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OPENSEQ.org
SpB-D
Genes: A B A+B
Length: 414 422 689
Sequences: 2088 254 222
Seq/Len: 5.04 0.6 0.32
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.91
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.02
2 0.02 0.00 0.25
5 0.03 0.01 0.27
10 0.03 0.01 0.27
20 0.04 0.01 0.27
100 0.06 0.02 0.27
∞ 0.11 0.05 0.27
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
121_L 298_Y 1.60 0.50 0.00
160_M 124_Q 1.59 0.50 0.00
121_L 136_K 1.58 0.49 0.00
180_A 171_T 1.58 0.48 0.00
137_V 256_A 1.55 0.47 0.00
238_V 128_V 1.41 0.38 0.00
391_I 291_T 1.39 0.36 0.00
209_A 102_G 1.37 0.35 0.00
132_R 301_L 1.31 0.31 0.00
402_I 124_Q 1.30 0.31 0.00
63_Q 78_F 1.30 0.30 0.00
263_L 312_K 1.27 0.29 0.00
258_L 256_A 1.25 0.28 0.00
70_Y 86_L 1.25 0.28 0.00
164_S 152_Q 1.23 0.27 0.00
137_V 328_D 1.23 0.27 0.00
183_E 250_D 1.21 0.25 0.00
146_K 136_K 1.20 0.25 0.00
209_A 314_N 1.19 0.24 0.00
310_R 149_N 1.18 0.24 0.00
145_I 61_D 1.16 0.23 0.00
207_I 362_D 1.16 0.23 0.00
350_G 313_V 1.14 0.22 0.00
184_R 97_Y 1.14 0.22 0.00
397_M 76_L 1.14 0.22 0.00
187_L 105_A 1.14 0.22 0.00
147_D 118_P 1.13 0.22 0.00
100_L 120_L 1.13 0.22 0.00
348_F 363_G 1.12 0.21 0.00
274_K 215_S 1.12 0.21 0.00
339_T 330_A 1.12 0.21 0.00
391_I 381_L 1.11 0.21 0.00
305_V 101_Q 1.09 0.20 0.00
208_L 144_F 1.09 0.20 0.00
320_T 360_S 1.09 0.20 0.00
291_S 328_D 1.09 0.20 0.00
61_T 359_F 1.09 0.20 0.00
326_I 160_Q 1.08 0.20 0.00
95_Y 298_Y 1.08 0.20 0.00
132_R 124_Q 1.07 0.19 0.00
194_S 340_T 1.07 0.19 0.00
300_V 206_L 1.07 0.19 0.00
286_N 317_F 1.07 0.19 0.00
413_K 280_L 1.07 0.19 0.00
304_M 309_S 1.06 0.19 0.00
214_E 387_V 1.06 0.19 0.00
136_I 307_Q 1.05 0.18 0.00
69_I 257_E 1.05 0.18 0.00
401_L 170_A 1.05 0.18 0.00
402_I 316_I 1.04 0.18 0.00
66_A 127_Y 1.04 0.18 0.00
347_L 136_K 1.04 0.18 0.00
278_S 314_N 1.04 0.18 0.00
207_I 123_K 1.04 0.18 0.00
236_L 314_N 1.04 0.18 0.00
103_L 322_V 1.04 0.18 0.00
299_F 157_L 1.04 0.18 0.00
328_N 301_L 1.03 0.17 0.00
77_L 288_K 1.03 0.17 0.00
101_S 328_D 1.03 0.17 0.00
355_I 266_G 1.03 0.17 0.00
151_W 262_N 1.02 0.17 0.00
301_F 330_A 1.02 0.17 0.00
148_F 112_G 1.02 0.17 0.00
121_L 286_S 1.02 0.17 0.00
72_C 366_P 1.02 0.17 0.00
258_L 286_S 1.01 0.17 0.00
366_L 156_F 1.01 0.17 0.00
185_D 65_R 1.01 0.17 0.00
99_F 318_I 1.00 0.16 0.00
176_E 104_A 1.00 0.16 0.00
356_N 313_V 1.00 0.16 0.00
291_S 185_L 1.00 0.16 0.00
186_E 314_N 1.00 0.16 0.00
344_A 322_V 1.00 0.16 0.00
66_A 216_F 1.00 0.16 0.00
235_A 167_Q 1.00 0.16 0.00
354_V 160_Q 1.00 0.16 0.00
330_L 269_N 0.99 0.16 0.00
323_M 197_T 0.99 0.16 0.00
327_V 56_V 0.99 0.16 0.00
260_I 136_K 0.99 0.16 0.00
322_S 340_T 0.99 0.16 0.00
102_L 318_I 0.99 0.16 0.00
340_W 239_L 0.99 0.16 0.00
258_L 167_Q 0.99 0.16 0.00
266_I 309_S 0.98 0.16 0.00
306_M 66_F 0.98 0.16 0.00
380_E 176_Q 0.98 0.16 0.00
258_L 139_Y 0.98 0.16 0.00
155_R 337_Y 0.98 0.16 0.00
291_S 121_E 0.98 0.16 0.00
329_M 111_F 0.98 0.15 0.00
110_V 59_L 0.98 0.15 0.00
324_A 256_A 0.98 0.15 0.00
214_E 242_Q 0.97 0.15 0.00
411_W 273_N 0.97 0.15 0.00
165_S 83_P 0.97 0.15 0.00
355_I 229_D 0.97 0.15 0.00
321_S 125_I 0.97 0.15 0.00
259_A 340_T 0.97 0.15 0.00
262_N 97_Y 0.96 0.15 0.00
327_V 65_R 0.96 0.15 0.00
72_C 331_G 0.96 0.15 0.00
102_L 359_F 0.96 0.15 0.00
391_I 267_M 0.96 0.15 0.00
241_T 342_Q 0.95 0.15 0.00
321_S 167_Q 0.95 0.15 0.00
329_M 313_V 0.95 0.15 0.00
121_L 211_E 0.95 0.14 0.00
72_C 229_D 0.95 0.14 0.00
325_Y 353_F 0.95 0.14 0.00
101_S 246_Q 0.95 0.14 0.00
301_F 143_A 0.94 0.14 0.00
147_D 314_N 0.94 0.14 0.00
177_N 285_D 0.94 0.14 0.00
402_I 301_L 0.94 0.14 0.00
280_D 151_D 0.93 0.14 0.00
199_M 214_A 0.93 0.14 0.00
402_I 333_R 0.93 0.14 0.00
190_M 313_V 0.93 0.14 0.00
300_V 122_N 0.93 0.14 0.00
199_M 182_M 0.93 0.14 0.00
321_S 337_Y 0.93 0.14 0.00
187_L 56_V 0.93 0.14 0.00
80_F 254_A 0.93 0.14 0.00
319_V 316_I 0.93 0.14 0.00
132_R 58_A 0.93 0.14 0.00
381_N 144_F 0.93 0.14 0.00
400_F 204_E 0.93 0.14 0.00
138_I 109_Q 0.93 0.14 0.00
264_M 355_N 0.92 0.14 0.00
291_S 122_N 0.92 0.14 0.00
87_S 338_Q 0.92 0.14 0.00
350_G 256_A 0.92 0.14 0.00
113_A 109_Q 0.92 0.14 0.00
86_K 121_E 0.92 0.14 0.00
221_K 278_K 0.92 0.13 0.00
316_N 202_M 0.92 0.13 0.00
244_L 190_A 0.92 0.13 0.00
236_L 344_I 0.92 0.13 0.00
209_A 388_D 0.92 0.13 0.00
259_A 375_L 0.92 0.13 0.00
184_R 366_P 0.92 0.13 0.00
351_L 204_E 0.92 0.13 0.00
244_L 203_I 0.92 0.13 0.00
321_S 322_V 0.91 0.13 0.00
348_F 387_V 0.91 0.13 0.00
129_L 82_H 0.91 0.13 0.00
283_E 291_T 0.91 0.13 0.00
258_L 151_D 0.91 0.13 0.00
225_L 324_K 0.91 0.13 0.00
414_K 328_D 0.91 0.13 0.00
198_I 257_E 0.91 0.13 0.00
322_S 301_L 0.91 0.13 0.00
262_N 151_D 0.91 0.13 0.00
155_R 340_T 0.91 0.13 0.00
362_K 156_F 0.91 0.13 0.00
227_S 289_S 0.91 0.13 0.00
305_V 139_Y 0.90 0.13 0.00
86_K 137_N 0.90 0.13 0.00
214_E 150_G 0.90 0.13 0.00
110_V 242_Q 0.90 0.13 0.00
329_M 176_Q 0.90 0.13 0.00
409_N 185_L 0.90 0.13 0.00
391_I 159_H 0.90 0.13 0.00
189_D 59_L 0.90 0.13 0.00
234_Y 203_I 0.90 0.13 0.00
331_I 183_K 0.90 0.13 0.00
74_E 152_Q 0.90 0.13 0.00
330_L 362_D 0.90 0.13 0.00
263_L 219_Q 0.89 0.13 0.00
107_F 155_S 0.89 0.13 0.00
375_K 276_I 0.89 0.13 0.00
207_I 91_N 0.89 0.13 0.00
211_V 67_V 0.89 0.13 0.00
70_Y 266_G 0.89 0.13 0.00
355_I 257_E 0.89 0.12 0.00
57_V 256_A 0.89 0.12 0.00
329_M 62_P 0.89 0.12 0.00
164_S 129_I 0.89 0.12 0.00
74_E 162_G 0.89 0.12 0.00
344_A 309_S 0.89 0.12 0.00
264_M 372_T 0.89 0.12 0.00
317_R 368_F 0.89 0.12 0.00
122_G 277_K 0.88 0.12 0.00
189_D 202_M 0.88 0.12 0.00
101_S 58_A 0.88 0.12 0.00
400_F 144_F 0.88 0.12 0.00
217_L 387_V 0.88 0.12 0.00
122_G 244_S 0.88 0.12 0.00
243_G 76_L 0.88 0.12 0.00
242_F 149_N 0.88 0.12 0.00
395_V 141_P 0.88 0.12 0.00
259_A 301_L 0.88 0.12 0.00
302_M 97_Y 0.88 0.12 0.00
195_V 258_K 0.88 0.12 0.00
153_F 102_G 0.88 0.12 0.00
70_Y 287_Q 0.88 0.12 0.00
237_A 148_F 0.88 0.12 0.00
324_A 337_Y 0.88 0.12 0.00
256_F 97_Y 0.88 0.12 0.00
262_N 268_E 0.88 0.12 0.00
300_V 109_Q 0.88 0.12 0.00
96_L 298_Y 0.88 0.12 0.00
157_L 234_K 0.88 0.12 0.00
184_R 179_N 0.88 0.12 0.00
321_S 162_G 0.88 0.12 0.00
378_L 356_I 0.87 0.12 0.00
106_I 328_D 0.87 0.12 0.00
144_V 387_V 0.87 0.12 0.00
291_S 208_R 0.87 0.12 0.00
277_L 215_S 0.87 0.12 0.00
244_L 66_F 0.87 0.12 0.00
398_L 159_H 0.87 0.12 0.00
195_V 141_P 0.87 0.12 0.00
99_F 196_S 0.87 0.12 0.00
215_T 381_L 0.87 0.12 0.00
301_F 82_H 0.87 0.12 0.00
138_I 237_K 0.87 0.12 0.00
304_M 316_I 0.87 0.12 0.00
277_L 359_F 0.86 0.12 0.00
107_F 190_A 0.86 0.12 0.00
98_S 334_E 0.86 0.12 0.00
132_R 104_A 0.86 0.12 0.00
110_V 253_K 0.86 0.12 0.00
187_L 301_L 0.86 0.12 0.00
158_L 283_L 0.86 0.12 0.00
68_G 53_S 0.86 0.12 0.00
304_M 110_Y 0.86 0.12 0.00
398_L 274_E 0.86 0.12 0.00
83_H 254_A 0.86 0.12 0.00
73_W 264_E 0.86 0.12 0.00
122_G 352_G 0.86 0.12 0.00
103_L 119_Q 0.86 0.12 0.00
189_D 367_F 0.86 0.12 0.00
119_S 340_T 0.86 0.12 0.00
140_L 354_T 0.86 0.12 0.00
320_T 381_L 0.86 0.12 0.00
239_M 152_Q 0.85 0.12 0.00
215_T 128_V 0.85 0.12 0.00
86_K 122_N 0.85 0.12 0.00
291_S 191_S 0.85 0.12 0.00
147_D 207_A 0.85 0.12 0.00
203_L 270_Y 0.85 0.12 0.00
214_E 199_D 0.85 0.12 0.00
290_M 388_D 0.85 0.12 0.00
90_G 285_D 0.85 0.12 0.00
402_I 255_D 0.85 0.11 0.00
306_M 347_Q 0.85 0.11 0.00
140_L 183_K 0.85 0.11 0.00
76_L 233_A 0.85 0.11 0.00
132_R 324_K 0.85 0.11 0.00
291_S 181_A 0.85 0.11 0.00
163_F 350_S 0.85 0.11 0.00
245_E 75_W 0.85 0.11 0.00
190_M 354_T 0.85 0.11 0.00
94_F 96_P 0.85 0.11 0.00
158_L 144_F 0.84 0.11 0.00
99_F 136_K 0.84 0.11 0.00
278_S 209_F 0.84 0.11 0.00
347_L 367_F 0.84 0.11 0.00
402_I 254_A 0.84 0.11 0.00
325_Y 373_I 0.84 0.11 0.00
133_S 214_A 0.84 0.11 0.00
386_L 91_N 0.84 0.11 0.00
302_M 68_P 0.84 0.11 0.00
191_L 93_S 0.84 0.11 0.00
397_M 222_V 0.84 0.11 0.00
283_E 332_L 0.84 0.11 0.00
340_W 240_P 0.84 0.11 0.00
226_Q 364_G 0.84 0.11 0.00
71_L 261_S 0.84 0.11 0.00
154_L 139_Y 0.84 0.11 0.00
300_V 383_F 0.84 0.11 0.00
96_L 264_E 0.84 0.11 0.00
286_N 260_T 0.84 0.11 0.00
103_L 335_D 0.84 0.11 0.00
135_G 115_Q 0.84 0.11 0.00
274_K 286_S 0.83 0.11 0.00
300_V 262_N 0.83 0.11 0.00
327_V 225_Y 0.83 0.11 0.00
390_V 333_R 0.83 0.11 0.00
386_L 289_S 0.83 0.11 0.00
72_C 242_Q 0.83 0.11 0.00
112_P 322_V 0.83 0.11 0.00
96_L 262_N 0.83 0.11 0.00
359_W 217_F 0.83 0.11 0.00
202_F 218_G 0.83 0.11 0.00
134_V 204_E 0.83 0.11 0.00
355_I 67_V 0.83 0.11 0.00
310_R 210_N 0.83 0.11 0.00
301_F 70_F 0.82 0.11 0.00
199_M 156_F 0.82 0.11 0.00
300_V 155_S 0.82 0.11 0.00
391_I 311_S 0.82 0.11 0.00
357_D 239_L 0.82 0.11 0.00
83_H 356_I 0.82 0.11 0.00
100_L 318_I 0.82 0.11 0.00
228_G 140_D 0.82 0.11 0.00
72_C 354_T 0.82 0.11 0.00
245_E 364_G 0.82 0.11 0.00
283_E 165_A 0.82 0.11 0.00
227_S 62_P 0.82 0.11 0.00
391_I 273_N 0.82 0.11 0.00
89_D 98_L 0.82 0.10 0.00
186_E 70_F 0.82 0.10 0.00
328_N 205_L 0.82 0.10 0.00
147_D 254_A 0.82 0.10 0.00
390_V 122_N 0.82 0.10 0.00
78_L 116_M 0.82 0.10 0.00
347_L 211_E 0.82 0.10 0.00
158_L 76_L 0.81 0.10 0.00
328_N 315_P 0.81 0.10 0.00
184_R 176_Q 0.81 0.10 0.00
160_M 65_R 0.81 0.10 0.00
366_L 97_Y 0.81 0.10 0.00
194_S 112_G 0.81 0.10 0.00
386_L 335_D 0.81 0.10 0.00
76_L 175_Q 0.81 0.10 0.00
310_R 203_I 0.81 0.10 0.00
263_L 207_A 0.81 0.10 0.00
316_N 246_Q 0.81 0.10 0.00
153_F 219_Q 0.81 0.10 0.00
171_F 66_F 0.81 0.10 0.00
243_G 151_D 0.81 0.10 0.00
98_S 250_D 0.81 0.10 0.00
228_G 385_K 0.81 0.10 0.00
314_F 259_N 0.81 0.10 0.00
186_E 254_A 0.81 0.10 0.00
144_V 259_N 0.81 0.10 0.00
329_M 158_K 0.81 0.10 0.00
329_M 70_F 0.81 0.10 0.00
238_V 245_Y 0.81 0.10 0.00
234_Y 148_F 0.81 0.10 0.00
317_R 352_G 0.81 0.10 0.00
299_F 301_L 0.81 0.10 0.00
384_I 144_F 0.81 0.10 0.00
255_M 136_K 0.81 0.10 0.00
148_F 363_G 0.81 0.10 0.00
207_I 393_N 0.80 0.10 0.00
338_V 291_T 0.80 0.10 0.00
281_L 124_Q 0.80 0.10 0.00
302_M 103_G 0.80 0.10 0.00
93_V 266_G 0.80 0.10 0.00
391_I 260_T 0.80 0.10 0.00
73_W 152_Q 0.80 0.10 0.00
106_I 342_Q 0.80 0.10 0.00
122_G 101_Q 0.80 0.10 0.00
103_L 141_P 0.80 0.10 0.00
301_F 222_V 0.80 0.10 0.00
278_S 339_Q 0.80 0.10 0.00
300_V 366_P 0.80 0.10 0.00
198_I 256_A 0.80 0.10 0.00
94_F 372_T 0.80 0.10 0.00
107_F 333_R 0.80 0.10 0.00
256_F 353_F 0.80 0.10 0.00
183_E 232_V 0.80 0.10 0.00
304_M 112_G 0.80 0.10 0.00
180_A 141_P 0.80 0.10 0.00
70_Y 202_M 0.80 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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