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OPENSEQ.org
PopN - PscQ (A, 40-270) (B, 20-309)
Genes: A B A+B
Length: 231 290 519
Sequences: 200 229 100
Seq/Len: 0.87 0.79 0.19
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.00
2 0.00 0.01 0.01
5 0.00 0.01 0.06
10 0.00 0.01 0.13
20 0.00 0.01 0.17
100 0.01 0.03 0.18
∞ 0.07 0.09 0.19
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
129_I 66_L 1.55 0.33 0.00
223_L 74_L 1.53 0.33 0.00
225_G 165_L 1.53 0.32 0.00
12_T 72_L 1.46 0.29 0.00
126_G 266_G 1.44 0.28 0.00
194_L 163_D 1.43 0.28 0.00
10_E 278_G 1.43 0.28 0.00
114_V 223_V 1.37 0.25 0.00
98_R 268_G 1.33 0.23 0.00
65_L 124_L 1.32 0.23 0.00
12_T 69_A 1.31 0.22 0.00
165_R 263_R 1.30 0.22 0.00
187_V 237_L 1.29 0.22 0.00
216_D 67_P 1.28 0.21 0.00
213_V 281_V 1.27 0.20 0.00
102_A 198_L 1.25 0.20 0.00
200_S 229_R 1.25 0.20 0.00
153_L 277_L 1.24 0.19 0.00
126_G 76_E 1.24 0.19 0.00
12_T 167_L 1.23 0.19 0.00
210_L 151_L 1.23 0.19 0.00
153_L 74_L 1.22 0.19 0.00
118_L 55_A 1.19 0.18 0.00
12_T 103_L 1.18 0.17 0.00
51_D 146_W 1.18 0.17 0.00
46_W 50_L 1.17 0.17 0.00
213_V 223_V 1.17 0.17 0.00
44_E 281_V 1.15 0.16 0.00
210_L 70_L 1.15 0.16 0.00
157_Y 163_D 1.15 0.16 0.00
210_L 280_R 1.15 0.16 0.00
88_S 225_F 1.14 0.16 0.00
75_Q 127_L 1.13 0.16 0.00
154_R 163_D 1.12 0.15 0.00
183_L 44_L 1.12 0.15 0.00
117_A 256_V 1.12 0.15 0.00
195_S 284_L 1.12 0.15 0.00
164_Y 74_L 1.12 0.15 0.00
129_I 230_R 1.12 0.15 0.00
210_L 270_L 1.12 0.15 0.00
143_S 111_R 1.11 0.15 0.00
193_A 254_G 1.11 0.15 0.00
81_E 264_C 1.11 0.15 0.00
189_F 278_G 1.11 0.15 0.00
226_L 228_G 1.11 0.15 0.00
53_E 89_G 1.11 0.15 0.00
157_Y 242_P 1.11 0.15 0.00
166_G 165_L 1.10 0.15 0.00
174_I 155_E 1.10 0.15 0.00
157_Y 278_G 1.09 0.14 0.00
213_V 159_L 1.09 0.14 0.00
117_A 71_Q 1.09 0.14 0.00
176_A 146_W 1.09 0.14 0.00
154_R 277_L 1.09 0.14 0.00
65_L 192_H 1.08 0.14 0.00
154_R 227_V 1.08 0.14 0.00
225_G 280_R 1.07 0.14 0.00
231_G 174_D 1.07 0.14 0.00
50_P 280_R 1.06 0.14 0.00
91_F 67_P 1.06 0.14 0.00
174_I 167_L 1.06 0.14 0.00
210_L 279_V 1.06 0.14 0.00
190_L 175_A 1.06 0.14 0.00
166_G 54_L 1.06 0.14 0.00
10_E 225_F 1.06 0.14 0.00
194_L 56_P 1.05 0.13 0.00
42_L 227_V 1.05 0.13 0.00
119_L 275_D 1.05 0.13 0.00
178_F 266_G 1.05 0.13 0.00
65_L 66_L 1.05 0.13 0.00
80_L 139_P 1.04 0.13 0.00
30_D 114_L 1.04 0.13 0.00
226_L 275_D 1.04 0.13 0.00
88_S 271_V 1.04 0.13 0.00
118_L 279_V 1.04 0.13 0.00
97_A 237_L 1.04 0.13 0.00
213_V 279_V 1.03 0.13 0.00
118_L 53_W 1.03 0.13 0.00
12_T 240_L 1.03 0.13 0.00
94_L 275_D 1.03 0.13 0.00
30_D 45_C 1.02 0.13 0.00
26_R 281_V 1.02 0.13 0.00
142_A 164_L 1.02 0.12 0.00
157_Y 273_L 1.02 0.12 0.00
131_L 185_P 1.01 0.12 0.00
132_G 29_D 1.01 0.12 0.00
125_Q 139_P 1.01 0.12 0.00
20_E 159_L 1.01 0.12 0.00
75_Q 154_S 1.01 0.12 0.00
187_V 191_L 1.00 0.12 0.00
195_S 168_P 1.00 0.12 0.00
17_E 254_G 1.00 0.12 0.00
97_A 125_A 1.00 0.12 0.00
114_V 156_L 1.00 0.12 0.00
5_A 159_L 0.99 0.12 0.00
53_E 136_L 0.99 0.12 0.00
72_S 258_I 0.99 0.12 0.00
197_D 163_D 0.99 0.12 0.00
194_L 57_N 0.99 0.12 0.00
198_L 124_L 0.99 0.12 0.00
150_I 155_E 0.98 0.12 0.00
97_A 231_T 0.98 0.12 0.00
24_A 116_L 0.98 0.12 0.00
225_G 80_N 0.98 0.12 0.00
40_A 26_P 0.98 0.12 0.00
11_L 199_L 0.98 0.11 0.00
21_K 103_L 0.98 0.11 0.00
11_L 205_P 0.98 0.11 0.00
11_L 149_L 0.98 0.11 0.00
40_A 225_F 0.97 0.11 0.00
133_L 226_E 0.97 0.11 0.00
220_L 159_L 0.97 0.11 0.00
220_L 269_E 0.96 0.11 0.00
167_L 53_W 0.96 0.11 0.00
10_E 231_T 0.96 0.11 0.00
80_L 190_Q 0.96 0.11 0.00
187_V 95_P 0.96 0.11 0.00
9_E 53_W 0.96 0.11 0.00
60_A 281_V 0.96 0.11 0.00
59_E 263_R 0.96 0.11 0.00
182_P 101_L 0.96 0.11 0.00
200_S 128_P 0.95 0.11 0.00
187_V 46_Q 0.95 0.11 0.00
150_I 29_D 0.95 0.11 0.00
194_L 221_I 0.95 0.11 0.00
209_K 79_G 0.95 0.11 0.00
135_I 46_Q 0.95 0.11 0.00
133_L 105_L 0.95 0.11 0.00
80_L 228_G 0.95 0.11 0.00
42_L 236_T 0.95 0.11 0.00
214_M 167_L 0.95 0.11 0.00
81_E 111_R 0.95 0.11 0.00
216_D 237_L 0.95 0.11 0.00
176_A 198_L 0.95 0.11 0.00
227_A 50_L 0.94 0.11 0.00
44_E 204_T 0.94 0.11 0.00
71_S 258_I 0.94 0.11 0.00
83_F 261_N 0.94 0.11 0.00
25_K 160_E 0.94 0.11 0.00
220_L 236_T 0.94 0.11 0.00
92_L 234_L 0.94 0.11 0.00
56_Q 160_E 0.94 0.11 0.00
197_D 225_F 0.94 0.10 0.00
171_W 175_A 0.93 0.10 0.00
54_S 94_Q 0.93 0.10 0.00
83_F 39_L 0.93 0.10 0.00
126_G 82_F 0.93 0.10 0.00
178_F 242_P 0.93 0.10 0.00
226_L 215_E 0.93 0.10 0.00
88_S 164_L 0.93 0.10 0.00
58_L 43_F 0.93 0.10 0.00
216_D 284_L 0.93 0.10 0.00
136_E 4_A 0.93 0.10 0.00
220_L 158_T 0.93 0.10 0.00
191_Q 254_G 0.92 0.10 0.00
13_F 254_G 0.92 0.10 0.00
29_S 198_L 0.92 0.10 0.00
178_F 81_V 0.92 0.10 0.00
116_Q 82_F 0.92 0.10 0.00
227_A 44_L 0.92 0.10 0.00
153_L 142_L 0.92 0.10 0.00
126_G 241_Q 0.92 0.10 0.00
203_S 158_T 0.91 0.10 0.00
220_L 248_L 0.91 0.10 0.00
124_E 278_G 0.91 0.10 0.00
5_A 31_E 0.91 0.10 0.00
26_R 67_P 0.91 0.10 0.00
90_R 266_G 0.91 0.10 0.00
42_L 121_A 0.91 0.10 0.00
193_A 171_H 0.91 0.10 0.00
218_H 265_L 0.91 0.10 0.00
5_A 42_R 0.90 0.10 0.00
179_A 50_L 0.90 0.10 0.00
113_L 237_L 0.90 0.10 0.00
118_L 238_S 0.90 0.10 0.00
127_L 268_G 0.90 0.10 0.00
194_L 201_M 0.90 0.10 0.00
26_R 85_L 0.90 0.10 0.00
127_L 147_P 0.90 0.10 0.00
160_A 280_R 0.90 0.10 0.00
227_A 274_Q 0.90 0.10 0.00
58_L 232_L 0.90 0.10 0.00
133_L 234_L 0.89 0.10 0.00
8_A 51_A 0.89 0.10 0.00
118_L 82_F 0.89 0.10 0.00
119_L 157_R 0.89 0.10 0.00
167_L 227_V 0.89 0.10 0.00
2_Q 2_R 0.89 0.10 0.00
152_A 88_Y 0.89 0.09 0.00
230_V 80_N 0.89 0.09 0.00
65_L 242_P 0.89 0.09 0.00
138_L 147_P 0.89 0.09 0.00
84_S 261_N 0.89 0.09 0.00
188_A 268_G 0.89 0.09 0.00
178_F 221_I 0.89 0.09 0.00
142_A 163_D 0.89 0.09 0.00
30_D 235_H 0.89 0.09 0.00
196_A 77_R 0.88 0.09 0.00
132_G 240_L 0.88 0.09 0.00
65_L 127_L 0.88 0.09 0.00
111_L 34_L 0.88 0.09 0.00
76_L 223_V 0.88 0.09 0.00
183_L 147_P 0.88 0.09 0.00
190_L 141_R 0.88 0.09 0.00
201_Q 155_E 0.88 0.09 0.00
134_R 236_T 0.88 0.09 0.00
59_E 166_L 0.88 0.09 0.00
131_L 77_R 0.88 0.09 0.00
210_L 243_G 0.88 0.09 0.00
151_Q 38_G 0.88 0.09 0.00
210_L 54_L 0.87 0.09 0.00
230_V 175_A 0.87 0.09 0.00
171_W 4_A 0.87 0.09 0.00
213_V 248_L 0.87 0.09 0.00
166_G 156_L 0.87 0.09 0.00
212_R 234_L 0.87 0.09 0.00
194_L 225_F 0.87 0.09 0.00
161_V 168_P 0.87 0.09 0.00
65_L 268_G 0.87 0.09 0.00
198_L 228_G 0.87 0.09 0.00
20_E 115_W 0.87 0.09 0.00
208_V 220_P 0.86 0.09 0.00
68_G 274_Q 0.86 0.09 0.00
157_Y 248_L 0.86 0.09 0.00
181_T 263_R 0.86 0.09 0.00
25_K 116_L 0.86 0.09 0.00
154_R 242_P 0.86 0.09 0.00
156_T 124_L 0.86 0.09 0.00
121_M 124_L 0.86 0.09 0.00
93_A 159_L 0.86 0.09 0.00
190_L 142_L 0.86 0.09 0.00
150_I 2_R 0.86 0.09 0.00
94_L 219_L 0.86 0.09 0.00
86_E 227_V 0.86 0.09 0.00
97_A 165_L 0.86 0.09 0.00
121_M 211_E 0.86 0.09 0.00
9_E 191_L 0.85 0.09 0.00
223_L 46_Q 0.85 0.09 0.00
108_R 209_D 0.85 0.09 0.00
31_A 234_L 0.85 0.09 0.00
140_A 148_G 0.85 0.09 0.00
190_L 176_A 0.85 0.09 0.00
96_R 234_L 0.85 0.09 0.00
10_E 220_P 0.85 0.09 0.00
24_A 137_A 0.85 0.09 0.00
159_D 67_P 0.85 0.09 0.00
123_D 210_G 0.85 0.09 0.00
130_E 43_F 0.85 0.09 0.00
222_V 223_V 0.85 0.09 0.00
216_D 276_R 0.84 0.09 0.00
217_M 58_L 0.84 0.09 0.00
194_L 272_R 0.84 0.09 0.00
157_Y 225_F 0.84 0.09 0.00
51_D 188_R 0.84 0.09 0.00
191_Q 179_G 0.84 0.09 0.00
53_E 208_A 0.84 0.09 0.00
101_L 219_L 0.84 0.09 0.00
157_Y 284_L 0.84 0.09 0.00
88_S 50_L 0.84 0.09 0.00
76_L 178_L 0.84 0.09 0.00
21_K 41_L 0.84 0.09 0.00
210_L 58_L 0.84 0.09 0.00
131_L 53_W 0.84 0.09 0.00
118_L 275_D 0.84 0.08 0.00
83_F 31_E 0.84 0.08 0.00
209_K 46_Q 0.83 0.08 0.00
114_V 40_P 0.83 0.08 0.00
175_Q 144_L 0.83 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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