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OPENSEQ.org
TEST_A-B
Genes: A B A+B
Length: 485 404 822
Sequences: 38024 1357 393
Seq/Len: 78.4 3.36 0.48
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.08 0.00 0.24
2 0.10 0.02 0.34
5 0.13 0.03 0.40
10 0.17 0.03 0.43
20 0.19 0.03 0.44
100 0.24 0.06 0.59
∞ 0.30 0.09 0.89
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
463_M 269_F 1.45 0.52 0.00
451_L 219_A 1.35 0.43 0.00
394_E 174_S 1.32 0.42 0.00
476_R 329_A 1.28 0.39 0.00
44_L 102_L 1.28 0.38 0.00
180_W 288_D 1.27 0.38 0.00
406_V 348_I 1.26 0.37 0.00
4_I 271_I 1.24 0.36 0.00
53_L 75_L 1.22 0.34 0.00
205_L 174_S 1.21 0.33 0.00
230_I 145_Q 1.21 0.33 0.00
423_L 283_A 1.18 0.31 0.00
407_K 296_T 1.15 0.29 0.00
396_I 160_V 1.14 0.29 0.00
367_A 264_A 1.14 0.29 0.00
285_T 311_F 1.12 0.28 0.00
9_Q 314_S 1.12 0.28 0.00
219_L 347_Y 1.11 0.27 0.00
337_V 283_A 1.11 0.27 0.00
375_F 334_F 1.11 0.27 0.00
474_I 75_L 1.08 0.26 0.00
204_T 283_A 1.08 0.26 0.00
51_M 278_D 1.08 0.25 0.00
44_L 168_S 1.08 0.25 0.00
100_F 357_L 1.07 0.25 0.00
53_L 144_V 1.07 0.25 0.00
18_S 305_I 1.06 0.24 0.00
40_L 76_L 1.06 0.24 0.00
403_S 358_F 1.06 0.24 0.00
271_K 296_T 1.05 0.24 0.00
362_H 309_S 1.04 0.23 0.00
213_I 306_Y 1.04 0.23 0.00
331_V 195_N 1.03 0.23 0.00
99_V 296_T 1.03 0.23 0.00
407_K 131_V 1.03 0.23 0.00
424_I 191_V 1.03 0.23 0.00
411_V 145_Q 1.03 0.22 0.00
31_Q 109_V 1.03 0.22 0.00
23_H 318_L 1.01 0.22 0.00
338_S 393_T 1.01 0.21 0.00
227_P 328_V 1.01 0.21 0.00
466_L 104_L 1.01 0.21 0.00
384_I 329_A 1.00 0.21 0.00
252_Y 314_S 1.00 0.21 0.00
164_F 201_V 0.99 0.21 0.00
460_F 288_D 0.99 0.21 0.00
67_G 210_L 0.99 0.20 0.00
248_N 295_M 0.99 0.20 0.00
206_N 296_T 0.99 0.20 0.00
143_F 288_D 0.99 0.20 0.00
376_I 350_Y 0.98 0.20 0.00
253_G 166_F 0.98 0.20 0.00
303_E 61_V 0.98 0.20 0.00
35_D 109_V 0.98 0.20 0.00
254_S 147_I 0.98 0.20 0.00
185_P 315_R 0.98 0.20 0.00
208_V 339_I 0.98 0.20 0.00
71_A 359_I 0.98 0.20 0.00
384_I 204_A 0.98 0.20 0.00
469_T 263_I 0.97 0.20 0.00
179_Q 271_I 0.97 0.20 0.00
44_L 164_I 0.97 0.20 0.00
370_E 217_I 0.97 0.20 0.00
335_Q 334_F 0.96 0.19 0.00
351_V 99_L 0.96 0.19 0.00
51_M 186_K 0.96 0.19 0.00
87_I 160_V 0.96 0.19 0.00
262_G 297_L 0.95 0.19 0.00
460_F 147_I 0.95 0.19 0.00
427_I 109_V 0.95 0.18 0.00
176_N 208_I 0.95 0.18 0.00
411_V 204_A 0.94 0.18 0.00
303_E 283_A 0.94 0.18 0.00
87_I 68_I 0.94 0.18 0.00
164_F 326_S 0.94 0.18 0.00
210_K 112_S 0.94 0.18 0.00
142_I 395_G 0.94 0.18 0.00
31_Q 86_K 0.93 0.18 0.00
413_P 317_K 0.93 0.18 0.00
318_P 296_T 0.93 0.18 0.00
134_K 249_L 0.92 0.17 0.00
318_P 64_I 0.92 0.17 0.00
261_C 396_F 0.92 0.17 0.00
248_N 98_V 0.92 0.17 0.00
235_P 399_F 0.92 0.17 0.00
161_L 147_I 0.92 0.17 0.00
127_V 383_L 0.92 0.17 0.00
406_V 96_V 0.92 0.17 0.00
65_M 315_R 0.92 0.17 0.00
77_P 262_A 0.92 0.17 0.00
160_S 168_S 0.92 0.17 0.00
256_N 349_V 0.92 0.17 0.00
255_L 208_I 0.91 0.17 0.00
213_I 355_A 0.91 0.17 0.00
129_F 208_I 0.91 0.17 0.00
48_K 143_S 0.91 0.17 0.00
3_D 240_L 0.90 0.17 0.00
468_L 160_V 0.90 0.16 0.00
445_N 113_T 0.90 0.16 0.00
67_G 162_K 0.90 0.16 0.00
367_A 265_F 0.90 0.16 0.00
279_S 283_A 0.90 0.16 0.00
296_T 289_F 0.90 0.16 0.00
195_I 170_F 0.90 0.16 0.00
51_M 217_I 0.89 0.16 0.00
65_M 306_Y 0.89 0.16 0.00
311_L 350_Y 0.89 0.16 0.00
409_A 82_H 0.89 0.16 0.00
235_P 262_A 0.89 0.16 0.00
466_L 83_S 0.89 0.16 0.00
255_L 284_K 0.89 0.16 0.00
255_L 123_H 0.89 0.16 0.00
93_K 283_A 0.89 0.16 0.00
138_T 85_P 0.89 0.16 0.00
479_I 74_V 0.89 0.16 0.00
375_F 250_Y 0.88 0.16 0.00
69_I 349_V 0.88 0.16 0.00
65_M 354_H 0.88 0.16 0.00
295_V 396_F 0.88 0.16 0.00
32_Q 357_L 0.88 0.15 0.00
97_E 241_W 0.88 0.15 0.00
451_L 163_L 0.88 0.15 0.00
192_V 353_Y 0.88 0.15 0.00
100_F 217_I 0.87 0.15 0.00
326_D 392_V 0.87 0.15 0.00
384_I 68_I 0.87 0.15 0.00
310_T 236_G 0.87 0.15 0.00
407_K 147_I 0.87 0.15 0.00
350_E 275_P 0.87 0.15 0.00
294_A 396_F 0.87 0.15 0.00
335_Q 391_F 0.87 0.15 0.00
362_H 369_K 0.87 0.15 0.00
456_I 156_K 0.86 0.15 0.00
41_A 302_R 0.86 0.15 0.00
213_I 326_S 0.86 0.15 0.00
177_E 264_A 0.86 0.15 0.00
31_Q 331_L 0.86 0.15 0.00
17_Q 382_A 0.86 0.15 0.00
412_V 312_Y 0.86 0.15 0.00
30_Y 303_D 0.86 0.15 0.00
271_K 89_S 0.86 0.15 0.00
309_P 160_V 0.85 0.15 0.00
346_Q 271_I 0.85 0.15 0.00
458_R 315_R 0.85 0.15 0.00
215_K 143_S 0.85 0.14 0.00
36_E 147_I 0.85 0.14 0.00
43_R 109_V 0.85 0.14 0.00
196_Y 301_F 0.85 0.14 0.00
37_S 317_K 0.85 0.14 0.00
368_K 87_N 0.85 0.14 0.00
274_V 109_V 0.85 0.14 0.00
394_E 184_F 0.85 0.14 0.00
223_L 345_V 0.85 0.14 0.00
48_K 356_A 0.84 0.14 0.00
225_A 98_V 0.84 0.14 0.00
445_N 98_V 0.84 0.14 0.00
115_F 98_V 0.84 0.14 0.00
315_V 153_G 0.84 0.14 0.00
164_F 281_F 0.84 0.14 0.00
407_K 349_V 0.84 0.14 0.00
443_I 325_M 0.84 0.14 0.00
13_D 331_L 0.84 0.14 0.00
368_K 218_V 0.84 0.14 0.00
44_L 360_G 0.84 0.14 0.00
6_N 381_T 0.84 0.14 0.00
469_T 288_D 0.84 0.14 0.00
106_S 144_V 0.84 0.14 0.00
74_G 336_I 0.83 0.14 0.00
300_I 131_V 0.83 0.14 0.00
262_G 392_V 0.83 0.14 0.00
319_G 65_S 0.83 0.14 0.00
466_L 283_A 0.83 0.14 0.00
19_I 284_K 0.83 0.14 0.00
451_L 344_E 0.83 0.14 0.00
286_Y 274_P 0.83 0.14 0.00
161_L 398_I 0.83 0.14 0.00
5_I 210_L 0.83 0.14 0.00
4_I 288_D 0.83 0.14 0.00
312_P 347_Y 0.83 0.14 0.00
30_Y 347_Y 0.83 0.14 0.00
266_P 146_L 0.83 0.14 0.00
454_Y 291_N 0.83 0.14 0.00
476_R 333_N 0.83 0.14 0.00
75_Y 257_G 0.82 0.14 0.00
100_F 332_I 0.82 0.14 0.00
378_G 399_F 0.82 0.13 0.00
210_K 272_K 0.82 0.13 0.00
32_Q 82_H 0.82 0.13 0.00
39_K 131_V 0.82 0.13 0.00
241_C 145_Q 0.82 0.13 0.00
374_W 393_T 0.82 0.13 0.00
338_S 287_K 0.82 0.13 0.00
350_E 332_I 0.82 0.13 0.00
193_M 396_F 0.82 0.13 0.00
191_S 350_Y 0.82 0.13 0.00
265_L 141_F 0.81 0.13 0.00
231_W 253_F 0.81 0.13 0.00
65_M 144_V 0.81 0.13 0.00
22_R 274_P 0.81 0.13 0.00
95_Q 196_E 0.81 0.13 0.00
472_G 345_V 0.81 0.13 0.00
474_I 271_I 0.81 0.13 0.00
9_Q 375_W 0.81 0.13 0.00
78_V 99_L 0.81 0.13 0.00
5_I 383_L 0.81 0.13 0.00
452_P 395_G 0.81 0.13 0.00
155_Q 349_V 0.81 0.13 0.00
277_F 256_A 0.81 0.13 0.00
30_Y 230_L 0.81 0.13 0.00
32_Q 365_E 0.81 0.13 0.00
96_P 129_E 0.81 0.13 0.00
286_Y 348_I 0.81 0.13 0.00
330_L 130_F 0.81 0.13 0.00
259_F 283_A 0.80 0.13 0.00
423_L 89_S 0.80 0.13 0.00
205_L 353_Y 0.80 0.13 0.00
275_S 268_L 0.80 0.13 0.00
326_D 218_V 0.80 0.13 0.00
91_I 143_S 0.80 0.13 0.00
303_E 272_K 0.80 0.12 0.00
345_D 392_V 0.80 0.12 0.00
217_K 174_S 0.80 0.12 0.00
468_L 251_L 0.80 0.12 0.00
386_L 354_H 0.80 0.12 0.00
466_L 226_A 0.80 0.12 0.00
322_L 68_I 0.80 0.12 0.00
371_N 79_F 0.80 0.12 0.00
452_P 223_N 0.80 0.12 0.00
396_I 112_S 0.79 0.12 0.00
117_I 218_V 0.79 0.12 0.00
375_F 358_F 0.79 0.12 0.00
449_S 295_M 0.79 0.12 0.00
98_F 331_L 0.79 0.12 0.00
142_I 99_L 0.79 0.12 0.00
61_M 302_R 0.79 0.12 0.00
54_F 130_F 0.79 0.12 0.00
116_T 267_Y 0.79 0.12 0.00
223_L 371_H 0.79 0.12 0.00
188_F 350_Y 0.79 0.12 0.00
264_I 352_L 0.79 0.12 0.00
211_N 147_I 0.79 0.12 0.00
235_P 396_F 0.79 0.12 0.00
16_P 134_L 0.79 0.12 0.00
322_L 143_S 0.79 0.12 0.00
351_V 360_G 0.79 0.12 0.00
123_S 305_I 0.79 0.12 0.00
156_I 339_I 0.79 0.12 0.00
108_E 328_V 0.79 0.12 0.00
324_T 385_I 0.78 0.12 0.00
465_Q 386_V 0.78 0.12 0.00
350_E 309_S 0.78 0.12 0.00
471_N 166_F 0.78 0.12 0.00
15_N 208_I 0.78 0.12 0.00
306_D 296_T 0.78 0.12 0.00
98_F 328_V 0.78 0.12 0.00
17_Q 68_I 0.78 0.12 0.00
32_Q 143_S 0.78 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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