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OPENSEQ.org
zeye
Genes: A B A+B
Length: 348 450 773
Sequences: 2790 67 64
Seq/Len: 8.02 0.15 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.07 0.00
2 0.01 0.07 0.00
5 0.01 0.07 0.00
10 0.02 0.07 0.08
20 0.02 0.07 0.08
100 0.04 0.07 0.09
∞ 0.12 0.07 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
332_V 80_C 1.59 0.20 0.00
35_G 355_I 1.50 0.18 0.00
21_G 78_A 1.50 0.17 0.00
324_F 307_P 1.49 0.17 0.00
208_Q 280_Q 1.49 0.17 0.00
238_N 213_I 1.48 0.17 0.00
87_N 347_A 1.44 0.16 0.00
99_E 338_I 1.44 0.16 0.00
150_P 323_E 1.44 0.16 0.00
60_I 343_V 1.42 0.16 0.00
327_I 375_P 1.41 0.15 0.00
111_W 141_R 1.40 0.15 0.00
57_S 276_A 1.40 0.15 0.00
133_K 326_N 1.40 0.15 0.00
49_F 125_L 1.39 0.15 0.00
208_Q 385_S 1.36 0.14 0.00
192_D 123_I 1.34 0.14 0.00
23_F 384_H 1.33 0.14 0.00
24_R 114_N 1.33 0.13 0.00
332_V 134_H 1.32 0.13 0.00
267_R 117_W 1.32 0.13 0.00
238_N 413_I 1.30 0.13 0.00
253_D 308_G 1.30 0.13 0.00
109_A 191_A 1.30 0.13 0.00
43_I 404_S 1.29 0.13 0.00
48_T 127_S 1.29 0.13 0.00
208_Q 431_E 1.29 0.13 0.00
263_M 347_A 1.27 0.12 0.00
137_A 199_I 1.27 0.12 0.00
45_L 249_G 1.27 0.12 0.00
258_L 447_Q 1.27 0.12 0.00
209_V 279_L 1.27 0.12 0.00
323_A 199_I 1.26 0.12 0.00
235_E 95_K 1.24 0.12 0.00
328_M 236_G 1.22 0.11 0.00
304_T 383_L 1.22 0.11 0.00
57_S 312_M 1.22 0.11 0.00
252_P 402_L 1.22 0.11 0.00
243_A 417_G 1.22 0.11 0.00
148_F 276_A 1.22 0.11 0.00
214_E 181_A 1.21 0.11 0.00
267_R 280_Q 1.21 0.11 0.00
200_A 280_Q 1.21 0.11 0.00
267_R 439_R 1.20 0.11 0.00
49_F 372_N 1.19 0.11 0.00
217_K 143_N 1.18 0.10 0.00
286_R 280_Q 1.17 0.10 0.00
265_Q 323_E 1.17 0.10 0.00
179_V 255_D 1.16 0.10 0.00
194_L 394_M 1.16 0.10 0.00
263_M 191_A 1.16 0.10 0.00
183_S 385_S 1.15 0.10 0.00
258_L 78_A 1.15 0.10 0.00
256_M 126_V 1.15 0.10 0.00
205_M 144_S 1.15 0.10 0.00
99_E 286_D 1.15 0.10 0.00
270_N 220_I 1.14 0.10 0.00
50_F 84_V 1.14 0.10 0.00
15_N 122_G 1.14 0.10 0.00
160_S 418_A 1.14 0.10 0.00
131_N 141_R 1.14 0.10 0.00
340_V 151_S 1.14 0.10 0.00
208_Q 181_A 1.13 0.10 0.00
116_E 380_A 1.13 0.10 0.00
24_R 176_R 1.13 0.10 0.00
196_G 116_T 1.13 0.10 0.00
147_Q 383_L 1.12 0.10 0.00
223_R 194_L 1.12 0.09 0.00
209_V 430_F 1.12 0.09 0.00
23_F 326_N 1.12 0.09 0.00
50_F 121_M 1.11 0.09 0.00
290_N 303_S 1.11 0.09 0.00
158_N 171_V 1.11 0.09 0.00
61_T 79_G 1.11 0.09 0.00
332_V 394_M 1.11 0.09 0.00
324_F 239_G 1.10 0.09 0.00
258_L 443_S 1.10 0.09 0.00
204_Q 430_F 1.10 0.09 0.00
153_F 213_I 1.10 0.09 0.00
274_V 255_D 1.09 0.09 0.00
49_F 404_S 1.09 0.09 0.00
251_L 249_G 1.09 0.09 0.00
236_Q 177_Q 1.09 0.09 0.00
89_A 385_S 1.09 0.09 0.00
204_Q 134_H 1.09 0.09 0.00
42_L 73_Q 1.09 0.09 0.00
267_R 391_I 1.09 0.09 0.00
45_L 246_K 1.08 0.09 0.00
270_N 125_L 1.08 0.09 0.00
223_R 312_M 1.08 0.09 0.00
34_I 281_N 1.08 0.09 0.00
238_N 225_S 1.08 0.09 0.00
212_Q 171_V 1.07 0.09 0.00
45_L 417_G 1.07 0.09 0.00
161_V 283_D 1.07 0.09 0.00
225_N 338_I 1.07 0.09 0.00
235_E 129_G 1.06 0.09 0.00
203_I 404_S 1.06 0.09 0.00
238_N 414_V 1.06 0.09 0.00
256_M 323_E 1.06 0.09 0.00
51_A 152_E 1.06 0.09 0.00
121_T 326_N 1.06 0.09 0.00
218_A 225_S 1.06 0.09 0.00
230_A 191_A 1.06 0.09 0.00
100_A 293_I 1.06 0.09 0.00
12_D 380_A 1.06 0.09 0.00
200_A 152_E 1.05 0.09 0.00
45_L 420_L 1.05 0.08 0.00
49_F 119_I 1.05 0.08 0.00
128_M 437_H 1.05 0.08 0.00
206_K 342_V 1.04 0.08 0.00
102_K 177_Q 1.04 0.08 0.00
47_Y 77_S 1.04 0.08 0.00
223_R 121_M 1.04 0.08 0.00
277_A 326_N 1.04 0.08 0.00
232_K 128_V 1.04 0.08 0.00
89_A 249_G 1.03 0.08 0.00
189_H 110_R 1.03 0.08 0.00
223_R 117_W 1.03 0.08 0.00
188_S 225_S 1.03 0.08 0.00
213_E 117_W 1.03 0.08 0.00
258_L 367_L 1.03 0.08 0.00
268_L 280_Q 1.03 0.08 0.00
286_R 181_A 1.02 0.08 0.00
204_Q 404_S 1.02 0.08 0.00
214_E 280_Q 1.02 0.08 0.00
233_I 177_Q 1.02 0.08 0.00
98_D 279_L 1.02 0.08 0.00
200_A 77_S 1.02 0.08 0.00
246_V 372_N 1.02 0.08 0.00
187_A 308_G 1.02 0.08 0.00
204_Q 125_L 1.01 0.08 0.00
332_V 385_S 1.01 0.08 0.00
281_D 141_R 1.01 0.08 0.00
204_Q 119_I 1.01 0.08 0.00
230_A 439_R 1.01 0.08 0.00
270_N 385_S 1.01 0.08 0.00
38_L 123_I 1.01 0.08 0.00
184_Q 294_V 1.01 0.08 0.00
89_A 119_I 1.01 0.08 0.00
121_T 80_C 1.00 0.08 0.00
111_W 402_L 1.00 0.08 0.00
87_N 144_S 1.00 0.08 0.00
293_N 369_E 1.00 0.08 0.00
86_S 78_A 1.00 0.08 0.00
267_R 177_Q 1.00 0.08 0.00
15_N 110_R 1.00 0.08 0.00
184_Q 249_G 0.99 0.08 0.00
217_K 78_A 0.99 0.08 0.00
332_V 312_M 0.99 0.08 0.00
253_D 417_G 0.99 0.08 0.00
277_A 231_A 0.99 0.08 0.00
72_Y 436_I 0.99 0.08 0.00
332_V 307_P 0.99 0.08 0.00
50_F 384_H 0.99 0.07 0.00
129_V 134_H 0.99 0.07 0.00
172_N 327_N 0.99 0.07 0.00
172_N 329_S 0.99 0.07 0.00
326_M 422_I 0.99 0.07 0.00
71_G 77_S 0.99 0.07 0.00
245_D 117_W 0.98 0.07 0.00
253_D 415_V 0.98 0.07 0.00
201_R 371_G 0.98 0.07 0.00
237_H 413_I 0.98 0.07 0.00
24_R 367_L 0.98 0.07 0.00
111_W 385_S 0.98 0.07 0.00
74_S 360_I 0.98 0.07 0.00
236_Q 194_L 0.98 0.07 0.00
288_M 327_N 0.98 0.07 0.00
288_M 329_S 0.98 0.07 0.00
208_Q 391_I 0.98 0.07 0.00
313_E 308_G 0.98 0.07 0.00
214_E 80_C 0.97 0.07 0.00
331_I 413_I 0.97 0.07 0.00
253_D 305_L 0.97 0.07 0.00
208_Q 78_A 0.97 0.07 0.00
89_A 220_I 0.97 0.07 0.00
183_S 181_A 0.97 0.07 0.00
183_S 235_L 0.97 0.07 0.00
262_P 151_S 0.97 0.07 0.00
99_E 394_M 0.97 0.07 0.00
57_S 406_V 0.97 0.07 0.00
102_K 80_C 0.97 0.07 0.00
265_Q 237_I 0.97 0.07 0.00
23_F 121_M 0.97 0.07 0.00
214_E 180_K 0.97 0.07 0.00
128_M 236_G 0.97 0.07 0.00
251_L 123_I 0.97 0.07 0.00
213_E 281_N 0.97 0.07 0.00
154_T 80_C 0.96 0.07 0.00
258_L 305_L 0.96 0.07 0.00
267_R 179_S 0.96 0.07 0.00
56_S 109_N 0.96 0.07 0.00
37_G 184_F 0.96 0.07 0.00
325_L 385_S 0.96 0.07 0.00
61_T 307_P 0.96 0.07 0.00
131_N 283_D 0.96 0.07 0.00
129_V 385_S 0.95 0.07 0.00
204_Q 338_I 0.95 0.07 0.00
141_E 343_V 0.95 0.07 0.00
278_F 404_S 0.95 0.07 0.00
164_I 141_R 0.95 0.07 0.00
14_E 180_K 0.95 0.07 0.00
137_A 316_S 0.95 0.07 0.00
86_S 181_A 0.95 0.07 0.00
167_T 219_I 0.95 0.07 0.00
268_L 418_A 0.94 0.07 0.00
71_G 421_M 0.94 0.07 0.00
223_R 171_V 0.94 0.07 0.00
196_G 75_L 0.94 0.07 0.00
283_D 436_I 0.94 0.07 0.00
263_M 283_D 0.94 0.07 0.00
299_D 181_A 0.94 0.07 0.00
164_I 326_N 0.94 0.07 0.00
144_N 194_L 0.94 0.07 0.00
35_G 237_I 0.94 0.07 0.00
230_A 280_Q 0.94 0.07 0.00
252_P 421_M 0.94 0.07 0.00
110_S 402_L 0.94 0.07 0.00
43_I 372_N 0.94 0.07 0.00
217_K 183_L 0.94 0.07 0.00
227_I 152_E 0.94 0.07 0.00
141_E 106_F 0.94 0.07 0.00
227_I 280_Q 0.94 0.07 0.00
219_I 187_V 0.93 0.07 0.00
212_Q 117_W 0.93 0.07 0.00
49_F 249_G 0.93 0.07 0.00
50_F 356_V 0.93 0.07 0.00
53_Q 151_S 0.93 0.07 0.00
50_F 122_G 0.93 0.07 0.00
88_M 171_V 0.93 0.07 0.00
252_P 126_V 0.93 0.07 0.00
46_A 220_I 0.93 0.07 0.00
131_N 220_I 0.93 0.07 0.00
347_S 356_V 0.92 0.07 0.00
129_V 198_M 0.92 0.07 0.00
149_I 255_D 0.92 0.07 0.00
236_Q 78_A 0.92 0.07 0.00
214_E 177_Q 0.92 0.07 0.00
15_N 280_Q 0.92 0.07 0.00
261_R 143_N 0.92 0.07 0.00
121_T 77_S 0.92 0.07 0.00
263_M 177_Q 0.92 0.07 0.00
49_F 134_H 0.92 0.07 0.00
304_T 37_V 0.92 0.07 0.00
304_T 323_E 0.92 0.07 0.00
261_R 402_L 0.92 0.07 0.00
326_M 183_L 0.91 0.07 0.00
148_F 79_G 0.91 0.07 0.00
236_Q 385_S 0.91 0.07 0.00
233_I 305_L 0.91 0.07 0.00
100_A 417_G 0.91 0.07 0.00
162_K 107_T 0.91 0.07 0.00
166_E 382_I 0.91 0.07 0.00
23_F 141_R 0.91 0.07 0.00
208_Q 439_R 0.91 0.07 0.00
236_Q 280_Q 0.91 0.07 0.00
223_R 119_I 0.91 0.07 0.00
121_T 180_K 0.91 0.07 0.00
217_K 104_P 0.91 0.07 0.00
221_D 430_F 0.91 0.07 0.00
144_N 417_G 0.90 0.07 0.00
36_M 177_Q 0.90 0.07 0.00
256_M 237_I 0.90 0.07 0.00
212_Q 281_N 0.90 0.07 0.00
204_Q 279_L 0.90 0.07 0.00
256_M 123_I 0.90 0.07 0.00
243_A 118_V 0.90 0.07 0.00
197_A 394_M 0.90 0.07 0.00
233_I 113_T 0.90 0.06 0.00
208_Q 77_S 0.90 0.06 0.00
239_I 151_S 0.90 0.06 0.00
205_M 417_G 0.90 0.06 0.00
203_I 113_T 0.89 0.06 0.00
324_F 120_L 0.89 0.06 0.00
47_Y 181_A 0.89 0.06 0.00
106_M 280_Q 0.89 0.06 0.00
227_I 406_V 0.89 0.06 0.00
216_A 409_V 0.89 0.06 0.00
128_M 225_S 0.89 0.06 0.00
47_Y 73_Q 0.89 0.06 0.00
269_E 105_L 0.89 0.06 0.00
299_D 443_S 0.89 0.06 0.00
63_R 102_R 0.89 0.06 0.00
49_F 194_L 0.89 0.06 0.00
37_G 120_L 0.89 0.06 0.00
272_Q 281_N 0.89 0.06 0.00
49_F 220_I 0.88 0.06 0.00
268_L 367_L 0.88 0.06 0.00
13_A 415_V 0.88 0.06 0.00
261_R 220_I 0.88 0.06 0.00
236_Q 134_H 0.88 0.06 0.00
258_L 143_N 0.88 0.06 0.00
236_Q 181_A 0.88 0.06 0.00
102_K 122_G 0.88 0.06 0.00
269_E 343_V 0.88 0.06 0.00
304_T 123_I 0.88 0.06 0.00
105_V 171_V 0.88 0.06 0.00
209_V 374_E 0.88 0.06 0.00
122_D 105_L 0.88 0.06 0.00
219_I 212_A 0.88 0.06 0.00
267_R 113_T 0.88 0.06 0.00
267_R 171_V 0.88 0.06 0.00
262_P 360_I 0.88 0.06 0.00
15_N 78_A 0.88 0.06 0.00
48_T 251_N 0.87 0.06 0.00
134_A 420_L 0.87 0.06 0.00
227_I 181_A 0.87 0.06 0.00
261_R 125_L 0.87 0.06 0.00
219_I 80_C 0.87 0.06 0.00
199_A 246_K 0.87 0.06 0.00
300_P 311_S 0.87 0.06 0.00
128_M 184_F 0.87 0.06 0.00
304_T 110_R 0.87 0.06 0.00
290_N 144_S 0.87 0.06 0.00
34_I 383_L 0.87 0.06 0.00
150_P 75_L 0.87 0.06 0.00
252_P 415_V 0.87 0.06 0.00
209_V 77_S 0.87 0.06 0.00
269_E 363_W 0.87 0.06 0.00
13_A 418_A 0.87 0.06 0.00
332_V 83_A 0.87 0.06 0.00
40_F 258_F 0.87 0.06 0.00
206_K 293_I 0.87 0.06 0.00
201_R 171_V 0.87 0.06 0.00
238_N 384_H 0.87 0.06 0.00
209_V 128_V 0.86 0.06 0.00
225_N 384_H 0.86 0.06 0.00
217_K 447_Q 0.86 0.06 0.00
289_L 276_A 0.86 0.06 0.00
210_K 360_I 0.86 0.06 0.00
288_M 435_L 0.86 0.06 0.00
23_F 73_Q 0.86 0.06 0.00
86_S 130_I 0.86 0.06 0.00
347_S 413_I 0.86 0.06 0.00
188_S 133_M 0.86 0.06 0.00
226_S 432_S 0.86 0.06 0.00
43_I 311_S 0.86 0.06 0.00
204_Q 113_T 0.86 0.06 0.00
229_Q 237_I 0.86 0.06 0.00
80_R 406_V 0.86 0.06 0.00
194_L 404_S 0.86 0.06 0.00
132_S 104_P 0.86 0.06 0.00
208_Q 152_E 0.86 0.06 0.00
227_I 385_S 0.86 0.06 0.00
141_E 234_V 0.85 0.06 0.00
229_Q 433_A 0.85 0.06 0.00
347_S 121_M 0.85 0.06 0.00
148_F 305_L 0.85 0.06 0.00
250_E 343_V 0.85 0.06 0.00
258_L 448_V 0.85 0.06 0.00
48_T 213_I 0.85 0.06 0.00
98_D 110_R 0.85 0.06 0.00
100_A 198_M 0.85 0.06 0.00
126_Q 417_G 0.85 0.06 0.00
129_V 119_I 0.85 0.06 0.00
37_G 177_Q 0.85 0.06 0.00
132_S 213_I 0.85 0.06 0.00
130_G 143_N 0.85 0.06 0.00
206_K 406_V 0.85 0.06 0.00
212_Q 194_L 0.85 0.06 0.00
334_G 314_L 0.85 0.06 0.00
21_G 176_R 0.84 0.06 0.00
120_Q 367_L 0.84 0.06 0.00
52_R 391_I 0.84 0.06 0.00
89_A 402_L 0.84 0.06 0.00
243_A 129_G 0.84 0.06 0.00
223_R 391_I 0.84 0.06 0.00
169_P 255_D 0.84 0.06 0.00
204_Q 220_I 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
9576 3.19 zeye2 Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
9575 0.08 zeye Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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