May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
CoaBC-D
Genes: A B A+B
Length: 414 158 543
Sequences: 2699 3155 239
Seq/Len: 6.52 19.97 0.44
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.83
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.08 0.00
2 0.00 0.08 0.00
5 0.00 0.08 0.08
10 0.00 0.08 0.23
20 0.00 0.08 0.42
100 0.00 0.08 0.87
∞ 0.00 0.10 2.72
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
101_D 54_I 1.37 0.43 0.00
240_A 78_K 1.34 0.40 0.00
90_D 54_I 1.30 0.38 0.00
276_A 85_I 1.29 0.37 0.00
209_I 25_S 1.28 0.36 0.00
315_V 113_T 1.27 0.36 0.00
227_Q 53_M 1.25 0.34 0.00
255_S 124_F 1.19 0.31 0.00
345_F 35_V 1.18 0.30 0.00
224_V 43_G 1.18 0.29 0.00
254_G 81_G 1.17 0.29 0.00
149_A 35_V 1.16 0.28 0.00
32_H 148_V 1.14 0.27 0.00
265_K 55_E 1.13 0.27 0.00
273_L 148_V 1.13 0.27 0.00
130_A 130_A 1.12 0.26 0.00
256_A 132_E 1.12 0.26 0.00
345_F 128_S 1.12 0.26 0.00
107_T 145_P 1.12 0.26 0.00
62_G 35_V 1.12 0.26 0.00
223_R 58_T 1.11 0.26 0.00
50_T 116_V 1.10 0.25 0.00
8_V 123_S 1.08 0.24 0.00
233_T 34_A 1.07 0.23 0.00
78_Q 101_M 1.06 0.23 0.00
21_C 4_A 1.05 0.23 0.00
377_G 1_M 1.05 0.22 0.00
142_G 130_A 1.04 0.22 0.00
390_E 76_F 1.04 0.22 0.00
28_T 35_V 1.03 0.21 0.00
307_N 132_E 1.03 0.21 0.00
288_A 116_V 1.02 0.21 0.00
127_L 31_V 1.02 0.21 0.00
380_L 74_V 1.02 0.21 0.00
228_R 131_K 1.02 0.21 0.00
41_S 38_N 1.01 0.21 0.00
397_M 131_K 1.01 0.20 0.00
214_S 24_A 1.01 0.20 0.00
71_Q 143_L 1.01 0.20 0.00
406_A 132_E 1.00 0.20 0.00
201_E 132_E 1.00 0.20 0.00
401_I 145_P 1.00 0.20 0.00
6_R 33_V 1.00 0.20 0.00
94_R 38_N 0.99 0.19 0.00
169_I 128_S 0.99 0.19 0.00
56_G 87_K 0.99 0.19 0.00
403_D 145_P 0.99 0.19 0.00
45_F 105_N 0.99 0.19 0.00
12_A 133_V 0.99 0.19 0.00
105_T 128_S 0.98 0.19 0.00
11_V 128_S 0.98 0.19 0.00
198_G 6_C 0.97 0.18 0.00
311_L 54_I 0.96 0.18 0.00
43_L 130_A 0.96 0.18 0.00
297_S 148_V 0.96 0.18 0.00
221_V 58_T 0.96 0.18 0.00
12_A 84_A 0.96 0.18 0.00
396_L 131_K 0.96 0.18 0.00
168_E 128_S 0.96 0.18 0.00
37_V 146_S 0.95 0.17 0.00
56_G 101_M 0.94 0.17 0.00
35_R 35_V 0.94 0.17 0.00
309_D 98_E 0.94 0.17 0.00
377_G 124_F 0.93 0.17 0.00
393_S 141_S 0.93 0.17 0.00
21_C 129_L 0.93 0.17 0.00
351_L 140_V 0.93 0.17 0.00
360_V 33_V 0.92 0.17 0.00
90_D 71_G 0.92 0.17 0.00
290_A 130_A 0.92 0.16 0.00
288_A 55_E 0.92 0.16 0.00
286_H 62_P 0.92 0.16 0.00
235_I 70_Q 0.91 0.16 0.00
54_L 133_V 0.91 0.16 0.00
210_G 21_F 0.91 0.16 0.00
148_P 104_M 0.91 0.16 0.00
161_G 98_E 0.91 0.16 0.00
210_G 122_Y 0.90 0.16 0.00
124_E 77_V 0.90 0.16 0.00
45_F 28_F 0.90 0.15 0.00
153_L 118_T 0.89 0.15 0.00
165_E 131_K 0.89 0.15 0.00
193_L 53_M 0.89 0.15 0.00
373_D 46_D 0.89 0.15 0.00
208_F 75_D 0.89 0.15 0.00
232_V 156_L 0.89 0.15 0.00
64_F 101_M 0.89 0.15 0.00
35_R 67_E 0.89 0.15 0.00
356_C 13_V 0.88 0.15 0.00
152_R 119_T 0.88 0.15 0.00
115_V 130_A 0.88 0.15 0.00
244_D 114_F 0.88 0.15 0.00
340_N 128_S 0.88 0.15 0.00
252_H 55_E 0.88 0.15 0.00
137_T 114_F 0.88 0.15 0.00
153_L 9_S 0.88 0.15 0.00
407_A 141_S 0.88 0.15 0.00
32_H 132_E 0.88 0.15 0.00
356_C 22_E 0.88 0.15 0.00
310_V 130_A 0.88 0.15 0.00
44_R 76_F 0.88 0.15 0.00
37_V 152_L 0.88 0.15 0.00
398_A 30_E 0.88 0.15 0.00
233_T 136_L 0.87 0.14 0.00
37_V 145_P 0.87 0.14 0.00
94_R 54_I 0.87 0.14 0.00
57_N 44_M 0.86 0.14 0.00
408_F 76_F 0.86 0.14 0.00
193_L 107_H 0.86 0.14 0.00
377_G 85_I 0.86 0.14 0.00
30_A 136_L 0.86 0.14 0.00
380_L 155_K 0.86 0.14 0.00
208_F 117_A 0.86 0.14 0.00
131_T 143_L 0.86 0.14 0.00
123_T 113_T 0.86 0.14 0.00
257_T 34_A 0.85 0.14 0.00
329_I 54_I 0.85 0.14 0.00
405_I 110_G 0.85 0.14 0.00
305_V 31_V 0.85 0.14 0.00
397_M 82_L 0.85 0.14 0.00
192_A 26_A 0.85 0.14 0.00
60_H 111_V 0.85 0.14 0.00
274_V 44_M 0.85 0.14 0.00
228_R 117_A 0.85 0.14 0.00
393_S 44_M 0.85 0.14 0.00
405_I 46_D 0.85 0.14 0.00
315_V 145_P 0.85 0.14 0.00
238_N 104_M 0.84 0.13 0.00
224_V 132_E 0.84 0.13 0.00
170_T 54_I 0.84 0.13 0.00
258_Q 56_E 0.84 0.13 0.00
249_E 46_D 0.84 0.13 0.00
202_P 124_F 0.84 0.13 0.00
219_Y 3_G 0.84 0.13 0.00
280_A 53_M 0.83 0.13 0.00
359_L 69_G 0.83 0.13 0.00
117_F 54_I 0.83 0.13 0.00
294_K 19_D 0.83 0.13 0.00
137_T 3_G 0.83 0.13 0.00
168_E 30_E 0.83 0.13 0.00
29_E 1_M 0.83 0.13 0.00
113_C 43_G 0.83 0.13 0.00
384_G 39_P 0.83 0.13 0.00
378_W 31_V 0.83 0.13 0.00
114_P 67_E 0.83 0.13 0.00
304_L 110_G 0.83 0.13 0.00
29_E 144_L 0.83 0.13 0.00
261_D 52_A 0.83 0.13 0.00
164_P 116_V 0.83 0.13 0.00
6_R 21_F 0.82 0.13 0.00
282_F 24_A 0.82 0.13 0.00
209_I 140_V 0.82 0.13 0.00
120_A 57_S 0.82 0.13 0.00
255_S 75_D 0.82 0.13 0.00
354_K 98_E 0.82 0.13 0.00
2_S 116_V 0.82 0.13 0.00
52_E 69_G 0.82 0.13 0.00
8_V 150_R 0.82 0.13 0.00
234_L 44_M 0.81 0.12 0.00
92_L 107_H 0.81 0.12 0.00
126_W 18_I 0.81 0.12 0.00
54_L 136_L 0.81 0.12 0.00
397_M 37_V 0.81 0.12 0.00
54_L 13_V 0.81 0.12 0.00
306_R 24_A 0.81 0.12 0.00
395_T 110_G 0.81 0.12 0.00
191_K 30_E 0.81 0.12 0.00
242_L 48_D 0.81 0.12 0.00
374_H 35_V 0.81 0.12 0.00
407_A 119_T 0.81 0.12 0.00
253_I 93_T 0.81 0.12 0.00
70_V 143_L 0.81 0.12 0.00
397_M 30_E 0.81 0.12 0.00
297_S 24_A 0.81 0.12 0.00
9_V 86_V 0.81 0.12 0.00
405_I 31_V 0.81 0.12 0.00
161_G 90_R 0.81 0.12 0.00
273_L 4_A 0.80 0.12 0.00
413_D 33_V 0.80 0.12 0.00
287_V 78_K 0.80 0.12 0.00
344_L 81_G 0.80 0.12 0.00
132_V 35_V 0.80 0.12 0.00
309_D 90_R 0.80 0.12 0.00
260_R 24_A 0.80 0.12 0.00
208_F 113_T 0.80 0.12 0.00
136_A 121_Q 0.80 0.12 0.00
33_S 46_D 0.80 0.12 0.00
51_F 103_Q 0.80 0.12 0.00
249_E 121_Q 0.80 0.12 0.00
193_L 31_V 0.80 0.12 0.00
228_R 20_V 0.80 0.12 0.00
58_P 95_F 0.79 0.12 0.00
335_E 94_D 0.79 0.12 0.00
151_G 98_E 0.79 0.12 0.00
74_R 87_K 0.79 0.12 0.00
256_A 129_L 0.79 0.12 0.00
6_R 30_E 0.79 0.12 0.00
398_A 71_G 0.79 0.12 0.00
322_Q 9_S 0.79 0.12 0.00
92_L 2_S 0.79 0.12 0.00
76_G 86_V 0.79 0.12 0.00
152_R 35_V 0.79 0.12 0.00
360_V 107_H 0.79 0.12 0.00
400_R 81_G 0.79 0.12 0.00
360_V 121_Q 0.79 0.12 0.00
402_V 21_F 0.78 0.12 0.00
34_V 102_A 0.78 0.12 0.00
87_A 31_V 0.78 0.12 0.00
113_C 5_V 0.78 0.11 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8382 0.44 CoaBC-D Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
8029 2.82 CoaBC-D2 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8028 2.82 CoaBC-D Δgene:(0, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
Page generated in 1.2821 seconds.