May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ftsx_and_envc_infdeltagene
Genes: A B A+B
Length: 352 385 680
Sequences: 1962 2169 1107
Seq/Len: 5.57 5.63 1.63
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.82
2 0.00 0.01 0.85
5 0.01 0.01 0.88
10 0.01 0.01 0.89
20 0.01 0.01 0.91
100 0.01 0.01 0.99
∞ 0.01 0.02 1.50
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
171_P 91_F 2.28 0.99 0.98
167_E 84_A 1.69 0.94 0.86
148_A 91_F 1.49 0.87 0.75
117_K 88_D 1.40 0.83 0.68
114_Y 112_Q 1.38 0.81 0.65
147_D 64_E 1.24 0.70 0.52
173_V 91_F 1.23 0.69 0.50
78_V 300_K 1.22 0.69 0.50
147_D 134_Q 1.17 0.64 0.44
151_E 276_Y 1.15 0.62 0.42
246_L 13_I 1.10 0.57 0.37
203_E 92_R 1.08 0.55 0.34
171_P 371_R 1.07 0.53 0.33
290_L 21_R 1.05 0.52 0.32
189_N 383_L 1.04 0.51 0.30
114_Y 91_F 1.03 0.50 0.29
196_T 182_E 1.03 0.49 0.29
237_F 256_G 1.02 0.48 0.28
284_A 97_T 1.01 0.47 0.27
227_M 148_E 0.99 0.45 0.25
88_P 335_N 0.98 0.44 0.25
284_A 108_S 0.98 0.44 0.24
80_V 90_A 0.97 0.43 0.24
118_T 378_N 0.96 0.42 0.23
62_G 302_I 0.95 0.41 0.22
202_D 92_R 0.94 0.40 0.21
277_A 135_T 0.93 0.39 0.20
273_L 202_L 0.93 0.39 0.20
334_G 125_R 0.93 0.39 0.20
341_A 173_E 0.93 0.39 0.20
78_V 130_A 0.92 0.38 0.19
142_Y 372_R 0.91 0.37 0.18
286_L 320_V 0.90 0.36 0.18
65_Q 160_Q 0.90 0.36 0.18
230_V 378_N 0.90 0.36 0.18
295_V 125_R 0.90 0.36 0.18
120_D 183_S 0.90 0.36 0.18
89_S 368_F 0.89 0.36 0.17
258_Q 290_V 0.89 0.35 0.17
330_C 111_G 0.89 0.35 0.17
146_E 33_Q 0.89 0.35 0.17
254_S 356_G 0.89 0.35 0.17
253_D 261_R 0.89 0.35 0.17
165_L 84_A 0.88 0.35 0.17
94_V 352_I 0.88 0.34 0.16
328_L 70_A 0.87 0.34 0.16
171_P 92_R 0.87 0.34 0.16
146_E 347_R 0.87 0.33 0.16
287_S 144_A 0.87 0.33 0.15
252_R 103_L 0.87 0.33 0.15
171_P 120_Y 0.86 0.33 0.15
340_L 154_Q 0.86 0.33 0.15
152_F 90_A 0.86 0.33 0.15
130_Q 103_L 0.86 0.32 0.15
142_Y 49_R 0.85 0.32 0.15
289_I 168_T 0.85 0.31 0.14
276_G 317_G 0.84 0.31 0.14
118_T 77_A 0.84 0.31 0.14
170_L 120_Y 0.84 0.30 0.14
258_Q 367_Y 0.84 0.30 0.14
264_T 353_A 0.83 0.30 0.14
303_A 8_S 0.83 0.30 0.14
170_L 378_N 0.83 0.30 0.13
234_A 75_Q 0.83 0.30 0.13
230_V 15_A 0.83 0.30 0.13
111_I 204_N 0.83 0.30 0.13
286_L 66_N 0.83 0.29 0.13
193_D 64_E 0.82 0.29 0.13
276_G 356_G 0.82 0.29 0.13
77_T 101_L 0.82 0.29 0.13
276_G 47_K 0.82 0.29 0.13
253_D 330_S 0.82 0.29 0.12
233_V 321_V 0.81 0.28 0.12
73_A 367_Y 0.81 0.28 0.12
70_K 334_Y 0.81 0.28 0.12
237_F 336_Q 0.81 0.28 0.12
142_Y 271_P 0.81 0.28 0.12
283_G 201_R 0.81 0.28 0.12
78_V 201_R 0.81 0.28 0.12
212_A 21_R 0.81 0.28 0.12
286_L 165_A 0.80 0.27 0.12
339_W 170_A 0.80 0.27 0.12
268_I 10_Q 0.80 0.27 0.12
333_I 50_E 0.80 0.27 0.12
254_S 365_S 0.80 0.27 0.11
283_G 279_Q 0.80 0.27 0.11
289_I 63_D 0.80 0.27 0.11
130_Q 253_R 0.80 0.27 0.11
146_E 165_A 0.80 0.27 0.11
278_L 80_E 0.80 0.27 0.11
111_I 364_P 0.79 0.27 0.11
251_R 189_Q 0.79 0.27 0.11
301_A 378_N 0.79 0.27 0.11
121_D 168_T 0.79 0.26 0.11
81_I 188_G 0.79 0.26 0.11
338_A 82_S 0.79 0.26 0.11
144_S 74_Q 0.79 0.26 0.11
122_D 158_Y 0.79 0.26 0.11
131_L 73_E 0.78 0.26 0.11
254_S 317_G 0.78 0.25 0.10
250_A 377_V 0.78 0.25 0.10
275_G 363_R 0.78 0.25 0.10
145_R 207_A 0.78 0.25 0.10
156_S 321_V 0.77 0.25 0.10
261_I 353_A 0.77 0.25 0.10
264_T 125_R 0.77 0.25 0.10
90_V 65_M 0.77 0.24 0.10
333_I 98_G 0.77 0.24 0.10
240_I 132_L 0.76 0.24 0.10
259_K 327_G 0.76 0.24 0.10
150_G 67_A 0.76 0.24 0.10
276_G 369_E 0.76 0.24 0.10
101_A 150_Q 0.76 0.24 0.10
250_A 303_A 0.76 0.24 0.09
175_V 299_V 0.76 0.24 0.09
341_A 79_Q 0.76 0.24 0.09
67_L 129_I 0.76 0.24 0.09
347_R 148_E 0.76 0.24 0.09
172_A 169_Q 0.76 0.23 0.09
286_L 38_E 0.76 0.23 0.09
135_Q 66_N 0.75 0.23 0.09
206_M 267_P 0.75 0.23 0.09
238_L 109_Q 0.75 0.23 0.09
61_H 160_Q 0.75 0.23 0.09
135_Q 106_E 0.75 0.23 0.09
139_K 51_T 0.75 0.23 0.09
242_N 34_L 0.75 0.23 0.09
214_L 131_Q 0.75 0.23 0.09
141_N 320_V 0.75 0.23 0.09
248_I 333_G 0.75 0.23 0.09
187_S 127_E 0.75 0.23 0.09
91_C 69_I 0.75 0.23 0.09
174_A 290_V 0.75 0.23 0.09
347_R 103_L 0.75 0.23 0.09
156_S 90_A 0.74 0.23 0.09
327_L 383_L 0.74 0.23 0.09
318_L 205_S 0.74 0.23 0.09
228_I 353_A 0.74 0.23 0.09
188_L 320_V 0.74 0.23 0.09
239_V 340_V 0.74 0.23 0.09
143_L 91_F 0.74 0.23 0.09
113_V 101_L 0.74 0.23 0.09
261_I 328_D 0.74 0.23 0.09
66_D 319_V 0.74 0.23 0.09
114_Y 306_R 0.74 0.22 0.09
103_T 151_S 0.74 0.22 0.09
282_S 92_R 0.74 0.22 0.09
131_L 78_A 0.74 0.22 0.09
139_K 21_R 0.74 0.22 0.09
125_A 77_A 0.74 0.22 0.08
87_L 167_L 0.74 0.22 0.08
267_F 324_H 0.74 0.22 0.08
273_L 177_T 0.73 0.22 0.08
81_I 174_R 0.73 0.22 0.08
327_L 342_V 0.73 0.22 0.08
163_D 352_I 0.73 0.22 0.08
84_S 336_Q 0.73 0.22 0.08
170_L 87_L 0.73 0.22 0.08
270_R 125_R 0.73 0.21 0.08
323_C 49_R 0.73 0.21 0.08
331_S 177_T 0.73 0.21 0.08
250_A 262_G 0.73 0.21 0.08
240_I 340_V 0.73 0.21 0.08
99_N 143_R 0.72 0.21 0.08
142_Y 121_L 0.72 0.21 0.08
245_R 103_L 0.72 0.21 0.08
80_V 336_Q 0.72 0.21 0.08
116_Q 60_K 0.72 0.21 0.08
319_S 335_N 0.72 0.21 0.08
210_W 378_N 0.72 0.21 0.08
81_I 122_N 0.72 0.21 0.08
170_L 72_L 0.72 0.21 0.08
327_L 143_R 0.72 0.21 0.08
235_A 89_A 0.72 0.21 0.08
120_D 322_V 0.72 0.21 0.08
284_A 106_E 0.72 0.21 0.08
211_F 173_E 0.72 0.21 0.08
268_I 156_L 0.72 0.21 0.08
89_S 2_E 0.72 0.21 0.08
342_T 111_G 0.72 0.21 0.08
323_C 193_S 0.72 0.21 0.08
213_R 366_L 0.72 0.21 0.08
294_L 158_Y 0.72 0.21 0.08
139_K 67_A 0.71 0.21 0.07
170_L 377_V 0.71 0.20 0.07
107_P 173_E 0.71 0.20 0.07
240_I 320_V 0.71 0.20 0.07
240_I 183_S 0.71 0.20 0.07
186_E 166_K 0.71 0.20 0.07
265_D 66_N 0.71 0.20 0.07
209_S 37_Q 0.71 0.20 0.07
285_L 46_R 0.71 0.20 0.07
86_T 88_D 0.71 0.20 0.07
268_I 103_L 0.71 0.20 0.07
294_L 289_M 0.71 0.20 0.07
60_F 299_V 0.71 0.20 0.07
330_C 72_L 0.71 0.20 0.07
252_R 150_Q 0.71 0.20 0.07
123_A 157_L 0.71 0.20 0.07
330_C 3_R 0.71 0.20 0.07
329_V 76_K 0.71 0.20 0.07
294_L 144_A 0.71 0.20 0.07
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
10142 1 FX_EC Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.94 Done - Shared
9504 1.63 ftsx_and_envc_infdeltagene Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.98 Done
Page generated in 1.1368 seconds.