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OPENSEQ.org
1IBR
Genes: A B A+B
Length: 216 462 627
Sequences: 5399 2418 77
Seq/Len: 25 5.23 0.12
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.17
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.03 0.01
2 0.04 0.05 0.02
5 0.04 0.06 0.04
10 0.06 0.06 0.06
20 0.07 0.06 0.11
100 0.14 0.08 0.47
∞ 0.20 0.15 1.14
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
14_V 348_A 1.69 0.31 0.00
140_R 113_V 1.64 0.28 0.00
97_T 57_A 1.46 0.21 0.00
97_T 138_T 1.41 0.20 0.00
156_N 130_I 1.41 0.20 0.00
92_V 91_V 1.39 0.19 0.00
90_F 322_L 1.29 0.16 0.00
20_G 6_I 1.25 0.15 0.00
146_Y 406_V 1.20 0.14 0.00
13_L 458_E 1.20 0.14 0.00
17_G 126_W 1.20 0.14 0.00
125_D 126_W 1.20 0.14 0.00
63_V 453_L 1.19 0.13 0.00
24_T 85_A 1.18 0.13 0.00
29_R 260_L 1.15 0.12 0.00
121_G 283_W 1.15 0.12 0.00
97_T 129_L 1.14 0.12 0.00
39_Y 424_V 1.10 0.11 0.00
118_V 379_D 1.10 0.11 0.00
120_C 352_L 1.09 0.11 0.00
75_L 171_N 1.09 0.11 0.00
161_F 352_L 1.09 0.11 0.00
131_V 334_D 1.09 0.11 0.00
152_K 92_K 1.08 0.11 0.00
22_G 126_W 1.08 0.11 0.00
143_N 99_L 1.06 0.10 0.00
93_T 191_K 1.05 0.10 0.00
143_N 322_L 1.05 0.10 0.00
146_Y 287_C 1.05 0.10 0.00
147_Y 125_Q 1.05 0.10 0.00
18_D 452_L 1.05 0.10 0.00
143_N 386_A 1.04 0.10 0.00
88_I 57_A 1.03 0.10 0.00
21_T 64_S 1.02 0.10 0.00
123_K 126_W 1.02 0.10 0.00
24_T 326_L 1.02 0.10 0.00
88_I 417_M 1.01 0.10 0.00
120_C 348_A 1.01 0.10 0.00
51_V 88_R 1.01 0.10 0.00
168_L 91_V 1.01 0.10 0.00
90_F 406_V 1.01 0.10 0.00
69_Q 410_M 1.01 0.10 0.00
50_L 14_D 1.00 0.09 0.00
65_D 126_W 1.00 0.09 0.00
74_G 95_V 1.00 0.09 0.00
120_C 33_L 1.00 0.09 0.00
18_D 432_V 1.00 0.09 0.00
137_V 246_S 0.99 0.09 0.00
92_V 12_S 0.99 0.09 0.00
24_T 356_A 0.99 0.09 0.00
149_I 238_L 0.98 0.09 0.00
24_T 348_A 0.97 0.09 0.00
91_D 428_A 0.97 0.09 0.00
54_T 348_A 0.97 0.09 0.00
72_F 51_Q 0.97 0.09 0.00
16_V 13_P 0.97 0.09 0.00
90_F 274_E 0.97 0.09 0.00
97_T 194_A 0.96 0.09 0.00
72_F 419_D 0.96 0.09 0.00
23_K 126_W 0.96 0.09 0.00
16_V 273_D 0.96 0.09 0.00
25_T 409_A 0.96 0.09 0.00
122_N 425_R 0.95 0.09 0.00
68_G 126_W 0.95 0.09 0.00
151_A 247_L 0.95 0.09 0.00
164_L 323_V 0.94 0.08 0.00
97_T 133_L 0.94 0.08 0.00
159_K 393_I 0.94 0.08 0.00
97_T 287_C 0.94 0.08 0.00
150_S 22_Q 0.94 0.08 0.00
127_K 61_I 0.93 0.08 0.00
134_K 127_P 0.93 0.08 0.00
97_T 201_S 0.93 0.08 0.00
151_A 61_I 0.92 0.08 0.00
169_I 3_L 0.92 0.08 0.00
16_V 74_A 0.92 0.08 0.00
90_F 7_L 0.92 0.08 0.00
107_D 116_I 0.92 0.08 0.00
56_R 436_C 0.92 0.08 0.00
90_F 457_I 0.92 0.08 0.00
24_T 89_R 0.92 0.08 0.00
64_W 130_I 0.92 0.08 0.00
165_A 117_A 0.92 0.08 0.00
12_K 117_A 0.92 0.08 0.00
35_F 393_I 0.91 0.08 0.00
72_F 326_L 0.91 0.08 0.00
97_T 91_V 0.91 0.08 0.00
9_V 345_C 0.91 0.08 0.00
158_E 390_F 0.91 0.08 0.00
103_N 348_A 0.91 0.08 0.00
24_T 425_R 0.91 0.08 0.00
30_H 113_V 0.90 0.08 0.00
115_I 393_I 0.90 0.08 0.00
118_V 352_L 0.90 0.08 0.00
72_F 410_M 0.90 0.08 0.00
149_I 98_T 0.90 0.08 0.00
20_G 117_A 0.90 0.08 0.00
16_V 166_L 0.90 0.08 0.00
77_D 352_L 0.90 0.08 0.00
50_L 265_I 0.90 0.08 0.00
164_L 8_E 0.89 0.07 0.00
17_G 62_K 0.89 0.07 0.00
125_D 62_K 0.89 0.07 0.00
139_H 18_L 0.89 0.07 0.00
139_H 39_E 0.88 0.07 0.00
152_K 54_R 0.88 0.07 0.00
20_G 215_R 0.88 0.07 0.00
138_F 431_T 0.88 0.07 0.00
166_R 113_V 0.88 0.07 0.00
67_A 425_R 0.88 0.07 0.00
97_T 452_L 0.88 0.07 0.00
87_I 65_L 0.88 0.07 0.00
13_L 96_L 0.88 0.07 0.00
97_T 457_I 0.88 0.07 0.00
54_T 252_M 0.88 0.07 0.00
95_R 57_A 0.88 0.07 0.00
157_F 18_L 0.87 0.07 0.00
118_V 40_L 0.87 0.07 0.00
26_F 371_I 0.87 0.07 0.00
54_T 39_E 0.87 0.07 0.00
30_H 408_Q 0.87 0.07 0.00
132_K 3_L 0.87 0.07 0.00
18_D 326_L 0.86 0.07 0.00
24_T 138_T 0.86 0.07 0.00
91_D 457_I 0.86 0.07 0.00
17_G 21_A 0.86 0.07 0.00
125_D 21_A 0.86 0.07 0.00
18_D 100_G 0.86 0.07 0.00
22_G 62_K 0.86 0.07 0.00
97_T 403_K 0.86 0.07 0.00
119_L 204_F 0.86 0.07 0.00
123_K 7_L 0.86 0.07 0.00
168_L 286_V 0.86 0.07 0.00
30_H 336_N 0.85 0.07 0.00
13_L 375_I 0.85 0.07 0.00
127_K 14_D 0.85 0.07 0.00
128_D 128_E 0.85 0.07 0.00
92_V 42_R 0.85 0.07 0.00
92_V 135_A 0.85 0.07 0.00
87_I 220_Q 0.85 0.07 0.00
171_D 392_C 0.85 0.07 0.00
96_V 125_Q 0.85 0.07 0.00
75_L 263_I 0.84 0.07 0.00
97_T 418_K 0.84 0.07 0.00
54_T 95_V 0.84 0.07 0.00
75_L 387_V 0.84 0.07 0.00
95_R 91_V 0.84 0.07 0.00
59_I 198_L 0.84 0.07 0.00
151_A 104_Y 0.84 0.07 0.00
114_N 13_P 0.84 0.07 0.00
54_T 351_C 0.84 0.07 0.00
144_L 383_R 0.84 0.07 0.00
100_N 15_R 0.84 0.07 0.00
150_S 282_F 0.84 0.07 0.00
88_I 117_A 0.84 0.07 0.00
59_I 387_V 0.83 0.07 0.00
157_F 360_E 0.83 0.07 0.00
21_T 403_K 0.83 0.07 0.00
63_V 179_Q 0.83 0.07 0.00
63_V 84_D 0.83 0.07 0.00
13_L 328_Q 0.83 0.07 0.00
156_N 36_F 0.83 0.07 0.00
75_L 250_Q 0.83 0.07 0.00
149_I 393_I 0.83 0.07 0.00
150_S 348_A 0.83 0.07 0.00
87_I 35_T 0.83 0.07 0.00
14_V 282_F 0.83 0.07 0.00
42_T 244_I 0.83 0.07 0.00
85_C 261_F 0.83 0.07 0.00
164_L 5_T 0.83 0.07 0.00
115_I 101_T 0.82 0.07 0.00
50_L 414_I 0.82 0.07 0.00
28_K 127_P 0.82 0.07 0.00
136_I 390_F 0.82 0.07 0.00
61_F 6_I 0.82 0.07 0.00
52_F 97_Q 0.82 0.07 0.00
149_I 306_P 0.82 0.07 0.00
14_V 195_T 0.82 0.07 0.00
16_V 428_A 0.82 0.07 0.00
88_I 21_A 0.82 0.07 0.00
90_F 59_L 0.82 0.07 0.00
94_S 453_L 0.81 0.07 0.00
156_N 52_V 0.81 0.07 0.00
22_G 7_L 0.81 0.07 0.00
95_R 240_N 0.81 0.07 0.00
146_Y 322_L 0.81 0.07 0.00
93_T 348_A 0.81 0.07 0.00
72_F 26_E 0.81 0.07 0.00
46_E 11_V 0.81 0.07 0.00
50_L 283_W 0.81 0.07 0.00
18_D 373_E 0.81 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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