May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
2mta_h_l
Genes: A B A+B
Length: 373 125 483
Sequences: 108 72 98
Seq/Len: 0.29 0.58 0.2
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.02 0.01
2 0.03 0.02 0.02
5 0.03 0.02 0.20
10 0.04 0.03 0.20
20 0.04 0.03 0.20
100 0.04 0.03 0.20
∞ 0.07 0.06 0.20
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
180_F 118_S 1.94 0.57 0.01
291_W 67_A 1.89 0.55 0.01
297_S 116_T 1.42 0.28 0.00
74_D 15_Q 1.41 0.28 0.00
273_A 39_N 1.39 0.26 0.00
313_K 106_A 1.38 0.26 0.00
51_I 114_H 1.36 0.25 0.00
85_V 118_S 1.36 0.25 0.00
97_Y 31_D 1.35 0.25 0.00
175_A 52_V 1.35 0.25 0.00
231_T 38_T 1.34 0.24 0.00
316_M 48_T 1.30 0.23 0.00
302_V 49_A 1.29 0.22 0.00
239_I 88_E 1.27 0.21 0.00
172_F 22_H 1.25 0.20 0.00
261_A 118_S 1.25 0.20 0.00
257_E 45_K 1.24 0.20 0.00
24_L 39_N 1.23 0.20 0.00
350_S 52_V 1.22 0.20 0.00
301_V 53_A 1.22 0.19 0.00
122_V 100_I 1.21 0.19 0.00
65_G 52_V 1.21 0.19 0.00
141_Y 52_V 1.21 0.19 0.00
126_P 76_V 1.19 0.18 0.00
202_T 79_R 1.18 0.18 0.00
142_Q 54_S 1.18 0.18 0.00
96_D 33_S 1.17 0.18 0.00
174_T 120_I 1.17 0.18 0.00
193_F 84_N 1.17 0.17 0.00
72_V 36_S 1.17 0.17 0.00
314_F 94_P 1.15 0.17 0.00
193_F 22_H 1.15 0.17 0.00
167_D 53_A 1.15 0.17 0.00
222_Q 36_S 1.15 0.17 0.00
284_L 105_G 1.14 0.16 0.00
285_V 53_A 1.13 0.16 0.00
138_L 31_D 1.13 0.16 0.00
223_K 69_R 1.13 0.16 0.00
221_S 66_I 1.13 0.16 0.00
119_R 66_I 1.12 0.16 0.00
108_P 66_I 1.12 0.16 0.00
299_F 24_S 1.12 0.16 0.00
207_F 92_Y 1.12 0.16 0.00
96_D 80_C 1.11 0.16 0.00
246_A 9_P 1.11 0.16 0.00
96_D 32_C 1.11 0.16 0.00
94_R 80_C 1.10 0.15 0.00
169_Y 50_S 1.10 0.15 0.00
73_A 61_G 1.10 0.15 0.00
121_L 69_R 1.10 0.15 0.00
268_G 92_Y 1.09 0.15 0.00
243_S 36_S 1.09 0.15 0.00
284_L 113_Y 1.09 0.15 0.00
154_L 114_H 1.09 0.15 0.00
96_D 77_S 1.09 0.15 0.00
284_L 66_I 1.09 0.15 0.00
350_S 25_I 1.08 0.15 0.00
134_D 92_Y 1.08 0.15 0.00
294_K 26_D 1.08 0.15 0.00
76_G 65_L 1.08 0.14 0.00
44_A 5_A 1.08 0.14 0.00
204_T 24_S 1.08 0.14 0.00
284_L 94_P 1.08 0.14 0.00
115_P 33_S 1.07 0.14 0.00
162_M 67_A 1.07 0.14 0.00
231_T 14_I 1.07 0.14 0.00
64_G 29_I 1.07 0.14 0.00
297_S 88_E 1.07 0.14 0.00
156_G 120_I 1.06 0.14 0.00
316_M 25_I 1.06 0.14 0.00
115_P 77_S 1.06 0.14 0.00
266_P 26_D 1.05 0.14 0.00
85_V 104_F 1.05 0.14 0.00
190_K 87_G 1.05 0.14 0.00
288_R 24_S 1.04 0.14 0.00
172_F 118_S 1.04 0.14 0.00
313_K 39_N 1.04 0.14 0.00
103_P 66_I 1.04 0.13 0.00
143_F 106_A 1.04 0.13 0.00
121_L 104_F 1.04 0.13 0.00
134_D 61_G 1.04 0.13 0.00
119_R 94_P 1.04 0.13 0.00
223_K 101_I 1.04 0.13 0.00
94_R 32_C 1.04 0.13 0.00
33_R 116_T 1.04 0.13 0.00
352_E 99_D 1.03 0.13 0.00
77_S 44_T 1.02 0.13 0.00
48_Q 120_I 1.02 0.13 0.00
184_R 54_S 1.01 0.13 0.00
354_L 120_I 1.01 0.13 0.00
111_D 56_Y 1.01 0.13 0.00
351_G 25_I 1.01 0.13 0.00
169_Y 106_A 1.01 0.13 0.00
78_F 54_S 1.01 0.12 0.00
143_F 94_P 1.01 0.12 0.00
50_V 97_A 1.00 0.12 0.00
159_F 52_V 0.99 0.12 0.00
299_F 106_A 0.99 0.12 0.00
89_I 33_S 0.99 0.12 0.00
124_T 107_E 0.99 0.12 0.00
17_Q 120_I 0.98 0.12 0.00
273_A 24_S 0.98 0.12 0.00
94_R 77_S 0.98 0.12 0.00
13_L 18_D 0.98 0.12 0.00
231_T 97_A 0.97 0.12 0.00
152_V 123_K 0.97 0.12 0.00
224_A 15_Q 0.97 0.12 0.00
372_M 29_I 0.97 0.12 0.00
240_D 12_N 0.97 0.12 0.00
97_Y 121_V 0.97 0.12 0.00
18_D 120_I 0.97 0.12 0.00
248_F 66_I 0.97 0.12 0.00
292_R 24_S 0.97 0.12 0.00
120_F 111_M 0.97 0.12 0.00
14_A 74_Y 0.96 0.12 0.00
197_G 120_I 0.96 0.11 0.00
37_N 22_H 0.96 0.11 0.00
229_W 53_A 0.96 0.11 0.00
283_L 26_D 0.95 0.11 0.00
291_W 104_F 0.95 0.11 0.00
307_T 61_G 0.95 0.11 0.00
100_V 78_G 0.95 0.11 0.00
290_E 89_L 0.95 0.11 0.00
246_A 46_L 0.95 0.11 0.00
29_P 116_T 0.95 0.11 0.00
239_I 36_S 0.94 0.11 0.00
177_D 28_N 0.94 0.11 0.00
105_T 93_R 0.94 0.11 0.00
281_I 15_Q 0.94 0.11 0.00
144_S 69_R 0.94 0.11 0.00
119_R 21_R 0.93 0.11 0.00
288_R 116_T 0.93 0.10 0.00
274_Y 52_V 0.92 0.10 0.00
297_S 105_G 0.92 0.10 0.00
147_P 49_A 0.92 0.10 0.00
282_Y 54_S 0.92 0.10 0.00
52_D 25_I 0.92 0.10 0.00
76_G 52_V 0.92 0.10 0.00
139_L 36_S 0.92 0.10 0.00
322_S 31_D 0.91 0.10 0.00
55_A 114_H 0.91 0.10 0.00
116_D 108_D 0.91 0.10 0.00
364_P 46_L 0.90 0.10 0.00
165_V 14_I 0.90 0.10 0.00
175_A 50_S 0.90 0.10 0.00
313_K 24_S 0.90 0.10 0.00
123_G 25_I 0.90 0.10 0.00
297_S 106_A 0.90 0.10 0.00
335_A 88_E 0.90 0.10 0.00
181_M 91_V 0.90 0.10 0.00
340_D 62_Q 0.90 0.10 0.00
213_F 108_D 0.90 0.10 0.00
257_E 120_I 0.90 0.10 0.00
316_M 113_Y 0.90 0.10 0.00
286_D 53_A 0.89 0.10 0.00
47_Q 76_V 0.89 0.10 0.00
182_H 65_L 0.89 0.10 0.00
254_A 33_S 0.89 0.10 0.00
86_F 67_A 0.89 0.10 0.00
46_T 88_E 0.89 0.10 0.00
121_L 67_A 0.89 0.10 0.00
203_H 67_A 0.88 0.10 0.00
200_E 11_D 0.88 0.10 0.00
297_S 24_S 0.88 0.10 0.00
340_D 87_G 0.88 0.10 0.00
321_D 24_S 0.88 0.10 0.00
172_F 114_H 0.88 0.10 0.00
239_I 87_G 0.88 0.09 0.00
314_F 105_G 0.88 0.09 0.00
197_G 90_P 0.87 0.09 0.00
29_P 65_L 0.87 0.09 0.00
181_M 18_D 0.87 0.09 0.00
279_D 88_E 0.87 0.09 0.00
25_E 66_I 0.87 0.09 0.00
165_V 10_Q 0.87 0.09 0.00
336_L 12_N 0.87 0.09 0.00
87_S 85_T 0.87 0.09 0.00
169_Y 116_T 0.87 0.09 0.00
257_E 117_I 0.87 0.09 0.00
209_P 93_R 0.86 0.09 0.00
256_T 15_Q 0.86 0.09 0.00
62_I 108_D 0.86 0.09 0.00
66_F 75_N 0.86 0.09 0.00
309_E 62_Q 0.86 0.09 0.00
143_F 104_F 0.86 0.09 0.00
98_V 78_G 0.86 0.09 0.00
361_G 22_H 0.86 0.09 0.00
83_S 105_G 0.86 0.09 0.00
63_D 62_Q 0.86 0.09 0.00
121_L 101_I 0.86 0.09 0.00
80_A 53_A 0.86 0.09 0.00
208_H 66_I 0.86 0.09 0.00
88_R 90_P 0.85 0.09 0.00
205_E 76_V 0.85 0.09 0.00
193_F 54_S 0.85 0.09 0.00
33_R 80_C 0.85 0.09 0.00
137_T 100_I 0.85 0.09 0.00
291_W 69_R 0.85 0.09 0.00
33_R 65_L 0.85 0.09 0.00
30_D 118_S 0.85 0.09 0.00
286_D 46_L 0.84 0.09 0.00
102_D 114_H 0.84 0.09 0.00
192_A 36_S 0.84 0.09 0.00
203_H 62_Q 0.84 0.09 0.00
164_D 120_I 0.84 0.09 0.00
98_V 93_R 0.84 0.09 0.00
185_D 52_V 0.84 0.09 0.00
14_A 62_Q 0.84 0.09 0.00
142_Q 67_A 0.84 0.09 0.00
160_K 74_Y 0.84 0.09 0.00
140_F 22_H 0.84 0.09 0.00
211_D 118_S 0.83 0.09 0.00
85_V 67_A 0.83 0.09 0.00
342_T 121_V 0.83 0.09 0.00
202_T 86_E 0.83 0.09 0.00
119_R 105_G 0.83 0.09 0.00
129_T 39_N 0.83 0.09 0.00
242_S 5_A 0.83 0.09 0.00
244_G 100_I 0.83 0.09 0.00
175_A 44_T 0.83 0.09 0.00
154_L 7_W 0.83 0.09 0.00
255_L 67_A 0.82 0.08 0.00
213_F 54_S 0.82 0.08 0.00
167_D 21_R 0.82 0.08 0.00
165_V 66_I 0.82 0.08 0.00
170_H 95_E 0.82 0.08 0.00
143_F 105_G 0.82 0.08 0.00
257_E 54_S 0.82 0.08 0.00
325_V 100_I 0.82 0.08 0.00
86_F 108_D 0.82 0.08 0.00
83_S 97_A 0.82 0.08 0.00
91_R 77_S 0.82 0.08 0.00
336_L 66_I 0.82 0.08 0.00
365_Q 29_I 0.82 0.08 0.00
46_T 38_T 0.82 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.2167 seconds.