May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
MurTGaTD
Genes: A B A+B
Length: 447 260 657
Sequences: 1288 679 568
Seq/Len: 2.88 2.61 0.86
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.00 0.79
2 0.04 0.00 0.79
5 0.04 0.00 0.80
10 0.04 0.00 0.80
20 0.04 0.00 0.80
100 0.05 0.00 0.80
∞ 0.09 0.00 0.87
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
302_F 75_Q 1.59 0.78 0.03
347_N 166_G 1.44 0.68 0.02
4_K 223_T 1.43 0.68 0.02
391_V 45_K 1.36 0.62 0.01
352_D 164_H 1.29 0.56 0.01
143_E 111_Q 1.26 0.53 0.01
389_L 220_L 1.25 0.53 0.01
321_K 111_Q 1.24 0.51 0.01
137_Q 163_N 1.24 0.51 0.01
142_G 144_I 1.23 0.50 0.01
147_T 144_I 1.23 0.50 0.01
347_N 107_C 1.23 0.50 0.01
139_D 206_H 1.23 0.50 0.01
323_P 107_C 1.22 0.49 0.01
352_D 206_H 1.21 0.49 0.01
384_E 214_A 1.21 0.49 0.01
353_G 107_C 1.21 0.48 0.01
430_L 75_Q 1.19 0.47 0.01
352_D 166_G 1.18 0.46 0.01
351_A 109_G 1.18 0.46 0.01
429_M 75_Q 1.17 0.45 0.01
352_D 107_C 1.16 0.44 0.01
319_L 76_D 1.16 0.44 0.01
143_E 107_C 1.16 0.44 0.01
390_R 45_K 1.16 0.44 0.01
381_R 204_Y 1.15 0.43 0.01
41_L 118_V 1.14 0.42 0.01
184_F 146_D 1.14 0.42 0.01
54_T 104_L 1.14 0.42 0.01
352_D 111_Q 1.14 0.42 0.01
357_S 30_Y 1.13 0.41 0.01
139_D 107_C 1.12 0.41 0.01
443_R 52_V 1.12 0.40 0.01
303_G 186_N 1.11 0.40 0.01
348_A 146_D 1.11 0.40 0.01
387_R 159_Y 1.11 0.40 0.01
426_Y 34_G 1.11 0.40 0.01
139_D 73_G 1.10 0.39 0.01
347_N 111_Q 1.10 0.39 0.01
353_G 111_Q 1.09 0.38 0.01
347_N 204_Y 1.09 0.38 0.01
319_L 204_Y 1.09 0.38 0.01
321_K 164_H 1.08 0.38 0.01
363_D 65_H 1.08 0.37 0.01
115_S 102_V 1.08 0.37 0.01
139_D 111_Q 1.07 0.36 0.01
353_G 164_H 1.06 0.36 0.01
50_I 50_V 1.05 0.35 0.01
352_D 76_D 1.05 0.34 0.01
143_E 76_D 1.04 0.34 0.01
139_D 164_H 1.04 0.34 0.01
426_Y 164_H 1.04 0.34 0.01
353_G 166_G 1.04 0.34 0.01
321_K 206_H 1.04 0.34 0.01
143_E 108_G 1.03 0.33 0.01
353_G 204_Y 1.03 0.33 0.01
426_Y 206_H 1.03 0.33 0.01
423_L 57_L 1.03 0.33 0.01
377_A 126_E 1.03 0.33 0.01
56_T 73_G 1.02 0.33 0.01
321_K 107_C 1.02 0.33 0.01
95_L 120_A 1.02 0.32 0.01
44_L 161_F 1.02 0.32 0.01
317_L 74_G 1.02 0.32 0.01
319_L 107_C 1.01 0.32 0.01
323_P 206_H 1.01 0.32 0.01
45_A 17_L 1.01 0.32 0.01
427_T 107_C 1.01 0.32 0.01
387_R 211_S 1.01 0.32 0.01
281_A 134_Y 1.01 0.32 0.01
357_S 163_N 1.01 0.32 0.01
353_G 206_H 1.01 0.32 0.01
95_L 37_L 1.01 0.32 0.01
17_F 195_V 1.01 0.31 0.01
347_N 73_G 1.01 0.31 0.01
21_R 112_L 1.00 0.31 0.01
321_K 166_G 1.00 0.31 0.01
352_D 168_T 1.00 0.31 0.01
319_L 73_G 1.00 0.30 0.01
42_Q 98_Q 0.99 0.30 0.01
215_E 64_N 0.99 0.30 0.01
316_T 90_K 0.99 0.30 0.01
319_L 206_H 0.99 0.30 0.01
137_Q 74_G 0.99 0.30 0.01
139_D 163_N 0.99 0.30 0.01
12_G 93_I 0.98 0.30 0.01
168_D 203_S 0.98 0.30 0.01
231_G 129_G 0.98 0.30 0.01
60_T 110_F 0.98 0.30 0.01
323_P 73_G 0.98 0.29 0.01
84_A 42_V 0.98 0.29 0.01
225_Y 69_A 0.98 0.29 0.01
352_D 163_N 0.98 0.29 0.01
325_G 76_D 0.98 0.29 0.01
262_G 98_Q 0.98 0.29 0.01
353_G 73_G 0.98 0.29 0.01
154_A 102_V 0.97 0.29 0.01
7_L 98_Q 0.97 0.29 0.01
35_Q 152_E 0.97 0.29 0.01
139_D 76_D 0.97 0.29 0.01
92_T 33_N 0.97 0.29 0.00
143_E 34_G 0.97 0.29 0.00
352_D 73_G 0.97 0.28 0.00
143_E 166_G 0.97 0.28 0.00
143_E 73_G 0.97 0.28 0.00
352_D 204_Y 0.96 0.28 0.00
139_D 166_G 0.96 0.28 0.00
208_C 128_L 0.96 0.28 0.00
319_L 32_D 0.95 0.27 0.00
426_Y 111_Q 0.95 0.27 0.00
51_V 16_Q 0.95 0.27 0.00
353_G 76_D 0.95 0.27 0.00
92_T 202_G 0.95 0.27 0.00
353_G 168_T 0.95 0.27 0.00
126_S 130_V 0.94 0.27 0.00
101_K 126_E 0.94 0.26 0.00
321_K 168_T 0.94 0.26 0.00
426_Y 163_N 0.94 0.26 0.00
181_I 25_N 0.94 0.26 0.00
138_M 178_G 0.94 0.26 0.00
160_T 158_Y 0.94 0.26 0.00
351_A 74_G 0.94 0.26 0.00
143_E 164_H 0.94 0.26 0.00
355_D 164_H 0.94 0.26 0.00
426_Y 107_C 0.93 0.26 0.00
321_K 162_E 0.93 0.26 0.00
32_V 175_K 0.93 0.26 0.00
307_T 19_I 0.93 0.26 0.00
218_T 205_F 0.93 0.26 0.00
152_L 92_S 0.93 0.26 0.00
94_F 203_S 0.92 0.25 0.00
352_D 30_Y 0.92 0.25 0.00
201_E 75_Q 0.92 0.25 0.00
250_N 58_H 0.92 0.25 0.00
319_L 164_H 0.92 0.25 0.00
364_F 27_M 0.92 0.25 0.00
84_A 102_V 0.92 0.25 0.00
351_A 117_Y 0.92 0.25 0.00
56_T 204_Y 0.91 0.25 0.00
306_E 85_D 0.91 0.25 0.00
284_L 131_M 0.91 0.24 0.00
442_V 128_L 0.91 0.24 0.00
36_F 133_H 0.91 0.24 0.00
323_P 164_H 0.91 0.24 0.00
352_D 162_E 0.90 0.24 0.00
404_N 17_L 0.90 0.24 0.00
355_D 163_N 0.90 0.24 0.00
347_N 76_D 0.90 0.24 0.00
323_P 111_Q 0.90 0.24 0.00
139_D 186_N 0.90 0.24 0.00
184_F 179_Q 0.90 0.24 0.00
91_A 40_K 0.90 0.23 0.00
143_E 168_T 0.90 0.23 0.00
375_I 181_V 0.90 0.23 0.00
323_P 76_D 0.90 0.23 0.00
348_A 212_R 0.90 0.23 0.00
230_C 79_Q 0.90 0.23 0.00
33_A 195_V 0.89 0.23 0.00
395_P 68_I 0.89 0.23 0.00
61_L 24_G 0.89 0.23 0.00
9_L 182_Y 0.89 0.23 0.00
427_T 111_Q 0.89 0.23 0.00
267_G 162_E 0.89 0.23 0.00
212_L 208_P 0.89 0.23 0.00
106_I 202_G 0.88 0.23 0.00
381_R 107_C 0.88 0.23 0.00
174_K 171_S 0.88 0.23 0.00
33_A 19_I 0.88 0.22 0.00
367_I 195_V 0.88 0.22 0.00
381_R 146_D 0.88 0.22 0.00
165_L 19_I 0.88 0.22 0.00
426_Y 162_E 0.87 0.22 0.00
284_L 182_Y 0.87 0.22 0.00
50_I 43_A 0.87 0.22 0.00
311_G 51_T 0.87 0.22 0.00
28_L 221_V 0.87 0.22 0.00
297_K 221_V 0.87 0.22 0.00
355_D 34_G 0.87 0.22 0.00
427_T 73_G 0.87 0.22 0.00
54_T 161_F 0.86 0.21 0.00
182_E 158_Y 0.86 0.21 0.00
90_I 221_V 0.86 0.21 0.00
253_R 99_N 0.86 0.21 0.00
124_Q 57_L 0.86 0.21 0.00
90_I 36_I 0.86 0.21 0.00
135_R 76_D 0.85 0.21 0.00
353_G 162_E 0.85 0.21 0.00
317_L 102_V 0.85 0.21 0.00
9_L 57_L 0.85 0.21 0.00
314_E 39_L 0.85 0.21 0.00
84_A 167_R 0.85 0.21 0.00
355_D 162_E 0.85 0.21 0.00
105_N 219_R 0.85 0.21 0.00
119_I 115_Q 0.85 0.21 0.00
352_D 135_T 0.85 0.21 0.00
357_S 74_G 0.85 0.21 0.00
184_F 196_H 0.85 0.21 0.00
144_I 107_C 0.85 0.21 0.00
331_E 212_R 0.85 0.21 0.00
426_Y 186_N 0.85 0.21 0.00
120_C 202_G 0.85 0.20 0.00
353_G 135_T 0.85 0.20 0.00
391_V 42_V 0.85 0.20 0.00
238_D 215_N 0.84 0.20 0.00
76_Q 49_H 0.84 0.20 0.00
438_S 118_V 0.84 0.20 0.00
84_A 27_M 0.84 0.20 0.00
139_D 204_Y 0.84 0.20 0.00
336_A 92_S 0.84 0.20 0.00
90_I 49_H 0.84 0.20 0.00
306_E 108_G 0.84 0.20 0.00
143_E 206_H 0.84 0.20 0.00
184_F 101_G 0.84 0.20 0.00
139_D 162_E 0.84 0.20 0.00
321_K 163_N 0.84 0.20 0.00
312_D 220_L 0.83 0.20 0.00
67_V 205_F 0.83 0.20 0.00
238_D 230_G 0.83 0.20 0.00
51_V 226_K 0.83 0.20 0.00
303_G 164_H 0.83 0.20 0.00
154_A 127_G 0.83 0.20 0.00
427_T 106_I 0.83 0.20 0.00
36_F 174_Q 0.83 0.20 0.00
201_E 70_F 0.83 0.19 0.00
303_G 162_E 0.83 0.19 0.00
321_K 186_N 0.83 0.19 0.00
325_G 164_H 0.83 0.19 0.00
203_I 128_L 0.83 0.19 0.00
352_D 186_N 0.83 0.19 0.00
391_V 218_Y 0.82 0.19 0.00
426_Y 168_T 0.82 0.19 0.00
185_G 21_H 0.82 0.19 0.00
426_Y 114_G 0.82 0.19 0.00
41_L 192_G 0.82 0.19 0.00
143_E 186_N 0.82 0.19 0.00
134_F 146_D 0.82 0.19 0.00
167_G 106_I 0.82 0.19 0.00
203_I 29_T 0.82 0.19 0.00
135_R 73_G 0.82 0.19 0.00
391_V 211_S 0.82 0.19 0.00
143_E 162_E 0.82 0.19 0.00
185_G 116_Y 0.82 0.19 0.00
353_G 163_N 0.82 0.19 0.00
157_K 128_L 0.82 0.19 0.00
56_T 107_C 0.81 0.19 0.00
347_N 135_T 0.81 0.19 0.00
139_D 168_T 0.81 0.19 0.00
67_V 70_F 0.81 0.19 0.00
139_D 30_Y 0.81 0.19 0.00
300_A 211_S 0.81 0.19 0.00
14_S 115_Q 0.81 0.19 0.00
145_Y 77_F 0.81 0.18 0.00
221_N 63_E 0.81 0.18 0.00
427_T 30_Y 0.81 0.18 0.00
347_N 108_G 0.81 0.18 0.00
321_K 73_G 0.81 0.18 0.00
23_G 201_F 0.81 0.18 0.00
23_G 222_T 0.81 0.18 0.00
142_G 135_T 0.81 0.18 0.00
19_L 69_A 0.81 0.18 0.00
121_D 182_Y 0.81 0.18 0.00
430_L 23_Y 0.81 0.18 0.00
427_T 206_H 0.81 0.18 0.00
96_T 19_I 0.80 0.18 0.00
377_A 220_L 0.80 0.18 0.00
137_Q 186_N 0.80 0.18 0.00
367_I 22_L 0.80 0.18 0.00
25_G 177_L 0.80 0.18 0.00
208_C 167_R 0.80 0.18 0.00
380_V 29_T 0.80 0.18 0.00
79_T 97_I 0.80 0.18 0.00
427_T 76_D 0.80 0.18 0.00
303_G 163_N 0.80 0.18 0.00
138_M 34_G 0.80 0.18 0.00
88_T 82_I 0.80 0.18 0.00
165_L 211_S 0.80 0.18 0.00
50_I 200_V 0.80 0.18 0.00
353_G 117_Y 0.80 0.18 0.00
303_G 74_G 0.80 0.18 0.00
317_L 103_V 0.80 0.18 0.00
146_T 43_A 0.80 0.18 0.00
142_G 28_N 0.80 0.18 0.00
381_R 32_D 0.80 0.18 0.00
144_I 73_G 0.80 0.18 0.00
427_T 186_N 0.80 0.18 0.00
353_G 186_N 0.79 0.17 0.00
35_Q 180_V 0.79 0.17 0.00
355_D 74_G 0.79 0.17 0.00
167_G 96_Y 0.79 0.17 0.00
236_D 50_V 0.79 0.17 0.00
321_K 108_G 0.79 0.17 0.00
337_P 125_I 0.79 0.17 0.00
292_K 91_E 0.79 0.17 0.00
125_P 97_I 0.79 0.17 0.00
325_G 162_E 0.79 0.17 0.00
393_G 41_Y 0.79 0.17 0.00
243_K 19_I 0.79 0.17 0.00
227_C 33_N 0.79 0.17 0.00
433_R 110_F 0.79 0.17 0.00
56_T 168_T 0.79 0.17 0.00
352_D 178_G 0.79 0.17 0.00
321_K 30_Y 0.79 0.17 0.00
231_G 47_G 0.79 0.17 0.00
62_T 34_G 0.79 0.17 0.00
44_L 171_S 0.79 0.17 0.00
233_K 94_D 0.79 0.17 0.00
126_S 67_D 0.79 0.17 0.00
337_P 100_D 0.78 0.17 0.00
319_L 135_T 0.78 0.17 0.00
427_T 163_N 0.78 0.17 0.00
267_G 224_A 0.78 0.17 0.00
425_T 27_M 0.78 0.17 0.00
7_L 44_E 0.78 0.17 0.00
115_S 70_F 0.78 0.17 0.00
399_I 62_D 0.78 0.17 0.00
355_D 218_Y 0.78 0.17 0.00
60_T 199_N 0.78 0.17 0.00
386_A 218_Y 0.78 0.17 0.00
381_R 206_H 0.78 0.17 0.00
325_G 166_G 0.78 0.17 0.00
353_G 30_Y 0.78 0.17 0.00
348_A 108_G 0.78 0.17 0.00
327_T 78_E 0.78 0.17 0.00
64_A 205_F 0.78 0.17 0.00
39_D 152_E 0.78 0.17 0.00
204_L 133_H 0.78 0.17 0.00
114_A 85_D 0.78 0.17 0.00
325_G 107_C 0.78 0.17 0.00
14_S 231_Q 0.78 0.17 0.00
410_K 43_A 0.78 0.17 0.00
344_V 214_A 0.78 0.17 0.00
65_L 131_M 0.78 0.17 0.00
269_Y 229_Y 0.78 0.17 0.00
41_L 124_R 0.78 0.17 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2676 seconds.