May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
ssa1 and ydj1
Genes: A B A+B
Length: 642 409 947
Sequences: 3011 3148 349
Seq/Len: 4.69 7.7 0.37
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.60
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.06 0.07 0.27
2 0.06 0.07 0.30
5 0.06 0.07 0.32
10 0.06 0.07 0.33
20 0.07 0.07 0.33
100 0.07 0.07 0.43
∞ 0.10 0.09 0.80
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
255_R 124_L 1.60 0.55 0.00
312_D 197_P 1.38 0.39 0.00
17_A 50_A 1.35 0.37 0.00
374_A 60_S 1.31 0.34 0.00
374_A 241_D 1.30 0.34 0.00
47_R 317_P 1.30 0.34 0.00
213_I 317_P 1.28 0.32 0.00
511_D 45_E 1.24 0.30 0.00
239_I 347_K 1.23 0.29 0.00
397_S 183_T 1.21 0.28 0.00
397_S 26_Y 1.20 0.28 0.00
239_I 249_F 1.19 0.27 0.00
161_T 15_V 1.19 0.27 0.00
192_V 197_P 1.15 0.25 0.00
206_L 282_E 1.13 0.24 0.00
440_F 269_E 1.12 0.23 0.00
318_L 197_P 1.11 0.23 0.00
65_V 135_L 1.10 0.22 0.00
421_K 51_S 1.09 0.22 0.00
543_A 60_S 1.08 0.21 0.00
510_E 21_E 1.07 0.21 0.00
343_V 219_H 1.07 0.21 0.00
542_I 248_V 1.06 0.21 0.00
354_K 21_E 1.06 0.21 0.00
309_S 194_I 1.06 0.20 0.00
309_S 342_S 1.06 0.20 0.00
63_N 214_K 1.06 0.20 0.00
205_S 239_A 1.05 0.20 0.00
377_L 30_A 1.05 0.20 0.00
480_N 27_R 1.05 0.20 0.00
116_Q 14_S 1.04 0.20 0.00
294_I 26_Y 1.04 0.20 0.00
178_A 32_K 1.04 0.20 0.00
433_P 28_K 1.04 0.20 0.00
314_V 31_L 1.04 0.19 0.00
283_S 276_T 1.04 0.19 0.00
138_N 222_P 1.03 0.19 0.00
540_E 134_K 1.02 0.19 0.00
189_E 24_K 1.02 0.19 0.00
436_L 216_L 1.02 0.19 0.00
518_E 217_E 1.02 0.18 0.00
397_S 276_T 1.01 0.18 0.00
40_V 27_R 1.01 0.18 0.00
280_E 179_Q 1.01 0.18 0.00
424_I 144_K 1.01 0.18 0.00
331_I 265_D 1.01 0.18 0.00
239_I 169_F 1.01 0.18 0.00
137_V 249_F 1.01 0.18 0.00
217_K 183_T 1.01 0.18 0.00
483_L 228_Q 1.00 0.18 0.00
103_V 134_K 1.00 0.18 0.00
195_F 51_S 1.00 0.18 0.00
47_R 183_T 1.00 0.18 0.00
29_N 93_D 1.00 0.18 0.00
437_I 351_E 0.99 0.17 0.00
513_E 19_D 0.98 0.17 0.00
503_D 64_E 0.98 0.17 0.00
218_A 3_K 0.98 0.17 0.00
420_K 120_I 0.98 0.17 0.00
525_E 272_I 0.97 0.17 0.00
116_Q 110_P 0.97 0.17 0.00
357_N 183_T 0.97 0.17 0.00
329_D 73_G 0.97 0.17 0.00
337_S 228_Q 0.96 0.16 0.00
277_T 116_I 0.95 0.16 0.00
109_T 60_S 0.95 0.16 0.00
326_S 298_V 0.95 0.16 0.00
41_A 238_Q 0.95 0.16 0.00
49_I 303_I 0.95 0.16 0.00
109_T 220_V 0.94 0.16 0.00
116_Q 276_T 0.94 0.15 0.00
372_V 272_I 0.94 0.15 0.00
484_N 19_D 0.93 0.15 0.00
222_D 173_Q 0.93 0.15 0.00
248_K 33_Y 0.93 0.15 0.00
2_S 168_K 0.93 0.15 0.00
274_S 171_T 0.93 0.15 0.00
254_Q 28_K 0.93 0.15 0.00
409_K 220_V 0.93 0.15 0.00
211_D 295_V 0.92 0.15 0.00
606_Y 27_R 0.92 0.15 0.00
474_T 56_I 0.92 0.15 0.00
412_P 312_E 0.92 0.15 0.00
513_E 42_E 0.92 0.15 0.00
17_A 244_P 0.92 0.15 0.00
276_Q 281_G 0.92 0.15 0.00
437_I 38_N 0.91 0.14 0.00
161_T 338_N 0.91 0.14 0.00
171_I 150_G 0.91 0.14 0.00
403_A 122_A 0.91 0.14 0.00
533_I 249_F 0.91 0.14 0.00
424_I 94_I 0.91 0.14 0.00
374_A 301_E 0.91 0.14 0.00
237_H 37_K 0.90 0.14 0.00
468_V 295_V 0.90 0.14 0.00
273_S 237_D 0.90 0.14 0.00
492_T 98_F 0.90 0.14 0.00
436_L 141_I 0.90 0.14 0.00
248_K 122_A 0.90 0.14 0.00
15_C 268_Y 0.89 0.14 0.00
434_G 216_L 0.89 0.14 0.00
168_L 241_D 0.89 0.14 0.00
117_I 33_Y 0.89 0.14 0.00
283_S 317_P 0.89 0.14 0.00
397_S 266_L 0.89 0.14 0.00
484_N 128_Y 0.89 0.14 0.00
510_E 165_Q 0.89 0.14 0.00
83_A 22_I 0.89 0.14 0.00
133_L 218_V 0.89 0.14 0.00
309_S 310_V 0.89 0.14 0.00
44_D 212_E 0.88 0.14 0.00
161_T 55_E 0.88 0.13 0.00
244_R 346_L 0.88 0.13 0.00
315_E 266_L 0.88 0.13 0.00
368_Y 224_M 0.88 0.13 0.00
234_L 32_K 0.87 0.13 0.00
307_F 42_E 0.87 0.13 0.00
308_R 326_N 0.86 0.13 0.00
68_A 43_A 0.86 0.13 0.00
28_A 124_L 0.86 0.13 0.00
142_V 239_A 0.86 0.13 0.00
178_A 176_P 0.86 0.13 0.00
294_I 187_V 0.86 0.13 0.00
236_N 215_I 0.86 0.13 0.00
486_S 20_V 0.86 0.13 0.00
420_K 205_N 0.85 0.12 0.00
501_T 122_A 0.85 0.12 0.00
305_D 313_G 0.85 0.12 0.00
116_Q 251_V 0.85 0.12 0.00
208_S 275_L 0.85 0.12 0.00
149_N 232_F 0.85 0.12 0.00
261_R 343_E 0.85 0.12 0.00
521_K 251_V 0.85 0.12 0.00
598_A 181_F 0.85 0.12 0.00
47_R 328_I 0.85 0.12 0.00
28_A 50_A 0.85 0.12 0.00
505_G 128_Y 0.85 0.12 0.00
597_I 273_D 0.85 0.12 0.00
195_F 341_T 0.84 0.12 0.00
524_E 20_V 0.84 0.12 0.00
322_K 238_Q 0.84 0.12 0.00
297_A 328_I 0.84 0.12 0.00
309_S 260_K 0.84 0.12 0.00
490_K 231_V 0.84 0.12 0.00
510_E 226_D 0.84 0.12 0.00
360_I 178_I 0.84 0.12 0.00
508_S 155_A 0.84 0.12 0.00
247_K 10_I 0.83 0.12 0.00
136_K 351_E 0.83 0.12 0.00
527_E 15_V 0.83 0.12 0.00
529_E 197_P 0.83 0.12 0.00
178_A 63_R 0.83 0.12 0.00
273_S 172_R 0.83 0.12 0.00
558_E 340_F 0.83 0.12 0.00
434_G 91_G 0.83 0.12 0.00
351_F 348_K 0.83 0.12 0.00
434_G 68_Q 0.83 0.12 0.00
459_S 21_E 0.82 0.12 0.00
493_G 60_S 0.82 0.12 0.00
359_S 329_I 0.82 0.12 0.00
303_C 124_L 0.82 0.12 0.00
340_I 252_S 0.82 0.12 0.00
413_R 110_P 0.82 0.12 0.00
192_V 255_P 0.82 0.11 0.00
298_R 346_L 0.82 0.11 0.00
426_S 15_V 0.81 0.11 0.00
457_E 37_K 0.81 0.11 0.00
374_A 215_I 0.81 0.11 0.00
295_T 272_I 0.81 0.11 0.00
177_A 220_V 0.81 0.11 0.00
184_D 55_E 0.81 0.11 0.00
273_S 230_I 0.81 0.11 0.00
166_N 272_I 0.81 0.11 0.00
220_A 181_F 0.81 0.11 0.00
374_A 179_Q 0.81 0.11 0.00
522_F 320_K 0.81 0.11 0.00
261_R 197_P 0.81 0.11 0.00
437_I 5_T 0.81 0.11 0.00
590_K 26_Y 0.81 0.11 0.00
283_S 266_L 0.81 0.11 0.00
328_V 225_K 0.81 0.11 0.00
195_F 275_L 0.81 0.11 0.00
438_Q 316_M 0.81 0.11 0.00
111_N 320_K 0.81 0.11 0.00
217_K 288_V 0.81 0.11 0.00
314_V 27_R 0.81 0.11 0.00
307_F 142_L 0.80 0.11 0.00
295_T 209_V 0.80 0.11 0.00
244_R 305_P 0.80 0.11 0.00
136_K 194_I 0.80 0.11 0.00
452_L 7_F 0.80 0.11 0.00
269_R 136_A 0.80 0.11 0.00
299_F 258_S 0.80 0.11 0.00
433_P 114_K 0.80 0.11 0.00
166_N 184_E 0.80 0.11 0.00
540_E 274_L 0.80 0.11 0.00
433_P 9_D 0.79 0.11 0.00
388_L 14_S 0.79 0.11 0.00
403_A 214_K 0.79 0.11 0.00
26_I 239_A 0.79 0.11 0.00
294_I 42_E 0.79 0.11 0.00
602_M 226_D 0.79 0.11 0.00
191_H 329_I 0.79 0.11 0.00
389_L 334_K 0.79 0.11 0.00
327_Q 50_A 0.79 0.10 0.00
193_L 31_L 0.79 0.10 0.00
527_E 216_L 0.79 0.10 0.00
377_L 37_K 0.78 0.10 0.00
307_F 126_E 0.78 0.10 0.00
161_T 350_E 0.78 0.10 0.00
322_K 181_F 0.78 0.10 0.00
25_D 266_L 0.78 0.10 0.00
68_A 251_V 0.78 0.10 0.00
58_A 137_L 0.78 0.10 0.00
491_G 317_P 0.78 0.10 0.00
68_A 180_R 0.78 0.10 0.00
208_S 286_E 0.78 0.10 0.00
326_S 107_P 0.78 0.10 0.00
178_A 333_I 0.78 0.10 0.00
223_T 37_K 0.78 0.10 0.00
26_I 348_K 0.78 0.10 0.00
234_L 251_V 0.78 0.10 0.00
218_A 19_D 0.78 0.10 0.00
276_Q 55_E 0.78 0.10 0.00
269_R 220_V 0.77 0.10 0.00
540_E 265_D 0.77 0.10 0.00
419_T 37_K 0.77 0.10 0.00
138_N 51_S 0.77 0.10 0.00
433_P 96_S 0.77 0.10 0.00
527_E 147_E 0.77 0.10 0.00
292_T 242_V 0.77 0.10 0.00
209_I 281_G 0.77 0.10 0.00
213_I 27_R 0.77 0.10 0.00
527_E 75_S 0.77 0.10 0.00
344_Q 55_E 0.77 0.10 0.00
192_V 338_N 0.77 0.10 0.00
1_M 305_P 0.77 0.10 0.00
534_A 50_A 0.77 0.10 0.00
433_P 184_E 0.76 0.10 0.00
592_K 50_A 0.76 0.10 0.00
455_K 69_F 0.76 0.10 0.00
298_R 311_I 0.76 0.10 0.00
557_L 220_V 0.76 0.10 0.00
315_E 276_T 0.76 0.10 0.00
207_L 329_I 0.76 0.10 0.00
302_L 237_D 0.76 0.10 0.00
349_D 65_I 0.76 0.10 0.00
264_C 221_E 0.76 0.10 0.00
262_T 328_I 0.76 0.10 0.00
39_F 266_L 0.76 0.10 0.00
116_Q 128_Y 0.76 0.10 0.00
283_S 324_Y 0.76 0.10 0.00
212_G 317_P 0.76 0.10 0.00
557_L 26_Y 0.76 0.10 0.00
403_A 229_R 0.76 0.10 0.00
279_V 18_T 0.76 0.10 0.00
161_T 63_R 0.76 0.10 0.00
410_L 56_I 0.76 0.10 0.00
491_G 27_R 0.76 0.10 0.00
471_I 33_Y 0.76 0.10 0.00
4_A 136_A 0.76 0.10 0.00
208_S 23_K 0.76 0.10 0.00
191_H 31_L 0.75 0.10 0.00
348_T 341_T 0.75 0.10 0.00
350_Y 31_L 0.75 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.4223 seconds.