May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
murB_murC
Genes: A B A+B
Length: 470 300 719
Sequences: 3935 3288 688
Seq/Len: 8.37 10.96 0.96
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.73
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.07 0.06 0.74
2 0.07 0.06 0.81
5 0.08 0.06 0.86
10 0.08 0.06 0.88
20 0.09 0.06 0.89
100 0.10 0.06 1.07
∞ 0.18 0.07 2.29
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
136_V 141_T 1.31 0.60 0.00
337_G 64_L 1.29 0.59 0.00
84_V 209_S 1.24 0.54 0.00
63_F 125_N 1.23 0.54 0.00
337_G 24_R 1.21 0.52 0.00
188_I 204_Q 1.20 0.51 0.00
367_Y 206_R 1.18 0.49 0.00
372_L 130_L 1.17 0.48 0.00
99_I 181_V 1.16 0.47 0.00
411_E 283_I 1.13 0.44 0.00
34_L 40_G 1.13 0.44 0.00
120_V 283_I 1.10 0.42 0.00
214_L 247_V 1.07 0.39 0.00
103_R 289_V 1.05 0.38 0.00
295_S 293_G 1.04 0.37 0.00
120_V 76_L 1.04 0.37 0.00
197_L 136_A 1.03 0.36 0.00
132_M 55_I 1.03 0.36 0.00
291_L 117_E 1.03 0.35 0.00
405_G 197_E 1.02 0.35 0.00
200_Y 65_L 1.01 0.34 0.00
324_K 130_L 0.98 0.32 0.00
301_G 65_L 0.98 0.31 0.00
361_L 284_M 0.97 0.31 0.00
367_Y 263_A 0.97 0.30 0.00
99_I 106_S 0.97 0.30 0.00
223_Y 25_L 0.96 0.30 0.00
303_P 16_P 0.96 0.30 0.00
91_Y 185_L 0.96 0.30 0.00
188_I 241_S 0.96 0.30 0.00
206_I 221_K 0.96 0.30 0.00
388_C 148_V 0.96 0.30 0.00
58_K 164_E 0.95 0.29 0.00
204_N 171_S 0.95 0.29 0.00
170_A 136_A 0.95 0.29 0.00
444_L 283_I 0.95 0.29 0.00
118_V 175_L 0.93 0.28 0.00
42_V 37_T 0.93 0.28 0.00
381_F 199_L 0.92 0.27 0.00
133_A 181_V 0.92 0.27 0.00
370_T 101_L 0.92 0.27 0.00
398_K 148_V 0.92 0.27 0.00
210_F 61_G 0.91 0.26 0.00
97_H 181_V 0.91 0.26 0.00
139_V 194_E 0.91 0.26 0.00
54_E 126_L 0.91 0.26 0.00
389_V 126_L 0.89 0.25 0.00
349_T 70_G 0.89 0.25 0.00
186_H 122_I 0.89 0.25 0.00
296_L 286_E 0.89 0.24 0.00
140_G 60_R 0.88 0.24 0.00
345_A 122_I 0.88 0.24 0.00
348_A 22_T 0.88 0.24 0.00
253_A 95_A 0.88 0.24 0.00
183_E 256_L 0.88 0.24 0.00
188_I 109_R 0.88 0.24 0.00
451_N 69_G 0.88 0.24 0.00
309_Q 53_I 0.87 0.24 0.00
168_F 136_A 0.87 0.24 0.00
101_L 224_G 0.87 0.23 0.00
50_T 207_R 0.87 0.23 0.00
169_V 97_T 0.87 0.23 0.00
266_E 256_L 0.87 0.23 0.00
231_T 110_A 0.86 0.23 0.00
391_D 221_K 0.86 0.23 0.00
350_A 95_A 0.86 0.23 0.00
82_S 208_G 0.85 0.23 0.00
438_L 287_T 0.85 0.23 0.00
446_T 229_G 0.85 0.22 0.00
93_A 193_A 0.85 0.22 0.00
442_D 73_G 0.84 0.21 0.00
367_Y 175_L 0.84 0.21 0.00
188_I 197_E 0.84 0.21 0.00
118_V 138_G 0.83 0.21 0.00
389_V 100_R 0.83 0.21 0.00
152_I 229_G 0.83 0.21 0.00
396_S 91_N 0.83 0.21 0.00
240_G 193_A 0.83 0.21 0.00
385_D 61_G 0.83 0.21 0.00
310_A 232_V 0.83 0.21 0.00
63_F 185_L 0.83 0.21 0.00
311_L 238_K 0.82 0.21 0.00
117_G 120_E 0.82 0.21 0.00
333_I 15_E 0.82 0.21 0.00
54_E 193_A 0.82 0.20 0.00
49_T 32_W 0.82 0.20 0.00
423_S 19_N 0.82 0.20 0.00
447_L 183_A 0.82 0.20 0.00
388_C 137_M 0.82 0.20 0.00
67_Q 202_S 0.82 0.20 0.00
333_I 221_K 0.82 0.20 0.00
454_E 286_E 0.81 0.20 0.00
439_R 201_A 0.81 0.20 0.00
444_L 292_I 0.81 0.20 0.00
350_A 171_S 0.81 0.20 0.00
282_P 60_R 0.81 0.20 0.00
297_A 61_G 0.81 0.20 0.00
270_K 11_V 0.81 0.20 0.00
70_R 264_R 0.81 0.20 0.00
123_T 254_F 0.80 0.19 0.00
61_L 205_K 0.80 0.19 0.00
197_L 221_K 0.80 0.19 0.00
181_K 65_L 0.79 0.19 0.00
346_T 150_F 0.79 0.19 0.00
271_G 76_L 0.79 0.19 0.00
184_P 181_V 0.79 0.19 0.00
284_R 95_A 0.79 0.19 0.00
208_L 279_Q 0.79 0.19 0.00
292_A 35_P 0.79 0.18 0.00
120_V 145_V 0.79 0.18 0.00
102_V 213_G 0.79 0.18 0.00
232_E 87_R 0.79 0.18 0.00
392_V 101_L 0.78 0.18 0.00
68_S 98_G 0.78 0.18 0.00
202_D 76_L 0.78 0.18 0.00
307_I 234_E 0.78 0.18 0.00
136_V 20_H 0.78 0.18 0.00
132_M 76_L 0.78 0.18 0.00
398_K 39_Q 0.78 0.18 0.00
368_S 12_K 0.78 0.18 0.00
221_S 206_R 0.78 0.18 0.00
381_F 184_V 0.78 0.18 0.00
64_H 209_S 0.78 0.18 0.00
68_S 273_I 0.77 0.18 0.00
118_V 65_L 0.77 0.18 0.00
266_E 244_K 0.77 0.18 0.00
269_Q 244_K 0.77 0.18 0.00
360_C 152_D 0.77 0.18 0.00
346_T 65_L 0.77 0.18 0.00
290_S 142_F 0.77 0.18 0.00
84_V 140_Q 0.77 0.18 0.00
70_R 38_I 0.77 0.17 0.00
343_I 215_S 0.77 0.17 0.00
443_L 197_E 0.77 0.17 0.00
35_L 134_A 0.77 0.17 0.00
140_G 18_A 0.77 0.17 0.00
429_N 242_F 0.77 0.17 0.00
318_R 96_A 0.77 0.17 0.00
424_T 95_A 0.77 0.17 0.00
148_V 33_I 0.77 0.17 0.00
376_E 205_K 0.77 0.17 0.00
367_Y 245_A 0.77 0.17 0.00
451_N 13_L 0.76 0.17 0.00
188_I 76_L 0.76 0.17 0.00
72_V 45_V 0.76 0.17 0.00
343_I 238_K 0.76 0.17 0.00
146_H 116_F 0.76 0.17 0.00
412_V 158_R 0.76 0.17 0.00
67_Q 182_S 0.76 0.17 0.00
206_I 93_I 0.76 0.17 0.00
447_L 148_V 0.76 0.17 0.00
350_A 108_A 0.76 0.17 0.00
85_K 168_Q 0.76 0.17 0.00
82_S 125_N 0.76 0.17 0.00
160_H 281_R 0.76 0.17 0.00
97_H 93_I 0.76 0.17 0.00
358_I 241_S 0.76 0.17 0.00
452_V 44_V 0.76 0.17 0.00
197_L 125_N 0.76 0.17 0.00
65_C 161_M 0.76 0.17 0.00
349_T 206_R 0.76 0.17 0.00
358_I 233_D 0.76 0.17 0.00
412_V 263_A 0.76 0.17 0.00
167_L 78_P 0.76 0.17 0.00
362_F 255_I 0.76 0.17 0.00
92_E 126_L 0.75 0.17 0.00
421_C 273_I 0.75 0.17 0.00
61_L 258_S 0.75 0.17 0.00
288_L 255_I 0.75 0.17 0.00
139_V 46_K 0.75 0.17 0.00
87_G 13_L 0.75 0.17 0.00
292_A 187_G 0.75 0.17 0.00
288_L 145_V 0.75 0.17 0.00
295_S 215_S 0.75 0.17 0.00
376_E 231_L 0.75 0.17 0.00
34_L 125_N 0.75 0.16 0.00
82_S 207_R 0.75 0.16 0.00
116_H 58_I 0.75 0.16 0.00
303_P 194_E 0.75 0.16 0.00
64_H 160_K 0.75 0.16 0.00
428_L 230_K 0.75 0.16 0.00
298_V 95_A 0.75 0.16 0.00
148_V 270_I 0.74 0.16 0.00
58_K 241_S 0.74 0.16 0.00
387_L 289_V 0.74 0.16 0.00
331_Q 22_T 0.74 0.16 0.00
229_V 207_R 0.74 0.16 0.00
297_A 100_R 0.74 0.16 0.00
92_E 104_I 0.74 0.16 0.00
348_A 126_L 0.74 0.16 0.00
343_I 291_I 0.74 0.16 0.00
166_E 39_Q 0.74 0.16 0.00
54_E 71_I 0.74 0.16 0.00
204_N 182_S 0.74 0.16 0.00
408_I 69_G 0.74 0.16 0.00
69_E 19_N 0.74 0.16 0.00
272_E 38_I 0.74 0.16 0.00
357_R 61_G 0.74 0.16 0.00
233_L 209_S 0.74 0.16 0.00
90_A 277_A 0.73 0.16 0.00
58_K 46_K 0.73 0.16 0.00
36_M 216_A 0.73 0.16 0.00
123_T 129_A 0.73 0.16 0.00
99_I 203_H 0.73 0.16 0.00
38_L 216_A 0.73 0.16 0.00
211_R 182_S 0.73 0.16 0.00
203_L 256_L 0.73 0.15 0.00
193_E 67_R 0.73 0.15 0.00
344_K 7_G 0.73 0.15 0.00
284_R 139_L 0.73 0.15 0.00
132_M 192_A 0.73 0.15 0.00
391_D 102_K 0.73 0.15 0.00
267_V 86_V 0.72 0.15 0.00
350_A 290_Q 0.72 0.15 0.00
204_N 197_E 0.72 0.15 0.00
233_L 235_L 0.72 0.15 0.00
84_V 188_R 0.72 0.15 0.00
415_Q 232_V 0.72 0.15 0.00
365_H 169_Y 0.72 0.15 0.00
337_G 124_G 0.72 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1864 seconds.