May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
vipB_TssG
Genes: A B A+B
Length: 473 350 759
Sequences: 520 861 602
Seq/Len: 1.1 2.46 0.79
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.75
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.06 0.00 0.00
2 0.06 0.00 0.02
5 0.06 0.00 0.57
10 0.06 0.00 0.65
20 0.06 0.00 0.73
100 0.08 0.02 0.74
∞ 0.16 0.11 0.74
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
175_S 220_T 1.65 0.80 0.04
159_L 190_L 1.44 0.65 0.02
117_E 151_L 1.27 0.51 0.01
452_L 151_L 1.27 0.51 0.01
175_S 153_G 1.24 0.49 0.01
217_A 287_L 1.24 0.49 0.01
263_F 56_G 1.22 0.47 0.01
215_E 117_I 1.21 0.46 0.01
398_K 21_F 1.21 0.46 0.01
256_Y 59_F 1.20 0.45 0.01
443_G 210_R 1.20 0.45 0.01
190_L 57_M 1.18 0.44 0.01
163_G 162_C 1.18 0.43 0.01
163_G 67_A 1.17 0.43 0.01
60_I 260_G 1.16 0.42 0.01
257_L 183_P 1.15 0.41 0.01
110_E 210_R 1.15 0.41 0.01
337_S 302_S 1.14 0.40 0.01
45_N 29_E 1.13 0.40 0.01
123_L 250_L 1.12 0.39 0.01
158_L 21_F 1.12 0.39 0.01
124_Y 91_S 1.11 0.38 0.01
324_A 81_V 1.11 0.38 0.01
174_I 228_S 1.11 0.38 0.01
196_L 56_G 1.10 0.37 0.01
443_G 242_V 1.09 0.36 0.01
133_G 99_S 1.09 0.36 0.01
210_S 79_V 1.09 0.36 0.01
394_I 154_L 1.08 0.35 0.01
58_K 151_L 1.08 0.35 0.01
211_L 187_A 1.07 0.35 0.01
422_P 176_L 1.07 0.34 0.01
110_E 29_E 1.06 0.34 0.01
392_E 91_S 1.05 0.33 0.01
324_A 275_L 1.05 0.33 0.01
97_K 286_R 1.04 0.32 0.01
467_L 130_W 1.04 0.32 0.01
163_G 302_S 1.03 0.32 0.01
201_E 63_E 1.03 0.32 0.01
217_A 48_A 1.03 0.32 0.01
374_P 92_P 1.03 0.32 0.01
186_S 254_T 1.03 0.31 0.01
315_I 146_K 1.03 0.31 0.01
169_A 220_T 1.02 0.31 0.01
127_V 34_D 1.02 0.30 0.01
127_V 293_R 1.01 0.30 0.01
386_V 51_F 1.01 0.30 0.01
287_S 55_P 1.01 0.30 0.01
411_I 204_R 1.01 0.30 0.01
165_L 146_K 1.00 0.29 0.01
440_D 79_V 1.00 0.29 0.01
330_A 190_L 1.00 0.29 0.01
98_V 49_V 1.00 0.29 0.01
104_T 317_V 1.00 0.29 0.01
189_E 302_S 0.99 0.29 0.01
386_V 302_S 0.99 0.29 0.01
261_T 124_T 0.99 0.28 0.01
223_T 102_A 0.98 0.28 0.01
68_L 216_K 0.98 0.28 0.01
415_V 248_L 0.98 0.28 0.01
422_P 116_D 0.98 0.28 0.01
317_D 271_L 0.98 0.27 0.01
132_Y 249_Q 0.97 0.27 0.01
380_N 117_I 0.97 0.27 0.01
276_Y 193_L 0.97 0.27 0.01
213_E 292_E 0.97 0.27 0.01
218_R 27_L 0.97 0.27 0.01
224_A 239_A 0.96 0.27 0.01
46_K 67_A 0.96 0.26 0.01
114_F 182_L 0.95 0.26 0.01
182_F 249_Q 0.95 0.26 0.01
313_V 169_P 0.95 0.26 0.01
190_L 180_M 0.95 0.26 0.01
162_M 120_H 0.95 0.26 0.01
436_I 74_H 0.95 0.26 0.01
402_D 215_L 0.95 0.25 0.01
123_L 168_T 0.95 0.25 0.01
326_E 23_R 0.94 0.25 0.01
60_I 179_L 0.94 0.25 0.01
151_P 207_H 0.94 0.25 0.01
290_A 118_F 0.94 0.25 0.01
123_L 279_L 0.93 0.24 0.00
54_V 49_V 0.93 0.24 0.00
420_N 49_V 0.93 0.24 0.00
418_Q 198_A 0.93 0.24 0.00
185_D 215_L 0.93 0.24 0.00
348_I 176_L 0.92 0.24 0.00
144_I 109_E 0.92 0.24 0.00
217_A 292_E 0.92 0.24 0.00
210_S 127_Y 0.92 0.23 0.00
394_I 78_I 0.91 0.23 0.00
66_E 260_G 0.91 0.23 0.00
379_I 180_M 0.91 0.23 0.00
316_T 130_W 0.91 0.23 0.00
408_N 67_A 0.90 0.23 0.00
60_I 202_Q 0.90 0.23 0.00
106_D 234_V 0.90 0.22 0.00
109_L 63_E 0.90 0.22 0.00
132_Y 120_H 0.89 0.22 0.00
440_D 148_S 0.89 0.22 0.00
185_D 298_D 0.89 0.22 0.00
181_F 244_G 0.89 0.22 0.00
81_R 301_L 0.89 0.22 0.00
54_V 22_Y 0.89 0.22 0.00
185_D 307_A 0.89 0.22 0.00
242_S 93_L 0.89 0.22 0.00
171_A 265_G 0.89 0.22 0.00
328_F 23_R 0.88 0.21 0.00
215_E 24_F 0.88 0.21 0.00
152_S 205_V 0.88 0.21 0.00
405_R 153_G 0.88 0.21 0.00
71_S 66_D 0.88 0.21 0.00
308_K 62_S 0.88 0.21 0.00
143_I 142_G 0.88 0.21 0.00
209_R 135_Y 0.88 0.21 0.00
119_A 121_R 0.87 0.21 0.00
184_I 255_G 0.87 0.21 0.00
217_A 164_Q 0.87 0.21 0.00
134_Q 117_I 0.87 0.21 0.00
218_R 215_L 0.87 0.21 0.00
209_R 137_A 0.87 0.21 0.00
117_E 82_T 0.87 0.21 0.00
291_V 60_P 0.87 0.21 0.00
237_E 287_L 0.87 0.21 0.00
408_N 63_E 0.87 0.20 0.00
337_S 174_L 0.87 0.20 0.00
329_I 175_A 0.86 0.20 0.00
169_A 251_S 0.86 0.20 0.00
214_S 250_L 0.86 0.20 0.00
292_E 250_L 0.86 0.20 0.00
150_T 101_I 0.86 0.20 0.00
42_E 319_R 0.85 0.20 0.00
169_A 252_T 0.85 0.20 0.00
422_P 98_I 0.85 0.20 0.00
111_D 132_K 0.85 0.20 0.00
253_H 60_P 0.85 0.20 0.00
79_A 311_Q 0.85 0.20 0.00
111_D 28_L 0.84 0.19 0.00
56_L 83_F 0.84 0.19 0.00
273_F 316_A 0.84 0.19 0.00
272_S 319_R 0.84 0.19 0.00
72_Q 214_P 0.84 0.19 0.00
441_V 180_M 0.84 0.19 0.00
199_T 258_V 0.84 0.19 0.00
217_A 220_T 0.84 0.19 0.00
98_V 66_D 0.84 0.19 0.00
362_E 296_L 0.84 0.19 0.00
64_M 19_I 0.83 0.19 0.00
163_G 203_A 0.83 0.19 0.00
78_S 288_Q 0.83 0.19 0.00
107_E 289_L 0.83 0.19 0.00
132_Y 76_P 0.83 0.19 0.00
163_G 70_P 0.83 0.18 0.00
452_L 115_L 0.83 0.18 0.00
177_V 178_P 0.83 0.18 0.00
443_G 116_D 0.83 0.18 0.00
220_L 217_T 0.83 0.18 0.00
328_F 66_D 0.83 0.18 0.00
182_F 299_A 0.83 0.18 0.00
343_F 132_K 0.83 0.18 0.00
144_I 149_Q 0.83 0.18 0.00
75_A 64_I 0.83 0.18 0.00
389_L 287_L 0.83 0.18 0.00
85_L 314_R 0.82 0.18 0.00
313_V 193_L 0.82 0.18 0.00
188_E 60_P 0.82 0.18 0.00
400_R 276_H 0.82 0.18 0.00
296_V 21_F 0.82 0.18 0.00
344_S 91_S 0.82 0.18 0.00
97_K 230_K 0.82 0.18 0.00
62_A 234_V 0.82 0.18 0.00
53_L 122_L 0.81 0.18 0.00
404_E 60_P 0.81 0.18 0.00
241_K 83_F 0.81 0.18 0.00
214_S 291_V 0.81 0.18 0.00
432_R 156_R 0.81 0.18 0.00
469_L 118_F 0.81 0.18 0.00
411_I 19_I 0.81 0.18 0.00
221_G 105_R 0.81 0.18 0.00
371_T 180_M 0.81 0.17 0.00
35_M 281_S 0.81 0.17 0.00
60_I 216_K 0.81 0.17 0.00
211_L 23_R 0.81 0.17 0.00
142_A 27_L 0.81 0.17 0.00
215_E 294_S 0.81 0.17 0.00
109_L 64_I 0.81 0.17 0.00
276_Y 58_G 0.81 0.17 0.00
255_H 250_L 0.81 0.17 0.00
369_L 176_L 0.81 0.17 0.00
459_K 91_S 0.81 0.17 0.00
350_K 104_Q 0.81 0.17 0.00
265_F 246_V 0.80 0.17 0.00
419_E 135_Y 0.80 0.17 0.00
45_N 102_A 0.80 0.17 0.00
98_V 294_S 0.80 0.17 0.00
377_M 119_S 0.80 0.17 0.00
419_E 55_P 0.80 0.17 0.00
86_F 125_Q 0.80 0.17 0.00
328_F 241_D 0.80 0.17 0.00
155_D 28_L 0.80 0.17 0.00
273_F 20_N 0.80 0.17 0.00
256_Y 62_S 0.80 0.17 0.00
220_L 46_Q 0.80 0.17 0.00
262_A 179_L 0.80 0.17 0.00
47_S 176_L 0.79 0.17 0.00
334_R 240_T 0.79 0.17 0.00
272_S 91_S 0.79 0.17 0.00
450_V 30_Q 0.79 0.16 0.00
270_T 25_C 0.79 0.16 0.00
147_Y 192_S 0.79 0.16 0.00
209_R 275_L 0.79 0.16 0.00
428_R 246_V 0.79 0.16 0.00
61_S 181_L 0.79 0.16 0.00
221_G 83_F 0.79 0.16 0.00
266_A 301_L 0.79 0.16 0.00
115_A 19_I 0.79 0.16 0.00
261_T 60_P 0.79 0.16 0.00
188_E 274_L 0.79 0.16 0.00
76_M 269_S 0.78 0.16 0.00
142_A 204_R 0.78 0.16 0.00
361_K 67_A 0.78 0.16 0.00
337_S 92_P 0.78 0.16 0.00
191_P 254_T 0.78 0.16 0.00
308_K 59_F 0.78 0.16 0.00
437_E 33_P 0.78 0.16 0.00
117_E 121_R 0.78 0.16 0.00
428_R 315_T 0.78 0.16 0.00
166_G 279_L 0.78 0.16 0.00
389_L 170_V 0.78 0.16 0.00
70_N 101_I 0.78 0.16 0.00
276_Y 185_R 0.78 0.16 0.00
152_S 84_M 0.78 0.16 0.00
166_G 297_P 0.78 0.16 0.00
454_V 298_D 0.77 0.16 0.00
377_M 143_G 0.77 0.16 0.00
344_S 26_Q 0.77 0.16 0.00
175_S 34_D 0.77 0.16 0.00
435_R 81_V 0.77 0.16 0.00
140_V 124_T 0.77 0.16 0.00
173_F 248_L 0.77 0.16 0.00
32_E 248_L 0.77 0.16 0.00
368_K 113_D 0.77 0.16 0.00
368_K 213_I 0.77 0.16 0.00
178_G 271_L 0.77 0.16 0.00
264_A 127_Y 0.77 0.16 0.00
281_N 63_E 0.77 0.16 0.00
337_S 200_G 0.77 0.15 0.00
394_I 179_L 0.77 0.15 0.00
83_L 319_R 0.77 0.15 0.00
87_V 303_C 0.77 0.15 0.00
221_G 108_H 0.77 0.15 0.00
179_P 138_T 0.77 0.15 0.00
352_K 252_T 0.77 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.0728 seconds.