May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ypui vs scpb
Genes: A B A+B
Length: 179 197 323
Sequences: 67 2312 50
Seq/Len: 0.37 11.74 0.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.03
2 0.00 0.02 0.07
5 0.00 0.02 0.07
10 0.00 0.02 0.07
20 0.00 0.02 0.07
100 0.00 0.02 0.07
∞ 0.00 0.02 0.13
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
154_L 21_D 1.83 0.43 0.00
150_L 170_P 1.70 0.36 0.00
110_Q 122_R 1.53 0.28 0.00
99_R 169_L 1.47 0.25 0.00
107_V 62_E 1.42 0.23 0.00
136_A 29_L 1.37 0.21 0.00
52_E 129_A 1.35 0.20 0.00
24_V 126_S 1.34 0.20 0.00
87_R 10_A 1.34 0.20 0.00
113_E 145_A 1.33 0.20 0.00
124_C 146_I 1.31 0.19 0.00
59_P 81_K 1.29 0.18 0.00
66_C 156_E 1.26 0.17 0.00
38_V 156_E 1.24 0.17 0.00
88_R 62_E 1.24 0.17 0.00
40_N 21_D 1.23 0.17 0.00
39_V 168_P 1.22 0.16 0.00
74_R 75_F 1.22 0.16 0.00
141_H 61_I 1.21 0.16 0.00
29_Q 114_E 1.21 0.16 0.00
114_E 72_K 1.20 0.16 0.00
140_Y 112_I 1.19 0.15 0.00
107_V 174_E 1.18 0.15 0.00
86_C 73_K 1.18 0.15 0.00
150_L 60_L 1.17 0.15 0.00
172_G 114_E 1.16 0.14 0.00
23_I 10_A 1.15 0.14 0.00
43_N 10_A 1.15 0.14 0.00
146_S 43_I 1.15 0.14 0.00
103_T 165_E 1.14 0.14 0.00
30_K 101_V 1.13 0.14 0.00
99_R 32_V 1.13 0.14 0.00
25_R 126_S 1.12 0.13 0.00
39_V 84_E 1.12 0.13 0.00
86_C 79_L 1.12 0.13 0.00
113_E 80_K 1.12 0.13 0.00
97_E 140_D 1.11 0.13 0.00
52_E 50_E 1.11 0.13 0.00
67_D 156_E 1.11 0.13 0.00
160_K 75_F 1.11 0.13 0.00
68_V 70_S 1.10 0.13 0.00
103_T 43_I 1.10 0.13 0.00
150_L 58_I 1.10 0.13 0.00
150_L 25_T 1.10 0.13 0.00
167_H 121_E 1.09 0.13 0.00
60_I 32_V 1.08 0.12 0.00
30_K 55_T 1.08 0.12 0.00
48_Q 48_A 1.08 0.12 0.00
140_Y 65_D 1.08 0.12 0.00
114_E 51_Y 1.07 0.12 0.00
167_H 122_R 1.07 0.12 0.00
69_L 9_K 1.06 0.12 0.00
156_A 32_V 1.06 0.12 0.00
164_E 60_L 1.05 0.12 0.00
41_T 60_L 1.05 0.12 0.00
64_Y 141_G 1.05 0.12 0.00
113_E 121_E 1.05 0.12 0.00
119_K 111_E 1.03 0.11 0.00
50_T 29_L 1.03 0.11 0.00
164_E 33_L 1.03 0.11 0.00
135_S 79_L 1.03 0.11 0.00
45_Y 104_K 1.02 0.11 0.00
63_G 49_D 1.02 0.11 0.00
56_A 42_T 1.02 0.11 0.00
159_L 123_I 1.02 0.11 0.00
108_Y 108_T 1.02 0.11 0.00
142_A 76_A 1.01 0.11 0.00
36_S 55_T 1.01 0.11 0.00
60_I 169_L 1.01 0.11 0.00
49_T 60_L 1.01 0.11 0.00
62_K 7_N 1.00 0.11 0.00
150_L 165_E 1.00 0.11 0.00
39_V 60_L 1.00 0.10 0.00
32_G 60_L 1.00 0.10 0.00
151_L 101_V 1.00 0.10 0.00
38_V 86_P 1.00 0.10 0.00
43_N 115_I 1.00 0.10 0.00
142_A 87_S 0.99 0.10 0.00
145_A 29_L 0.99 0.10 0.00
60_I 168_P 0.99 0.10 0.00
124_C 60_L 0.99 0.10 0.00
126_N 48_A 0.99 0.10 0.00
43_N 97_V 0.99 0.10 0.00
56_A 162_T 0.98 0.10 0.00
54_L 25_T 0.98 0.10 0.00
54_L 97_V 0.98 0.10 0.00
129_A 83_I 0.98 0.10 0.00
28_T 81_K 0.98 0.10 0.00
111_C 58_I 0.98 0.10 0.00
157_A 101_V 0.98 0.10 0.00
110_Q 61_I 0.97 0.10 0.00
37_M 163_L 0.97 0.10 0.00
80_E 139_A 0.97 0.10 0.00
51_L 142_P 0.97 0.10 0.00
66_C 157_Q 0.97 0.10 0.00
84_E 70_S 0.97 0.10 0.00
148_E 129_A 0.97 0.10 0.00
57_E 125_H 0.97 0.10 0.00
30_K 58_I 0.97 0.10 0.00
50_T 134_C 0.96 0.10 0.00
62_K 124_L 0.96 0.10 0.00
40_N 50_E 0.96 0.10 0.00
143_V 145_A 0.96 0.10 0.00
48_Q 156_E 0.96 0.10 0.00
121_D 169_L 0.96 0.10 0.00
123_W 169_L 0.96 0.10 0.00
127_S 169_L 0.96 0.10 0.00
31_T 156_E 0.96 0.10 0.00
157_A 53_G 0.96 0.10 0.00
53_S 124_L 0.95 0.10 0.00
44_D 21_D 0.95 0.10 0.00
88_R 49_D 0.95 0.10 0.00
52_E 58_I 0.95 0.10 0.00
31_T 140_D 0.95 0.10 0.00
59_P 129_A 0.95 0.10 0.00
156_A 61_I 0.95 0.09 0.00
80_E 64_A 0.95 0.09 0.00
121_D 72_K 0.94 0.09 0.00
123_W 72_K 0.94 0.09 0.00
127_S 72_K 0.94 0.09 0.00
78_F 163_L 0.94 0.09 0.00
39_V 19_A 0.94 0.09 0.00
46_L 113_E 0.94 0.09 0.00
122_T 156_E 0.94 0.09 0.00
48_Q 52_R 0.94 0.09 0.00
68_V 66_T 0.94 0.09 0.00
72_L 159_G 0.93 0.09 0.00
28_T 85_V 0.93 0.09 0.00
67_D 101_V 0.93 0.09 0.00
23_I 12_V 0.93 0.09 0.00
122_T 140_D 0.93 0.09 0.00
32_G 76_A 0.93 0.09 0.00
98_A 51_Y 0.93 0.09 0.00
143_V 14_A 0.93 0.09 0.00
122_T 70_S 0.93 0.09 0.00
124_C 171_E 0.93 0.09 0.00
150_L 85_V 0.93 0.09 0.00
140_Y 146_I 0.92 0.09 0.00
164_E 85_V 0.92 0.09 0.00
84_E 112_I 0.92 0.09 0.00
150_L 69_L 0.92 0.09 0.00
158_F 108_T 0.92 0.09 0.00
81_G 123_I 0.92 0.09 0.00
51_L 42_T 0.92 0.09 0.00
119_K 135_E 0.91 0.09 0.00
91_M 59_E 0.91 0.09 0.00
32_G 6_V 0.91 0.09 0.00
114_E 18_A 0.91 0.09 0.00
93_E 169_L 0.91 0.09 0.00
33_E 164_D 0.91 0.09 0.00
103_T 171_E 0.91 0.09 0.00
65_C 94_S 0.90 0.09 0.00
29_Q 9_K 0.90 0.09 0.00
163_E 72_K 0.90 0.09 0.00
161_M 142_P 0.90 0.09 0.00
112_I 51_Y 0.90 0.09 0.00
40_N 49_D 0.90 0.09 0.00
103_T 39_E 0.90 0.09 0.00
61_E 110_A 0.89 0.09 0.00
61_E 42_T 0.89 0.09 0.00
96_Q 75_F 0.89 0.09 0.00
140_Y 76_A 0.89 0.09 0.00
152_L 59_E 0.89 0.09 0.00
40_N 86_P 0.89 0.08 0.00
41_T 128_V 0.89 0.08 0.00
121_D 80_K 0.89 0.08 0.00
123_W 80_K 0.89 0.08 0.00
127_S 80_K 0.89 0.08 0.00
158_F 69_L 0.89 0.08 0.00
25_R 121_E 0.89 0.08 0.00
63_G 69_L 0.89 0.08 0.00
49_T 37_E 0.89 0.08 0.00
164_E 134_C 0.88 0.08 0.00
143_V 67_Y 0.88 0.08 0.00
96_Q 38_P 0.88 0.08 0.00
34_F 73_K 0.88 0.08 0.00
93_E 142_P 0.88 0.08 0.00
139_F 156_E 0.88 0.08 0.00
68_V 125_H 0.88 0.08 0.00
163_E 171_E 0.88 0.08 0.00
61_E 45_A 0.88 0.08 0.00
28_T 89_G 0.88 0.08 0.00
152_L 101_V 0.88 0.08 0.00
56_A 30_L 0.87 0.08 0.00
107_V 59_E 0.87 0.08 0.00
30_K 34_E 0.87 0.08 0.00
122_T 176_D 0.87 0.08 0.00
148_E 29_L 0.87 0.08 0.00
32_G 162_T 0.87 0.08 0.00
83_A 73_K 0.87 0.08 0.00
166_A 134_C 0.87 0.08 0.00
30_K 146_I 0.86 0.08 0.00
134_V 145_A 0.86 0.08 0.00
55_Q 7_N 0.86 0.08 0.00
124_C 125_H 0.86 0.08 0.00
140_Y 85_V 0.86 0.08 0.00
139_F 139_A 0.85 0.08 0.00
136_A 101_V 0.85 0.08 0.00
37_M 41_N 0.85 0.08 0.00
154_L 69_L 0.85 0.08 0.00
89_L 18_A 0.85 0.08 0.00
78_F 128_V 0.85 0.08 0.00
170_A 82_L 0.84 0.08 0.00
121_D 83_I 0.84 0.08 0.00
123_W 83_I 0.84 0.08 0.00
127_S 83_I 0.84 0.08 0.00
76_A 65_D 0.84 0.08 0.00
111_C 27_K 0.84 0.08 0.00
103_T 81_K 0.84 0.08 0.00
94_P 7_N 0.84 0.08 0.00
142_A 145_A 0.84 0.08 0.00
90_L 111_E 0.84 0.08 0.00
79_C 21_D 0.84 0.08 0.00
97_E 72_K 0.83 0.07 0.00
50_T 73_K 0.83 0.07 0.00
167_H 94_S 0.83 0.07 0.00
64_Y 110_A 0.83 0.07 0.00
87_R 49_D 0.83 0.07 0.00
164_E 40_L 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.5618 seconds.