May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ClpX vs ClpP2
Genes: A B A+B
Length: 426 218 599
Sequences: 2189 3172 1348
Seq/Len: 5.14 14.55 2.25
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.55
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.07 0.13 1.98
2 0.08 0.13 2.06
5 0.08 0.13 2.07
10 0.08 0.13 2.08
20 0.08 0.13 2.09
100 0.08 0.14 2.14
∞ 0.09 0.19 2.50
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
272_G 99_Y 1.93 0.99 0.95
277_S 73_D 1.60 0.95 0.86
268_G 43_E 1.45 0.91 0.78
269_L 69_S 1.22 0.77 0.57
344_D 71_D 1.19 0.75 0.54
380_L 43_E 1.12 0.68 0.46
234_H 28_S 1.08 0.64 0.42
286_H 61_M 1.03 0.59 0.37
120_L 69_S 0.97 0.53 0.31
221_Q 69_S 0.96 0.51 0.29
304_F 116_A 0.95 0.51 0.29
269_L 24_I 0.95 0.50 0.28
380_L 49_G 0.93 0.48 0.27
268_G 45_I 0.93 0.48 0.27
132_Q 187_T 0.93 0.48 0.27
75_V 165_R 0.93 0.48 0.26
84_T 33_E 0.92 0.47 0.26
236_E 27_S 0.91 0.46 0.25
300_L 52_V 0.88 0.42 0.22
90_Y 127_K 0.88 0.41 0.21
63_K 208_L 0.86 0.40 0.21
183_I 174_R 0.86 0.40 0.20
312_A 135_R 0.86 0.40 0.20
305_I 109_L 0.86 0.40 0.20
381_L 56_S 0.85 0.39 0.20
358_I 158_A 0.84 0.38 0.19
113_T 77_T 0.84 0.38 0.19
393_V 94_Y 0.84 0.38 0.18
22_Q 91_M 0.84 0.38 0.18
129_Y 34_S 0.84 0.37 0.18
390_R 175_H 0.83 0.37 0.18
175_V 208_L 0.83 0.37 0.18
300_L 46_I 0.83 0.37 0.18
74_Y 195_A 0.83 0.37 0.18
249_V 207_V 0.83 0.36 0.18
382_P 66_V 0.82 0.35 0.17
275_V 68_E 0.81 0.34 0.16
79_D 182_Q 0.81 0.34 0.16
177_R 99_Y 0.81 0.34 0.16
185_I 46_I 0.81 0.34 0.16
86_A 180_P 0.81 0.34 0.16
305_I 29_F 0.80 0.34 0.16
43_N 148_Q 0.80 0.34 0.16
298_F 57_A 0.80 0.33 0.16
171_A 49_G 0.80 0.33 0.15
85_L 100_V 0.79 0.32 0.15
197_N 107_V 0.79 0.32 0.15
129_Y 31_V 0.79 0.32 0.15
310_V 134_A 0.78 0.32 0.14
216_I 92_A 0.78 0.31 0.14
119_M 134_A 0.78 0.31 0.14
120_L 71_D 0.77 0.31 0.14
332_A 210_Y 0.77 0.31 0.14
239_Q 71_D 0.77 0.31 0.14
60_E 122_A 0.76 0.29 0.13
256_L 171_T 0.76 0.29 0.13
113_T 187_T 0.76 0.29 0.13
379_V 182_Q 0.76 0.29 0.13
27_I 52_V 0.76 0.29 0.13
312_A 42_E 0.76 0.29 0.13
293_E 111_Q 0.75 0.29 0.13
83_R 103_D 0.75 0.29 0.13
401_E 136_V 0.75 0.29 0.13
112_L 118_V 0.75 0.28 0.12
220_T 116_A 0.75 0.28 0.12
365_R 52_V 0.75 0.28 0.12
40_D 159_A 0.74 0.28 0.12
250_A 104_I 0.74 0.28 0.12
254_A 111_Q 0.74 0.28 0.12
257_E 124_T 0.74 0.28 0.12
343_M 46_I 0.74 0.28 0.12
380_L 69_S 0.74 0.27 0.12
96_I 71_D 0.73 0.27 0.12
125_C 99_Y 0.73 0.27 0.12
86_A 165_R 0.73 0.27 0.12
76_I 153_D 0.73 0.27 0.11
136_K 86_S 0.73 0.27 0.11
117_I 124_T 0.73 0.27 0.11
90_Y 75_D 0.73 0.26 0.11
269_L 71_D 0.72 0.26 0.11
216_I 163_R 0.72 0.26 0.11
237_F 211_R 0.72 0.26 0.11
245_V 78_M 0.72 0.26 0.11
316_N 111_Q 0.72 0.26 0.11
275_V 211_R 0.72 0.26 0.11
380_L 142_A 0.72 0.26 0.11
363_I 122_A 0.71 0.25 0.10
236_E 147_I 0.71 0.25 0.10
356_E 173_A 0.71 0.25 0.10
293_E 160_E 0.71 0.25 0.10
273_A 68_E 0.71 0.25 0.10
385_Y 186_D 0.71 0.25 0.10
304_F 37_Y 0.70 0.24 0.10
129_Y 52_V 0.70 0.24 0.10
382_P 69_S 0.70 0.24 0.10
12_K 43_E 0.70 0.24 0.10
375_I 27_S 0.70 0.24 0.10
339_R 49_G 0.70 0.24 0.10
272_G 164_M 0.70 0.24 0.10
320_A 196_E 0.70 0.24 0.10
197_N 116_A 0.69 0.23 0.09
258_K 118_V 0.69 0.23 0.09
259_I 27_S 0.69 0.23 0.09
81_A 197_E 0.69 0.23 0.09
236_E 102_A 0.69 0.23 0.09
298_F 183_I 0.69 0.23 0.09
332_A 89_S 0.69 0.23 0.09
134_L 41_F 0.69 0.23 0.09
109_P 196_E 0.69 0.23 0.09
86_A 69_S 0.69 0.23 0.09
399_T 147_I 0.68 0.23 0.09
174_D 187_T 0.68 0.23 0.09
269_L 66_V 0.68 0.22 0.09
132_Q 28_S 0.68 0.22 0.09
149_A 133_N 0.68 0.22 0.09
180_T 99_Y 0.68 0.22 0.09
120_L 194_T 0.67 0.22 0.09
318_D 203_I 0.67 0.22 0.09
334_V 136_V 0.67 0.22 0.08
354_A 121_A 0.67 0.22 0.08
164_L 135_R 0.67 0.22 0.08
234_H 27_S 0.67 0.22 0.08
107_S 121_A 0.67 0.21 0.08
308_L 159_A 0.67 0.21 0.08
293_E 42_E 0.67 0.21 0.08
165_L 99_Y 0.67 0.21 0.08
193_R 152_S 0.66 0.21 0.08
385_Y 134_A 0.66 0.21 0.08
298_F 188_D 0.66 0.21 0.08
118_L 165_R 0.66 0.21 0.08
399_T 58_N 0.66 0.21 0.08
257_E 185_K 0.66 0.21 0.08
129_Y 38_N 0.66 0.21 0.08
288_A 104_I 0.66 0.21 0.08
107_S 178_K 0.66 0.21 0.08
179_E 155_E 0.66 0.21 0.08
366_G 150_Q 0.66 0.21 0.08
11_L 172_L 0.66 0.21 0.08
400_K 101_R 0.66 0.21 0.08
361_Q 53_D 0.66 0.20 0.08
269_L 59_D 0.65 0.20 0.08
387_I 99_Y 0.65 0.20 0.08
183_I 155_E 0.65 0.20 0.07
347_E 89_S 0.65 0.20 0.07
344_D 163_R 0.65 0.20 0.07
177_R 74_R 0.65 0.20 0.07
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
9728 2.22 ClpX vs ClpP2 Δgene:(1, 5) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.99 Done
9712 2.25 ClpX vs ClpP2 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.95 Done - Shared
Page generated in 0.7886 seconds.