May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
2nu9_A_G
Genes: A B A+B
Length: 285 385 668
Sequences: 3626 2164 1271
Seq/Len: 12.72 5.62 1.9
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.08 1.80
2 0.01 0.08 1.84
5 0.01 0.08 1.88
10 0.02 0.08 1.88
20 0.02 0.08 1.90
100 0.03 0.08 1.93
∞ 0.14 0.11 2.15
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
57_R 162_E 2.07 0.99 0.96
79_D 161_R 1.65 0.95 0.86
79_D 158_Y 1.51 0.91 0.79
103_D 225_R 1.37 0.84 0.68
54_N 165_F 1.32 0.81 0.63
19_Q 327_L 1.22 0.73 0.53
98_G 221_N 1.21 0.72 0.53
22_F 352_N 1.11 0.62 0.41
102_L 188_F 1.07 0.59 0.37
82_L 158_Y 1.04 0.56 0.34
274_S 278_L 1.03 0.54 0.33
41_G 158_Y 1.03 0.54 0.32
277_D 375_T 1.02 0.53 0.32
232_Y 3_L 1.02 0.53 0.31
259_E 113_V 1.01 0.51 0.30
86_D 162_E 0.98 0.49 0.28
272_V 323_V 0.98 0.48 0.27
143_K 337_A 0.97 0.48 0.27
206_I 345_V 0.97 0.47 0.27
154_G 291_G 0.96 0.47 0.26
110_K 158_Y 0.95 0.45 0.25
71_Y 279_H 0.94 0.45 0.24
101_T 114_V 0.94 0.44 0.24
201_E 64_N 0.92 0.42 0.22
112_D 120_R 0.91 0.41 0.21
181_P 221_N 0.91 0.41 0.21
58_E 165_F 0.90 0.40 0.21
45_T 175_Q 0.90 0.40 0.21
106_T 181_F 0.90 0.40 0.20
41_G 161_R 0.89 0.39 0.20
258_D 207_G 0.88 0.38 0.19
175_V 79_K 0.88 0.38 0.19
216_E 117_S 0.87 0.37 0.18
24_S 333_I 0.87 0.37 0.18
265_E 28_P 0.86 0.36 0.18
259_E 111_G 0.86 0.36 0.17
110_K 45_V 0.86 0.35 0.17
86_D 158_Y 0.85 0.34 0.16
55_T 27_T 0.85 0.34 0.16
269_V 57_A 0.84 0.33 0.16
46_T 65_S 0.83 0.33 0.15
78_K 352_N 0.83 0.33 0.15
185_S 119_R 0.83 0.33 0.15
164_T 374_L 0.83 0.33 0.15
244_M 266_A 0.82 0.32 0.15
82_L 156_M 0.82 0.32 0.15
237_T 273_M 0.82 0.32 0.15
232_Y 218_A 0.82 0.32 0.15
196_K 71_A 0.82 0.32 0.14
182_I 119_R 0.81 0.31 0.14
67_A 106_K 0.80 0.30 0.14
109_V 120_R 0.80 0.30 0.13
95_I 322_I 0.80 0.30 0.13
182_I 229_L 0.80 0.30 0.13
137_Q 293_A 0.79 0.29 0.13
106_T 338_E 0.79 0.29 0.13
126_V 62_V 0.79 0.29 0.13
53_F 169_L 0.79 0.29 0.13
172_S 132_E 0.79 0.29 0.12
95_I 116_R 0.79 0.29 0.12
102_L 189_L 0.78 0.28 0.12
126_V 196_I 0.78 0.28 0.12
171_Q 188_F 0.78 0.28 0.12
209_I 344_P 0.77 0.28 0.12
140_H 278_L 0.77 0.27 0.12
124_P 268_L 0.77 0.27 0.12
154_G 266_A 0.77 0.27 0.12
285_V 65_S 0.77 0.27 0.11
242_K 89_N 0.77 0.27 0.11
9_K 208_D 0.76 0.26 0.11
158_Y 264_N 0.75 0.26 0.11
158_Y 270_M 0.75 0.26 0.11
215_E 56_K 0.75 0.26 0.11
138_P 286_F 0.75 0.25 0.10
6_K 186_T 0.75 0.25 0.10
256_T 124_M 0.75 0.25 0.10
57_R 19_A 0.74 0.25 0.10
175_V 226_Q 0.74 0.25 0.10
130_G 378_A 0.74 0.25 0.10
248_A 291_G 0.74 0.25 0.10
28_I 360_K 0.74 0.25 0.10
105_L 119_R 0.74 0.24 0.10
9_K 359_K 0.74 0.24 0.10
23_H 319_F 0.73 0.24 0.10
155_T 319_F 0.73 0.24 0.10
158_Y 348_R 0.73 0.24 0.10
242_K 91_Q 0.73 0.24 0.10
86_D 165_F 0.73 0.24 0.10
243_R 20_P 0.73 0.24 0.10
266_A 160_G 0.73 0.24 0.10
204_V 177_F 0.73 0.24 0.10
285_V 310_K 0.73 0.24 0.10
155_T 318_I 0.73 0.24 0.10
275_L 382_V 0.72 0.23 0.09
165_T 108_L 0.72 0.23 0.09
23_H 325_C 0.72 0.23 0.09
188_I 193_L 0.72 0.23 0.09
66_T 247_Q 0.72 0.23 0.09
155_T 317_N 0.72 0.23 0.09
273_R 132_E 0.72 0.23 0.09
256_T 211_C 0.72 0.23 0.09
272_V 241_R 0.72 0.23 0.09
79_D 151_P 0.72 0.23 0.09
89_I 11_L 0.72 0.23 0.09
154_G 290_G 0.72 0.23 0.09
23_H 288_D 0.72 0.23 0.09
209_I 286_F 0.71 0.23 0.09
284_T 139_E 0.71 0.23 0.09
19_Q 295_K 0.71 0.22 0.09
270_K 61_K 0.71 0.22 0.09
273_R 312_K 0.71 0.22 0.09
93_I 138_E 0.71 0.22 0.09
196_K 258_N 0.71 0.22 0.09
7_N 226_Q 0.71 0.22 0.09
92_I 25_C 0.71 0.22 0.09
278_I 29_R 0.71 0.22 0.09
124_P 263_V 0.71 0.22 0.08
223_E 149_L 0.70 0.22 0.08
231_G 143_L 0.70 0.22 0.08
19_Q 323_V 0.70 0.22 0.08
203_I 176_Q 0.70 0.22 0.08
162_K 193_L 0.70 0.22 0.08
238_A 288_D 0.70 0.22 0.08
23_H 322_I 0.70 0.21 0.08
242_K 179_K 0.69 0.21 0.08
262_A 67_E 0.69 0.21 0.08
275_L 185_A 0.69 0.21 0.08
26_Q 374_L 0.69 0.21 0.08
43_G 374_L 0.69 0.21 0.08
212_S 214_G 0.69 0.21 0.08
95_I 292_G 0.69 0.21 0.08
240_K 11_L 0.69 0.21 0.08
33_K 282_E 0.69 0.21 0.08
110_K 152_L 0.69 0.21 0.08
27_A 328_I 0.69 0.21 0.08
48_L 193_L 0.69 0.21 0.08
279_G 250_L 0.69 0.21 0.08
149_I 240_P 0.69 0.20 0.08
156_L 266_A 0.69 0.20 0.08
283_K 132_E 0.68 0.20 0.07
140_H 354_A 0.68 0.20 0.07
198_P 190_E 0.68 0.20 0.07
134_I 214_G 0.68 0.20 0.07
202_A 146_K 0.68 0.20 0.07
71_Y 293_A 0.68 0.20 0.07
112_D 105_A 0.68 0.20 0.07
158_Y 319_F 0.68 0.20 0.07
155_T 322_I 0.68 0.20 0.07
206_I 253_V 0.68 0.20 0.07
80_S 193_L 0.68 0.20 0.07
146_K 112_A 0.68 0.20 0.07
169_F 377_A 0.67 0.20 0.07
282_L 186_T 0.67 0.20 0.07
46_T 355_E 0.67 0.20 0.07
102_L 121_V 0.67 0.20 0.07
157_T 245_A 0.67 0.20 0.07
54_N 156_M 0.67 0.19 0.07
22_F 324_R 0.67 0.19 0.07
122_N 325_C 0.67 0.19 0.07
237_T 202_V 0.67 0.19 0.07
249_I 57_A 0.67 0.19 0.07
202_A 158_Y 0.67 0.19 0.07
284_T 45_V 0.67 0.19 0.07
206_I 97_L 0.67 0.19 0.07
66_T 67_E 0.67 0.19 0.07
216_E 32_E 0.67 0.19 0.07
105_L 121_V 0.67 0.19 0.07
124_P 116_R 0.66 0.19 0.07
189_D 12_F 0.66 0.19 0.07
221_I 124_M 0.66 0.19 0.07
90_K 68_D 0.66 0.19 0.07
283_K 8_A 0.66 0.19 0.07
39_T 47_C 0.66 0.19 0.07
155_T 266_A 0.66 0.19 0.07
126_V 338_E 0.66 0.19 0.07
264_L 271_G 0.66 0.19 0.07
282_L 226_Q 0.66 0.19 0.07
227_K 316_V 0.66 0.18 0.07
117_R 313_A 0.65 0.18 0.06
271_T 184_L 0.65 0.18 0.06
214_E 265_G 0.65 0.18 0.06
203_I 232_M 0.65 0.18 0.06
204_V 307_S 0.65 0.18 0.06
154_G 288_D 0.65 0.18 0.06
159_E 314_V 0.65 0.18 0.06
234_A 325_C 0.65 0.18 0.06
191_L 209_L 0.65 0.18 0.06
22_F 326_D 0.65 0.18 0.06
174_C 377_A 0.65 0.18 0.06
152_R 203_I 0.65 0.18 0.06
112_D 362_A 0.65 0.18 0.06
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1674 seconds.