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OPENSEQ.org
sprB F
Genes: A B A+B
Length: 333 423 708
Sequences: 1670 248 89
Seq/Len: 5.02 0.59 0.13
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.04 0.10
2 0.04 0.09 0.11
5 0.05 0.12 0.11
10 0.07 0.12 0.12
20 0.08 0.12 0.12
100 0.12 0.13 0.15
∞ 0.17 0.22 0.19
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
291_G 156_N 1.54 0.26 0.00
67_W 378_C 1.50 0.24 0.00
261_G 262_C 1.36 0.19 0.00
67_W 262_C 1.33 0.18 0.00
25_S 214_G 1.33 0.18 0.00
171_S 175_T 1.33 0.18 0.00
185_A 153_T 1.32 0.18 0.00
231_Y 419_P 1.31 0.17 0.00
93_I 211_T 1.31 0.17 0.00
98_D 91_C 1.29 0.17 0.00
171_S 25_Q 1.28 0.17 0.00
291_G 402_N 1.28 0.17 0.00
264_Y 124_W 1.27 0.16 0.00
134_F 34_F 1.26 0.16 0.00
81_A 353_I 1.26 0.16 0.00
171_S 51_N 1.25 0.16 0.00
85_I 417_T 1.25 0.16 0.00
182_S 309_L 1.24 0.15 0.00
80_Y 121_S 1.24 0.15 0.00
281_A 253_V 1.24 0.15 0.00
279_P 166_R 1.23 0.15 0.00
306_T 384_Q 1.22 0.15 0.00
209_V 219_Y 1.21 0.15 0.00
222_R 283_N 1.21 0.14 0.00
129_G 249_Y 1.20 0.14 0.00
139_I 385_A 1.19 0.14 0.00
49_A 276_L 1.18 0.14 0.00
68_V 269_I 1.16 0.13 0.00
261_G 378_C 1.16 0.13 0.00
181_I 418_T 1.15 0.13 0.00
248_Y 221_Y 1.15 0.13 0.00
130_L 356_R 1.15 0.13 0.00
262_V 359_N 1.15 0.13 0.00
108_A 298_T 1.14 0.13 0.00
181_I 218_K 1.14 0.13 0.00
95_M 353_I 1.13 0.13 0.00
63_G 101_L 1.13 0.12 0.00
67_W 91_C 1.13 0.12 0.00
95_M 336_T 1.12 0.12 0.00
28_Q 10_L 1.12 0.12 0.00
49_A 296_V 1.12 0.12 0.00
108_A 31_N 1.11 0.12 0.00
313_I 140_A 1.11 0.12 0.00
291_G 384_Q 1.11 0.12 0.00
310_V 309_L 1.11 0.12 0.00
112_F 329_F 1.11 0.12 0.00
46_L 22_S 1.10 0.12 0.00
118_L 221_Y 1.09 0.12 0.00
122_G 412_N 1.09 0.12 0.00
193_T 307_Y 1.09 0.12 0.00
174_Y 101_L 1.08 0.12 0.00
92_G 163_G 1.08 0.11 0.00
176_N 293_S 1.08 0.11 0.00
130_L 309_L 1.07 0.11 0.00
310_V 398_V 1.07 0.11 0.00
307_G 262_C 1.07 0.11 0.00
145_N 359_N 1.06 0.11 0.00
48_P 287_C 1.05 0.11 0.00
155_P 421_T 1.05 0.11 0.00
311_V 283_N 1.05 0.11 0.00
78_S 401_N 1.05 0.11 0.00
245_N 305_Y 1.05 0.11 0.00
52_G 378_C 1.04 0.10 0.00
52_G 262_C 1.04 0.10 0.00
140_D 336_T 1.04 0.10 0.00
253_R 8_R 1.04 0.10 0.00
307_G 378_C 1.04 0.10 0.00
283_F 237_S 1.04 0.10 0.00
67_W 287_C 1.03 0.10 0.00
76_N 341_V 1.03 0.10 0.00
311_V 33_K 1.03 0.10 0.00
293_S 378_C 1.03 0.10 0.00
34_V 269_I 1.03 0.10 0.00
329_S 5_T 1.02 0.10 0.00
101_G 43_F 1.02 0.10 0.00
110_V 314_T 1.02 0.10 0.00
311_V 37_N 1.01 0.10 0.00
164_T 173_D 1.01 0.10 0.00
37_Q 262_C 1.01 0.10 0.00
153_L 359_N 1.01 0.10 0.00
215_F 286_K 1.01 0.10 0.00
283_F 26_N 1.01 0.10 0.00
181_I 342_V 1.01 0.10 0.00
242_T 352_S 1.01 0.10 0.00
264_Y 251_V 1.00 0.10 0.00
302_G 406_V 1.00 0.10 0.00
293_S 155_A 1.00 0.10 0.00
288_F 162_A 1.00 0.10 0.00
294_Y 292_G 0.99 0.10 0.00
85_I 407_P 0.99 0.10 0.00
67_W 204_C 0.99 0.10 0.00
91_V 88_I 0.99 0.10 0.00
163_T 236_D 0.99 0.10 0.00
160_N 291_K 0.99 0.10 0.00
64_L 138_N 0.99 0.10 0.00
300_D 8_R 0.99 0.10 0.00
122_G 6_I 0.99 0.10 0.00
49_A 349_V 0.99 0.10 0.00
36_T 293_S 0.98 0.10 0.00
244_F 248_T 0.98 0.09 0.00
36_T 282_I 0.98 0.09 0.00
227_P 358_V 0.98 0.09 0.00
58_R 73_P 0.98 0.09 0.00
116_L 364_L 0.98 0.09 0.00
95_M 406_V 0.98 0.09 0.00
95_M 401_N 0.97 0.09 0.00
242_T 65_E 0.97 0.09 0.00
283_F 135_A 0.97 0.09 0.00
78_S 289_G 0.97 0.09 0.00
103_T 95_G 0.97 0.09 0.00
43_P 294_I 0.97 0.09 0.00
130_L 30_F 0.97 0.09 0.00
51_A 210_I 0.97 0.09 0.00
95_M 213_G 0.97 0.09 0.00
139_I 235_Q 0.97 0.09 0.00
214_I 114_T 0.97 0.09 0.00
292_Y 420_G 0.96 0.09 0.00
223_I 162_A 0.96 0.09 0.00
310_V 8_R 0.96 0.09 0.00
21_A 407_P 0.96 0.09 0.00
85_I 308_T 0.96 0.09 0.00
306_T 192_N 0.96 0.09 0.00
181_I 123_N 0.95 0.09 0.00
108_A 245_T 0.95 0.09 0.00
168_F 294_I 0.95 0.09 0.00
35_F 314_T 0.95 0.09 0.00
313_I 385_A 0.95 0.09 0.00
210_Y 353_I 0.95 0.09 0.00
89_S 241_A 0.95 0.09 0.00
291_G 249_Y 0.95 0.09 0.00
154_D 250_N 0.95 0.09 0.00
235_A 369_I 0.95 0.09 0.00
38_Y 262_C 0.95 0.09 0.00
90_G 389_G 0.95 0.09 0.00
311_V 251_V 0.95 0.09 0.00
252_N 110_R 0.95 0.09 0.00
291_G 221_Y 0.95 0.09 0.00
49_A 189_D 0.95 0.09 0.00
291_G 269_I 0.95 0.09 0.00
114_H 309_L 0.95 0.09 0.00
42_N 269_I 0.95 0.09 0.00
46_L 279_S 0.94 0.09 0.00
209_V 395_K 0.94 0.09 0.00
310_V 138_N 0.94 0.09 0.00
307_G 163_G 0.94 0.09 0.00
281_A 414_I 0.94 0.09 0.00
46_L 361_A 0.94 0.09 0.00
79_L 69_V 0.94 0.09 0.00
78_S 267_R 0.93 0.09 0.00
85_I 289_G 0.93 0.09 0.00
72_D 177_F 0.93 0.09 0.00
118_L 383_L 0.93 0.09 0.00
162_Y 65_E 0.93 0.09 0.00
213_M 335_A 0.93 0.09 0.00
255_E 107_N 0.93 0.09 0.00
122_G 137_V 0.93 0.09 0.00
250_R 205_S 0.93 0.09 0.00
174_Y 49_Q 0.92 0.08 0.00
215_F 368_S 0.92 0.08 0.00
198_G 8_R 0.92 0.08 0.00
91_V 246_A 0.92 0.08 0.00
171_S 287_C 0.92 0.08 0.00
251_Y 263_V 0.92 0.08 0.00
183_F 90_I 0.92 0.08 0.00
129_G 42_I 0.92 0.08 0.00
282_G 37_N 0.92 0.08 0.00
59_I 307_Y 0.91 0.08 0.00
95_M 383_L 0.91 0.08 0.00
211_T 223_I 0.91 0.08 0.00
167_N 385_A 0.91 0.08 0.00
303_A 237_S 0.91 0.08 0.00
211_T 207_P 0.91 0.08 0.00
156_S 407_P 0.91 0.08 0.00
98_D 262_C 0.91 0.08 0.00
93_I 206_I 0.91 0.08 0.00
129_G 219_Y 0.91 0.08 0.00
101_G 396_Y 0.91 0.08 0.00
242_T 159_A 0.91 0.08 0.00
141_I 351_N 0.91 0.08 0.00
211_T 76_V 0.91 0.08 0.00
50_Y 298_T 0.91 0.08 0.00
136_T 416_V 0.91 0.08 0.00
218_A 406_V 0.91 0.08 0.00
44_F 389_G 0.90 0.08 0.00
309_H 163_G 0.90 0.08 0.00
86_L 412_N 0.90 0.08 0.00
278_G 49_Q 0.90 0.08 0.00
233_Y 423_Q 0.90 0.08 0.00
129_G 335_A 0.90 0.08 0.00
243_D 262_C 0.90 0.08 0.00
130_L 352_S 0.90 0.08 0.00
313_I 262_C 0.90 0.08 0.00
233_Y 109_A 0.90 0.08 0.00
111_S 186_N 0.90 0.08 0.00
213_M 247_A 0.90 0.08 0.00
47_S 164_E 0.90 0.08 0.00
313_I 319_I 0.90 0.08 0.00
130_L 334_P 0.90 0.08 0.00
208_Q 114_T 0.90 0.08 0.00
294_Y 46_A 0.89 0.08 0.00
81_A 112_I 0.89 0.08 0.00
308_T 227_T 0.89 0.08 0.00
93_I 170_T 0.89 0.08 0.00
123_E 114_T 0.89 0.08 0.00
67_W 175_T 0.89 0.08 0.00
92_G 204_C 0.89 0.08 0.00
171_S 40_E 0.89 0.08 0.00
49_A 262_C 0.89 0.08 0.00
301_L 260_G 0.89 0.08 0.00
207_Y 341_V 0.89 0.08 0.00
281_A 140_A 0.89 0.08 0.00
260_I 152_G 0.89 0.08 0.00
21_A 69_V 0.89 0.08 0.00
93_I 165_Y 0.89 0.08 0.00
126_L 271_I 0.89 0.08 0.00
83_F 122_F 0.89 0.08 0.00
298_F 245_T 0.89 0.08 0.00
113_A 253_V 0.89 0.08 0.00
216_K 407_P 0.89 0.08 0.00
311_V 399_N 0.89 0.08 0.00
281_A 147_T 0.89 0.08 0.00
307_G 219_Y 0.89 0.08 0.00
189_L 305_Y 0.89 0.08 0.00
181_I 158_S 0.89 0.08 0.00
99_K 305_Y 0.88 0.08 0.00
67_W 350_S 0.88 0.08 0.00
317_F 307_Y 0.88 0.08 0.00
41_D 329_F 0.88 0.08 0.00
85_I 317_G 0.88 0.08 0.00
244_F 399_N 0.88 0.08 0.00
222_R 218_K 0.88 0.08 0.00
282_G 221_Y 0.88 0.08 0.00
297_M 296_V 0.88 0.08 0.00
222_R 419_P 0.88 0.08 0.00
251_Y 408_N 0.88 0.08 0.00
63_G 28_I 0.88 0.08 0.00
185_A 340_A 0.88 0.08 0.00
172_A 280_T 0.87 0.08 0.00
172_A 120_S 0.87 0.08 0.00
59_I 193_I 0.87 0.08 0.00
129_G 287_C 0.87 0.08 0.00
298_F 295_T 0.87 0.08 0.00
136_T 15_A 0.87 0.08 0.00
49_A 378_C 0.87 0.08 0.00
218_A 260_G 0.87 0.08 0.00
225_Y 96_K 0.87 0.08 0.00
313_I 258_V 0.87 0.08 0.00
66_Q 165_Y 0.87 0.07 0.00
85_I 415_V 0.87 0.07 0.00
304_Y 119_A 0.87 0.07 0.00
292_Y 163_G 0.87 0.07 0.00
66_Q 262_C 0.87 0.07 0.00
46_L 407_P 0.87 0.07 0.00
106_T 158_S 0.86 0.07 0.00
272_P 150_T 0.86 0.07 0.00
79_L 339_R 0.86 0.07 0.00
281_A 419_P 0.86 0.07 0.00
229_I 158_S 0.86 0.07 0.00
71_K 392_S 0.86 0.07 0.00
309_H 420_G 0.86 0.07 0.00
48_P 25_Q 0.86 0.07 0.00
25_S 109_A 0.86 0.07 0.00
116_L 311_R 0.86 0.07 0.00
163_T 341_V 0.86 0.07 0.00
126_L 188_L 0.86 0.07 0.00
328_Q 165_Y 0.86 0.07 0.00
123_E 155_A 0.86 0.07 0.00
294_Y 378_C 0.86 0.07 0.00
162_Y 161_A 0.86 0.07 0.00
91_V 339_R 0.86 0.07 0.00
215_F 325_P 0.86 0.07 0.00
287_K 115_G 0.86 0.07 0.00
59_I 252_F 0.86 0.07 0.00
139_I 414_I 0.86 0.07 0.00
221_R 8_R 0.86 0.07 0.00
66_Q 249_Y 0.86 0.07 0.00
178_N 246_A 0.86 0.07 0.00
195_K 339_R 0.86 0.07 0.00
222_R 144_T 0.86 0.07 0.00
64_L 102_F 0.86 0.07 0.00
46_L 421_T 0.85 0.07 0.00
244_F 325_P 0.85 0.07 0.00
36_T 134_F 0.85 0.07 0.00
163_T 403_A 0.85 0.07 0.00
195_K 73_P 0.85 0.07 0.00
91_V 351_N 0.85 0.07 0.00
305_N 394_Y 0.85 0.07 0.00
36_T 423_Q 0.85 0.07 0.00
47_S 206_I 0.85 0.07 0.00
222_R 214_G 0.85 0.07 0.00
146_N 409_T 0.85 0.07 0.00
48_P 175_T 0.85 0.07 0.00
159_D 50_P 0.85 0.07 0.00
64_L 398_V 0.85 0.07 0.00
95_M 260_G 0.85 0.07 0.00
288_F 362_P 0.85 0.07 0.00
91_V 396_Y 0.85 0.07 0.00
90_G 51_N 0.85 0.07 0.00
153_L 324_A 0.84 0.07 0.00
108_A 123_N 0.84 0.07 0.00
218_A 97_E 0.84 0.07 0.00
76_N 169_I 0.84 0.07 0.00
142_D 114_T 0.84 0.07 0.00
182_S 398_V 0.84 0.07 0.00
196_Y 298_T 0.84 0.07 0.00
184_N 128_T 0.84 0.07 0.00
179_F 157_Y 0.84 0.07 0.00
183_F 316_V 0.84 0.07 0.00
262_V 39_K 0.84 0.07 0.00
313_I 378_C 0.84 0.07 0.00
86_L 297_K 0.84 0.07 0.00
37_Q 378_C 0.84 0.07 0.00
285_K 23_Y 0.84 0.07 0.00
156_S 419_P 0.84 0.07 0.00
156_S 300_D 0.84 0.07 0.00
328_Q 175_T 0.84 0.07 0.00
113_A 307_Y 0.84 0.07 0.00
93_I 191_T 0.84 0.07 0.00
207_Y 334_P 0.84 0.07 0.00
298_F 341_V 0.84 0.07 0.00
90_G 287_C 0.84 0.07 0.00
250_R 295_T 0.84 0.07 0.00
220_N 167_L 0.84 0.07 0.00
103_T 190_P 0.84 0.07 0.00
121_Y 81_Q 0.83 0.07 0.00
91_V 286_K 0.83 0.07 0.00
114_H 254_R 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
9425 0.13 sprB F Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9424 0.13 sprB F Δgene:(1, 10) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9423 0.09 sprB F Δgene:(1, 5) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9422 0.12 sprB F Δgene:(1, 5) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9421 0.12 sprB F Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9352 0.05 sprB F Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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