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OPENSEQ.org
A-bfK versus B-bfG
Genes: A B A+B
Length: 380 318 664
Sequences: 57 67 60
Seq/Len: 0.15 0.21 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.02
2 0.00 0.00 0.07
5 0.00 0.00 0.07
10 0.00 0.00 0.08
20 0.00 0.00 0.09
100 0.00 0.00 0.09
∞ 0.02 0.02 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
166_Y 82_G 2.03 0.40 0.00
270_V 164_P 1.62 0.23 0.00
239_I 181_M 1.62 0.23 0.00
138_P 129_E 1.61 0.23 0.00
271_S 317_Y 1.57 0.21 0.00
198_L 118_E 1.53 0.20 0.00
185_F 83_I 1.50 0.19 0.00
13_M 163_W 1.43 0.17 0.00
19_I 127_L 1.43 0.17 0.00
78_A 80_R 1.42 0.17 0.00
32_R 82_G 1.40 0.16 0.00
243_M 82_G 1.40 0.16 0.00
152_M 217_I 1.39 0.16 0.00
298_E 55_K 1.37 0.15 0.00
13_M 281_G 1.36 0.15 0.00
126_V 227_N 1.35 0.15 0.00
350_Y 89_E 1.35 0.15 0.00
13_M 122_R 1.33 0.14 0.00
170_G 230_L 1.33 0.14 0.00
71_V 279_F 1.31 0.14 0.00
182_D 225_L 1.30 0.14 0.00
298_E 47_G 1.29 0.14 0.00
127_G 313_R 1.29 0.14 0.00
4_K 226_G 1.28 0.13 0.00
304_P 47_G 1.28 0.13 0.00
47_L 281_G 1.28 0.13 0.00
262_A 112_Q 1.28 0.13 0.00
182_D 228_M 1.27 0.13 0.00
43_N 42_M 1.27 0.13 0.00
350_Y 56_D 1.26 0.13 0.00
19_I 51_S 1.26 0.13 0.00
118_L 82_G 1.26 0.13 0.00
138_P 85_D 1.25 0.13 0.00
33_D 131_E 1.25 0.13 0.00
205_F 318_L 1.24 0.12 0.00
131_P 91_L 1.24 0.12 0.00
335_M 43_M 1.23 0.12 0.00
249_T 83_I 1.22 0.12 0.00
7_V 122_R 1.22 0.12 0.00
13_M 143_E 1.22 0.12 0.00
33_D 252_G 1.21 0.12 0.00
14_P 133_D 1.21 0.12 0.00
221_A 189_G 1.21 0.12 0.00
356_E 47_G 1.20 0.12 0.00
47_L 122_R 1.20 0.12 0.00
139_R 281_G 1.20 0.12 0.00
294_K 189_G 1.19 0.11 0.00
123_F 116_N 1.19 0.11 0.00
139_R 122_R 1.18 0.11 0.00
147_Y 85_D 1.18 0.11 0.00
137_P 198_L 1.17 0.11 0.00
149_L 203_E 1.17 0.11 0.00
321_H 92_F 1.17 0.11 0.00
308_D 143_E 1.17 0.11 0.00
304_P 111_M 1.17 0.11 0.00
14_P 56_D 1.16 0.11 0.00
175_D 155_Y 1.16 0.11 0.00
299_W 125_F 1.16 0.11 0.00
352_G 125_F 1.16 0.11 0.00
116_I 92_F 1.16 0.11 0.00
153_P 186_S 1.16 0.11 0.00
149_L 155_Y 1.15 0.11 0.00
139_R 129_E 1.15 0.11 0.00
76_C 56_D 1.15 0.11 0.00
135_E 299_T 1.15 0.11 0.00
293_Q 181_M 1.15 0.11 0.00
181_V 206_V 1.14 0.10 0.00
79_V 119_F 1.14 0.10 0.00
76_C 314_I 1.14 0.10 0.00
147_Y 281_G 1.14 0.10 0.00
7_V 85_D 1.14 0.10 0.00
307_F 91_L 1.14 0.10 0.00
22_Q 82_G 1.14 0.10 0.00
139_R 85_D 1.13 0.10 0.00
139_R 143_E 1.13 0.10 0.00
279_V 21_D 1.13 0.10 0.00
243_M 108_L 1.13 0.10 0.00
350_Y 82_G 1.12 0.10 0.00
341_L 24_A 1.12 0.10 0.00
13_M 129_E 1.12 0.10 0.00
45_G 88_P 1.12 0.10 0.00
45_G 231_G 1.12 0.10 0.00
83_G 88_P 1.12 0.10 0.00
83_G 231_G 1.12 0.10 0.00
263_P 88_P 1.12 0.10 0.00
263_P 231_G 1.12 0.10 0.00
295_Y 88_P 1.12 0.10 0.00
295_Y 231_G 1.12 0.10 0.00
319_Y 88_P 1.12 0.10 0.00
319_Y 231_G 1.12 0.10 0.00
195_H 281_G 1.12 0.10 0.00
171_R 133_D 1.12 0.10 0.00
278_Y 140_Q 1.11 0.10 0.00
321_H 230_L 1.11 0.10 0.00
243_M 270_K 1.11 0.10 0.00
47_L 163_W 1.11 0.10 0.00
347_T 254_L 1.11 0.10 0.00
114_W 318_L 1.11 0.10 0.00
120_V 29_A 1.11 0.10 0.00
213_E 82_G 1.10 0.10 0.00
14_P 190_R 1.10 0.10 0.00
328_M 134_R 1.10 0.10 0.00
13_M 85_D 1.10 0.10 0.00
345_L 280_L 1.09 0.10 0.00
308_D 237_V 1.09 0.10 0.00
169_I 57_I 1.09 0.10 0.00
7_V 77_K 1.09 0.10 0.00
15_L 242_S 1.08 0.09 0.00
121_D 254_L 1.08 0.09 0.00
139_R 163_W 1.08 0.09 0.00
147_Y 182_P 1.08 0.09 0.00
198_L 230_L 1.08 0.09 0.00
181_V 198_L 1.07 0.09 0.00
22_Q 318_L 1.07 0.09 0.00
323_D 41_I 1.07 0.09 0.00
233_G 272_L 1.07 0.09 0.00
46_L 185_H 1.07 0.09 0.00
9_W 92_F 1.07 0.09 0.00
313_D 203_E 1.06 0.09 0.00
273_L 178_I 1.06 0.09 0.00
46_L 122_R 1.06 0.09 0.00
73_L 282_A 1.06 0.09 0.00
335_M 128_L 1.05 0.09 0.00
27_F 314_I 1.05 0.09 0.00
348_L 47_G 1.05 0.09 0.00
271_S 277_D 1.05 0.09 0.00
351_I 89_E 1.05 0.09 0.00
76_C 82_G 1.05 0.09 0.00
171_R 262_F 1.05 0.09 0.00
299_W 230_L 1.05 0.09 0.00
352_G 230_L 1.05 0.09 0.00
107_T 22_F 1.04 0.09 0.00
301_D 314_I 1.04 0.09 0.00
129_G 89_E 1.04 0.09 0.00
141_P 89_E 1.04 0.09 0.00
257_K 43_M 1.04 0.09 0.00
273_L 278_I 1.04 0.09 0.00
147_Y 129_E 1.04 0.09 0.00
7_V 253_D 1.03 0.09 0.00
351_I 21_D 1.03 0.09 0.00
298_E 125_F 1.03 0.09 0.00
194_S 163_W 1.03 0.09 0.00
24_D 264_P 1.03 0.09 0.00
165_H 108_L 1.03 0.09 0.00
20_F 313_R 1.03 0.09 0.00
285_S 158_L 1.03 0.09 0.00
342_W 181_M 1.03 0.09 0.00
43_N 262_F 1.03 0.09 0.00
15_L 208_V 1.02 0.09 0.00
67_G 232_A 1.02 0.09 0.00
222_K 230_L 1.02 0.09 0.00
47_L 129_E 1.02 0.09 0.00
47_L 21_D 1.02 0.09 0.00
324_I 24_A 1.02 0.09 0.00
360_V 188_R 1.02 0.08 0.00
354_H 271_A 1.02 0.08 0.00
223_I 275_L 1.02 0.08 0.00
26_Y 217_I 1.01 0.08 0.00
254_Y 235_V 1.01 0.08 0.00
166_Y 204_A 1.01 0.08 0.00
194_S 85_D 1.01 0.08 0.00
195_H 163_W 1.01 0.08 0.00
139_R 28_G 1.01 0.08 0.00
13_M 182_P 1.01 0.08 0.00
262_A 169_L 1.01 0.08 0.00
4_K 168_I 1.01 0.08 0.00
360_V 49_N 1.00 0.08 0.00
194_S 122_R 1.00 0.08 0.00
132_N 181_M 1.00 0.08 0.00
358_I 128_L 1.00 0.08 0.00
291_E 118_E 1.00 0.08 0.00
78_A 49_N 1.00 0.08 0.00
342_W 202_L 0.99 0.08 0.00
123_F 242_S 0.99 0.08 0.00
142_N 158_L 0.99 0.08 0.00
126_V 91_L 0.99 0.08 0.00
248_A 301_L 0.99 0.08 0.00
130_D 234_S 0.99 0.08 0.00
182_D 316_T 0.99 0.08 0.00
45_G 84_Y 0.99 0.08 0.00
83_G 84_Y 0.99 0.08 0.00
263_P 84_Y 0.99 0.08 0.00
295_Y 84_Y 0.99 0.08 0.00
319_Y 84_Y 0.99 0.08 0.00
125_R 122_R 0.99 0.08 0.00
139_R 182_P 0.99 0.08 0.00
275_H 140_Q 0.99 0.08 0.00
48_P 122_R 0.98 0.08 0.00
8_N 88_P 0.98 0.08 0.00
8_N 231_G 0.98 0.08 0.00
267_L 277_D 0.98 0.08 0.00
47_L 85_D 0.98 0.08 0.00
198_L 163_W 0.98 0.08 0.00
299_W 51_S 0.98 0.08 0.00
352_G 51_S 0.98 0.08 0.00
46_L 163_W 0.98 0.08 0.00
358_I 111_M 0.97 0.08 0.00
294_K 104_L 0.97 0.08 0.00
266_V 133_D 0.97 0.08 0.00
346_S 226_G 0.97 0.08 0.00
86_I 31_L 0.97 0.08 0.00
118_L 29_A 0.97 0.08 0.00
294_K 79_N 0.97 0.08 0.00
223_I 189_G 0.97 0.08 0.00
171_R 190_R 0.96 0.08 0.00
16_S 26_L 0.96 0.08 0.00
154_K 233_N 0.96 0.08 0.00
129_G 88_P 0.96 0.08 0.00
129_G 231_G 0.96 0.08 0.00
141_P 88_P 0.96 0.08 0.00
141_P 231_G 0.96 0.08 0.00
350_Y 80_R 0.96 0.08 0.00
188_P 118_E 0.96 0.08 0.00
222_K 316_T 0.96 0.08 0.00
20_F 88_P 0.96 0.08 0.00
20_F 231_G 0.96 0.08 0.00
47_L 143_E 0.96 0.08 0.00
192_M 311_Y 0.96 0.07 0.00
321_H 88_P 0.96 0.07 0.00
321_H 231_G 0.96 0.07 0.00
117_I 37_D 0.96 0.07 0.00
276_I 280_L 0.96 0.07 0.00
325_R 164_P 0.96 0.07 0.00
280_S 316_T 0.96 0.07 0.00
339_T 139_A 0.96 0.07 0.00
293_Q 230_L 0.95 0.07 0.00
271_S 272_L 0.95 0.07 0.00
73_L 144_L 0.95 0.07 0.00
158_N 83_I 0.95 0.07 0.00
360_V 147_D 0.95 0.07 0.00
185_F 124_F 0.95 0.07 0.00
189_C 177_F 0.95 0.07 0.00
120_V 198_L 0.95 0.07 0.00
356_E 176_L 0.95 0.07 0.00
168_T 83_I 0.95 0.07 0.00
127_G 24_A 0.95 0.07 0.00
289_K 165_V 0.95 0.07 0.00
16_S 173_G 0.95 0.07 0.00
67_G 41_I 0.95 0.07 0.00
232_L 169_L 0.95 0.07 0.00
230_G 115_R 0.94 0.07 0.00
340_E 41_I 0.94 0.07 0.00
317_M 277_D 0.94 0.07 0.00
125_R 85_D 0.94 0.07 0.00
69_I 82_G 0.94 0.07 0.00
42_Y 194_V 0.94 0.07 0.00
19_I 313_R 0.94 0.07 0.00
335_M 134_R 0.94 0.07 0.00
44_Y 47_G 0.94 0.07 0.00
299_W 88_P 0.94 0.07 0.00
299_W 231_G 0.94 0.07 0.00
352_G 88_P 0.94 0.07 0.00
352_G 231_G 0.94 0.07 0.00
71_V 307_A 0.94 0.07 0.00
294_K 133_D 0.94 0.07 0.00
307_F 42_M 0.94 0.07 0.00
237_S 177_F 0.94 0.07 0.00
284_L 240_L 0.94 0.07 0.00
316_E 81_R 0.94 0.07 0.00
356_E 128_L 0.94 0.07 0.00
187_P 87_L 0.94 0.07 0.00
198_L 206_V 0.94 0.07 0.00
144_L 177_F 0.93 0.07 0.00
232_L 252_G 0.93 0.07 0.00
301_D 286_F 0.93 0.07 0.00
39_T 262_F 0.93 0.07 0.00
45_G 124_F 0.93 0.07 0.00
83_G 124_F 0.93 0.07 0.00
263_P 124_F 0.93 0.07 0.00
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170_G 122_R 0.85 0.06 0.00
4_K 76_L 0.85 0.06 0.00
149_L 176_L 0.85 0.06 0.00
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198_L 88_P 0.85 0.06 0.00
198_L 231_G 0.85 0.06 0.00
232_L 177_F 0.85 0.06 0.00
25_D 129_E 0.85 0.06 0.00
170_G 118_E 0.85 0.06 0.00
273_L 310_C 0.85 0.06 0.00
73_L 273_E 0.85 0.06 0.00
299_W 47_G 0.85 0.06 0.00
352_G 47_G 0.85 0.06 0.00
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242_E 37_D 0.85 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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