12 0.00
87_A 71_Y 0.95 0.12 0.00
394_N 24_L 0.94 0.12 0.00
410_F 303_Y 0.94 0.12 0.00
354_Q 194_L 0.94 0.12 0.00
313_Y 181_W 0.94 0.12 0.00
214_F 256_N 0.94 0.12 0.00
158_K 245_S 0.94 0.12 0.00
400_R 274_Y 0.94 0.12 0.00
270_W 183_F 0.94 0.12 0.00
323_D 186_R 0.94 0.12 0.00
83_R 69_S 0.94 0.12 0.00
130_D 157_V 0.94 0.12 0.00
96_K 169_S 0.94 0.12 0.00
199_D 136_T 0.94 0.12 0.00
418_H 162_I 0.94 0.12 0.00
198_M 100_D 0.94 0.12 0.00
305_R 264_N 0.94 0.12 0.00
52_T 74_L 0.94 0.12 0.00
28_V 65_S 0.93 0.12 0.00
8_E 249_I 0.93 0.12 0.00
398_V 300_M 0.93 0.12 0.00
223_Y 297_E 0.93 0.12 0.00
20_E 302_N 0.93 0.12 0.00
384_T 86_V 0.93 0.12 0.00
111_Y 30_D 0.93 0.12 0.00
29_P 96_K 0.93 0.12 0.00
443_G 61_A 0.93 0.12 0.00
11_G 262_E 0.93 0.12 0.00
260_T 245_S 0.93 0.12 0.00
381_Y 245_S 0.93 0.12 0.00
135_V 16_L 0.93 0.12 0.00
440_Q 256_N 0.93 0.12 0.00
17_W 175_Y 0.93 0.12 0.00
310_S 234_A 0.92 0.12 0.00
270_W 57_P 0.92 0.12 0.00
347_V 262_E 0.92 0.12 0.00
17_W 136_T 0.92 0.12 0.00
126_K 61_A 0.92 0.12 0.00
75_E 222_F 0.92 0.12 0.00
59_Y 175_Y 0.92 0.12 0.00
326_C 239_N 0.92 0.11 0.00
357_Y 72_D 0.92 0.11 0.00
367_S 13_P 0.92 0.11 0.00
15_G 177_I 0.92 0.11 0.00
418_H 290_K 0.92 0.11 0.00
421_A 63_I 0.92 0.11 0.00
422_D 41_W 0.92 0.11 0.00
192_K 36_M 0.91 0.11 0.00
385_M 95_K 0.91 0.11 0.00
144_G 44_I 0.91 0.11 0.00
72_Q 54_M 0.91 0.11 0.00
254_Y 301_W 0.91 0.11 0.00
127_Y 198_C 0.91 0.11 0.00
248_H 300_M 0.91 0.11 0.00
98_T 61_A 0.91 0.11 0.00
149_K 234_A 0.91 0.11 0.00
17_W 100_D 0.91 0.11 0.00
164_Y 186_R 0.90 0.11 0.00
65_I 226_R 0.90 0.11 0.00
363_A 172_V 0.90 0.11 0.00
421_A 158_P 0.90 0.11 0.00
189_N 16_L 0.90 0.11 0.00
44_N 36_M 0.90 0.11 0.00
200_I 63_I 0.90 0.11 0.00
222_V 173_T 0.90 0.11 0.00
414_S 49_K 0.90 0.11 0.00
358_G 280_Q 0.90 0.11 0.00
133_Y 37_G 0.89 0.11 0.00
360_Y 79_T 0.89 0.11 0.00
384_T 227_E 0.89 0.11 0.00
435_D 220_I 0.89 0.11 0.00
423_S 222_F 0.89 0.11 0.00
396_R 193_R 0.89 0.11 0.00
8_E 264_N 0.89 0.11 0.00
210_K 273_D 0.89 0.11 0.00
172_M 163_L 0.89 0.11 0.00
72_Q 199_P 0.89 0.11 0.00
133_Y 214_Y 0.89 0.11 0.00
259_V 95_K 0.89 0.11 0.00
298_A 12_T 0.89 0.11 0.00
36_G 239_N 0.89 0.11 0.00
59_Y 57_P 0.89 0.11 0.00
198_M 8_I 0.88 0.11 0.00
152_K 40_T 0.88 0.11 0.00
50_T 66_D 0.88 0.11 0.00
114_N 257_A 0.88 0.11 0.00
234_A 298_Q 0.88 0.11 0.00
322_S 40_T 0.88 0.10 0.00
148_N 33_D 0.88 0.10 0.00
374_Y 40_T 0.88 0.10 0.00
175_P 23_P 0.88 0.10 0.00
42_L 183_F 0.88 0.10 0.00
419_E 33_D 0.88 0.10 0.00
30_G 69_S 0.88 0.10 0.00
66_T 276_K 0.88 0.10 0.00
222_V 293_I 0.88 0.10 0.00
72_Q 240_S 0.87 0.10 0.00
248_H 183_F 0.87 0.10 0.00
367_S 80_K 0.87 0.10 0.00
327_F 57_P 0.87 0.10 0.00
51_R 211_E 0.87 0.10 0.00
340_A 67_R 0.87 0.10 0.00
335_R 48_E 0.87 0.10 0.00
112_A 177_I 0.87 0.10 0.00
249_K 222_F 0.87 0.10 0.00
220_V 46_L 0.87 0.10 0.00
133_Y 61_A 0.87 0.10 0.00
120_K 62_N 0.87 0.10 0.00
143_A 12_T 0.87 0.10 0.00
50_T 288_R 0.87 0.10 0.00
151_V 107_R 0.87 0.10 0.00
214_F 63_I 0.87 0.10 0.00
383_S 135_V 0.87 0.10 0.00
238_N 239_N 0.87 0.10 0.00
32_S 226_R 0.86 0.10 0.00
414_S 173_T 0.86 0.10 0.00
114_N 273_D 0.86 0.10 0.00
278_Y 74_L 0.86 0.10 0.00
9_L 191_K 0.86 0.10 0.00
370_T 178_K 0.86 0.10 0.00
370_T 62_N 0.86 0.10 0.00
152_K 173_T 0.86 0.10 0.00
218_E 249_I 0.86 0.10 0.00
71_R 222_F 0.86 0.10 0.00
344_L 19_D 0.86 0.10 0.00
20_E 303_Y 0.86 0.10 0.00
421_A 88_A 0.86 0.10 0.00
367_S 279_A 0.86 0.10 0.00
408_A 170_A 0.86 0.10 0.00
139_D 135_V 0.86 0.10 0.00
437_M 241_A 0.86 0.10 0.00
97_S 237_D 0.86 0.10 0.00
363_A 103_G 0.86 0.10 0.00
234_A 178_K 0.85 0.10 0.00
321_K 302_N 0.85 0.10 0.00
434_Q 42_E 0.85 0.10 0.00
75_E 188_S 0.85 0.10 0.00
313_Y 36_M 0.85 0.10 0.00
374_Y 78_I 0.85 0.10 0.00
420_Y 33_D 0.85 0.10 0.00
108_I 74_L 0.85 0.10 0.00
262_K 296_F 0.85 0.10 0.00
246_F 188_S 0.85 0.10 0.00
253_D 99_K 0.85 0.10 0.00
50_T 285_E 0.85 0.10 0.00
386_N 53_P 0.85 0.10 0.00
342_E 60_T 0.85 0.10 0.00
53_V 231_E 0.85 0.10 0.00
374_Y 186_R 0.85 0.10 0.00
382_V 176_K 0.85 0.10 0.00
251_Y 93_N 0.85 0.10 0.00
443_G 292_K 0.85 0.10 0.00
134_S 183_F 0.84 0.10 0.00
128_M 268_D 0.84 0.10 0.00
129_Y 62_N 0.84 0.10 0.00
242_H 269_R 0.84 0.10 0.00
208_V 245_S 0.84 0.10 0.00
414_S 25_A 0.84 0.10 0.00
222_V 225_A 0.84 0.10 0.00
132_Y 8_I 0.84 0.10 0.00
55_V 217_L 0.84 0.10 0.00
328_M 34_I 0.84 0.10 0.00
9_L 135_V 0.84 0.10 0.00
265_K 257_A 0.84 0.10 0.00
10_V 76_K 0.84 0.10 0.00
228_V 45_D 0.84 0.10 0.00
269_A 198_C 0.84 0.10 0.00
212_K 34_I 0.84 0.10 0.00
374_Y 287_E 0.84 0.10 0.00
228_V 275_M 0.84 0.10 0.00
137_T 257_A 0.84 0.10 0.00
260_T 25_A 0.84 0.10 0.00
149_K 157_V 0.83 0.10 0.00
28_V 214_Y 0.83 0.10 0.00
337_D 240_S 0.83 0.10 0.00
149_K 14_A 0.83 0.09 0.00
438_G 264_N 0.83 0.09 0.00
134_S 14_A 0.83 0.09 0.00
148_N 272_S 0.83 0.09 0.00
171_S 167_L 0.83 0.09 0.00
395_Q 15_Q 0.83 0.09 0.00
288_L 222_F 0.83 0.09 0.00
98_T 18_S 0.83 0.09 0.00
174_L 266_Y 0.83 0.09 0.00
126_K 44_I 0.83 0.09 0.00
316_G 33_D 0.83 0.09 0.00
292_F 168_T 0.83 0.09 0.00
410_F 35_L 0.83 0.09 0.00
351_S 242_L 0.83 0.09 0.00
71_R 246_F 0.83 0.09 0.00
270_W 175_Y 0.83 0.09 0.00
162_D 112_D 0.83 0.09 0.00
186_I 102_Q 0.83 0.09 0.00
59_Y 48_E 0.83 0.09 0.00
174_L 263_E 0.83 0.09 0.00
162_D 283_L 0.83 0.09 0.00
269_A 273_D 0.83 0.09 0.00
183_L 266_Y 0.83 0.09 0.00
434_Q 69_S 0.82 0.09 0.00
153_L 43_I 0.82 0.09 0.00
381_Y 193_R 0.82 0.09 0.00
32_S 50_I 0.82 0.09 0.00
384_T 18_S 0.82 0.09 0.00
239_E 197_L 0.82 0.09 0.00
111_Y 217_L 0.82 0.09 0.00
107_S 60_T 0.82 0.09 0.00
371_D 105_L 0.82 0.09 0.00
231_K 222_F 0.82 0.09 0.00
48_A 29_V 0.82 0.09 0.00
98_T 227_E 0.82 0.09 0.00
39_D 286_S 0.82 0.09 0.00
217_T 71_Y 0.82 0.09 0.00
92_E 16_L 0.82 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 2.0921 seconds.