May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
FliFFliG
Genes: A B A+B
Length: 560 331 861
Sequences: 1365 1146 1177
Seq/Len: 2.44 3.46 1.37
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.54
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.23
2 0.00 0.00 1.24
5 0.00 0.00 1.29
10 0.00 0.00 1.29
20 0.00 0.00 1.32
100 0.01 0.01 1.33
∞ 0.03 0.05 1.36
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
552_R 33_E 1.76 0.94 0.62
548_A 25_V 1.54 0.86 0.45
212_L 42_A 1.47 0.83 0.39
270_L 8_D 1.34 0.74 0.28
551_I 29_L 1.30 0.70 0.25
170_K 290_L 1.25 0.66 0.22
541_D 21_R 1.25 0.66 0.22
77_Y 251_L 1.25 0.66 0.22
187_D 27_K 1.24 0.65 0.21
245_I 115_P 1.20 0.62 0.19
201_A 287_R 1.20 0.61 0.18
46_A 25_V 1.19 0.60 0.18
469_L 255_D 1.17 0.58 0.17
551_I 145_I 1.14 0.56 0.15
168_E 47_I 1.13 0.55 0.15
249_I 178_V 1.12 0.54 0.14
417_R 94_L 1.11 0.53 0.14
143_T 317_E 1.11 0.52 0.14
75_I 310_L 1.10 0.52 0.13
303_Q 25_V 1.09 0.51 0.13
470_V 53_T 1.09 0.51 0.13
367_E 143_A 1.08 0.49 0.12
363_T 23_A 1.07 0.49 0.12
192_S 242_V 1.07 0.49 0.12
169_Q 191_S 1.06 0.48 0.12
541_D 24_E 1.06 0.47 0.11
301_S 229_I 1.06 0.47 0.11
432_V 183_L 1.05 0.47 0.11
90_A 290_L 1.04 0.46 0.11
409_M 323_I 1.04 0.46 0.11
143_T 120_D 1.03 0.45 0.10
384_R 286_L 1.03 0.44 0.10
467_L 151_E 1.02 0.44 0.10
260_G 139_R 1.01 0.43 0.10
395_T 156_D 1.01 0.42 0.09
245_I 218_V 1.01 0.42 0.09
100_L 18_G 1.00 0.42 0.09
178_V 63_A 0.99 0.41 0.09
61_Q 16_T 0.99 0.41 0.09
301_S 26_F 0.98 0.40 0.09
390_V 247_I 0.98 0.40 0.08
128_E 110_L 0.98 0.40 0.08
49_P 143_A 0.97 0.39 0.08
51_Y 142_A 0.97 0.39 0.08
231_N 139_R 0.97 0.39 0.08
392_N 182_L 0.97 0.39 0.08
205_L 29_L 0.97 0.39 0.08
58_L 288_D 0.97 0.38 0.08
221_T 317_E 0.96 0.38 0.08
51_Y 308_I 0.95 0.37 0.08
93_V 167_V 0.95 0.37 0.08
536_I 60_E 0.95 0.37 0.08
150_V 13_L 0.95 0.37 0.07
248_R 80_V 0.95 0.37 0.07
28_L 206_M 0.95 0.37 0.07
171_S 37_L 0.94 0.36 0.07
178_V 272_E 0.94 0.36 0.07
66_I 134_L 0.94 0.36 0.07
211_T 9_K 0.94 0.36 0.07
431_N 298_L 0.94 0.35 0.07
124_S 26_F 0.93 0.35 0.07
71_T 297_R 0.93 0.35 0.07
30_V 181_G 0.93 0.35 0.07
180_L 150_D 0.93 0.35 0.07
426_R 110_L 0.93 0.35 0.07
106_P 80_V 0.93 0.35 0.07
313_P 164_F 0.93 0.35 0.07
177_T 203_I 0.92 0.34 0.07
220_L 202_I 0.92 0.34 0.07
112_G 110_L 0.92 0.34 0.07
76_P 5_S 0.92 0.34 0.07
231_N 146_L 0.92 0.34 0.07
184_R 78_R 0.92 0.34 0.07
202_V 166_G 0.92 0.34 0.07
135_A 130_I 0.91 0.34 0.06
494_A 143_A 0.91 0.34 0.06
251_A 14_L 0.91 0.34 0.06
28_L 3_N 0.91 0.33 0.06
125_Q 25_V 0.91 0.33 0.06
171_S 300_Q 0.91 0.33 0.06
49_P 244_D 0.91 0.33 0.06
209_N 15_M 0.91 0.33 0.06
558_D 240_V 0.91 0.33 0.06
191_I 17_I 0.90 0.32 0.06
57_N 157_V 0.90 0.32 0.06
314_G 254_V 0.90 0.32 0.06
173_S 147_A 0.90 0.32 0.06
552_R 233_M 0.90 0.32 0.06
417_R 172_L 0.90 0.32 0.06
54_L 47_I 0.90 0.32 0.06
155_V 94_L 0.90 0.32 0.06
387_V 218_V 0.90 0.32 0.06
22_A 22_A 0.89 0.32 0.06
126_F 110_L 0.89 0.32 0.06
150_V 55_V 0.89 0.32 0.06
80_A 299_S 0.89 0.32 0.06
482_P 55_V 0.89 0.31 0.06
392_N 45_R 0.89 0.31 0.06
532_M 57_S 0.89 0.31 0.06
355_P 324_G 0.89 0.31 0.06
178_V 69_L 0.88 0.31 0.06
280_E 92_S 0.88 0.30 0.06
420_M 308_I 0.88 0.30 0.06
193_A 156_D 0.88 0.30 0.06
40_V 158_M 0.88 0.30 0.06
391_V 140_S 0.88 0.30 0.06
410_K 9_K 0.88 0.30 0.06
183_G 142_A 0.88 0.30 0.06
412_I 326_G 0.88 0.30 0.06
262_V 85_L 0.88 0.30 0.06
555_M 7_T 0.87 0.30 0.05
314_G 86_G 0.87 0.30 0.05
214_D 89_R 0.87 0.30 0.05
105_L 227_Q 0.87 0.30 0.05
257_V 198_T 0.87 0.30 0.05
314_G 225_L 0.87 0.29 0.05
93_V 75_E 0.87 0.29 0.05
178_V 108_E 0.87 0.29 0.05
205_L 278_M 0.86 0.29 0.05
261_N 29_L 0.86 0.29 0.05
422_F 275_L 0.86 0.29 0.05
154_R 260_L 0.86 0.29 0.05
406_A 88_E 0.86 0.29 0.05
382_I 218_V 0.86 0.29 0.05
57_N 264_K 0.86 0.29 0.05
153_A 85_L 0.86 0.28 0.05
386_S 47_I 0.85 0.28 0.05
157_L 193_M 0.85 0.28 0.05
270_L 61_Q 0.85 0.28 0.05
260_G 58_E 0.85 0.28 0.05
43_V 53_T 0.85 0.28 0.05
256_I 283_A 0.85 0.28 0.05
176_V 222_D 0.85 0.28 0.05
166_V 122_I 0.85 0.28 0.05
299_N 188_L 0.84 0.28 0.05
221_T 308_I 0.84 0.28 0.05
248_R 33_E 0.84 0.28 0.05
25_R 75_E 0.84 0.27 0.05
249_I 47_I 0.84 0.27 0.05
193_A 115_P 0.84 0.27 0.05
551_I 13_L 0.84 0.27 0.05
126_F 198_T 0.84 0.27 0.05
172_P 17_I 0.84 0.27 0.05
121_F 206_M 0.84 0.27 0.05
116_L 124_D 0.84 0.27 0.05
166_V 174_E 0.84 0.27 0.05
141_A 88_E 0.84 0.27 0.05
83_S 136_H 0.84 0.27 0.05
73_M 271_R 0.84 0.27 0.05
86_I 37_L 0.84 0.27 0.05
56_S 79_S 0.84 0.27 0.05
429_T 48_S 0.83 0.27 0.05
429_T 85_L 0.83 0.27 0.05
123_I 175_L 0.83 0.27 0.04
205_L 246_S 0.83 0.27 0.04
384_R 282_A 0.83 0.27 0.04
190_Q 56_L 0.83 0.27 0.04
480_V 274_F 0.83 0.27 0.04
38_I 149_F 0.83 0.27 0.04
430_L 270_L 0.83 0.26 0.04
536_I 8_D 0.83 0.26 0.04
176_V 224_E 0.83 0.26 0.04
142_R 229_I 0.83 0.26 0.04
210_V 265_G 0.83 0.26 0.04
540_S 21_R 0.83 0.26 0.04
203_A 263_L 0.82 0.26 0.04
542_N 215_I 0.82 0.26 0.04
311_G 284_D 0.82 0.26 0.04
202_V 199_A 0.82 0.26 0.04
360_R 94_L 0.82 0.26 0.04
204_G 120_D 0.82 0.26 0.04
536_I 322_V 0.82 0.26 0.04
410_K 156_D 0.82 0.26 0.04
168_E 93_L 0.82 0.26 0.04
241_V 108_E 0.82 0.26 0.04
382_I 44_V 0.82 0.26 0.04
547_V 196_V 0.82 0.26 0.04
316_L 174_E 0.82 0.26 0.04
98_L 172_L 0.82 0.26 0.04
30_V 30_S 0.82 0.26 0.04
422_F 53_T 0.82 0.26 0.04
330_T 95_E 0.82 0.25 0.04
369_D 289_D 0.82 0.25 0.04
202_V 240_V 0.82 0.25 0.04
237_F 218_V 0.82 0.25 0.04
476_W 237_E 0.81 0.25 0.04
258_G 289_D 0.81 0.25 0.04
382_I 276_R 0.81 0.25 0.04
353_A 161_I 0.81 0.25 0.04
253_L 56_L 0.81 0.25 0.04
239_N 87_E 0.81 0.25 0.04
553_Q 291_A 0.81 0.25 0.04
420_M 230_I 0.81 0.25 0.04
545_R 28_H 0.81 0.25 0.04
387_V 163_T 0.81 0.25 0.04
416_T 163_T 0.81 0.25 0.04
275_K 20_D 0.81 0.25 0.04
407_D 151_E 0.81 0.25 0.04
44_L 93_L 0.81 0.25 0.04
71_T 146_L 0.81 0.25 0.04
86_I 322_V 0.81 0.25 0.04
407_D 250_L 0.81 0.25 0.04
210_V 108_E 0.81 0.25 0.04
407_D 12_I 0.81 0.25 0.04
44_L 44_V 0.81 0.24 0.04
423_S 219_R 0.80 0.24 0.04
311_G 229_I 0.80 0.24 0.04
438_S 268_P 0.80 0.24 0.04
128_E 129_I 0.80 0.24 0.04
55_F 257_E 0.80 0.24 0.04
316_L 175_L 0.80 0.24 0.04
407_D 93_L 0.80 0.24 0.04
332_P 20_D 0.80 0.24 0.04
411_Q 145_I 0.80 0.24 0.04
212_L 151_E 0.80 0.24 0.04
325_E 20_D 0.80 0.24 0.04
383_E 156_D 0.80 0.24 0.04
242_E 259_L 0.80 0.24 0.04
550_V 23_A 0.80 0.24 0.04
146_T 143_A 0.80 0.24 0.04
279_E 265_G 0.80 0.24 0.04
279_E 8_D 0.80 0.24 0.04
55_F 271_R 0.80 0.24 0.04
262_V 159_L 0.80 0.24 0.04
303_Q 29_L 0.80 0.24 0.04
433_V 26_F 0.80 0.24 0.04
92_K 311_I 0.80 0.24 0.04
67_V 228_K 0.79 0.24 0.04
442_N 276_R 0.79 0.24 0.04
189_G 114_E 0.79 0.24 0.04
105_L 118_A 0.79 0.24 0.04
86_I 261_I 0.79 0.24 0.04
175_S 110_L 0.79 0.24 0.04
481_R 150_D 0.79 0.24 0.04
471_V 201_E 0.79 0.24 0.04
319_Q 133_I 0.79 0.24 0.04
550_V 174_E 0.79 0.23 0.04
262_V 130_I 0.79 0.23 0.04
311_G 162_A 0.79 0.23 0.04
371_T 286_L 0.79 0.23 0.04
212_L 26_F 0.79 0.23 0.04
548_A 34_V 0.79 0.23 0.04
477_R 239_L 0.79 0.23 0.04
115_L 27_K 0.79 0.23 0.04
436_P 93_L 0.79 0.23 0.04
117_D 118_A 0.79 0.23 0.04
58_L 6_G 0.79 0.23 0.04
40_V 50_K 0.79 0.23 0.04
275_K 170_A 0.79 0.23 0.04
546_V 317_E 0.79 0.23 0.04
547_V 282_A 0.78 0.23 0.04
513_S 272_E 0.78 0.23 0.04
550_V 112_F 0.78 0.23 0.04
150_V 187_N 0.78 0.23 0.04
53_T 240_V 0.78 0.23 0.04
56_S 280_Q 0.78 0.23 0.04
302_E 227_Q 0.78 0.23 0.04
56_S 269_P 0.78 0.23 0.04
442_N 254_V 0.78 0.23 0.04
367_E 260_L 0.78 0.23 0.04
466_L 5_S 0.78 0.23 0.04
151_K 87_E 0.78 0.23 0.04
375_T 14_L 0.78 0.23 0.04
327_P 149_F 0.78 0.23 0.04
537_R 239_L 0.78 0.23 0.04
408_Q 78_R 0.78 0.23 0.04
426_R 265_G 0.78 0.23 0.04
169_Q 254_V 0.78 0.22 0.04
386_S 96_D 0.77 0.22 0.03
431_N 18_G 0.77 0.22 0.03
217_G 185_G 0.77 0.22 0.03
377_M 26_F 0.77 0.22 0.03
99_R 268_P 0.77 0.22 0.03
368_V 206_M 0.77 0.22 0.03
534_Q 13_L 0.77 0.22 0.03
280_E 275_L 0.77 0.22 0.03
540_S 107_I 0.77 0.22 0.03
466_L 88_E 0.77 0.22 0.03
50_D 276_R 0.77 0.22 0.03
195_V 161_I 0.77 0.22 0.03
511_R 203_I 0.77 0.22 0.03
187_D 2_S 0.77 0.22 0.03
314_G 284_D 0.77 0.22 0.03
422_F 300_Q 0.77 0.22 0.03
271_D 315_L 0.77 0.22 0.03
459_L 327_E 0.77 0.22 0.03
430_L 179_L 0.77 0.22 0.03
468_V 89_R 0.77 0.22 0.03
550_V 132_T 0.77 0.22 0.03
555_M 3_N 0.77 0.22 0.03
24_P 67_A 0.76 0.22 0.03
199_S 198_T 0.76 0.22 0.03
368_V 89_R 0.76 0.22 0.03
381_D 143_A 0.76 0.21 0.03
423_S 54_D 0.76 0.21 0.03
173_S 240_V 0.76 0.21 0.03
382_I 299_S 0.76 0.21 0.03
409_M 14_L 0.76 0.21 0.03
546_V 242_V 0.76 0.21 0.03
271_D 201_E 0.76 0.21 0.03
528_G 311_I 0.76 0.21 0.03
311_G 90_A 0.76 0.21 0.03
121_F 47_I 0.76 0.21 0.03
210_V 276_R 0.76 0.21 0.03
358_T 37_L 0.76 0.21 0.03
385_L 92_S 0.76 0.21 0.03
390_V 96_D 0.76 0.21 0.03
376_K 314_R 0.76 0.21 0.03
313_P 162_A 0.76 0.21 0.03
77_Y 14_L 0.76 0.21 0.03
43_V 247_I 0.76 0.21 0.03
230_L 273_K 0.76 0.21 0.03
151_K 271_R 0.76 0.21 0.03
165_F 146_L 0.76 0.21 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8961 1.37 FliFFliG Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.62 Done
8020 1.29 FliFFliG Δgene:(1, 2) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.35 Done - Shared
Page generated in 3.043 seconds.