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OPENSEQ.org
weather2
Genes: A B A+B
Length: 1000 224 1190
Sequences: 158 100 99
Seq/Len: 0.16 0.45 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.02 0.00
2 0.02 0.02 0.00
5 0.02 0.02 0.08
10 0.02 0.02 0.08
20 0.02 0.02 0.08
100 0.02 0.02 0.08
∞ 0.02 0.02 0.08
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
476_Q 6_N 1.65 0.22 0.00
626_G 28_D 1.62 0.21 0.00
588_I 7_L 1.50 0.18 0.00
549_I 185_L 1.49 0.17 0.00
105_I 177_L 1.49 0.17 0.00
180_I 96_E 1.43 0.16 0.00
520_N 177_L 1.42 0.16 0.00
302_I 96_E 1.42 0.15 0.00
379_L 7_L 1.34 0.14 0.00
960_D 106_A 1.33 0.14 0.00
281_K 177_L 1.33 0.14 0.00
393_I 214_E 1.33 0.14 0.00
66_K 185_L 1.32 0.13 0.00
114_V 170_F 1.32 0.13 0.00
182_D 70_L 1.31 0.13 0.00
783_K 141_V 1.31 0.13 0.00
476_Q 72_F 1.31 0.13 0.00
553_L 181_E 1.31 0.13 0.00
280_M 66_V 1.31 0.13 0.00
310_T 162_L 1.30 0.13 0.00
452_R 170_F 1.28 0.12 0.00
375_V 187_E 1.28 0.12 0.00
148_E 187_E 1.27 0.12 0.00
75_I 186_Q 1.25 0.12 0.00
855_G 200_E 1.25 0.12 0.00
70_E 39_C 1.24 0.12 0.00
726_I 25_V 1.23 0.12 0.00
482_D 44_E 1.23 0.11 0.00
480_K 24_L 1.20 0.11 0.00
287_R 111_L 1.19 0.11 0.00
933_P 167_L 1.19 0.11 0.00
137_E 171_V 1.18 0.11 0.00
42_I 32_F 1.18 0.10 0.00
542_E 177_L 1.18 0.10 0.00
114_V 34_K 1.18 0.10 0.00
420_I 91_F 1.17 0.10 0.00
979_L 24_L 1.17 0.10 0.00
724_V 13_D 1.16 0.10 0.00
121_Q 39_C 1.15 0.10 0.00
393_I 70_L 1.15 0.10 0.00
280_M 149_F 1.14 0.10 0.00
298_L 207_F 1.14 0.10 0.00
95_A 104_L 1.14 0.10 0.00
524_I 156_L 1.14 0.10 0.00
753_A 66_V 1.14 0.10 0.00
420_I 211_I 1.13 0.10 0.00
202_K 54_K 1.13 0.10 0.00
199_D 60_E 1.12 0.10 0.00
440_N 7_L 1.12 0.10 0.00
716_R 171_V 1.12 0.09 0.00
393_I 195_T 1.12 0.09 0.00
212_I 178_T 1.11 0.09 0.00
470_V 50_F 1.11 0.09 0.00
145_L 80_L 1.11 0.09 0.00
510_K 35_I 1.11 0.09 0.00
181_V 68_D 1.10 0.09 0.00
896_H 66_V 1.10 0.09 0.00
753_A 144_Q 1.10 0.09 0.00
74_K 13_D 1.10 0.09 0.00
840_N 156_L 1.09 0.09 0.00
840_N 136_S 1.09 0.09 0.00
233_I 6_N 1.09 0.09 0.00
280_M 35_I 1.09 0.09 0.00
137_E 185_L 1.09 0.09 0.00
700_E 7_L 1.09 0.09 0.00
93_R 33_S 1.09 0.09 0.00
379_L 175_A 1.09 0.09 0.00
395_M 123_L 1.08 0.09 0.00
519_L 70_L 1.08 0.09 0.00
237_D 18_L 1.07 0.09 0.00
373_V 183_A 1.07 0.09 0.00
813_F 145_S 1.07 0.09 0.00
114_V 198_F 1.07 0.09 0.00
75_I 13_D 1.06 0.09 0.00
484_I 29_V 1.06 0.09 0.00
376_V 80_L 1.06 0.09 0.00
257_L 23_I 1.06 0.09 0.00
424_G 130_I 1.05 0.09 0.00
289_T 191_L 1.05 0.08 0.00
840_N 19_R 1.05 0.08 0.00
525_T 80_L 1.04 0.08 0.00
979_L 134_I 1.04 0.08 0.00
374_K 118_E 1.04 0.08 0.00
70_E 179_K 1.04 0.08 0.00
560_T 155_I 1.03 0.08 0.00
709_G 182_V 1.03 0.08 0.00
587_V 19_R 1.03 0.08 0.00
342_K 70_L 1.03 0.08 0.00
724_V 196_V 1.03 0.08 0.00
347_G 26_L 1.03 0.08 0.00
76_L 121_L 1.03 0.08 0.00
452_R 96_E 1.02 0.08 0.00
604_F 199_L 1.02 0.08 0.00
250_D 66_V 1.02 0.08 0.00
115_D 135_K 1.02 0.08 0.00
523_L 96_E 1.01 0.08 0.00
502_V 216_Y 1.01 0.08 0.00
525_T 95_P 1.01 0.08 0.00
272_A 16_I 1.01 0.08 0.00
120_A 200_E 1.01 0.08 0.00
137_E 166_K 1.01 0.08 0.00
261_R 185_L 1.01 0.08 0.00
307_S 211_I 1.00 0.08 0.00
308_G 194_L 1.00 0.08 0.00
122_S 184_S 1.00 0.08 0.00
604_F 65_L 1.00 0.08 0.00
480_K 28_D 1.00 0.08 0.00
738_S 32_F 0.99 0.08 0.00
198_E 18_L 0.99 0.08 0.00
902_I 45_D 0.99 0.08 0.00
460_L 168_L 0.99 0.07 0.00
391_I 106_A 0.99 0.07 0.00
441_E 176_F 0.99 0.07 0.00
704_I 52_D 0.99 0.07 0.00
988_Y 176_F 0.98 0.07 0.00
288_Y 129_T 0.98 0.07 0.00
418_E 53_H 0.98 0.07 0.00
713_A 179_K 0.98 0.07 0.00
671_Y 194_L 0.98 0.07 0.00
372_T 51_F 0.98 0.07 0.00
869_Y 61_S 0.98 0.07 0.00
296_R 169_I 0.98 0.07 0.00
728_K 158_I 0.98 0.07 0.00
766_F 214_E 0.97 0.07 0.00
384_G 108_I 0.97 0.07 0.00
216_E 11_L 0.97 0.07 0.00
544_D 61_S 0.97 0.07 0.00
146_L 153_L 0.97 0.07 0.00
23_V 26_L 0.97 0.07 0.00
75_I 119_N 0.97 0.07 0.00
380_V 24_L 0.97 0.07 0.00
813_F 56_K 0.96 0.07 0.00
75_I 178_T 0.96 0.07 0.00
51_L 6_N 0.96 0.07 0.00
478_F 218_L 0.96 0.07 0.00
62_Y 172_N 0.96 0.07 0.00
840_N 16_I 0.96 0.07 0.00
122_S 45_D 0.96 0.07 0.00
12_L 26_L 0.96 0.07 0.00
118_A 120_E 0.96 0.07 0.00
979_L 109_T 0.96 0.07 0.00
533_T 95_P 0.96 0.07 0.00
106_T 7_L 0.95 0.07 0.00
838_L 16_I 0.95 0.07 0.00
94_F 12_L 0.95 0.07 0.00
350_D 134_I 0.95 0.07 0.00
417_E 72_F 0.95 0.07 0.00
456_V 123_L 0.95 0.07 0.00
301_G 13_D 0.95 0.07 0.00
980_I 124_E 0.95 0.07 0.00
47_H 121_L 0.94 0.07 0.00
757_D 219_I 0.94 0.07 0.00
187_T 7_L 0.94 0.07 0.00
211_E 182_V 0.94 0.07 0.00
984_I 182_V 0.94 0.07 0.00
393_I 169_I 0.94 0.07 0.00
88_A 216_Y 0.94 0.07 0.00
253_L 175_A 0.94 0.07 0.00
246_D 196_V 0.94 0.07 0.00
174_G 83_I 0.94 0.07 0.00
673_N 68_D 0.94 0.07 0.00
35_R 162_L 0.94 0.07 0.00
4_F 196_V 0.94 0.07 0.00
201_F 134_I 0.94 0.07 0.00
547_G 130_I 0.94 0.07 0.00
510_K 66_V 0.94 0.07 0.00
436_T 26_L 0.94 0.07 0.00
409_S 155_I 0.93 0.07 0.00
522_K 83_I 0.93 0.07 0.00
105_I 178_T 0.93 0.07 0.00
924_S 156_L 0.93 0.07 0.00
341_Q 185_L 0.93 0.07 0.00
826_L 35_I 0.93 0.07 0.00
140_L 133_L 0.93 0.07 0.00
456_V 122_D 0.93 0.07 0.00
542_E 79_I 0.93 0.07 0.00
152_V 60_E 0.93 0.07 0.00
217_D 27_E 0.93 0.07 0.00
3_E 187_E 0.93 0.07 0.00
298_L 150_E 0.92 0.07 0.00
230_L 185_L 0.92 0.07 0.00
212_I 46_S 0.92 0.07 0.00
500_D 200_E 0.92 0.07 0.00
61_F 58_I 0.92 0.07 0.00
3_E 93_E 0.92 0.07 0.00
682_I 89_S 0.92 0.07 0.00
52_H 193_N 0.92 0.07 0.00
886_Q 219_I 0.92 0.07 0.00
564_A 123_L 0.91 0.07 0.00
809_N 69_I 0.91 0.07 0.00
7_F 186_Q 0.91 0.07 0.00
416_I 35_I 0.91 0.07 0.00
58_Q 12_L 0.91 0.07 0.00
762_K 27_E 0.91 0.07 0.00
379_L 66_V 0.91 0.07 0.00
134_L 170_F 0.91 0.07 0.00
410_R 18_L 0.91 0.07 0.00
716_R 65_L 0.91 0.07 0.00
120_A 193_N 0.91 0.07 0.00
557_R 164_K 0.91 0.07 0.00
393_I 185_L 0.90 0.07 0.00
53_A 23_I 0.90 0.07 0.00
18_T 31_V 0.90 0.07 0.00
542_E 76_S 0.90 0.07 0.00
578_N 46_S 0.90 0.07 0.00
195_Q 170_F 0.90 0.07 0.00
585_V 54_K 0.90 0.07 0.00
945_F 113_V 0.90 0.07 0.00
132_K 5_M 0.90 0.07 0.00
127_M 189_I 0.90 0.07 0.00
482_D 177_L 0.90 0.07 0.00
416_I 136_S 0.90 0.06 0.00
994_L 155_I 0.90 0.06 0.00
972_K 25_V 0.90 0.06 0.00
279_V 68_D 0.90 0.06 0.00
149_Y 149_F 0.90 0.06 0.00
76_L 13_D 0.90 0.06 0.00
128_T 118_E 0.90 0.06 0.00
898_L 28_D 0.90 0.06 0.00
795_L 106_A 0.90 0.06 0.00
681_E 153_L 0.90 0.06 0.00
794_E 182_V 0.90 0.06 0.00
233_I 141_V 0.90 0.06 0.00
775_V 162_L 0.89 0.06 0.00
438_L 127_E 0.89 0.06 0.00
312_L 129_T 0.89 0.06 0.00
715_V 36_V 0.89 0.06 0.00
358_N 194_L 0.89 0.06 0.00
734_T 74_V 0.89 0.06 0.00
566_I 185_L 0.89 0.06 0.00
51_L 106_A 0.89 0.06 0.00
575_Y 184_S 0.89 0.06 0.00
105_I 138_G 0.89 0.06 0.00
391_I 107_T 0.89 0.06 0.00
549_I 198_F 0.89 0.06 0.00
30_L 39_C 0.89 0.06 0.00
604_F 19_R 0.89 0.06 0.00
3_E 89_S 0.88 0.06 0.00
203_K 8_N 0.88 0.06 0.00
800_I 158_I 0.88 0.06 0.00
947_L 65_L 0.88 0.06 0.00
214_G 135_K 0.88 0.06 0.00
866_N 32_F 0.88 0.06 0.00
8_I 34_K 0.88 0.06 0.00
192_T 7_L 0.88 0.06 0.00
754_R 108_I 0.88 0.06 0.00
384_G 70_L 0.88 0.06 0.00
581_L 152_C 0.88 0.06 0.00
221_A 70_L 0.88 0.06 0.00
959_F 104_L 0.88 0.06 0.00
197_K 187_E 0.88 0.06 0.00
40_G 32_F 0.88 0.06 0.00
58_Q 122_D 0.88 0.06 0.00
452_R 30_C 0.87 0.06 0.00
547_G 140_K 0.87 0.06 0.00
525_T 92_N 0.87 0.06 0.00
351_S 26_L 0.87 0.06 0.00
979_L 116_C 0.87 0.06 0.00
374_K 72_F 0.87 0.06 0.00
146_L 129_T 0.87 0.06 0.00
21_L 18_L 0.87 0.06 0.00
355_H 50_F 0.87 0.06 0.00
745_K 162_L 0.87 0.06 0.00
406_Q 151_K 0.87 0.06 0.00
334_L 137_L 0.87 0.06 0.00
407_K 19_R 0.87 0.06 0.00
476_Q 210_Y 0.87 0.06 0.00
524_I 181_E 0.87 0.06 0.00
294_L 135_K 0.87 0.06 0.00
174_G 155_I 0.87 0.06 0.00
418_E 150_E 0.86 0.06 0.00
173_S 134_I 0.86 0.06 0.00
202_K 65_L 0.86 0.06 0.00
972_K 150_E 0.86 0.06 0.00
846_L 169_I 0.86 0.06 0.00
437_Q 156_L 0.86 0.06 0.00
984_I 10_S 0.86 0.06 0.00
683_T 219_I 0.86 0.06 0.00
215_V 152_C 0.86 0.06 0.00
97_M 171_V 0.86 0.06 0.00
204_I 42_Y 0.86 0.06 0.00
617_H 12_L 0.86 0.06 0.00
587_V 89_S 0.86 0.06 0.00
146_L 195_T 0.86 0.06 0.00
142_K 75_N 0.86 0.06 0.00
311_I 32_F 0.86 0.06 0.00
141_P 27_E 0.86 0.06 0.00
675_M 54_K 0.86 0.06 0.00
774_S 121_L 0.86 0.06 0.00
490_T 208_P 0.86 0.06 0.00
12_L 156_L 0.86 0.06 0.00
542_E 38_Y 0.86 0.06 0.00
62_Y 122_D 0.86 0.06 0.00
260_D 111_L 0.86 0.06 0.00
66_K 33_S 0.86 0.06 0.00
417_E 41_Q 0.86 0.06 0.00
57_R 95_P 0.85 0.06 0.00
35_R 196_V 0.85 0.06 0.00
511_M 138_G 0.85 0.06 0.00
633_Y 42_Y 0.85 0.06 0.00
542_E 182_V 0.85 0.06 0.00
775_V 122_D 0.85 0.06 0.00
612_N 5_M 0.85 0.06 0.00
444_Y 47_E 0.85 0.06 0.00
868_L 40_Y 0.85 0.06 0.00
684_L 79_I 0.85 0.06 0.00
59_E 185_L 0.85 0.06 0.00
268_L 175_A 0.85 0.06 0.00
24_K 72_F 0.84 0.06 0.00
613_Y 146_D 0.84 0.06 0.00
488_V 215_D 0.84 0.06 0.00
113_V 180_D 0.84 0.06 0.00
393_I 60_E 0.84 0.06 0.00
315_L 176_F 0.84 0.06 0.00
181_V 56_K 0.84 0.06 0.00
730_T 106_A 0.84 0.06 0.00
499_S 149_F 0.84 0.06 0.00
485_D 8_N 0.84 0.06 0.00
573_T 26_L 0.84 0.06 0.00
336_F 12_L 0.84 0.06 0.00
179_A 50_F 0.84 0.06 0.00
294_L 172_N 0.84 0.06 0.00
469_D 75_N 0.84 0.06 0.00
258_F 32_F 0.84 0.06 0.00
143_H 212_L 0.84 0.06 0.00
762_K 83_I 0.84 0.06 0.00
623_A 216_Y 0.84 0.06 0.00
5_Y 75_N 0.84 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8372 0.12 weather2 Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8371 0.12 weather2 Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8368 0.08 weather2 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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