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OPENSEQ.org
CYP
Genes: A B A+B
Length: 498 691 1049
Sequences: 19058 1461 57
Seq/Len: 38.27 2.11 0.05
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.43
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.11 0.03 0.01
2 0.13 0.03 0.01
5 0.15 0.03 0.02
10 0.16 0.04 0.04
20 0.17 0.04 0.05
100 0.23 0.05 0.13
∞ 0.28 0.09 0.35
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
315_L 355_A 1.64 0.16 0.00
325_A 550_G 1.49 0.13 0.00
64_G 118_Y 1.45 0.12 0.00
434_G 311_P 1.45 0.12 0.00
444_A 446_S 1.32 0.10 0.00
411_P 76_A 1.29 0.10 0.00
411_P 444_S 1.29 0.10 0.00
347_L 639_A 1.27 0.10 0.00
386_D 116_S 1.25 0.09 0.00
277_Q 160_F 1.24 0.09 0.00
290_N 479_T 1.24 0.09 0.00
134_L 479_T 1.24 0.09 0.00
384_P 426_M 1.23 0.09 0.00
324_K 327_L 1.22 0.09 0.00
325_A 454_V 1.21 0.09 0.00
352_A 581_R 1.20 0.09 0.00
296_I 356_I 1.20 0.09 0.00
359_R 588_Y 1.19 0.08 0.00
434_G 621_Q 1.18 0.08 0.00
459_F 325_F 1.18 0.08 0.00
414_F 550_G 1.15 0.08 0.00
415_I 116_S 1.14 0.08 0.00
40_P 118_Y 1.14 0.08 0.00
358_L 291_E 1.14 0.08 0.00
434_G 67_S 1.13 0.08 0.00
300_G 311_P 1.12 0.08 0.00
299_A 311_P 1.11 0.07 0.00
403_W 431_E 1.11 0.07 0.00
352_A 425_P 1.11 0.07 0.00
168_V 527_R 1.11 0.07 0.00
452_L 155_S 1.11 0.07 0.00
465_G 309_V 1.10 0.07 0.00
389_I 173_A 1.10 0.07 0.00
134_L 275_K 1.09 0.07 0.00
348_P 412_L 1.09 0.07 0.00
276_L 116_S 1.09 0.07 0.00
182_L 638_G 1.09 0.07 0.00
400_P 78_K 1.08 0.07 0.00
79_V 146_R 1.08 0.07 0.00
303_T 651_A 1.08 0.07 0.00
434_G 579_G 1.08 0.07 0.00
412_E 521_V 1.08 0.07 0.00
33_P 356_I 1.08 0.07 0.00
145_T 201_D 1.08 0.07 0.00
406_A 481_L 1.07 0.07 0.00
324_K 322_L 1.07 0.07 0.00
409_F 134_I 1.07 0.07 0.00
409_F 83_L 1.07 0.07 0.00
362_P 425_P 1.07 0.07 0.00
431_F 115_I 1.06 0.07 0.00
355_K 543_T 1.06 0.07 0.00
117_L 179_L 1.06 0.07 0.00
356_E 70_G 1.06 0.07 0.00
356_E 121_G 1.06 0.07 0.00
356_E 153_G 1.06 0.07 0.00
356_E 279_L 1.06 0.07 0.00
356_E 305_D 1.06 0.07 0.00
356_E 439_R 1.06 0.07 0.00
356_E 441_Y 1.06 0.07 0.00
356_E 445_S 1.06 0.07 0.00
356_E 476_G 1.06 0.07 0.00
356_E 526_F 1.06 0.07 0.00
356_E 542_G 1.06 0.07 0.00
356_E 544_G 1.06 0.07 0.00
356_E 546_A 1.06 0.07 0.00
356_E 547_P 1.06 0.07 0.00
356_E 585_D 1.06 0.07 0.00
413_R 70_G 1.06 0.07 0.00
413_R 121_G 1.06 0.07 0.00
413_R 153_G 1.06 0.07 0.00
413_R 279_L 1.06 0.07 0.00
413_R 305_D 1.06 0.07 0.00
413_R 439_R 1.06 0.07 0.00
413_R 441_Y 1.06 0.07 0.00
413_R 445_S 1.06 0.07 0.00
413_R 476_G 1.06 0.07 0.00
413_R 526_F 1.06 0.07 0.00
413_R 542_G 1.06 0.07 0.00
413_R 544_G 1.06 0.07 0.00
413_R 546_A 1.06 0.07 0.00
413_R 547_P 1.06 0.07 0.00
413_R 585_D 1.06 0.07 0.00
438_C 70_G 1.06 0.07 0.00
438_C 121_G 1.06 0.07 0.00
438_C 153_G 1.06 0.07 0.00
438_C 279_L 1.06 0.07 0.00
438_C 305_D 1.06 0.07 0.00
438_C 439_R 1.06 0.07 0.00
438_C 441_Y 1.06 0.07 0.00
438_C 445_S 1.06 0.07 0.00
438_C 476_G 1.06 0.07 0.00
438_C 526_F 1.06 0.07 0.00
438_C 542_G 1.06 0.07 0.00
438_C 544_G 1.06 0.07 0.00
438_C 546_A 1.06 0.07 0.00
438_C 547_P 1.06 0.07 0.00
438_C 585_D 1.06 0.07 0.00
312_M 335_L 1.04 0.07 0.00
79_V 643_V 1.04 0.07 0.00
443_L 365_P 1.04 0.07 0.00
334_G 116_S 1.04 0.07 0.00
459_F 188_G 1.03 0.07 0.00
370_R 578_Y 1.03 0.07 0.00
350_L 176_A 1.03 0.07 0.00
293_L 543_T 1.02 0.07 0.00
349_Y 64_L 1.02 0.07 0.00
359_R 577_F 1.02 0.06 0.00
302_D 71_T 1.02 0.06 0.00
370_R 620_V 1.02 0.06 0.00
348_P 150_F 1.02 0.06 0.00
304_T 590_D 1.01 0.06 0.00
316_I 572_G 1.01 0.06 0.00
434_G 576_L 1.01 0.06 0.00
203_K 631_V 1.01 0.06 0.00
244_L 179_L 1.01 0.06 0.00
440_G 307_L 1.01 0.06 0.00
182_L 118_Y 1.01 0.06 0.00
301_T 667_S 1.00 0.06 0.00
396_I 118_Y 1.00 0.06 0.00
348_P 611_R 1.00 0.06 0.00
202_F 422_D 1.00 0.06 0.00
370_R 573_K 1.00 0.06 0.00
405_N 112_S 1.00 0.06 0.00
450_L 429_L 1.00 0.06 0.00
452_L 63_V 1.00 0.06 0.00
443_L 144_N 1.00 0.06 0.00
443_L 274_V 0.99 0.06 0.00
414_F 201_D 0.99 0.06 0.00
494_P 188_G 0.99 0.06 0.00
409_F 442_S 0.99 0.06 0.00
415_I 485_I 0.99 0.06 0.00
177_T 144_N 0.99 0.06 0.00
154_L 325_F 0.99 0.06 0.00
396_I 594_E 0.99 0.06 0.00
83_D 362_I 0.99 0.06 0.00
409_F 175_G 0.98 0.06 0.00
329_I 116_S 0.98 0.06 0.00
328_E 474_V 0.98 0.06 0.00
455_L 638_G 0.98 0.06 0.00
317_R 135_C 0.98 0.06 0.00
320_E 171_L 0.98 0.06 0.00
165_G 349_P 0.97 0.06 0.00
358_L 460_V 0.97 0.06 0.00
223_P 434_P 0.97 0.06 0.00
299_A 67_S 0.97 0.06 0.00
379_Y 176_A 0.97 0.06 0.00
359_R 289_H 0.97 0.06 0.00
127_R 311_P 0.97 0.06 0.00
319_P 608_A 0.96 0.06 0.00
284_L 387_L 0.96 0.06 0.00
385_K 642_Y 0.96 0.06 0.00
460_N 212_H 0.96 0.06 0.00
64_G 642_Y 0.96 0.06 0.00
345_I 162_G 0.96 0.06 0.00
312_M 167_A 0.96 0.06 0.00
384_P 588_Y 0.96 0.06 0.00
188_S 548_F 0.96 0.06 0.00
448_L 528_L 0.96 0.06 0.00
308_L 689_D 0.96 0.06 0.00
300_G 634_M 0.96 0.06 0.00
107_A 586_F 0.96 0.06 0.00
451_M 176_A 0.95 0.06 0.00
305_S 179_L 0.95 0.06 0.00
213_I 550_G 0.95 0.06 0.00
352_A 528_L 0.95 0.06 0.00
169_D 178_R 0.95 0.06 0.00
42_I 179_L 0.95 0.06 0.00
389_I 291_E 0.95 0.06 0.00
360_L 631_V 0.95 0.06 0.00
303_T 301_Y 0.94 0.06 0.00
356_E 304_G 0.94 0.06 0.00
413_R 304_G 0.94 0.06 0.00
438_C 304_G 0.94 0.06 0.00
380_G 529_P 0.94 0.06 0.00
432_G 621_Q 0.94 0.06 0.00
381_Y 608_A 0.94 0.06 0.00
185_L 387_L 0.94 0.06 0.00
223_P 412_L 0.94 0.06 0.00
178_S 634_M 0.94 0.06 0.00
431_F 395_D 0.94 0.06 0.00
431_F 301_Y 0.94 0.06 0.00
60_A 335_L 0.94 0.06 0.00
165_G 299_I 0.94 0.06 0.00
434_G 588_Y 0.94 0.06 0.00
79_V 108_P 0.94 0.06 0.00
434_G 134_I 0.93 0.06 0.00
359_R 70_G 0.93 0.06 0.00
359_R 121_G 0.93 0.06 0.00
359_R 153_G 0.93 0.06 0.00
359_R 279_L 0.93 0.06 0.00
359_R 305_D 0.93 0.06 0.00
359_R 439_R 0.93 0.06 0.00
359_R 441_Y 0.93 0.06 0.00
359_R 445_S 0.93 0.06 0.00
359_R 476_G 0.93 0.06 0.00
359_R 526_F 0.93 0.06 0.00
359_R 542_G 0.93 0.06 0.00
359_R 544_G 0.93 0.06 0.00
359_R 546_A 0.93 0.06 0.00
359_R 547_P 0.93 0.06 0.00
359_R 585_D 0.93 0.06 0.00
356_E 199_W 0.93 0.06 0.00
413_R 199_W 0.93 0.06 0.00
438_C 199_W 0.93 0.06 0.00
356_E 579_G 0.93 0.06 0.00
413_R 579_G 0.93 0.06 0.00
438_C 579_G 0.93 0.06 0.00
403_W 383_V 0.93 0.06 0.00
358_L 540_G 0.93 0.06 0.00
440_G 446_S 0.93 0.06 0.00
188_S 543_T 0.93 0.06 0.00
354_I 643_V 0.93 0.06 0.00
412_E 605_M 0.93 0.06 0.00
356_E 551_F 0.92 0.06 0.00
413_R 551_F 0.92 0.06 0.00
438_C 551_F 0.92 0.06 0.00
357_T 64_L 0.92 0.06 0.00
45_I 537_I 0.92 0.06 0.00
440_G 70_G 0.92 0.06 0.00
440_G 121_G 0.92 0.06 0.00
440_G 153_G 0.92 0.06 0.00
440_G 279_L 0.92 0.06 0.00
440_G 305_D 0.92 0.06 0.00
440_G 439_R 0.92 0.06 0.00
440_G 441_Y 0.92 0.06 0.00
440_G 445_S 0.92 0.06 0.00
440_G 476_G 0.92 0.06 0.00
440_G 526_F 0.92 0.06 0.00
440_G 542_G 0.92 0.06 0.00
440_G 544_G 0.92 0.06 0.00
440_G 546_A 0.92 0.06 0.00
440_G 547_P 0.92 0.06 0.00
440_G 585_D 0.92 0.06 0.00
436_R 301_Y 0.92 0.06 0.00
253_C 592_W 0.92 0.06 0.00
151_V 335_L 0.92 0.06 0.00
41_I 378_A 0.92 0.06 0.00
124_R 519_V 0.92 0.06 0.00
378_L 176_A 0.92 0.06 0.00
328_E 539_I 0.92 0.06 0.00
72_G 363_T 0.91 0.05 0.00
108_G 64_L 0.91 0.05 0.00
327_E 325_F 0.91 0.05 0.00
401_N 64_L 0.91 0.05 0.00
319_P 179_L 0.91 0.05 0.00
436_R 535_P 0.91 0.05 0.00
306_S 411_A 0.91 0.05 0.00
338_Q 322_L 0.91 0.05 0.00
494_P 79_F 0.91 0.05 0.00
218_Y 155_S 0.91 0.05 0.00
173_A 631_V 0.90 0.05 0.00
158_V 550_G 0.90 0.05 0.00
158_V 456_V 0.90 0.05 0.00
443_L 649_G 0.90 0.05 0.00
140_L 524_S 0.90 0.05 0.00
352_A 156_T 0.90 0.05 0.00
127_R 622_D 0.90 0.05 0.00
444_A 555_R 0.90 0.05 0.00
64_G 536_V 0.90 0.05 0.00
352_A 108_P 0.90 0.05 0.00
296_I 534_T 0.90 0.05 0.00
115_M 568_N 0.90 0.05 0.00
115_M 401_I 0.90 0.05 0.00
223_P 147_Y 0.90 0.05 0.00
79_V 307_L 0.90 0.05 0.00
66_L 391_S 0.90 0.05 0.00
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444_A 447_S 0.90 0.05 0.00
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366_F 537_I 0.89 0.05 0.00
431_F 579_G 0.89 0.05 0.00
430_P 690_V 0.89 0.05 0.00
87_E 176_A 0.89 0.05 0.00
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89_F 78_K 0.88 0.05 0.00
168_V 558_F 0.88 0.05 0.00
59_L 539_I 0.88 0.05 0.00
176_T 350_T 0.88 0.05 0.00
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73_S 401_I 0.88 0.05 0.00
143_C 162_G 0.88 0.05 0.00
411_P 70_G 0.88 0.05 0.00
411_P 121_G 0.88 0.05 0.00
411_P 153_G 0.88 0.05 0.00
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411_P 305_D 0.88 0.05 0.00
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411_P 526_F 0.88 0.05 0.00
411_P 542_G 0.88 0.05 0.00
411_P 544_G 0.88 0.05 0.00
411_P 546_A 0.88 0.05 0.00
411_P 547_P 0.88 0.05 0.00
411_P 585_D 0.88 0.05 0.00
453_A 150_F 0.88 0.05 0.00
248_F 624_L 0.88 0.05 0.00
327_E 554_E 0.88 0.05 0.00
77_I 653_G 0.88 0.05 0.00
383_V 65_Y 0.88 0.05 0.00
41_I 661_I 0.88 0.05 0.00
210_M 154_N 0.88 0.05 0.00
349_Y 181_K 0.87 0.05 0.00
68_S 661_I 0.87 0.05 0.00
379_Y 63_V 0.87 0.05 0.00
302_D 436_M 0.87 0.05 0.00
79_V 400_E 0.87 0.05 0.00
319_P 168_E 0.87 0.05 0.00
96_L 575_I 0.87 0.05 0.00
231_S 173_A 0.87 0.05 0.00
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384_P 619_Y 0.87 0.05 0.00
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418_E 79_F 0.87 0.05 0.00
36_P 208_K 0.87 0.05 0.00
353_I 171_L 0.87 0.05 0.00
448_L 624_L 0.87 0.05 0.00
403_W 674_T 0.87 0.05 0.00
389_I 594_E 0.86 0.05 0.00
356_E 175_G 0.86 0.05 0.00
413_R 175_G 0.86 0.05 0.00
438_C 175_G 0.86 0.05 0.00
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54_R 278_E 0.86 0.05 0.00
444_A 521_V 0.86 0.05 0.00
71_L 552_I 0.86 0.05 0.00
130_T 75_Y 0.86 0.05 0.00
415_I 412_L 0.86 0.05 0.00
356_E 67_S 0.86 0.05 0.00
413_R 67_S 0.86 0.05 0.00
438_C 67_S 0.86 0.05 0.00
129_I 148_N 0.86 0.05 0.00
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443_L 646_D 0.86 0.05 0.00
118_P 554_E 0.86 0.05 0.00
271_V 519_V 0.86 0.05 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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