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weather2
Genes: A B A+B
Length: 1000 224 1188
Sequences: 158 147 145
Seq/Len: 0.16 0.66 0.12
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.01 0.00
2 0.02 0.01 0.01
5 0.02 0.01 0.12
10 0.02 0.01 0.12
20 0.02 0.01 0.12
100 0.02 0.01 0.12
∞ 0.02 0.01 0.12
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
452_R 199_L 1.56 0.25 0.00
476_Q 6_N 1.56 0.25 0.00
566_I 185_L 1.52 0.24 0.00
452_R 197_L 1.49 0.23 0.00
626_G 28_D 1.48 0.22 0.00
302_I 96_E 1.48 0.22 0.00
76_L 121_L 1.39 0.19 0.00
588_I 7_L 1.38 0.19 0.00
261_R 185_L 1.35 0.18 0.00
114_V 170_F 1.34 0.17 0.00
280_M 66_V 1.34 0.17 0.00
753_A 66_V 1.34 0.17 0.00
482_D 44_E 1.34 0.17 0.00
730_T 66_V 1.32 0.17 0.00
251_I 169_I 1.29 0.16 0.00
971_T 156_L 1.27 0.15 0.00
476_Q 72_F 1.27 0.15 0.00
51_L 6_N 1.26 0.15 0.00
161_Y 196_V 1.25 0.15 0.00
902_I 193_N 1.24 0.15 0.00
566_I 78_T 1.24 0.14 0.00
317_S 139_V 1.24 0.14 0.00
796_L 121_L 1.23 0.14 0.00
137_E 185_L 1.23 0.14 0.00
738_S 32_F 1.23 0.14 0.00
520_N 177_L 1.21 0.14 0.00
709_G 7_L 1.21 0.14 0.00
12_L 156_L 1.20 0.14 0.00
519_L 125_Y 1.20 0.14 0.00
105_I 177_L 1.19 0.13 0.00
441_E 176_F 1.18 0.13 0.00
152_V 60_E 1.17 0.13 0.00
379_L 175_A 1.17 0.13 0.00
172_L 121_L 1.17 0.13 0.00
440_N 7_L 1.17 0.13 0.00
716_R 212_L 1.16 0.13 0.00
366_K 176_F 1.16 0.13 0.00
162_V 156_L 1.16 0.13 0.00
673_N 68_D 1.16 0.13 0.00
376_V 80_L 1.16 0.12 0.00
416_I 35_I 1.14 0.12 0.00
127_M 189_I 1.14 0.12 0.00
898_L 28_D 1.14 0.12 0.00
127_M 198_F 1.14 0.12 0.00
342_K 156_L 1.14 0.12 0.00
523_L 158_I 1.13 0.12 0.00
229_L 187_E 1.13 0.12 0.00
453_D 152_C 1.12 0.12 0.00
393_I 185_L 1.12 0.12 0.00
356_I 12_L 1.11 0.12 0.00
480_K 24_L 1.11 0.12 0.00
379_L 7_L 1.11 0.12 0.00
72_I 194_L 1.11 0.12 0.00
519_L 83_I 1.11 0.12 0.00
246_D 196_V 1.10 0.11 0.00
563_V 17_P 1.09 0.11 0.00
549_I 185_L 1.09 0.11 0.00
302_I 134_I 1.09 0.11 0.00
198_E 197_L 1.09 0.11 0.00
988_Y 122_D 1.08 0.11 0.00
704_I 18_L 1.08 0.11 0.00
913_I 139_V 1.08 0.11 0.00
298_L 150_E 1.08 0.11 0.00
571_M 46_S 1.07 0.11 0.00
959_F 104_L 1.07 0.11 0.00
34_Q 127_E 1.07 0.11 0.00
438_L 127_E 1.07 0.11 0.00
132_K 135_K 1.07 0.11 0.00
356_I 108_I 1.07 0.11 0.00
447_Y 130_I 1.06 0.10 0.00
93_R 185_L 1.06 0.10 0.00
452_R 30_C 1.06 0.10 0.00
41_S 113_V 1.05 0.10 0.00
557_R 162_L 1.05 0.10 0.00
846_L 173_S 1.05 0.10 0.00
480_K 28_D 1.05 0.10 0.00
920_D 138_G 1.05 0.10 0.00
576_D 31_V 1.05 0.10 0.00
425_S 178_T 1.04 0.10 0.00
272_A 16_I 1.04 0.10 0.00
393_I 169_I 1.04 0.10 0.00
148_E 187_E 1.04 0.10 0.00
525_T 80_L 1.04 0.10 0.00
383_M 81_K 1.03 0.10 0.00
724_V 13_D 1.03 0.10 0.00
396_A 162_L 1.03 0.10 0.00
835_L 50_F 1.03 0.10 0.00
512_K 169_I 1.02 0.10 0.00
772_A 158_I 1.02 0.10 0.00
34_Q 185_L 1.02 0.10 0.00
929_H 61_S 1.02 0.10 0.00
61_F 58_I 1.02 0.10 0.00
847_A 170_F 1.02 0.10 0.00
542_E 177_L 1.01 0.10 0.00
700_E 7_L 1.01 0.10 0.00
179_A 123_L 1.01 0.10 0.00
490_T 18_L 1.01 0.10 0.00
279_V 68_D 1.01 0.10 0.00
389_E 106_A 1.01 0.10 0.00
286_R 216_Y 1.00 0.10 0.00
737_F 61_S 1.00 0.09 0.00
35_R 162_L 1.00 0.09 0.00
835_L 216_Y 1.00 0.09 0.00
896_H 66_V 1.00 0.09 0.00
707_D 199_L 1.00 0.09 0.00
377_D 16_I 1.00 0.09 0.00
375_V 187_E 1.00 0.09 0.00
762_K 27_E 1.00 0.09 0.00
984_I 182_V 1.00 0.09 0.00
762_K 211_I 1.00 0.09 0.00
23_V 26_L 1.00 0.09 0.00
149_Y 149_F 0.99 0.09 0.00
861_P 81_K 0.99 0.09 0.00
587_V 19_R 0.99 0.09 0.00
74_K 13_D 0.99 0.09 0.00
956_F 69_I 0.99 0.09 0.00
196_L 53_H 0.99 0.09 0.00
525_T 51_F 0.98 0.09 0.00
105_I 68_D 0.98 0.09 0.00
727_V 8_N 0.98 0.09 0.00
840_N 19_R 0.98 0.09 0.00
24_K 72_F 0.98 0.09 0.00
461_D 181_E 0.98 0.09 0.00
150_F 210_Y 0.98 0.09 0.00
114_V 68_D 0.98 0.09 0.00
229_L 84_H 0.98 0.09 0.00
553_L 181_E 0.97 0.09 0.00
114_V 34_K 0.97 0.09 0.00
122_S 24_L 0.97 0.09 0.00
375_V 122_D 0.97 0.09 0.00
30_L 39_C 0.97 0.09 0.00
753_A 199_L 0.97 0.09 0.00
442_K 54_K 0.96 0.09 0.00
42_I 32_F 0.96 0.09 0.00
67_D 210_Y 0.96 0.09 0.00
847_A 154_E 0.96 0.09 0.00
632_K 39_C 0.96 0.09 0.00
149_Y 197_L 0.96 0.09 0.00
131_D 217_F 0.95 0.09 0.00
609_E 200_E 0.95 0.09 0.00
362_S 5_M 0.95 0.09 0.00
194_K 79_I 0.95 0.09 0.00
477_S 180_D 0.95 0.09 0.00
246_D 178_T 0.95 0.09 0.00
257_L 23_I 0.95 0.09 0.00
976_D 185_L 0.95 0.09 0.00
915_A 42_Y 0.95 0.09 0.00
26_N 195_T 0.94 0.08 0.00
526_Q 196_V 0.94 0.08 0.00
112_E 59_K 0.94 0.08 0.00
503_P 104_L 0.94 0.08 0.00
479_L 185_L 0.94 0.08 0.00
715_V 24_L 0.94 0.08 0.00
470_V 46_S 0.94 0.08 0.00
924_S 156_L 0.93 0.08 0.00
902_I 15_P 0.93 0.08 0.00
560_T 148_I 0.93 0.08 0.00
258_F 191_L 0.93 0.08 0.00
131_D 155_I 0.93 0.08 0.00
840_N 136_S 0.93 0.08 0.00
31_L 87_L 0.93 0.08 0.00
393_I 70_L 0.93 0.08 0.00
955_A 127_E 0.93 0.08 0.00
840_N 112_I 0.93 0.08 0.00
625_V 166_K 0.93 0.08 0.00
420_I 91_F 0.93 0.08 0.00
252_V 74_V 0.93 0.08 0.00
374_K 72_F 0.92 0.08 0.00
484_I 29_V 0.92 0.08 0.00
499_S 52_D 0.92 0.08 0.00
604_F 199_L 0.92 0.08 0.00
490_T 61_S 0.92 0.08 0.00
195_Q 170_F 0.92 0.08 0.00
549_I 198_F 0.92 0.08 0.00
456_V 88_E 0.92 0.08 0.00
149_Y 22_T 0.92 0.08 0.00
284_K 16_I 0.92 0.08 0.00
302_I 199_L 0.92 0.08 0.00
2_E 127_E 0.92 0.08 0.00
610_I 157_Q 0.91 0.08 0.00
127_M 165_K 0.91 0.08 0.00
398_E 138_G 0.91 0.08 0.00
354_E 34_K 0.91 0.08 0.00
263_M 212_L 0.91 0.08 0.00
484_I 89_S 0.91 0.08 0.00
645_Y 73_D 0.91 0.08 0.00
341_Q 214_E 0.91 0.08 0.00
342_K 196_V 0.91 0.08 0.00
409_S 195_T 0.91 0.08 0.00
979_L 134_I 0.91 0.08 0.00
488_V 215_D 0.91 0.08 0.00
516_R 147_T 0.91 0.08 0.00
863_K 66_V 0.91 0.08 0.00
947_L 65_L 0.91 0.08 0.00
482_D 93_E 0.91 0.08 0.00
277_D 214_E 0.91 0.08 0.00
753_A 144_Q 0.91 0.08 0.00
119_S 15_P 0.91 0.08 0.00
737_F 150_E 0.91 0.08 0.00
935_R 197_L 0.90 0.08 0.00
135_P 59_K 0.90 0.08 0.00
462_I 53_H 0.90 0.08 0.00
114_V 198_F 0.90 0.08 0.00
702_G 197_L 0.90 0.08 0.00
464_R 156_L 0.90 0.08 0.00
564_A 197_L 0.90 0.08 0.00
51_L 139_V 0.90 0.08 0.00
353_H 178_T 0.90 0.08 0.00
329_I 61_S 0.90 0.08 0.00
784_G 197_L 0.90 0.08 0.00
488_V 176_F 0.90 0.08 0.00
327_Q 116_C 0.90 0.08 0.00
173_S 134_I 0.90 0.08 0.00
545_K 139_V 0.90 0.08 0.00
200_Y 73_D 0.90 0.08 0.00
437_Q 56_K 0.90 0.08 0.00
196_L 108_I 0.89 0.08 0.00
596_S 133_L 0.89 0.08 0.00
148_E 6_N 0.89 0.08 0.00
416_I 26_L 0.89 0.08 0.00
309_K 123_L 0.89 0.08 0.00
358_N 89_S 0.89 0.08 0.00
66_K 185_L 0.89 0.07 0.00
325_F 56_K 0.89 0.07 0.00
198_E 16_I 0.89 0.07 0.00
452_R 175_A 0.88 0.07 0.00
121_Q 39_C 0.88 0.07 0.00
508_V 95_P 0.88 0.07 0.00
250_D 79_I 0.88 0.07 0.00
776_L 100_M 0.88 0.07 0.00
127_M 139_V 0.88 0.07 0.00
580_K 50_F 0.88 0.07 0.00
177_K 215_D 0.88 0.07 0.00
95_A 172_N 0.88 0.07 0.00
396_A 202_R 0.88 0.07 0.00
177_K 176_F 0.88 0.07 0.00
304_D 39_C 0.88 0.07 0.00
199_D 60_E 0.88 0.07 0.00
610_I 141_V 0.88 0.07 0.00
181_V 56_K 0.88 0.07 0.00
420_I 211_I 0.88 0.07 0.00
575_Y 184_S 0.87 0.07 0.00
591_K 70_L 0.87 0.07 0.00
178_K 199_L 0.87 0.07 0.00
137_E 166_K 0.87 0.07 0.00
181_V 68_D 0.87 0.07 0.00
250_D 66_V 0.87 0.07 0.00
581_L 152_C 0.87 0.07 0.00
409_S 155_I 0.87 0.07 0.00
239_L 138_G 0.87 0.07 0.00
46_I 26_L 0.87 0.07 0.00
524_I 156_L 0.87 0.07 0.00
902_I 123_L 0.87 0.07 0.00
282_Q 8_N 0.87 0.07 0.00
195_Q 130_I 0.87 0.07 0.00
58_Q 217_F 0.86 0.07 0.00
396_A 73_D 0.86 0.07 0.00
645_Y 120_E 0.86 0.07 0.00
909_S 196_V 0.86 0.07 0.00
800_I 158_I 0.86 0.07 0.00
547_G 130_I 0.86 0.07 0.00
111_E 73_D 0.86 0.07 0.00
258_F 167_L 0.86 0.07 0.00
844_R 220_T 0.86 0.07 0.00
939_E 172_N 0.86 0.07 0.00
8_I 191_L 0.86 0.07 0.00
93_R 33_S 0.86 0.07 0.00
845_M 83_I 0.86 0.07 0.00
612_N 5_M 0.86 0.07 0.00
316_K 182_V 0.86 0.07 0.00
314_F 51_F 0.86 0.07 0.00
456_V 122_D 0.86 0.07 0.00
523_L 92_N 0.86 0.07 0.00
395_M 151_K 0.86 0.07 0.00
610_I 89_S 0.86 0.07 0.00
318_D 98_K 0.86 0.07 0.00
117_G 148_I 0.86 0.07 0.00
40_G 172_N 0.85 0.07 0.00
80_I 217_F 0.85 0.07 0.00
68_N 196_V 0.85 0.07 0.00
199_D 18_L 0.85 0.07 0.00
332_D 39_C 0.85 0.07 0.00
172_L 141_V 0.85 0.07 0.00
739_K 83_I 0.85 0.07 0.00
571_M 71_G 0.85 0.07 0.00
866_N 32_F 0.85 0.07 0.00
59_E 186_Q 0.85 0.07 0.00
49_G 139_V 0.85 0.07 0.00
180_I 96_E 0.85 0.07 0.00
76_L 13_D 0.85 0.07 0.00
955_A 182_V 0.85 0.07 0.00
476_Q 165_K 0.85 0.07 0.00
848_S 68_D 0.85 0.07 0.00
140_L 133_L 0.85 0.07 0.00
25_L 39_C 0.85 0.07 0.00
150_F 91_F 0.85 0.07 0.00
617_H 12_L 0.85 0.07 0.00
70_E 70_L 0.85 0.07 0.00
327_Q 111_L 0.85 0.07 0.00
522_K 83_I 0.84 0.07 0.00
75_I 104_L 0.84 0.07 0.00
673_N 166_K 0.84 0.07 0.00
585_V 54_K 0.84 0.07 0.00
935_R 36_V 0.84 0.07 0.00
134_L 170_F 0.84 0.07 0.00
408_N 167_L 0.84 0.07 0.00
456_V 73_D 0.84 0.07 0.00
452_R 46_S 0.84 0.07 0.00
410_R 18_L 0.84 0.07 0.00
114_V 173_S 0.84 0.07 0.00
920_D 169_I 0.83 0.07 0.00
984_I 28_D 0.83 0.07 0.00
387_K 139_V 0.83 0.07 0.00
730_T 46_S 0.83 0.07 0.00
51_L 106_A 0.83 0.07 0.00
716_R 65_L 0.83 0.07 0.00
175_E 123_L 0.83 0.07 0.00
401_T 199_L 0.83 0.07 0.00
409_S 169_I 0.83 0.07 0.00
20_E 110_E 0.83 0.07 0.00
719_L 12_L 0.83 0.07 0.00
151_T 85_A 0.83 0.07 0.00
327_Q 40_Y 0.83 0.07 0.00
95_A 104_L 0.83 0.07 0.00
393_I 214_E 0.83 0.07 0.00
861_P 158_I 0.83 0.07 0.00
834_S 119_N 0.83 0.07 0.00
705_V 192_T 0.83 0.07 0.00
456_V 32_F 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8372 0.12 weather2 Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8371 0.12 weather2 Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8368 0.08 weather2 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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