May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ssa1 and sis1
Genes: A B A+B
Length: 642 352 890
Sequences: 3011 2588 278
Seq/Len: 4.69 7.35 0.31
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.70
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.06 0.04 0.22
2 0.06 0.04 0.25
5 0.06 0.04 0.26
10 0.06 0.04 0.27
20 0.07 0.04 0.28
100 0.07 0.05 0.37
∞ 0.10 0.09 0.63
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
255_R 190_L 1.57 0.47 0.00
440_F 271_T 1.40 0.36 0.00
137_V 221_L 1.39 0.35 0.00
47_R 317_P 1.35 0.33 0.00
374_A 58_P 1.31 0.31 0.00
17_A 61_R 1.23 0.26 0.00
459_S 21_E 1.22 0.26 0.00
540_E 200_S 1.21 0.25 0.00
166_N 274_L 1.21 0.25 0.00
360_I 63_I 1.19 0.24 0.00
436_L 217_I 1.19 0.24 0.00
297_A 228_G 1.19 0.24 0.00
437_I 350_E 1.18 0.23 0.00
17_A 48_I 1.18 0.23 0.00
397_S 294_T 1.15 0.22 0.00
460_G 97_A 1.14 0.22 0.00
344_Q 53_E 1.13 0.21 0.00
314_V 27_R 1.13 0.21 0.00
117_I 42_T 1.11 0.20 0.00
455_K 67_Y 1.10 0.20 0.00
63_N 215_T 1.10 0.20 0.00
421_K 49_S 1.09 0.20 0.00
606_Y 27_R 1.09 0.20 0.00
480_N 27_R 1.09 0.19 0.00
5_V 215_T 1.08 0.19 0.00
189_E 24_K 1.08 0.19 0.00
372_V 274_L 1.08 0.19 0.00
52_A 183_Q 1.07 0.19 0.00
217_K 290_I 1.07 0.19 0.00
543_A 58_P 1.05 0.18 0.00
283_S 351_N 1.05 0.18 0.00
314_V 31_L 1.05 0.18 0.00
590_K 26_Y 1.05 0.18 0.00
195_F 49_S 1.04 0.17 0.00
138_N 223_P 1.04 0.17 0.00
239_I 346_R 1.03 0.17 0.00
323_L 18_N 1.03 0.17 0.00
193_L 31_L 1.03 0.17 0.00
212_G 317_P 1.03 0.17 0.00
254_Q 28_K 1.03 0.17 0.00
502_N 203_I 1.03 0.17 0.00
121_V 122_S 1.02 0.17 0.00
102_Q 10_L 1.02 0.17 0.00
410_L 227_A 1.02 0.17 0.00
403_A 215_T 1.02 0.17 0.00
78_D 76_G 1.01 0.16 0.00
297_A 329_I 1.01 0.16 0.00
264_C 222_K 1.01 0.16 0.00
368_Y 213_E 1.01 0.16 0.00
540_E 346_R 1.01 0.16 0.00
377_L 30_A 1.01 0.16 0.00
345_K 265_G 1.00 0.16 0.00
283_S 251_F 1.00 0.16 0.00
540_E 267_D 1.00 0.16 0.00
358_R 290_I 1.00 0.16 0.00
41_A 61_R 1.00 0.16 0.00
525_E 332_Y 1.00 0.16 0.00
294_I 26_Y 0.99 0.15 0.00
397_S 273_P 0.99 0.15 0.00
218_A 285_K 0.98 0.15 0.00
589_D 305_P 0.98 0.15 0.00
40_V 27_R 0.98 0.15 0.00
459_S 71_A 0.98 0.15 0.00
451_N 223_P 0.97 0.15 0.00
237_H 108_N 0.97 0.15 0.00
505_G 194_F 0.97 0.15 0.00
315_E 268_L 0.96 0.15 0.00
4_A 76_G 0.96 0.15 0.00
535_S 264_D 0.96 0.15 0.00
257_L 285_K 0.96 0.15 0.00
299_F 203_I 0.96 0.15 0.00
590_K 32_K 0.96 0.14 0.00
486_S 291_D 0.95 0.14 0.00
438_Q 316_M 0.95 0.14 0.00
18_H 218_D 0.95 0.14 0.00
58_A 223_P 0.95 0.14 0.00
273_S 238_D 0.95 0.14 0.00
343_V 220_Q 0.95 0.14 0.00
29_N 113_N 0.95 0.14 0.00
240_Q 43_E 0.95 0.14 0.00
337_S 229_T 0.95 0.14 0.00
19_F 253_I 0.94 0.14 0.00
189_E 72_A 0.94 0.14 0.00
111_N 320_K 0.94 0.14 0.00
483_L 229_T 0.94 0.14 0.00
413_R 330_V 0.94 0.14 0.00
513_E 19_E 0.94 0.14 0.00
495_S 28_K 0.93 0.14 0.00
321_A 238_D 0.93 0.14 0.00
116_Q 176_Y 0.93 0.14 0.00
65_V 114_I 0.93 0.14 0.00
525_E 62_E 0.93 0.14 0.00
433_P 177_P 0.93 0.14 0.00
385_T 298_S 0.93 0.14 0.00
136_K 350_E 0.93 0.13 0.00
360_I 327_N 0.93 0.13 0.00
261_R 225_W 0.92 0.13 0.00
276_Q 231_I 0.92 0.13 0.00
116_Q 56_N 0.92 0.13 0.00
374_A 262_K 0.92 0.13 0.00
546_L 215_T 0.92 0.13 0.00
541_S 186_L 0.92 0.13 0.00
208_S 23_K 0.92 0.13 0.00
274_S 183_Q 0.92 0.13 0.00
52_A 67_Y 0.91 0.13 0.00
368_Y 225_W 0.91 0.13 0.00
262_T 291_D 0.91 0.13 0.00
374_A 233_Y 0.91 0.13 0.00
560_A 21_E 0.91 0.13 0.00
309_S 262_K 0.91 0.13 0.00
425_F 295_L 0.91 0.13 0.00
236_N 72_A 0.90 0.13 0.00
223_T 37_K 0.90 0.13 0.00
83_A 22_L 0.90 0.13 0.00
457_E 37_K 0.90 0.13 0.00
297_A 58_P 0.90 0.13 0.00
407_M 317_P 0.90 0.12 0.00
503_D 62_E 0.90 0.12 0.00
218_A 71_A 0.89 0.12 0.00
587_F 319_P 0.89 0.12 0.00
424_I 327_N 0.89 0.12 0.00
109_T 221_L 0.89 0.12 0.00
350_Y 31_L 0.89 0.12 0.00
380_D 123_S 0.89 0.12 0.00
560_A 311_Y 0.89 0.12 0.00
388_L 336_Y 0.88 0.12 0.00
533_I 341_N 0.88 0.12 0.00
323_L 10_L 0.88 0.12 0.00
239_I 251_F 0.88 0.12 0.00
525_E 267_D 0.88 0.12 0.00
397_S 278_E 0.88 0.12 0.00
412_P 312_P 0.88 0.12 0.00
493_G 43_E 0.88 0.12 0.00
208_S 277_K 0.88 0.12 0.00
540_E 306_S 0.88 0.12 0.00
543_A 48_I 0.88 0.12 0.00
243_K 295_L 0.88 0.12 0.00
49_I 303_V 0.88 0.12 0.00
87_H 27_R 0.88 0.12 0.00
327_Q 226_K 0.87 0.12 0.00
527_E 15_P 0.87 0.12 0.00
309_S 242_Q 0.87 0.12 0.00
161_T 53_E 0.87 0.12 0.00
493_G 58_P 0.87 0.12 0.00
213_I 317_P 0.87 0.12 0.00
440_F 287_I 0.87 0.12 0.00
597_I 275_S 0.87 0.12 0.00
420_K 297_L 0.87 0.12 0.00
332_V 175_T 0.86 0.12 0.00
186_K 10_L 0.86 0.12 0.00
261_R 268_L 0.86 0.12 0.00
328_V 226_K 0.86 0.12 0.00
44_D 213_E 0.86 0.12 0.00
15_C 226_K 0.86 0.12 0.00
237_H 37_K 0.86 0.12 0.00
26_I 240_N 0.86 0.11 0.00
374_A 116_S 0.86 0.11 0.00
484_N 194_F 0.86 0.11 0.00
273_S 328_L 0.86 0.11 0.00
276_Q 53_E 0.86 0.11 0.00
115_E 316_M 0.86 0.11 0.00
590_K 67_Y 0.86 0.11 0.00
591_L 274_L 0.85 0.11 0.00
388_L 316_M 0.85 0.11 0.00
484_N 53_E 0.85 0.11 0.00
479_S 30_A 0.85 0.11 0.00
556_K 341_N 0.85 0.11 0.00
183_L 14_S 0.85 0.11 0.00
192_V 108_N 0.85 0.11 0.00
376_I 303_V 0.85 0.11 0.00
460_G 72_A 0.85 0.11 0.00
2_S 276_F 0.85 0.11 0.00
577_D 110_D 0.84 0.11 0.00
419_T 63_I 0.84 0.11 0.00
116_Q 253_I 0.84 0.11 0.00
486_S 286_T 0.84 0.11 0.00
166_N 257_S 0.84 0.11 0.00
315_E 329_I 0.84 0.11 0.00
181_Y 188_V 0.84 0.11 0.00
117_I 44_K 0.84 0.11 0.00
120_M 199_K 0.84 0.11 0.00
389_L 335_D 0.84 0.11 0.00
522_F 320_K 0.84 0.11 0.00
262_T 203_I 0.83 0.11 0.00
238_F 19_E 0.83 0.11 0.00
309_S 310_T 0.83 0.11 0.00
585_E 295_L 0.83 0.11 0.00
234_L 32_K 0.83 0.11 0.00
283_S 112_F 0.83 0.11 0.00
497_K 71_A 0.83 0.11 0.00
18_H 346_R 0.83 0.11 0.00
189_E 236_Q 0.83 0.11 0.00
41_A 328_L 0.82 0.11 0.00
302_L 203_I 0.82 0.11 0.00
316_K 288_Q 0.82 0.10 0.00
88_F 285_K 0.82 0.10 0.00
212_G 330_V 0.82 0.10 0.00
177_A 251_F 0.82 0.10 0.00
375_A 72_A 0.82 0.10 0.00
438_Q 295_L 0.82 0.10 0.00
15_C 258_H 0.82 0.10 0.00
554_G 334_V 0.82 0.10 0.00
358_R 32_K 0.82 0.10 0.00
452_L 295_L 0.82 0.10 0.00
269_R 291_D 0.82 0.10 0.00
15_C 215_T 0.82 0.10 0.00
47_R 329_I 0.82 0.10 0.00
251_S 48_I 0.81 0.10 0.00
279_V 18_N 0.81 0.10 0.00
558_E 341_N 0.81 0.10 0.00
138_N 49_S 0.81 0.10 0.00
42_F 121_G 0.81 0.10 0.00
66_F 350_E 0.81 0.10 0.00
283_S 278_E 0.81 0.10 0.00
525_E 274_L 0.81 0.10 0.00
378_T 285_K 0.81 0.10 0.00
294_I 40_G 0.81 0.10 0.00
575_W 280_L 0.81 0.10 0.00
460_G 71_A 0.81 0.10 0.00
380_D 241_P 0.81 0.10 0.00
380_D 198_K 0.81 0.10 0.00
26_I 203_I 0.81 0.10 0.00
222_D 301_Q 0.81 0.10 0.00
220_A 217_I 0.81 0.10 0.00
246_N 234_K 0.81 0.10 0.00
66_F 285_K 0.80 0.10 0.00
18_H 246_R 0.80 0.10 0.00
51_D 49_S 0.80 0.10 0.00
117_I 33_Y 0.80 0.10 0.00
58_A 273_P 0.80 0.10 0.00
161_T 15_P 0.80 0.10 0.00
302_L 238_D 0.80 0.10 0.00
168_L 229_T 0.80 0.10 0.00
207_L 251_F 0.80 0.10 0.00
511_D 271_T 0.80 0.10 0.00
452_L 7_L 0.80 0.10 0.00
540_E 226_K 0.80 0.10 0.00
505_G 220_Q 0.80 0.10 0.00
183_L 219_I 0.80 0.10 0.00
220_A 264_D 0.80 0.10 0.00
490_K 335_D 0.80 0.10 0.00
329_D 306_S 0.80 0.10 0.00
277_T 203_I 0.80 0.10 0.00
279_V 220_Q 0.79 0.10 0.00
376_I 344_Q 0.79 0.10 0.00
127_E 32_K 0.79 0.10 0.00
280_E 291_D 0.79 0.10 0.00
540_E 276_F 0.79 0.10 0.00
261_R 201_F 0.79 0.10 0.00
262_T 175_T 0.79 0.10 0.00
276_Q 238_D 0.79 0.10 0.00
276_Q 189_S 0.79 0.10 0.00
326_S 339_S 0.79 0.10 0.00
280_E 118_F 0.79 0.10 0.00
171_I 32_K 0.79 0.10 0.00
331_I 267_D 0.79 0.10 0.00
471_I 33_Y 0.79 0.10 0.00
311_L 278_E 0.79 0.10 0.00
235_V 309_S 0.79 0.10 0.00
528_K 184_V 0.79 0.10 0.00
492_T 118_F 0.79 0.10 0.00
457_E 331_K 0.79 0.10 0.00
235_V 268_L 0.78 0.10 0.00
424_I 118_F 0.78 0.10 0.00
509_K 189_S 0.78 0.10 0.00
457_E 283_F 0.78 0.10 0.00
403_A 188_V 0.78 0.10 0.00
206_L 9_D 0.78 0.10 0.00
59_M 179_E 0.78 0.10 0.00
520_E 268_L 0.78 0.10 0.00
217_K 116_S 0.78 0.10 0.00
161_T 221_L 0.78 0.09 0.00
523_K 350_E 0.78 0.09 0.00
588_D 257_S 0.78 0.09 0.00
351_F 347_A 0.78 0.09 0.00
521_K 234_K 0.78 0.09 0.00
534_A 48_I 0.77 0.09 0.00
93_I 121_G 0.77 0.09 0.00
217_K 31_L 0.77 0.09 0.00
513_E 251_F 0.77 0.09 0.00
240_Q 189_S 0.77 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1991 seconds.