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OPENSEQ.org
FAK
Genes: A B A+B
Length: 552 287 799
Sequences: 1021 3438 152
Seq/Len: 1.85 11.98 0.19
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.03 0.11
2 0.01 0.03 0.14
5 0.01 0.03 0.14
10 0.01 0.04 0.15
20 0.01 0.05 0.18
100 0.01 0.09 0.32
∞ 0.01 0.19 0.79
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
13_M 203_K 1.75 0.45 0.00
549_F 32_L 1.50 0.31 0.00
95_S 14_P 1.44 0.28 0.00
387_I 276_G 1.38 0.25 0.00
506_L 232_I 1.36 0.24 0.00
72_S 93_G 1.35 0.24 0.00
450_S 242_H 1.35 0.24 0.00
113_F 57_N 1.34 0.23 0.00
425_M 30_I 1.31 0.22 0.00
450_S 162_V 1.29 0.21 0.00
14_I 233_I 1.25 0.20 0.00
415_T 269_H 1.25 0.20 0.00
386_A 142_I 1.24 0.20 0.00
515_T 202_E 1.22 0.19 0.00
410_A 103_Q 1.20 0.18 0.00
112_S 5_V 1.20 0.18 0.00
94_F 266_I 1.20 0.18 0.00
278_I 104_A 1.20 0.18 0.00
526_M 37_N 1.19 0.18 0.00
388_I 47_E 1.18 0.17 0.00
307_E 81_G 1.17 0.17 0.00
90_I 63_S 1.17 0.17 0.00
170_N 193_F 1.17 0.17 0.00
549_F 248_L 1.16 0.17 0.00
293_T 276_G 1.16 0.17 0.00
410_A 216_E 1.16 0.17 0.00
320_E 234_G 1.14 0.16 0.00
513_E 72_H 1.14 0.16 0.00
279_V 135_L 1.14 0.16 0.00
51_S 21_N 1.13 0.16 0.00
5_I 112_N 1.13 0.16 0.00
399_S 160_L 1.13 0.16 0.00
378_I 270_L 1.13 0.16 0.00
495_L 108_V 1.13 0.16 0.00
301_L 232_I 1.13 0.16 0.00
468_E 50_Y 1.12 0.15 0.00
69_K 25_V 1.12 0.15 0.00
530_F 237_N 1.12 0.15 0.00
173_N 180_W 1.11 0.15 0.00
464_G 72_H 1.11 0.15 0.00
243_M 171_S 1.11 0.15 0.00
105_D 184_L 1.11 0.15 0.00
450_S 266_I 1.10 0.15 0.00
343_S 266_I 1.10 0.15 0.00
233_E 142_I 1.10 0.15 0.00
104_I 47_E 1.09 0.14 0.00
333_E 113_V 1.09 0.14 0.00
354_S 184_L 1.09 0.14 0.00
417_T 119_K 1.09 0.14 0.00
179_K 266_I 1.09 0.14 0.00
499_L 116_V 1.08 0.14 0.00
186_S 135_L 1.08 0.14 0.00
551_V 21_N 1.07 0.14 0.00
526_M 116_V 1.07 0.14 0.00
475_L 105_S 1.06 0.14 0.00
449_K 143_D 1.06 0.14 0.00
373_D 179_A 1.06 0.14 0.00
154_L 212_K 1.05 0.13 0.00
7_G 5_V 1.05 0.13 0.00
417_T 275_F 1.05 0.13 0.00
122_K 50_Y 1.05 0.13 0.00
434_L 190_V 1.05 0.13 0.00
388_I 43_T 1.05 0.13 0.00
340_I 54_A 1.04 0.13 0.00
28_V 98_Y 1.04 0.13 0.00
335_V 112_N 1.04 0.13 0.00
306_A 67_I 1.04 0.13 0.00
507_T 133_I 1.04 0.13 0.00
338_A 22_N 1.04 0.13 0.00
343_S 30_I 1.04 0.13 0.00
418_I 71_V 1.04 0.13 0.00
119_T 105_S 1.04 0.13 0.00
372_E 164_D 1.03 0.13 0.00
549_F 77_Y 1.03 0.13 0.00
417_T 45_T 1.03 0.13 0.00
484_D 153_R 1.03 0.13 0.00
386_A 149_L 1.03 0.13 0.00
415_T 277_I 1.03 0.13 0.00
450_S 113_V 1.02 0.13 0.00
423_T 215_E 1.02 0.12 0.00
123_A 188_K 1.02 0.12 0.00
186_S 203_K 1.02 0.12 0.00
191_L 166_K 1.02 0.12 0.00
270_L 204_V 1.01 0.12 0.00
278_I 197_L 1.01 0.12 0.00
340_I 280_V 1.01 0.12 0.00
373_D 116_V 1.01 0.12 0.00
538_Q 116_V 1.01 0.12 0.00
374_I 170_K 1.01 0.12 0.00
468_E 219_I 1.01 0.12 0.00
104_I 5_V 1.01 0.12 0.00
90_I 273_G 1.01 0.12 0.00
177_V 44_M 1.00 0.12 0.00
341_T 210_A 1.00 0.12 0.00
415_T 48_E 1.00 0.12 0.00
77_M 90_L 1.00 0.12 0.00
531_E 136_I 1.00 0.12 0.00
237_Y 71_V 1.00 0.12 0.00
340_I 241_S 1.00 0.12 0.00
29_D 178_Q 0.99 0.12 0.00
72_S 13_I 0.99 0.12 0.00
494_T 130_I 0.99 0.12 0.00
521_W 85_V 0.99 0.12 0.00
421_G 164_D 0.99 0.12 0.00
487_V 159_Y 0.99 0.12 0.00
17_G 188_K 0.99 0.12 0.00
378_I 258_I 0.98 0.12 0.00
453_I 32_L 0.98 0.12 0.00
273_I 270_L 0.98 0.12 0.00
284_H 8_D 0.98 0.11 0.00
67_L 233_I 0.98 0.11 0.00
398_A 200_P 0.98 0.11 0.00
237_Y 122_C 0.98 0.11 0.00
293_T 21_N 0.97 0.11 0.00
463_D 129_V 0.97 0.11 0.00
520_E 181_I 0.96 0.11 0.00
245_V 86_I 0.96 0.11 0.00
402_A 5_V 0.96 0.11 0.00
34_Y 190_V 0.96 0.11 0.00
397_M 74_F 0.96 0.11 0.00
283_V 230_I 0.95 0.11 0.00
281_V 90_L 0.95 0.11 0.00
98_L 16_Q 0.95 0.11 0.00
496_E 242_H 0.95 0.11 0.00
198_F 206_T 0.95 0.11 0.00
418_I 61_T 0.95 0.11 0.00
338_A 128_L 0.95 0.11 0.00
291_V 184_L 0.95 0.11 0.00
29_D 113_V 0.95 0.11 0.00
340_I 181_I 0.95 0.11 0.00
180_E 215_E 0.95 0.11 0.00
513_E 76_A 0.94 0.11 0.00
487_V 19_K 0.94 0.11 0.00
528_S 144_E 0.94 0.11 0.00
506_L 190_V 0.94 0.11 0.00
10_F 73_A 0.94 0.10 0.00
90_I 160_L 0.94 0.10 0.00
76_L 49_F 0.94 0.10 0.00
72_S 66_A 0.94 0.10 0.00
49_M 197_L 0.94 0.10 0.00
98_L 144_E 0.94 0.10 0.00
20_N 11_S 0.93 0.10 0.00
396_Q 204_V 0.93 0.10 0.00
341_T 215_E 0.93 0.10 0.00
140_A 205_R 0.93 0.10 0.00
388_I 77_Y 0.93 0.10 0.00
97_A 178_Q 0.93 0.10 0.00
207_I 144_E 0.93 0.10 0.00
292_F 44_M 0.93 0.10 0.00
426_F 145_I 0.93 0.10 0.00
535_V 79_A 0.93 0.10 0.00
395_I 277_I 0.92 0.10 0.00
508_I 38_H 0.92 0.10 0.00
296_Q 125_E 0.92 0.10 0.00
425_M 200_P 0.92 0.10 0.00
550_S 25_V 0.92 0.10 0.00
398_A 128_L 0.92 0.10 0.00
490_T 242_H 0.92 0.10 0.00
202_M 265_V 0.92 0.10 0.00
426_F 161_V 0.92 0.10 0.00
342_I 67_I 0.91 0.10 0.00
30_A 106_A 0.91 0.10 0.00
335_V 279_V 0.91 0.10 0.00
397_M 197_L 0.91 0.10 0.00
482_V 3_I 0.91 0.10 0.00
375_V 94_I 0.91 0.10 0.00
282_H 8_D 0.91 0.10 0.00
389_L 162_V 0.91 0.10 0.00
349_T 86_I 0.91 0.10 0.00
427_N 132_A 0.90 0.10 0.00
17_G 92_S 0.90 0.10 0.00
477_E 44_M 0.90 0.10 0.00
191_L 206_T 0.90 0.10 0.00
367_M 179_A 0.90 0.10 0.00
194_V 175_T 0.90 0.10 0.00
451_G 188_K 0.90 0.10 0.00
289_G 168_L 0.90 0.10 0.00
418_I 193_F 0.90 0.10 0.00
85_V 10_T 0.90 0.10 0.00
92_R 121_A 0.90 0.10 0.00
529_N 61_T 0.90 0.10 0.00
338_A 112_N 0.90 0.10 0.00
388_I 140_K 0.90 0.10 0.00
462_I 170_K 0.90 0.10 0.00
531_E 69_E 0.89 0.10 0.00
21_L 266_I 0.89 0.10 0.00
452_S 242_H 0.89 0.10 0.00
283_V 97_A 0.89 0.10 0.00
491_L 234_G 0.89 0.10 0.00
338_A 171_S 0.89 0.10 0.00
373_D 208_K 0.89 0.10 0.00
371_T 266_I 0.89 0.10 0.00
30_A 21_N 0.89 0.10 0.00
422_I 231_V 0.89 0.09 0.00
349_T 16_Q 0.89 0.09 0.00
489_V 183_N 0.89 0.09 0.00
547_Y 48_E 0.89 0.09 0.00
463_D 44_M 0.89 0.09 0.00
489_V 72_H 0.89 0.09 0.00
393_K 3_I 0.89 0.09 0.00
464_G 85_V 0.89 0.09 0.00
505_I 211_L 0.89 0.09 0.00
143_A 191_L 0.89 0.09 0.00
48_S 244_V 0.88 0.09 0.00
116_G 239_E 0.88 0.09 0.00
194_V 100_T 0.88 0.09 0.00
342_I 113_V 0.88 0.09 0.00
113_F 191_L 0.88 0.09 0.00
349_T 275_F 0.88 0.09 0.00
520_E 48_E 0.88 0.09 0.00
541_Q 134_D 0.88 0.09 0.00
198_F 121_A 0.88 0.09 0.00
157_M 1_M 0.88 0.09 0.00
486_D 74_F 0.88 0.09 0.00
102_K 79_A 0.88 0.09 0.00
147_I 3_I 0.88 0.09 0.00
388_I 175_T 0.88 0.09 0.00
170_N 183_N 0.88 0.09 0.00
49_M 132_A 0.88 0.09 0.00
433_D 45_T 0.88 0.09 0.00
64_I 264_P 0.88 0.09 0.00
67_L 211_L 0.88 0.09 0.00
463_D 150_E 0.87 0.09 0.00
350_K 66_A 0.87 0.09 0.00
370_S 124_V 0.87 0.09 0.00
28_V 244_V 0.87 0.09 0.00
398_A 149_L 0.87 0.09 0.00
199_L 104_A 0.87 0.09 0.00
446_E 3_I 0.87 0.09 0.00
106_A 32_L 0.87 0.09 0.00
123_A 73_A 0.87 0.09 0.00
188_G 248_L 0.87 0.09 0.00
419_P 89_H 0.87 0.09 0.00
269_S 8_D 0.87 0.09 0.00
279_V 148_D 0.87 0.09 0.00
546_P 43_T 0.87 0.09 0.00
162_E 51_S 0.86 0.09 0.00
445_L 55_Q 0.86 0.09 0.00
273_I 57_N 0.86 0.09 0.00
303_K 183_N 0.86 0.09 0.00
5_I 78_K 0.86 0.09 0.00
382_G 122_C 0.86 0.09 0.00
402_A 103_Q 0.86 0.09 0.00
550_S 14_P 0.86 0.09 0.00
506_L 14_P 0.86 0.09 0.00
470_D 245_L 0.86 0.09 0.00
400_Q 56_S 0.86 0.09 0.00
278_I 145_I 0.86 0.09 0.00
338_A 187_M 0.86 0.09 0.00
396_Q 181_I 0.86 0.09 0.00
291_V 64_Q 0.86 0.09 0.00
522_I 99_Q 0.86 0.09 0.00
509_I 187_M 0.86 0.09 0.00
510_V 216_E 0.86 0.09 0.00
186_S 125_E 0.86 0.09 0.00
285_T 274_G 0.85 0.09 0.00
167_S 187_M 0.85 0.09 0.00
479_K 119_K 0.85 0.09 0.00
108_G 181_I 0.85 0.09 0.00
92_R 179_A 0.85 0.09 0.00
450_S 88_V 0.85 0.09 0.00
536_E 96_G 0.85 0.09 0.00
192_T 274_G 0.85 0.09 0.00
405_I 75_E 0.85 0.09 0.00
443_N 195_D 0.85 0.09 0.00
234_D 86_I 0.85 0.09 0.00
111_K 132_A 0.85 0.09 0.00
14_I 86_I 0.85 0.09 0.00
166_K 278_G 0.85 0.09 0.00
350_K 223_D 0.85 0.09 0.00
232_T 206_T 0.85 0.09 0.00
196_E 169_S 0.85 0.09 0.00
460_T 266_I 0.85 0.09 0.00
463_D 77_Y 0.85 0.09 0.00
408_V 53_L 0.85 0.09 0.00
426_F 124_V 0.85 0.09 0.00
519_T 50_Y 0.85 0.09 0.00
103_E 92_S 0.85 0.09 0.00
404_E 274_G 0.84 0.09 0.00
490_T 129_V 0.84 0.09 0.00
52_G 121_A 0.84 0.09 0.00
111_K 72_H 0.84 0.09 0.00
267_G 97_A 0.84 0.09 0.00
446_E 183_N 0.84 0.09 0.00
18_A 270_L 0.84 0.09 0.00
173_N 183_N 0.84 0.09 0.00
24_N 98_Y 0.84 0.09 0.00
441_M 87_T 0.84 0.09 0.00
513_E 48_E 0.84 0.09 0.00
456_A 174_I 0.84 0.09 0.00
291_V 204_V 0.84 0.09 0.00
483_S 7_T 0.84 0.09 0.00
281_V 163_D 0.84 0.09 0.00
176_P 185_L 0.84 0.09 0.00
353_K 47_E 0.84 0.09 0.00
173_N 4_A 0.84 0.09 0.00
423_T 277_I 0.84 0.09 0.00
493_K 113_V 0.84 0.09 0.00
289_G 9_S 0.84 0.09 0.00
433_D 243_R 0.84 0.09 0.00
167_S 200_P 0.84 0.08 0.00
372_E 174_I 0.84 0.08 0.00
58_N 149_L 0.84 0.08 0.00
189_K 235_G 0.84 0.08 0.00
387_I 281_N 0.84 0.08 0.00
420_Q 179_A 0.83 0.08 0.00
338_A 78_K 0.83 0.08 0.00
337_T 65_P 0.83 0.08 0.00
388_I 227_T 0.83 0.08 0.00
157_M 105_S 0.83 0.08 0.00
71_F 267_S 0.83 0.08 0.00
351_L 186_K 0.83 0.08 0.00
110_V 246_N 0.83 0.08 0.00
382_G 215_E 0.83 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
9072 0.82 FAK Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
9071 0.19 FAK Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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