May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
SpA-B
Genes: A B A+B
Length: 516 414 872
Sequences: 36789 2088 473
Seq/Len: 71.3 5.04 0.54
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.77
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.01 0.26
2 0.10 0.02 0.38
5 0.14 0.03 0.45
10 0.17 0.03 0.47
20 0.18 0.04 0.51
100 0.23 0.06 0.75
∞ 0.29 0.11 1.22
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
493_R 264_M 1.68 0.71 0.01
22_S 386_L 1.36 0.48 0.00
219_L 164_S 1.24 0.38 0.00
233_L 342_Y 1.23 0.37 0.00
173_L 137_V 1.22 0.37 0.00
419_E 164_S 1.21 0.36 0.00
23_Y 300_V 1.16 0.33 0.00
362_S 397_M 1.16 0.33 0.00
194_M 283_E 1.15 0.32 0.00
436_A 135_G 1.13 0.30 0.00
506_I 324_A 1.12 0.30 0.00
400_L 329_M 1.11 0.30 0.00
332_A 291_S 1.11 0.29 0.00
62_V 134_V 1.10 0.29 0.00
449_L 278_S 1.10 0.29 0.00
495_S 390_V 1.07 0.27 0.00
49_I 158_L 1.07 0.27 0.00
36_G 110_V 1.05 0.26 0.00
345_K 72_C 1.05 0.26 0.00
199_P 310_R 1.05 0.25 0.00
96_V 69_I 1.05 0.25 0.00
244_I 135_G 1.04 0.25 0.00
76_A 152_E 1.04 0.25 0.00
80_S 354_V 1.04 0.25 0.00
450_L 181_I 1.03 0.25 0.00
285_Q 90_G 1.03 0.24 0.00
481_M 209_A 1.02 0.24 0.00
18_Q 326_I 1.01 0.23 0.00
176_F 191_L 1.01 0.23 0.00
359_P 329_M 1.01 0.23 0.00
202_F 345_Y 1.00 0.23 0.00
285_Q 291_S 1.00 0.23 0.00
342_E 189_D 1.00 0.23 0.00
109_I 352_G 1.00 0.23 0.00
206_V 348_F 1.00 0.23 0.00
342_E 241_T 0.99 0.22 0.00
14_E 309_T 0.99 0.22 0.00
313_A 291_S 0.99 0.22 0.00
49_I 355_I 0.98 0.22 0.00
484_Y 286_N 0.98 0.21 0.00
490_F 137_V 0.97 0.21 0.00
22_S 393_F 0.97 0.21 0.00
296_I 173_R 0.97 0.21 0.00
9_M 266_I 0.96 0.21 0.00
249_P 257_A 0.96 0.21 0.00
355_I 185_D 0.96 0.21 0.00
432_E 137_V 0.96 0.20 0.00
122_P 408_N 0.96 0.20 0.00
386_H 364_K 0.96 0.20 0.00
28_V 313_V 0.95 0.20 0.00
218_T 278_S 0.95 0.20 0.00
266_M 309_T 0.95 0.20 0.00
86_P 257_A 0.95 0.20 0.00
309_L 400_F 0.95 0.20 0.00
401_Y 345_Y 0.95 0.20 0.00
449_L 90_G 0.95 0.20 0.00
324_R 231_F 0.94 0.20 0.00
299_A 306_M 0.94 0.20 0.00
104_E 120_L 0.94 0.19 0.00
239_S 99_F 0.93 0.19 0.00
374_E 260_I 0.93 0.19 0.00
150_N 86_K 0.93 0.19 0.00
275_D 400_F 0.93 0.19 0.00
76_A 200_W 0.93 0.19 0.00
300_Y 252_G 0.92 0.19 0.00
496_L 105_I 0.92 0.18 0.00
57_K 331_I 0.91 0.18 0.00
60_V 176_E 0.91 0.18 0.00
428_S 353_L 0.91 0.18 0.00
87_I 100_L 0.91 0.18 0.00
48_V 110_V 0.90 0.18 0.00
34_T 351_L 0.90 0.18 0.00
100_L 133_S 0.90 0.18 0.00
106_S 236_L 0.90 0.17 0.00
336_T 133_S 0.90 0.17 0.00
205_S 345_Y 0.90 0.17 0.00
135_Q 99_F 0.90 0.17 0.00
391_G 259_A 0.90 0.17 0.00
191_R 259_A 0.89 0.17 0.00
270_T 344_A 0.89 0.17 0.00
60_V 212_L 0.89 0.17 0.00
40_A 110_V 0.89 0.17 0.00
466_D 413_K 0.89 0.17 0.00
501_N 156_F 0.89 0.17 0.00
338_I 209_A 0.89 0.17 0.00
285_Q 180_A 0.88 0.17 0.00
409_I 194_S 0.88 0.17 0.00
348_N 72_C 0.88 0.17 0.00
507_K 50_F 0.88 0.17 0.00
96_V 356_N 0.88 0.17 0.00
176_F 321_S 0.88 0.17 0.00
319_L 136_I 0.88 0.17 0.00
308_A 400_F 0.88 0.17 0.00
74_F 134_V 0.87 0.17 0.00
361_V 278_S 0.87 0.16 0.00
138_N 387_L 0.87 0.16 0.00
249_P 403_F 0.87 0.16 0.00
36_G 87_S 0.87 0.16 0.00
379_F 283_E 0.87 0.16 0.00
204_L 404_S 0.87 0.16 0.00
123_M 390_V 0.87 0.16 0.00
314_V 121_L 0.87 0.16 0.00
478_T 153_F 0.86 0.16 0.00
76_A 98_S 0.86 0.16 0.00
362_S 282_K 0.86 0.16 0.00
409_I 150_L 0.86 0.16 0.00
51_Q 106_I 0.86 0.16 0.00
346_L 140_L 0.86 0.16 0.00
229_D 133_S 0.86 0.16 0.00
504_I 76_L 0.86 0.16 0.00
193_Q 266_I 0.86 0.16 0.00
488_S 352_G 0.85 0.16 0.00
409_I 331_I 0.85 0.16 0.00
490_F 283_E 0.85 0.16 0.00
486_M 146_K 0.85 0.15 0.00
181_I 300_V 0.85 0.15 0.00
250_S 345_Y 0.84 0.15 0.00
409_I 324_A 0.84 0.15 0.00
78_T 344_A 0.84 0.15 0.00
394_T 207_I 0.84 0.15 0.00
491_L 382_R 0.84 0.15 0.00
374_E 72_C 0.84 0.15 0.00
200_Y 340_W 0.84 0.15 0.00
488_S 310_R 0.84 0.15 0.00
375_A 100_L 0.83 0.15 0.00
323_K 150_L 0.83 0.15 0.00
387_T 301_F 0.83 0.15 0.00
414_Y 345_Y 0.83 0.15 0.00
391_G 283_E 0.83 0.15 0.00
213_L 50_F 0.83 0.15 0.00
241_P 323_M 0.83 0.15 0.00
109_I 327_V 0.83 0.15 0.00
219_L 348_F 0.83 0.15 0.00
391_G 260_I 0.83 0.15 0.00
453_V 110_V 0.83 0.15 0.00
60_V 273_N 0.83 0.15 0.00
291_F 251_A 0.83 0.15 0.00
456_K 331_I 0.83 0.14 0.00
225_V 137_V 0.83 0.14 0.00
466_D 57_V 0.83 0.14 0.00
467_I 259_A 0.82 0.14 0.00
298_N 252_G 0.82 0.14 0.00
90_H 399_S 0.82 0.14 0.00
67_E 132_R 0.82 0.14 0.00
490_F 198_I 0.82 0.14 0.00
269_I 279_R 0.82 0.14 0.00
481_M 153_F 0.81 0.14 0.00
6_I 153_F 0.81 0.14 0.00
209_W 160_M 0.81 0.14 0.00
466_D 183_E 0.81 0.14 0.00
41_D 137_V 0.81 0.14 0.00
55_P 189_D 0.81 0.14 0.00
431_I 343_I 0.81 0.14 0.00
400_L 350_G 0.81 0.14 0.00
509_L 75_I 0.81 0.14 0.00
392_T 88_K 0.81 0.14 0.00
403_G 403_F 0.80 0.14 0.00
273_Y 278_S 0.80 0.14 0.00
416_I 145_I 0.80 0.14 0.00
34_T 212_L 0.80 0.14 0.00
84_Y 252_G 0.80 0.13 0.00
61_V 157_L 0.80 0.13 0.00
325_L 345_Y 0.79 0.13 0.00
275_D 280_D 0.79 0.13 0.00
10_I 200_W 0.79 0.13 0.00
420_D 274_K 0.79 0.13 0.00
255_A 135_G 0.79 0.13 0.00
275_D 345_Y 0.79 0.13 0.00
280_T 243_G 0.79 0.13 0.00
45_L 77_L 0.79 0.13 0.00
15_H 326_I 0.79 0.13 0.00
222_L 334_F 0.79 0.13 0.00
431_I 198_I 0.79 0.13 0.00
194_M 208_L 0.79 0.13 0.00
349_G 221_K 0.79 0.13 0.00
475_E 99_F 0.79 0.13 0.00
338_I 91_K 0.79 0.13 0.00
36_G 408_N 0.78 0.13 0.00
295_R 102_L 0.78 0.13 0.00
374_E 398_L 0.78 0.13 0.00
220_F 259_A 0.78 0.13 0.00
434_A 43_Y 0.78 0.13 0.00
400_L 245_E 0.78 0.13 0.00
463_F 408_N 0.78 0.13 0.00
23_Y 308_L 0.78 0.13 0.00
33_H 119_S 0.78 0.13 0.00
493_R 376_A 0.78 0.13 0.00
168_I 334_F 0.78 0.13 0.00
201_S 332_M 0.78 0.13 0.00
62_V 59_G 0.78 0.13 0.00
85_I 216_L 0.78 0.13 0.00
96_V 348_F 0.77 0.13 0.00
61_V 355_I 0.77 0.12 0.00
359_P 395_V 0.77 0.12 0.00
270_T 387_L 0.77 0.12 0.00
173_L 402_I 0.77 0.12 0.00
198_P 348_F 0.77 0.12 0.00
432_E 291_S 0.77 0.12 0.00
515_K 377_A 0.77 0.12 0.00
504_I 68_G 0.77 0.12 0.00
424_N 208_L 0.77 0.12 0.00
493_R 237_A 0.77 0.12 0.00
172_N 158_L 0.77 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.4167 seconds.