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OPENSEQ.org
cys
Genes: A B A+B
Length: 394 507 768
Sequences: 4972 602 155
Seq/Len: 12.62 1.19 0.2
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.71
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.01 0.11
2 0.02 0.01 0.12
5 0.03 0.01 0.14
10 0.03 0.01 0.16
20 0.03 0.02 0.17
100 0.04 0.02 0.20
∞ 0.15 0.02 0.33
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
36_F 62_E 2.02 0.62 0.02
36_F 96_K 1.53 0.33 0.01
251_L 188_L 1.52 0.33 0.01
258_V 441_F 1.52 0.33 0.01
184_S 156_D 1.50 0.32 0.01
136_I 99_R 1.47 0.30 0.00
164_L 411_S 1.45 0.30 0.00
271_F 158_Y 1.41 0.27 0.00
311_F 158_Y 1.41 0.27 0.00
10_A 202_S 1.40 0.27 0.00
368_L 60_M 1.40 0.27 0.00
237_A 161_M 1.39 0.27 0.00
329_L 311_D 1.36 0.25 0.00
37_K 60_M 1.32 0.23 0.00
309_I 62_E 1.32 0.23 0.00
248_H 326_T 1.30 0.23 0.00
36_F 309_E 1.30 0.22 0.00
145_I 217_I 1.29 0.22 0.00
270_E 414_V 1.29 0.22 0.00
51_S 62_E 1.26 0.21 0.00
309_I 104_L 1.26 0.21 0.00
331_T 123_I 1.25 0.20 0.00
267_K 202_S 1.25 0.20 0.00
279_V 497_V 1.25 0.20 0.00
37_K 123_I 1.25 0.20 0.00
328_R 66_A 1.24 0.20 0.00
111_F 336_K 1.23 0.20 0.00
133_P 146_E 1.23 0.20 0.00
255_H 61_V 1.23 0.20 0.00
165_I 123_I 1.23 0.20 0.00
152_T 77_L 1.22 0.19 0.00
283_N 308_T 1.21 0.19 0.00
214_L 125_R 1.20 0.18 0.00
256_L 37_P 1.20 0.18 0.00
37_K 18_V 1.19 0.18 0.00
313_I 486_V 1.19 0.18 0.00
161_V 101_I 1.19 0.18 0.00
329_L 316_I 1.18 0.18 0.00
97_A 411_S 1.17 0.17 0.00
36_F 99_R 1.17 0.17 0.00
174_V 113_V 1.16 0.17 0.00
268_I 71_H 1.16 0.17 0.00
136_I 266_T 1.13 0.16 0.00
379_D 99_R 1.13 0.16 0.00
255_H 195_A 1.13 0.16 0.00
248_H 163_N 1.13 0.16 0.00
78_S 14_V 1.12 0.16 0.00
123_S 266_T 1.12 0.16 0.00
36_F 101_I 1.12 0.16 0.00
251_L 165_E 1.12 0.16 0.00
189_N 217_I 1.11 0.16 0.00
255_H 471_K 1.11 0.15 0.00
28_E 478_F 1.11 0.15 0.00
280_V 124_I 1.11 0.15 0.00
147_T 422_K 1.10 0.15 0.00
234_A 401_L 1.10 0.15 0.00
175_I 177_R 1.10 0.15 0.00
227_R 163_N 1.10 0.15 0.00
245_W 18_V 1.09 0.15 0.00
295_V 270_P 1.09 0.15 0.00
262_A 380_V 1.09 0.15 0.00
323_F 60_M 1.09 0.15 0.00
33_S 260_I 1.09 0.15 0.00
311_F 52_I 1.08 0.15 0.00
354_I 178_Q 1.08 0.15 0.00
323_F 391_K 1.08 0.15 0.00
155_V 475_L 1.08 0.15 0.00
239_P 57_A 1.08 0.14 0.00
255_H 28_K 1.07 0.14 0.00
268_I 320_S 1.07 0.14 0.00
86_T 109_S 1.07 0.14 0.00
207_N 318_P 1.06 0.14 0.00
259_R 316_I 1.06 0.14 0.00
161_V 56_I 1.05 0.14 0.00
123_S 188_L 1.05 0.14 0.00
12_K 434_I 1.05 0.14 0.00
298_K 91_L 1.05 0.14 0.00
357_E 9_D 1.05 0.14 0.00
369_V 162_M 1.05 0.14 0.00
75_L 477_R 1.04 0.14 0.00
387_Q 334_L 1.04 0.14 0.00
251_L 59_S 1.04 0.13 0.00
161_V 378_V 1.04 0.13 0.00
134_Q 474_D 1.04 0.13 0.00
108_H 419_L 1.03 0.13 0.00
268_I 290_S 1.03 0.13 0.00
202_A 117_K 1.03 0.13 0.00
152_T 146_E 1.03 0.13 0.00
143_V 123_I 1.03 0.13 0.00
161_V 486_V 1.03 0.13 0.00
82_A 502_L 1.03 0.13 0.00
107_T 272_F 1.03 0.13 0.00
126_N 505_Y 1.03 0.13 0.00
165_I 117_K 1.02 0.13 0.00
37_K 156_D 1.02 0.13 0.00
214_L 121_A 1.02 0.13 0.00
268_I 67_S 1.01 0.13 0.00
366_D 156_D 1.01 0.13 0.00
295_V 66_A 1.01 0.13 0.00
367_D 284_V 1.01 0.13 0.00
363_G 163_N 1.01 0.12 0.00
82_A 175_I 1.00 0.12 0.00
297_L 27_K 1.00 0.12 0.00
161_V 191_V 1.00 0.12 0.00
143_V 340_W 1.00 0.12 0.00
111_F 207_Y 1.00 0.12 0.00
230_F 30_P 1.00 0.12 0.00
259_R 394_K 0.99 0.12 0.00
345_V 326_T 0.99 0.12 0.00
15_H 243_V 0.99 0.12 0.00
273_A 393_L 0.99 0.12 0.00
34_T 195_A 0.99 0.12 0.00
255_H 18_V 0.99 0.12 0.00
252_K 441_F 0.99 0.12 0.00
268_I 260_I 0.99 0.12 0.00
364_V 213_D 0.99 0.12 0.00
155_V 330_D 0.98 0.12 0.00
12_K 257_R 0.98 0.12 0.00
84_T 10_S 0.98 0.12 0.00
245_W 59_S 0.98 0.12 0.00
145_I 494_I 0.98 0.12 0.00
134_Q 497_V 0.97 0.12 0.00
345_V 134_S 0.97 0.12 0.00
315_G 218_V 0.97 0.12 0.00
51_S 96_K 0.97 0.12 0.00
309_I 58_K 0.97 0.12 0.00
206_I 434_I 0.96 0.12 0.00
227_R 60_M 0.96 0.11 0.00
103_V 25_A 0.96 0.11 0.00
327_T 329_V 0.96 0.11 0.00
98_V 389_V 0.96 0.11 0.00
279_V 309_E 0.96 0.11 0.00
175_I 341_D 0.96 0.11 0.00
326_S 25_A 0.96 0.11 0.00
289_T 250_F 0.95 0.11 0.00
161_V 384_A 0.95 0.11 0.00
126_N 341_D 0.95 0.11 0.00
323_F 67_S 0.95 0.11 0.00
239_P 40_Y 0.95 0.11 0.00
328_R 99_R 0.95 0.11 0.00
111_F 326_T 0.95 0.11 0.00
263_L 313_I 0.95 0.11 0.00
369_V 332_E 0.94 0.11 0.00
149_T 290_S 0.94 0.11 0.00
160_K 220_A 0.94 0.11 0.00
145_I 29_L 0.94 0.11 0.00
107_T 316_I 0.94 0.11 0.00
227_R 178_Q 0.94 0.11 0.00
382_L 43_L 0.94 0.11 0.00
345_V 178_Q 0.94 0.11 0.00
64_A 26_L 0.94 0.11 0.00
309_I 16_D 0.94 0.11 0.00
65_V 506_L 0.93 0.11 0.00
165_I 60_M 0.93 0.11 0.00
99_S 300_Y 0.93 0.11 0.00
325_S 401_L 0.93 0.11 0.00
363_G 250_F 0.93 0.11 0.00
136_I 96_K 0.93 0.11 0.00
240_S 177_R 0.93 0.11 0.00
136_I 62_E 0.93 0.11 0.00
270_E 177_R 0.93 0.11 0.00
53_S 35_I 0.93 0.11 0.00
164_L 414_V 0.93 0.11 0.00
369_V 123_I 0.93 0.11 0.00
70_N 133_D 0.93 0.10 0.00
348_V 284_V 0.93 0.10 0.00
197_I 505_Y 0.92 0.10 0.00
113_K 34_G 0.92 0.10 0.00
212_V 329_V 0.92 0.10 0.00
265_A 72_P 0.92 0.10 0.00
268_I 390_I 0.92 0.10 0.00
269_A 216_Q 0.92 0.10 0.00
237_A 479_F 0.92 0.10 0.00
242_F 326_T 0.92 0.10 0.00
214_L 24_I 0.92 0.10 0.00
149_T 313_I 0.91 0.10 0.00
53_S 218_V 0.91 0.10 0.00
333_A 487_I 0.91 0.10 0.00
295_V 126_T 0.91 0.10 0.00
142_L 101_I 0.91 0.10 0.00
115_A 133_D 0.91 0.10 0.00
311_F 497_V 0.90 0.10 0.00
363_G 134_S 0.90 0.10 0.00
251_L 66_A 0.90 0.10 0.00
295_V 473_S 0.90 0.10 0.00
136_I 24_I 0.90 0.10 0.00
33_S 150_P 0.90 0.10 0.00
202_A 328_F 0.90 0.10 0.00
143_V 93_G 0.90 0.10 0.00
281_A 302_E 0.90 0.10 0.00
360_E 26_L 0.90 0.10 0.00
36_F 110_N 0.90 0.10 0.00
248_H 178_Q 0.89 0.10 0.00
379_D 383_T 0.89 0.10 0.00
274_A 180_E 0.89 0.10 0.00
243_D 156_D 0.89 0.10 0.00
298_K 163_N 0.89 0.10 0.00
297_L 25_A 0.89 0.10 0.00
33_S 156_D 0.89 0.10 0.00
165_I 13_N 0.88 0.10 0.00
277_E 218_V 0.88 0.10 0.00
120_V 316_I 0.88 0.10 0.00
30_I 326_T 0.88 0.10 0.00
212_V 486_V 0.88 0.10 0.00
289_T 109_S 0.88 0.10 0.00
10_A 218_V 0.88 0.10 0.00
207_N 294_F 0.88 0.10 0.00
98_V 388_D 0.88 0.09 0.00
64_A 188_L 0.88 0.09 0.00
329_L 498_T 0.87 0.09 0.00
375_I 329_V 0.87 0.09 0.00
97_A 423_L 0.87 0.09 0.00
329_L 14_V 0.87 0.09 0.00
367_D 420_L 0.87 0.09 0.00
244_A 94_A 0.87 0.09 0.00
62_E 15_I 0.87 0.09 0.00
244_A 154_I 0.87 0.09 0.00
95_S 133_D 0.87 0.09 0.00
136_I 147_K 0.87 0.09 0.00
364_V 322_R 0.87 0.09 0.00
180_N 88_G 0.87 0.09 0.00
141_K 187_N 0.87 0.09 0.00
338_G 56_I 0.87 0.09 0.00
338_G 113_V 0.87 0.09 0.00
274_A 147_K 0.86 0.09 0.00
123_S 28_K 0.86 0.09 0.00
53_S 250_F 0.86 0.09 0.00
263_L 471_K 0.86 0.09 0.00
251_L 172_G 0.86 0.09 0.00
89_Q 163_N 0.86 0.09 0.00
297_L 299_K 0.86 0.09 0.00
262_A 472_L 0.86 0.09 0.00
298_K 476_N 0.86 0.09 0.00
142_L 61_V 0.86 0.09 0.00
26_V 57_A 0.86 0.09 0.00
184_S 272_F 0.86 0.09 0.00
51_S 479_F 0.86 0.09 0.00
122_T 404_L 0.86 0.09 0.00
242_F 109_S 0.86 0.09 0.00
62_E 466_F 0.86 0.09 0.00
328_R 187_N 0.86 0.09 0.00
344_E 136_E 0.86 0.09 0.00
145_I 377_V 0.86 0.09 0.00
186_Y 419_L 0.86 0.09 0.00
242_F 9_D 0.86 0.09 0.00
33_S 504_S 0.86 0.09 0.00
252_K 223_F 0.86 0.09 0.00
214_L 441_F 0.85 0.09 0.00
62_E 18_V 0.85 0.09 0.00
228_L 284_V 0.85 0.09 0.00
357_E 246_I 0.85 0.09 0.00
33_S 425_I 0.85 0.09 0.00
77_F 222_P 0.85 0.09 0.00
213_V 88_G 0.85 0.09 0.00
297_L 96_K 0.85 0.09 0.00
37_K 401_L 0.85 0.09 0.00
67_A 393_L 0.85 0.09 0.00
84_T 497_V 0.85 0.09 0.00
242_F 60_M 0.85 0.09 0.00
31_S 111_E 0.85 0.09 0.00
244_A 78_I 0.85 0.09 0.00
258_V 315_A 0.85 0.09 0.00
364_V 230_P 0.85 0.09 0.00
83_T 176_Q 0.84 0.09 0.00
123_S 267_D 0.84 0.09 0.00
62_E 40_Y 0.84 0.09 0.00
280_V 122_E 0.84 0.09 0.00
16_A 256_D 0.84 0.09 0.00
136_I 343_D 0.84 0.09 0.00
294_D 145_L 0.84 0.09 0.00
206_I 408_G 0.84 0.09 0.00
149_T 39_I 0.84 0.09 0.00
36_F 122_E 0.84 0.09 0.00
295_V 158_Y 0.84 0.09 0.00
134_Q 471_K 0.84 0.09 0.00
27_I 129_A 0.84 0.09 0.00
84_T 40_Y 0.84 0.09 0.00
329_L 386_V 0.83 0.09 0.00
98_V 26_L 0.83 0.09 0.00
113_K 126_T 0.83 0.09 0.00
21_D 219_G 0.83 0.09 0.00
78_S 20_N 0.83 0.09 0.00
324_A 270_P 0.83 0.09 0.00
362_S 467_D 0.83 0.09 0.00
292_N 246_I 0.83 0.09 0.00
202_A 125_R 0.83 0.09 0.00
156_T 425_I 0.83 0.09 0.00
76_A 326_T 0.83 0.09 0.00
357_E 126_T 0.83 0.09 0.00
277_E 419_L 0.83 0.09 0.00
328_R 170_G 0.83 0.09 0.00
178_V 286_V 0.83 0.09 0.00
36_F 52_I 0.83 0.09 0.00
76_A 420_L 0.83 0.09 0.00
193_F 70_I 0.83 0.09 0.00
311_F 375_K 0.83 0.09 0.00
369_V 478_F 0.83 0.09 0.00
97_A 431_D 0.83 0.09 0.00
141_K 383_T 0.83 0.09 0.00
207_N 317_F 0.83 0.09 0.00
263_L 99_R 0.83 0.09 0.00
113_K 33_L 0.82 0.08 0.00
142_L 99_R 0.82 0.08 0.00
271_F 474_D 0.82 0.08 0.00
329_L 313_I 0.82 0.08 0.00
132_L 188_L 0.82 0.08 0.00
166_K 281_N 0.82 0.08 0.00
147_T 16_D 0.82 0.08 0.00
34_T 111_E 0.82 0.08 0.00
325_S 109_S 0.82 0.08 0.00
255_H 77_L 0.82 0.08 0.00
97_A 506_L 0.82 0.08 0.00
67_A 270_P 0.82 0.08 0.00
214_L 156_D 0.82 0.08 0.00
156_T 397_G 0.82 0.08 0.00
310_S 187_N 0.82 0.08 0.00
268_I 238_I 0.82 0.08 0.00
48_Y 23_L 0.82 0.08 0.00
161_V 250_F 0.82 0.08 0.00
178_V 119_L 0.82 0.08 0.00
323_F 175_I 0.82 0.08 0.00
153_L 163_N 0.82 0.08 0.00
279_V 434_I 0.82 0.08 0.00
153_L 326_T 0.81 0.08 0.00
141_K 313_I 0.81 0.08 0.00
113_K 497_V 0.81 0.08 0.00
355_P 290_S 0.81 0.08 0.00
180_N 150_P 0.81 0.08 0.00
14_I 156_D 0.81 0.08 0.00
298_K 486_V 0.81 0.08 0.00
382_L 41_A 0.81 0.08 0.00
377_D 269_K 0.81 0.08 0.00
18_E 96_K 0.81 0.08 0.00
205_Y 103_T 0.81 0.08 0.00
12_K 474_D 0.81 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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