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OPENSEQ.org
btpa glutr
Genes: A B A+B
Length: 287 427 674
Sequences: 453 1980 143
Seq/Len: 1.58 4.64 0.21
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.10 0.00
2 0.01 0.10 0.00
5 0.01 0.10 0.00
10 0.01 0.10 0.00
20 0.01 0.10 0.01
100 0.02 0.10 0.02
∞ 0.03 0.11 0.20
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
156_V 105_A 1.52 0.34 0.00
37_E 400_A 1.35 0.26 0.00
213_V 214_S 1.34 0.25 0.00
237_A 84_L 1.31 0.24 0.00
76_A 281_V 1.30 0.23 0.00
53_G 193_A 1.30 0.23 0.00
26_A 337_R 1.29 0.23 0.00
48_A 187_I 1.29 0.23 0.00
244_G 128_G 1.27 0.22 0.00
56_V 35_L 1.23 0.20 0.00
187_L 193_A 1.22 0.20 0.00
248_E 67_V 1.18 0.18 0.00
84_L 25_E 1.18 0.18 0.00
223_N 389_K 1.18 0.18 0.00
60_F 191_K 1.17 0.18 0.00
187_L 47_I 1.16 0.18 0.00
153_L 46_V 1.14 0.17 0.00
196_P 249_F 1.13 0.17 0.00
184_G 317_M 1.12 0.17 0.00
64_F 363_A 1.12 0.16 0.00
171_T 183_K 1.11 0.16 0.00
171_T 248_V 1.11 0.16 0.00
187_L 267_C 1.11 0.16 0.00
151_A 108_E 1.10 0.16 0.00
214_F 264_L 1.10 0.16 0.00
37_E 266_G 1.10 0.16 0.00
80_I 265_T 1.10 0.16 0.00
13_V 210_I 1.10 0.16 0.00
256_S 182_Q 1.10 0.16 0.00
185_I 277_V 1.09 0.15 0.00
112_G 186_I 1.08 0.15 0.00
167_P 277_V 1.07 0.15 0.00
37_E 206_T 1.06 0.14 0.00
206_N 236_T 1.06 0.14 0.00
199_E 248_V 1.05 0.14 0.00
8_Q 280_S 1.05 0.14 0.00
111_V 377_E 1.04 0.14 0.00
84_L 362_K 1.03 0.14 0.00
215_I 285_V 1.03 0.14 0.00
73_V 183_K 1.03 0.13 0.00
161_A 400_A 1.03 0.13 0.00
53_G 344_T 1.03 0.13 0.00
149_D 235_L 1.02 0.13 0.00
211_T 320_Q 1.01 0.13 0.00
206_N 205_A 1.00 0.13 0.00
73_V 187_I 1.00 0.13 0.00
196_P 196_L 1.00 0.13 0.00
17_V 321_A 1.00 0.13 0.00
138_E 184_T 1.00 0.13 0.00
193_G 248_V 1.00 0.13 0.00
78_T 242_I 1.00 0.13 0.00
11_N 297_A 0.99 0.12 0.00
121_L 205_A 0.99 0.12 0.00
223_N 1_M 0.99 0.12 0.00
234_V 193_A 0.99 0.12 0.00
149_D 304_K 0.99 0.12 0.00
106_A 9_S 0.98 0.12 0.00
258_F 18_R 0.98 0.12 0.00
234_V 17_I 0.98 0.12 0.00
188_S 300_V 0.98 0.12 0.00
26_A 247_I 0.98 0.12 0.00
182_A 303_L 0.97 0.12 0.00
92_V 154_T 0.97 0.12 0.00
119_N 359_E 0.97 0.12 0.00
219_A 8_L 0.97 0.12 0.00
161_A 48_S 0.96 0.12 0.00
8_Q 377_E 0.96 0.12 0.00
213_V 149_G 0.96 0.12 0.00
19_L 167_S 0.96 0.12 0.00
49_G 111_V 0.96 0.12 0.00
53_G 362_K 0.95 0.12 0.00
14_I 105_A 0.95 0.12 0.00
175_D 324_L 0.95 0.11 0.00
238_S 7_G 0.95 0.11 0.00
199_E 254_A 0.95 0.11 0.00
146_L 400_A 0.95 0.11 0.00
152_I 258_I 0.95 0.11 0.00
81_V 118_L 0.95 0.11 0.00
74_V 277_V 0.95 0.11 0.00
187_L 400_A 0.94 0.11 0.00
205_T 220_D 0.94 0.11 0.00
116_I 275_M 0.94 0.11 0.00
150_V 144_Q 0.94 0.11 0.00
116_I 196_L 0.94 0.11 0.00
164_L 273_S 0.94 0.11 0.00
185_I 387_V 0.94 0.11 0.00
151_A 47_I 0.94 0.11 0.00
141_R 10_H 0.94 0.11 0.00
45_A 274_L 0.93 0.11 0.00
188_S 259_L 0.93 0.11 0.00
112_G 246_D 0.93 0.11 0.00
53_G 308_A 0.93 0.11 0.00
153_L 235_L 0.93 0.11 0.00
55_I 261_C 0.93 0.11 0.00
90_A 170_V 0.92 0.11 0.00
78_T 248_V 0.92 0.11 0.00
226_Q 124_T 0.92 0.11 0.00
206_N 329_I 0.92 0.11 0.00
42_E 383_T 0.92 0.11 0.00
214_F 315_R 0.92 0.11 0.00
256_S 323_A 0.92 0.11 0.00
54_I 236_T 0.92 0.11 0.00
256_S 98_R 0.92 0.11 0.00
38_R 285_V 0.91 0.10 0.00
197_N 221_L 0.91 0.10 0.00
185_I 141_L 0.91 0.10 0.00
223_N 142_F 0.91 0.10 0.00
37_E 254_A 0.91 0.10 0.00
161_A 362_K 0.91 0.10 0.00
100_D 252_T 0.91 0.10 0.00
105_L 185_V 0.91 0.10 0.00
92_V 124_T 0.91 0.10 0.00
213_V 328_E 0.91 0.10 0.00
24_T 397_Q 0.91 0.10 0.00
167_P 292_M 0.91 0.10 0.00
234_V 289_V 0.91 0.10 0.00
98_R 161_G 0.91 0.10 0.00
90_A 256_E 0.91 0.10 0.00
48_A 312_A 0.90 0.10 0.00
85_Q 325_L 0.90 0.10 0.00
53_G 170_V 0.90 0.10 0.00
56_V 236_T 0.90 0.10 0.00
236_V 43_E 0.90 0.10 0.00
90_A 324_L 0.90 0.10 0.00
92_V 248_V 0.90 0.10 0.00
88_V 361_E 0.89 0.10 0.00
257_A 261_C 0.89 0.10 0.00
193_G 107_L 0.89 0.10 0.00
213_V 235_L 0.89 0.10 0.00
16_V 390_I 0.89 0.10 0.00
223_N 55_I 0.89 0.10 0.00
80_I 57_A 0.89 0.10 0.00
7_F 367_L 0.89 0.10 0.00
139_L 389_K 0.89 0.10 0.00
25_S 165_I 0.89 0.10 0.00
234_V 353_E 0.89 0.10 0.00
166_T 183_K 0.88 0.10 0.00
33_T 285_V 0.88 0.10 0.00
106_A 96_A 0.88 0.10 0.00
53_G 39_P 0.88 0.10 0.00
253_I 267_C 0.88 0.10 0.00
112_G 248_V 0.88 0.10 0.00
183_D 114_E 0.88 0.10 0.00
80_I 298_F 0.88 0.10 0.00
152_I 248_V 0.88 0.10 0.00
14_I 321_A 0.88 0.10 0.00
80_I 258_I 0.87 0.10 0.00
119_N 189_A 0.87 0.10 0.00
235_I 359_E 0.87 0.10 0.00
36_I 232_L 0.87 0.10 0.00
223_N 7_G 0.87 0.10 0.00
161_A 22_S 0.87 0.10 0.00
36_I 208_I 0.86 0.10 0.00
177_I 210_I 0.86 0.09 0.00
209_K 262_E 0.86 0.09 0.00
229_Q 128_G 0.86 0.09 0.00
37_E 67_V 0.86 0.09 0.00
51_V 355_I 0.86 0.09 0.00
92_V 30_E 0.86 0.09 0.00
74_V 314_R 0.86 0.09 0.00
228_I 280_S 0.86 0.09 0.00
248_E 69_I 0.86 0.09 0.00
90_A 209_T 0.86 0.09 0.00
7_F 46_V 0.86 0.09 0.00
107_I 90_T 0.86 0.09 0.00
234_V 381_A 0.86 0.09 0.00
124_V 246_D 0.86 0.09 0.00
21_P 362_K 0.85 0.09 0.00
156_V 40_H 0.85 0.09 0.00
234_V 202_A 0.85 0.09 0.00
258_F 7_G 0.85 0.09 0.00
123_G 394_P 0.85 0.09 0.00
150_V 126_K 0.85 0.09 0.00
171_T 284_N 0.85 0.09 0.00
13_V 221_L 0.85 0.09 0.00
117_R 282_P 0.85 0.09 0.00
104_A 357_E 0.85 0.09 0.00
182_A 399_R 0.85 0.09 0.00
92_V 193_A 0.85 0.09 0.00
25_S 379_I 0.85 0.09 0.00
237_A 157_D 0.85 0.09 0.00
83_R 299_N 0.85 0.09 0.00
48_A 253_G 0.85 0.09 0.00
16_V 279_I 0.85 0.09 0.00
48_A 110_L 0.84 0.09 0.00
15_G 359_E 0.84 0.09 0.00
24_T 255_T 0.84 0.09 0.00
54_I 316_Q 0.84 0.09 0.00
222_D 67_V 0.84 0.09 0.00
54_I 284_N 0.84 0.09 0.00
92_V 381_A 0.84 0.09 0.00
94_I 345_I 0.84 0.09 0.00
51_V 112_L 0.84 0.09 0.00
126_A 277_V 0.84 0.09 0.00
60_F 325_L 0.83 0.09 0.00
97_L 212_N 0.83 0.09 0.00
199_E 325_L 0.83 0.09 0.00
84_L 67_V 0.83 0.09 0.00
19_L 189_A 0.83 0.09 0.00
217_S 359_E 0.83 0.09 0.00
213_V 222_A 0.83 0.09 0.00
166_T 108_E 0.83 0.09 0.00
50_G 49_T 0.83 0.09 0.00
50_G 50_C 0.83 0.09 0.00
50_G 52_R 0.83 0.09 0.00
50_G 54_E 0.83 0.09 0.00
50_G 109_S 0.83 0.09 0.00
50_G 113_G 0.83 0.09 0.00
50_G 120_Q 0.83 0.09 0.00
50_G 188_G 0.83 0.09 0.00
50_G 278_D 0.83 0.09 0.00
93_G 49_T 0.83 0.09 0.00
93_G 50_C 0.83 0.09 0.00
93_G 52_R 0.83 0.09 0.00
93_G 54_E 0.83 0.09 0.00
93_G 109_S 0.83 0.09 0.00
93_G 113_G 0.83 0.09 0.00
93_G 120_Q 0.83 0.09 0.00
93_G 188_G 0.83 0.09 0.00
93_G 278_D 0.83 0.09 0.00
112_G 193_A 0.83 0.09 0.00
71_P 382_L 0.83 0.09 0.00
199_E 327_E 0.83 0.09 0.00
78_T 108_E 0.83 0.09 0.00
238_S 389_K 0.83 0.09 0.00
12_P 367_L 0.83 0.09 0.00
161_A 94_E 0.83 0.09 0.00
82_D 47_I 0.83 0.09 0.00
136_A 161_G 0.83 0.09 0.00
185_I 181_S 0.82 0.09 0.00
156_V 376_Q 0.82 0.09 0.00
169_L 150_R 0.82 0.09 0.00
75_S 117_I 0.82 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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