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OPENSEQ.org
SpA-D
Genes: A B A+B
Length: 516 422 840
Sequences: 36789 254 216
Seq/Len: 71.3 0.6 0.26
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.00 0.01
2 0.10 0.00 0.04
5 0.14 0.01 0.23
10 0.17 0.01 0.23
20 0.18 0.01 0.23
100 0.23 0.02 0.23
∞ 0.29 0.05 0.24
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
22_S 128_V 1.64 0.47 0.00
257_L 308_F 1.63 0.46 0.00
34_T 318_I 1.49 0.37 0.00
360_A 66_F 1.48 0.36 0.00
355_I 155_S 1.45 0.35 0.00
451_A 318_I 1.43 0.34 0.00
431_I 370_K 1.41 0.33 0.00
401_Y 305_L 1.34 0.29 0.00
253_D 106_S 1.34 0.29 0.00
233_L 174_L 1.32 0.28 0.00
87_I 109_Q 1.32 0.28 0.00
5_P 78_F 1.30 0.27 0.00
76_A 366_P 1.29 0.26 0.00
253_D 70_F 1.29 0.26 0.00
82_H 280_L 1.29 0.26 0.00
92_A 337_Y 1.28 0.26 0.00
431_I 229_D 1.27 0.25 0.00
354_I 327_M 1.27 0.25 0.00
409_I 63_N 1.26 0.25 0.00
167_Q 123_K 1.24 0.24 0.00
420_D 244_S 1.24 0.24 0.00
490_F 129_I 1.23 0.23 0.00
242_I 209_F 1.23 0.23 0.00
254_M 337_Y 1.22 0.23 0.00
225_V 274_E 1.22 0.23 0.00
226_I 222_V 1.21 0.23 0.00
411_F 277_K 1.21 0.23 0.00
475_E 109_Q 1.20 0.22 0.00
66_Q 79_D 1.20 0.22 0.00
412_N 139_Y 1.19 0.21 0.00
371_K 170_A 1.19 0.21 0.00
342_E 244_S 1.18 0.21 0.00
210_A 124_Q 1.18 0.21 0.00
76_A 109_Q 1.17 0.21 0.00
451_A 214_A 1.17 0.21 0.00
442_K 301_L 1.16 0.20 0.00
492_Y 248_I 1.15 0.20 0.00
43_D 283_L 1.15 0.20 0.00
9_M 95_R 1.14 0.20 0.00
419_E 377_W 1.14 0.19 0.00
105_P 70_F 1.14 0.19 0.00
411_F 144_F 1.13 0.19 0.00
432_E 279_D 1.13 0.19 0.00
491_L 63_N 1.12 0.18 0.00
349_G 129_I 1.11 0.18 0.00
331_K 82_H 1.11 0.18 0.00
362_S 152_Q 1.11 0.18 0.00
237_I 243_F 1.11 0.18 0.00
344_N 393_N 1.11 0.18 0.00
390_V 195_L 1.11 0.18 0.00
252_A 122_N 1.10 0.18 0.00
310_S 359_F 1.10 0.18 0.00
433_S 156_F 1.10 0.18 0.00
96_V 312_K 1.10 0.18 0.00
338_I 270_Y 1.10 0.18 0.00
85_I 252_V 1.09 0.18 0.00
431_I 257_E 1.09 0.17 0.00
5_P 159_H 1.09 0.17 0.00
60_V 61_D 1.08 0.17 0.00
94_E 176_Q 1.08 0.17 0.00
308_A 103_G 1.08 0.17 0.00
177_T 281_K 1.08 0.17 0.00
49_I 109_Q 1.08 0.17 0.00
76_A 113_M 1.07 0.17 0.00
321_T 122_N 1.07 0.17 0.00
181_I 286_S 1.07 0.17 0.00
448_N 99_L 1.07 0.17 0.00
237_I 144_F 1.07 0.17 0.00
209_W 109_Q 1.06 0.17 0.00
297_I 105_A 1.06 0.17 0.00
436_A 387_V 1.06 0.17 0.00
239_S 128_V 1.05 0.16 0.00
92_A 81_A 1.05 0.16 0.00
18_Q 366_P 1.05 0.16 0.00
360_A 353_F 1.05 0.16 0.00
30_G 387_V 1.05 0.16 0.00
257_L 176_Q 1.05 0.16 0.00
14_E 283_L 1.05 0.16 0.00
22_S 354_T 1.04 0.16 0.00
83_A 204_E 1.04 0.16 0.00
63_F 110_Y 1.04 0.16 0.00
80_S 120_L 1.04 0.16 0.00
11_E 110_Y 1.04 0.15 0.00
60_V 288_K 1.03 0.15 0.00
498_L 202_M 1.03 0.15 0.00
354_I 157_L 1.03 0.15 0.00
296_I 356_I 1.03 0.15 0.00
149_D 250_D 1.02 0.15 0.00
315_T 103_G 1.02 0.15 0.00
490_F 384_D 1.02 0.15 0.00
242_I 175_Q 1.02 0.15 0.00
513_V 174_L 1.01 0.15 0.00
496_L 346_Y 1.01 0.15 0.00
190_S 257_E 1.01 0.15 0.00
305_A 241_D 1.01 0.15 0.00
150_N 150_G 1.01 0.15 0.00
80_S 208_R 1.01 0.15 0.00
101_E 175_Q 1.01 0.15 0.00
278_E 192_K 1.01 0.15 0.00
327_I 332_L 1.00 0.14 0.00
420_D 124_Q 1.00 0.14 0.00
431_I 265_M 1.00 0.14 0.00
459_V 318_I 1.00 0.14 0.00
427_K 273_N 0.99 0.14 0.00
412_N 212_R 0.99 0.14 0.00
13_I 375_L 0.99 0.14 0.00
85_I 298_Y 0.99 0.14 0.00
98_A 109_Q 0.99 0.14 0.00
444_H 346_Y 0.98 0.14 0.00
149_D 280_L 0.98 0.14 0.00
94_E 323_N 0.98 0.14 0.00
78_T 109_Q 0.98 0.14 0.00
493_R 298_Y 0.98 0.14 0.00
450_L 254_A 0.97 0.14 0.00
470_T 330_A 0.97 0.14 0.00
312_V 241_D 0.97 0.14 0.00
451_A 96_P 0.97 0.13 0.00
200_Y 114_Q 0.97 0.13 0.00
482_M 57_R 0.97 0.13 0.00
82_H 322_V 0.97 0.13 0.00
309_L 169_A 0.96 0.13 0.00
63_F 75_W 0.96 0.13 0.00
198_P 252_V 0.96 0.13 0.00
312_V 268_E 0.96 0.13 0.00
286_K 222_V 0.96 0.13 0.00
446_V 315_P 0.96 0.13 0.00
200_Y 93_S 0.96 0.13 0.00
332_A 318_I 0.95 0.13 0.00
514_N 87_A 0.95 0.13 0.00
151_Y 113_M 0.95 0.13 0.00
25_V 306_T 0.95 0.13 0.00
319_L 194_E 0.95 0.13 0.00
432_E 344_I 0.95 0.13 0.00
454_I 391_L 0.95 0.13 0.00
74_F 390_F 0.95 0.13 0.00
230_F 57_R 0.94 0.13 0.00
496_L 391_L 0.94 0.13 0.00
431_I 123_K 0.94 0.13 0.00
452_Y 265_M 0.94 0.13 0.00
104_E 204_E 0.94 0.13 0.00
420_D 150_G 0.94 0.13 0.00
198_P 127_Y 0.94 0.12 0.00
490_F 114_Q 0.94 0.12 0.00
407_F 376_G 0.94 0.12 0.00
237_I 156_F 0.94 0.12 0.00
71_L 61_D 0.94 0.12 0.00
225_V 360_S 0.94 0.12 0.00
63_F 116_M 0.94 0.12 0.00
234_F 317_F 0.94 0.12 0.00
319_L 246_Q 0.93 0.12 0.00
109_I 369_M 0.93 0.12 0.00
482_M 166_S 0.93 0.12 0.00
80_S 175_Q 0.93 0.12 0.00
107_L 381_L 0.93 0.12 0.00
354_I 154_T 0.93 0.12 0.00
511_N 354_T 0.93 0.12 0.00
431_I 285_D 0.93 0.12 0.00
37_D 307_Q 0.93 0.12 0.00
252_A 322_V 0.93 0.12 0.00
409_I 61_D 0.93 0.12 0.00
19_T 216_F 0.93 0.12 0.00
78_T 151_D 0.93 0.12 0.00
459_V 289_S 0.93 0.12 0.00
407_F 267_M 0.93 0.12 0.00
476_D 255_D 0.93 0.12 0.00
43_D 272_Y 0.93 0.12 0.00
293_N 242_Q 0.93 0.12 0.00
257_L 79_D 0.92 0.12 0.00
17_A 208_R 0.92 0.12 0.00
44_S 159_H 0.92 0.12 0.00
147_G 322_V 0.92 0.12 0.00
350_E 247_A 0.92 0.12 0.00
464_E 95_R 0.92 0.12 0.00
269_I 314_N 0.92 0.12 0.00
47_A 264_E 0.92 0.12 0.00
405_M 272_Y 0.92 0.12 0.00
116_L 241_D 0.92 0.12 0.00
319_L 340_T 0.92 0.12 0.00
505_D 149_N 0.92 0.12 0.00
453_V 206_L 0.92 0.12 0.00
297_I 53_S 0.92 0.12 0.00
172_N 292_Y 0.91 0.12 0.00
367_N 353_F 0.91 0.12 0.00
421_V 161_S 0.91 0.12 0.00
506_I 337_Y 0.91 0.12 0.00
290_R 258_K 0.91 0.12 0.00
331_K 248_I 0.91 0.12 0.00
85_I 330_A 0.91 0.12 0.00
462_Q 291_T 0.91 0.12 0.00
494_D 117_L 0.91 0.12 0.00
416_I 375_L 0.91 0.12 0.00
414_Y 123_K 0.91 0.12 0.00
43_D 302_Q 0.91 0.12 0.00
493_R 262_N 0.91 0.12 0.00
362_S 123_K 0.91 0.12 0.00
176_F 361_K 0.91 0.12 0.00
483_S 345_R 0.91 0.12 0.00
453_V 284_K 0.91 0.12 0.00
447_Q 308_F 0.90 0.12 0.00
511_N 99_L 0.90 0.12 0.00
427_K 127_Y 0.90 0.12 0.00
66_Q 57_R 0.90 0.12 0.00
67_E 272_Y 0.90 0.12 0.00
424_N 301_L 0.90 0.11 0.00
309_L 341_V 0.90 0.11 0.00
453_V 280_L 0.90 0.11 0.00
370_E 331_G 0.90 0.11 0.00
318_M 119_Q 0.90 0.11 0.00
67_E 303_L 0.90 0.11 0.00
359_P 152_Q 0.89 0.11 0.00
506_I 176_Q 0.89 0.11 0.00
91_S 363_G 0.89 0.11 0.00
124_I 109_Q 0.89 0.11 0.00
109_I 359_F 0.89 0.11 0.00
247_S 149_N 0.89 0.11 0.00
34_T 213_Q 0.89 0.11 0.00
252_A 111_F 0.89 0.11 0.00
442_K 183_K 0.89 0.11 0.00
49_I 80_G 0.89 0.11 0.00
63_F 282_K 0.89 0.11 0.00
436_A 337_Y 0.89 0.11 0.00
210_A 53_S 0.89 0.11 0.00
386_H 325_K 0.89 0.11 0.00
196_A 57_R 0.89 0.11 0.00
44_S 274_E 0.89 0.11 0.00
206_V 303_L 0.89 0.11 0.00
49_I 118_P 0.89 0.11 0.00
414_Y 186_V 0.88 0.11 0.00
92_A 340_T 0.88 0.11 0.00
210_A 138_G 0.88 0.11 0.00
310_S 115_Q 0.88 0.11 0.00
350_E 280_L 0.88 0.11 0.00
400_L 119_Q 0.88 0.11 0.00
45_L 301_L 0.88 0.11 0.00
235_A 286_S 0.88 0.11 0.00
309_L 156_F 0.88 0.11 0.00
352_G 359_F 0.88 0.11 0.00
425_L 260_T 0.88 0.11 0.00
327_I 323_N 0.88 0.11 0.00
82_H 368_F 0.88 0.11 0.00
218_T 150_G 0.88 0.11 0.00
245_W 149_N 0.88 0.11 0.00
429_R 135_S 0.88 0.11 0.00
283_T 56_V 0.88 0.11 0.00
391_G 105_A 0.88 0.11 0.00
341_E 345_R 0.88 0.11 0.00
387_T 70_F 0.88 0.11 0.00
75_V 358_D 0.88 0.11 0.00
421_V 57_R 0.88 0.11 0.00
25_V 209_F 0.88 0.11 0.00
167_Q 120_L 0.88 0.11 0.00
212_T 305_L 0.88 0.11 0.00
296_I 344_I 0.88 0.11 0.00
105_P 103_G 0.88 0.11 0.00
63_F 364_G 0.88 0.11 0.00
452_Y 381_L 0.88 0.11 0.00
419_E 79_D 0.88 0.11 0.00
263_S 298_Y 0.88 0.11 0.00
154_I 249_E 0.87 0.11 0.00
159_T 57_R 0.87 0.11 0.00
172_N 373_I 0.87 0.11 0.00
419_E 132_Q 0.87 0.11 0.00
149_D 194_E 0.87 0.11 0.00
9_M 360_S 0.87 0.11 0.00
431_I 164_Q 0.87 0.11 0.00
390_V 381_L 0.87 0.11 0.00
240_L 324_K 0.87 0.11 0.00
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75_V 121_E 0.85 0.10 0.00
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209_W 234_K 0.84 0.10 0.00
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424_N 109_Q 0.84 0.10 0.00
263_S 272_Y 0.84 0.10 0.00
75_V 329_Y 0.83 0.10 0.00
452_Y 125_I 0.83 0.10 0.00
80_S 62_P 0.83 0.10 0.00
172_N 372_T 0.83 0.10 0.00
154_I 174_L 0.83 0.10 0.00
223_P 301_L 0.83 0.10 0.00
26_Y 302_Q 0.83 0.10 0.00
324_R 271_F 0.83 0.10 0.00
400_L 370_K 0.83 0.10 0.00
470_T 287_Q 0.83 0.10 0.00
360_A 214_A 0.83 0.10 0.00
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14_E 212_R 0.83 0.10 0.00
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327_I 261_S 0.83 0.10 0.00
71_L 268_E 0.83 0.10 0.00
252_A 201_E 0.83 0.10 0.00
36_G 293_L 0.83 0.10 0.00
194_M 75_W 0.83 0.10 0.00
103_A 70_F 0.83 0.10 0.00
482_M 217_F 0.83 0.10 0.00
420_D 79_D 0.83 0.10 0.00
421_V 102_G 0.83 0.10 0.00
419_E 114_Q 0.83 0.10 0.00
506_I 340_T 0.83 0.10 0.00
82_H 308_F 0.83 0.10 0.00
424_N 244_S 0.83 0.10 0.00
409_I 107_L 0.83 0.10 0.00
283_T 107_L 0.83 0.10 0.00
23_Y 159_H 0.83 0.10 0.00
420_D 251_V 0.83 0.10 0.00
99_I 120_L 0.83 0.10 0.00
446_V 240_P 0.83 0.10 0.00
479_D 58_A 0.83 0.10 0.00
46_A 172_R 0.83 0.10 0.00
72_A 310_K 0.83 0.10 0.00
78_T 145_Q 0.83 0.10 0.00
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398_L 258_K 0.82 0.10 0.00
491_L 196_S 0.82 0.10 0.00
190_S 256_A 0.82 0.10 0.00
370_E 350_S 0.82 0.10 0.00
390_V 307_Q 0.82 0.10 0.00
117_E 62_P 0.82 0.10 0.00
124_I 282_K 0.82 0.10 0.00
312_V 360_S 0.82 0.10 0.00
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242_I 104_A 0.82 0.10 0.00
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431_I 267_M 0.82 0.10 0.00
299_A 66_F 0.82 0.10 0.00
69_E 272_Y 0.82 0.10 0.00
228_Q 146_Q 0.82 0.10 0.00
234_F 376_G 0.82 0.10 0.00
66_Q 112_G 0.82 0.10 0.00
181_I 121_E 0.82 0.10 0.00
148_D 125_I 0.82 0.09 0.00
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200_Y 137_N 0.81 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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