May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
vipB_TssG
Genes: A B A+B
Length: 492 338 754
Sequences: 514 858 587
Seq/Len: 1.04 2.54 0.78
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.75
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.06 0.00 0.00
2 0.06 0.00 0.02
5 0.06 0.00 0.56
10 0.06 0.00 0.64
20 0.06 0.00 0.71
100 0.08 0.02 0.71
∞ 0.16 0.11 0.73
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
175_L 197_V 1.44 0.65 0.00
410_I 161_L 1.39 0.61 0.00
133_E 158_L 1.31 0.54 0.00
468_L 158_L 1.26 0.50 0.00
231_E 124_F 1.24 0.48 0.00
414_K 33_F 1.24 0.48 0.00
139_L 175_I 1.23 0.47 0.00
74_K 158_L 1.21 0.45 0.00
459_G 217_R 1.19 0.44 0.00
82_E 268_D 1.18 0.43 0.00
233_A 58_R 1.17 0.42 0.00
61_N 41_Q 1.17 0.42 0.00
178_M 127_N 1.16 0.42 0.00
272_Y 69_F 1.16 0.41 0.00
114_V 59_L 1.16 0.41 0.00
206_L 67_L 1.15 0.40 0.00
273_L 190_R 1.15 0.40 0.00
438_P 183_Y 1.14 0.40 0.00
201_D 222_I 1.14 0.39 0.00
139_L 258_I 1.11 0.38 0.00
217_E 73_D 1.11 0.37 0.00
126_E 41_Q 1.10 0.37 0.00
140_Y 99_S 1.10 0.36 0.00
130_F 189_G 1.09 0.36 0.00
353_S 310_D 1.09 0.36 0.00
227_L 194_P 1.09 0.35 0.00
438_P 123_D 1.07 0.34 0.00
233_A 295_L 1.07 0.34 0.00
174_L 33_F 1.07 0.34 0.00
149_G 107_E 1.07 0.34 0.00
402_V 61_F 1.07 0.34 0.00
459_G 250_C 1.07 0.34 0.00
179_G 77_L 1.06 0.34 0.00
340_A 89_T 1.06 0.33 0.00
84_L 92_F 1.06 0.33 0.00
226_S 87_M 1.06 0.33 0.00
212_L 66_S 1.05 0.33 0.00
76_I 268_D 1.05 0.33 0.00
431_V 256_I 1.05 0.33 0.00
456_D 87_M 1.05 0.32 0.00
279_F 66_S 1.04 0.32 0.00
231_E 36_L 1.04 0.32 0.00
408_E 99_S 1.03 0.31 0.00
390_P 100_P 1.03 0.31 0.00
364_I 183_Y 1.02 0.30 0.00
179_G 169_L 1.02 0.30 0.00
143_V 46_I 1.02 0.30 0.00
483_L 137_W 1.01 0.30 0.00
240_A 228_L 1.01 0.30 0.00
292_Y 200_I 1.01 0.30 0.00
126_E 217_R 1.00 0.29 0.00
331_I 153_V 1.00 0.29 0.00
402_V 310_D 1.00 0.29 0.00
277_T 131_N 1.00 0.29 0.00
427_I 211_S 1.00 0.29 0.00
229_E 300_D 0.99 0.28 0.00
340_A 283_V 0.99 0.28 0.00
230_S 258_I 0.99 0.28 0.00
201_D 306_L 0.99 0.28 0.00
418_D 222_I 0.99 0.28 0.00
236_L 242_V 0.99 0.28 0.00
123_E 175_I 0.98 0.28 0.00
186_H 231_G 0.98 0.27 0.00
239_T 110_V 0.97 0.27 0.00
333_D 279_L 0.97 0.27 0.00
76_I 186_T 0.97 0.27 0.00
182_G 301_E 0.96 0.26 0.00
329_V 176_N 0.96 0.26 0.00
114_V 302_R 0.96 0.26 0.00
332_T 137_W 0.95 0.26 0.00
225_R 144_V 0.95 0.26 0.00
97_R 309_L 0.95 0.26 0.00
191_S 227_Q 0.95 0.26 0.00
70_V 59_L 0.95 0.26 0.00
206_L 187_L 0.95 0.26 0.00
202_S 262_S 0.95 0.26 0.00
410_I 86_V 0.95 0.25 0.00
139_L 287_L 0.95 0.25 0.00
191_S 160_A 0.95 0.25 0.00
94_S 296_E 0.95 0.25 0.00
234_R 39_L 0.95 0.25 0.00
70_V 34_Y 0.95 0.25 0.00
393_M 126_N 0.94 0.25 0.00
303_S 65_P 0.94 0.25 0.00
181_L 153_V 0.94 0.25 0.00
346_A 197_V 0.94 0.25 0.00
179_G 29_R 0.94 0.25 0.00
440_D 74_V 0.94 0.25 0.00
342_E 35_Q 0.94 0.25 0.00
234_R 222_I 0.94 0.24 0.00
160_I 74_V 0.94 0.24 0.00
350_R 248_I 0.94 0.24 0.00
233_A 171_G 0.93 0.24 0.00
80_M 165_G 0.93 0.24 0.00
329_V 200_I 0.93 0.24 0.00
307_V 70_S 0.93 0.24 0.00
148_Y 84_R 0.92 0.24 0.00
396_N 124_F 0.92 0.24 0.00
62_K 77_L 0.92 0.24 0.00
434_Q 205_F 0.92 0.23 0.00
143_V 301_E 0.91 0.23 0.00
167_P 214_Q 0.91 0.23 0.00
84_L 223_D 0.91 0.23 0.00
190_I 236_R 0.91 0.23 0.00
197_F 252_G 0.91 0.23 0.00
215_T 266_F 0.91 0.23 0.00
424_N 77_L 0.91 0.23 0.00
198_F 257_C 0.90 0.23 0.00
69_L 129_L 0.90 0.23 0.00
233_A 300_D 0.90 0.22 0.00
83_I 310_D 0.90 0.22 0.00
86_N 109_L 0.90 0.22 0.00
451_R 89_T 0.90 0.22 0.00
344_F 35_Q 0.89 0.22 0.00
234_R 35_Q 0.89 0.22 0.00
77_S 188_A 0.89 0.22 0.00
225_R 142_Y 0.89 0.22 0.00
282_A 55_R 0.89 0.22 0.00
424_N 73_D 0.89 0.22 0.00
135_A 128_R 0.89 0.22 0.00
436_N 59_L 0.89 0.21 0.00
127_D 40_L 0.89 0.21 0.00
113_K 294_D 0.88 0.21 0.00
179_G 310_D 0.88 0.21 0.00
438_P 106_L 0.88 0.21 0.00
205_E 310_D 0.88 0.21 0.00
80_M 31_Y 0.88 0.21 0.00
148_Y 257_C 0.88 0.21 0.00
452_I 264_S 0.88 0.21 0.00
116_I 28_V 0.87 0.21 0.00
345_I 182_A 0.87 0.21 0.00
377_K 77_L 0.87 0.21 0.00
387_T 187_L 0.87 0.21 0.00
485_L 125_F 0.87 0.20 0.00
160_I 221_S 0.87 0.20 0.00
120_T 322_F 0.87 0.20 0.00
286_T 37_V 0.87 0.20 0.00
226_S 134_Y 0.86 0.20 0.00
101_L 319_W 0.86 0.20 0.00
415_E 115_G 0.86 0.20 0.00
469_S 125_F 0.86 0.20 0.00
67_Q 200_I 0.86 0.20 0.00
122_D 242_V 0.86 0.20 0.00
174_L 91_F 0.86 0.20 0.00
189_F 256_I 0.86 0.20 0.00
236_L 223_D 0.86 0.20 0.00
125_L 73_D 0.86 0.20 0.00
410_I 165_G 0.85 0.20 0.00
324_K 72_S 0.85 0.20 0.00
269_H 70_S 0.85 0.19 0.00
240_A 247_V 0.85 0.19 0.00
385_L 183_Y 0.85 0.19 0.00
148_Y 127_N 0.85 0.19 0.00
393_M 150_A 0.85 0.19 0.00
88_Q 221_S 0.85 0.19 0.00
282_A 34_Y 0.84 0.19 0.00
448_R 163_G 0.84 0.19 0.00
258_S 101_L 0.84 0.19 0.00
113_K 238_G 0.84 0.19 0.00
360_S 38_E 0.84 0.19 0.00
292_Y 192_R 0.84 0.19 0.00
150_Q 124_F 0.84 0.19 0.00
253_E 295_L 0.83 0.19 0.00
133_E 90_N 0.83 0.19 0.00
308_E 258_I 0.83 0.18 0.00
158_A 211_S 0.83 0.18 0.00
191_S 46_I 0.83 0.18 0.00
352_G 63_A 0.83 0.18 0.00
116_I 163_G 0.83 0.18 0.00
353_S 87_M 0.83 0.18 0.00
95_A 316_A 0.83 0.18 0.00
352_G 126_N 0.83 0.18 0.00
182_G 305_P 0.83 0.18 0.00
289_F 321_S 0.83 0.18 0.00
139_L 236_R 0.83 0.18 0.00
353_S 100_P 0.83 0.18 0.00
156_V 217_R 0.82 0.18 0.00
405_L 295_L 0.82 0.18 0.00
312_V 59_L 0.82 0.18 0.00
395_I 187_L 0.82 0.18 0.00
159_I 149_G 0.82 0.18 0.00
292_Y 68_G 0.82 0.18 0.00
452_I 82_D 0.82 0.18 0.00
200_I 263_R 0.82 0.18 0.00
171_D 40_L 0.82 0.18 0.00
230_S 299_M 0.82 0.18 0.00
114_V 76_A 0.82 0.18 0.00
159_I 256_I 0.81 0.18 0.00
261_Y 287_L 0.81 0.17 0.00
63_S 183_Y 0.81 0.17 0.00
168_S 212_I 0.81 0.17 0.00
198_F 307_F 0.81 0.17 0.00
324_K 69_F 0.81 0.17 0.00
91_A 74_V 0.81 0.17 0.00
123_E 268_D 0.81 0.17 0.00
312_V 33_F 0.81 0.17 0.00
282_A 309_L 0.81 0.17 0.00
187_A 273_G 0.81 0.17 0.00
132_P 104_F 0.81 0.17 0.00
123_E 297_L 0.80 0.17 0.00
185_A 195_Q 0.80 0.17 0.00
359_F 139_K 0.80 0.17 0.00
78_A 242_V 0.80 0.17 0.00
264_N 240_D 0.80 0.17 0.00
179_G 88_L 0.80 0.17 0.00
87_S 87_M 0.80 0.17 0.00
135_A 217_R 0.80 0.17 0.00
199_G 235_A 0.80 0.17 0.00
76_I 223_D 0.80 0.17 0.00
405_L 110_V 0.80 0.17 0.00
184_M 321_S 0.80 0.17 0.00
288_S 324_G 0.80 0.17 0.00
288_S 99_S 0.80 0.17 0.00
231_E 292_A 0.80 0.17 0.00
69_L 82_D 0.79 0.17 0.00
384_K 220_V 0.79 0.17 0.00
272_Y 62_S 0.79 0.17 0.00
366_K 112_E 0.79 0.17 0.00
72_L 91_F 0.79 0.17 0.00
277_T 70_S 0.79 0.16 0.00
276_N 256_I 0.79 0.16 0.00
418_D 294_D 0.79 0.16 0.00
77_S 67_L 0.79 0.16 0.00
227_L 35_Q 0.79 0.16 0.00
58_E 324_G 0.79 0.16 0.00
468_L 122_L 0.79 0.16 0.00
293_R 288_R 0.79 0.16 0.00
156_V 131_N 0.79 0.16 0.00
456_D 155_S 0.79 0.16 0.00
185_A 260_R 0.78 0.16 0.00
486_V 70_S 0.78 0.16 0.00
342_E 192_R 0.78 0.16 0.00
477_M 41_Q 0.78 0.16 0.00
459_G 123_D 0.78 0.16 0.00
201_D 235_A 0.78 0.16 0.00
255_P 320_T 0.78 0.16 0.00
237_G 91_F 0.78 0.16 0.00
258_S 319_W 0.78 0.16 0.00
344_F 76_A 0.78 0.16 0.00
475_K 99_S 0.78 0.16 0.00
279_F 122_L 0.78 0.16 0.00
378_E 304_A 0.78 0.16 0.00
435_E 142_Y 0.78 0.16 0.00
110_E 261_L 0.77 0.16 0.00
221_Y 66_S 0.77 0.16 0.00
127_D 139_K 0.77 0.16 0.00
278_A 186_T 0.77 0.16 0.00
470_V 306_L 0.77 0.15 0.00
344_F 249_D 0.77 0.15 0.00
457_V 187_L 0.77 0.15 0.00
297_N 73_D 0.77 0.15 0.00
444_R 274_K 0.77 0.15 0.00
252_I 201_I 0.77 0.15 0.00
308_E 105_I 0.77 0.15 0.00
158_A 39_L 0.77 0.15 0.00
193_V 185_G 0.77 0.15 0.00
166_T 211_S 0.77 0.15 0.00
257_K 91_F 0.77 0.15 0.00
421_R 160_A 0.77 0.15 0.00
471_R 228_L 0.77 0.15 0.00
465_Q 97_A 0.77 0.15 0.00
120_T 173_T 0.77 0.15 0.00
388_Q 41_Q 0.76 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.3684 seconds.