May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
A-TssK versus B-TssG
Genes: A B A+B
Length: 445 366 758
Sequences: 807 856 685
Seq/Len: 1.81 2.34 0.9
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.03
5 0.00 0.00 0.24
10 0.00 0.00 0.62
20 0.00 0.00 0.84
100 0.02 0.02 0.86
∞ 0.11 0.11 0.87
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
14_L 240_P 1.92 0.93 0.56
67_R 75_V 1.73 0.87 0.41
397_I 192_R 1.53 0.76 0.26
153_R 222_L 1.34 0.61 0.15
102_A 268_W 1.33 0.61 0.15
435_V 154_T 1.27 0.55 0.12
306_L 160_G 1.20 0.48 0.09
434_D 298_V 1.17 0.46 0.09
49_F 294_L 1.15 0.45 0.08
397_I 31_F 1.15 0.44 0.08
254_L 202_T 1.13 0.42 0.07
237_F 269_L 1.12 0.42 0.07
290_Y 137_W 1.11 0.41 0.07
58_R 253_V 1.10 0.40 0.07
238_W 34_L 1.09 0.40 0.07
42_W 254_L 1.09 0.39 0.06
46_A 56_V 1.09 0.39 0.06
46_A 212_V 1.08 0.38 0.06
201_L 158_L 1.07 0.37 0.06
208_L 106_S 1.06 0.37 0.06
72_T 250_N 1.06 0.36 0.06
147_R 135_R 1.05 0.36 0.06
321_I 29_Y 1.05 0.36 0.06
204_L 307_R 1.05 0.36 0.06
406_F 255_L 1.05 0.36 0.05
99_I 200_L 1.05 0.36 0.05
13_F 265_V 1.04 0.35 0.05
337_A 134_Y 1.04 0.35 0.05
248_P 186_L 1.04 0.35 0.05
168_T 211_R 1.04 0.35 0.05
5_R 281_L 1.03 0.34 0.05
273_G 304_P 1.03 0.34 0.05
61_A 225_P 1.02 0.34 0.05
113_L 72_K 1.02 0.34 0.05
14_L 271_G 1.02 0.34 0.05
74_I 228_M 1.02 0.34 0.05
231_V 201_V 1.02 0.33 0.05
310_L 254_L 1.02 0.33 0.05
248_P 176_P 1.02 0.33 0.05
291_H 74_A 1.01 0.32 0.05
189_L 255_L 1.00 0.32 0.04
313_S 60_P 0.99 0.31 0.04
309_L 70_E 0.99 0.31 0.04
268_L 28_F 0.99 0.31 0.04
145_V 176_P 0.98 0.31 0.04
58_R 34_L 0.98 0.30 0.04
290_Y 67_P 0.98 0.30 0.04
295_P 264_E 0.98 0.30 0.04
265_Y 28_F 0.98 0.30 0.04
292_H 67_P 0.98 0.30 0.04
46_A 184_L 0.98 0.30 0.04
435_V 106_S 0.97 0.29 0.04
204_L 267_G 0.97 0.29 0.04
204_L 235_S 0.97 0.29 0.04
442_V 326_R 0.97 0.29 0.04
292_H 137_W 0.97 0.29 0.04
102_A 272_G 0.97 0.29 0.04
5_R 218_R 0.96 0.29 0.04
74_I 324_V 0.96 0.29 0.04
114_D 125_F 0.96 0.29 0.04
243_L 272_G 0.96 0.28 0.04
428_T 54_E 0.96 0.28 0.04
134_E 294_L 0.95 0.28 0.04
18_Q 237_K 0.95 0.28 0.04
289_A 257_L 0.95 0.28 0.04
157_Q 211_R 0.95 0.28 0.04
322_E 309_S 0.95 0.28 0.04
302_L 75_V 0.95 0.28 0.04
418_M 294_L 0.94 0.28 0.04
397_I 215_H 0.94 0.27 0.04
401_L 126_S 0.94 0.27 0.04
349_V 186_L 0.94 0.27 0.04
170_L 127_H 0.94 0.27 0.04
342_G 268_W 0.94 0.27 0.04
246_A 242_M 0.94 0.27 0.04
273_G 217_R 0.94 0.27 0.03
385_V 253_V 0.94 0.27 0.03
254_L 223_K 0.94 0.27 0.03
397_I 293_R 0.94 0.27 0.03
12_A 158_L 0.94 0.27 0.03
291_H 86_V 0.94 0.27 0.03
436_K 227_T 0.93 0.27 0.03
385_V 124_I 0.93 0.27 0.03
99_I 69_S 0.93 0.27 0.03
165_C 293_R 0.93 0.26 0.03
1_M 184_L 0.93 0.26 0.03
61_A 25_Y 0.92 0.26 0.03
74_I 31_F 0.92 0.26 0.03
437_L 299_E 0.92 0.26 0.03
370_S 275_Y 0.92 0.26 0.03
281_E 309_S 0.92 0.26 0.03
357_E 255_L 0.92 0.26 0.03
59_L 38_S 0.92 0.26 0.03
201_L 202_T 0.92 0.26 0.03
265_Y 91_M 0.92 0.26 0.03
187_P 98_S 0.92 0.26 0.03
263_L 86_V 0.92 0.26 0.03
385_V 48_G 0.92 0.26 0.03
248_P 91_M 0.92 0.26 0.03
319_V 35_L 0.92 0.26 0.03
99_I 264_E 0.91 0.25 0.03
243_L 74_A 0.91 0.25 0.03
50_D 254_L 0.91 0.25 0.03
426_F 217_R 0.91 0.25 0.03
242_A 110_Q 0.91 0.25 0.03
168_T 259_T 0.91 0.25 0.03
278_F 127_H 0.91 0.25 0.03
166_P 208_T 0.91 0.25 0.03
388_R 322_T 0.91 0.25 0.03
259_R 22_Q 0.90 0.25 0.03
387_I 224_T 0.90 0.24 0.03
273_G 163_R 0.90 0.24 0.03
136_A 70_E 0.90 0.24 0.03
147_R 188_L 0.90 0.24 0.03
195_P 209_Q 0.90 0.24 0.03
299_F 320_G 0.89 0.24 0.03
77_E 230_V 0.89 0.24 0.03
48_E 257_L 0.89 0.24 0.03
152_L 271_G 0.89 0.24 0.03
266_R 99_P 0.89 0.24 0.03
187_P 259_T 0.89 0.24 0.03
59_L 222_L 0.89 0.24 0.03
167_V 26_I 0.89 0.24 0.03
369_G 84_P 0.89 0.23 0.03
147_R 229_R 0.89 0.23 0.03
142_E 198_T 0.89 0.23 0.03
78_R 275_Y 0.88 0.23 0.03
42_W 324_V 0.88 0.23 0.03
426_F 143_P 0.88 0.23 0.03
62_T 255_L 0.88 0.23 0.03
210_A 91_M 0.88 0.23 0.03
149_N 74_A 0.88 0.23 0.03
193_A 224_T 0.88 0.23 0.03
59_L 73_D 0.88 0.23 0.03
334_L 260_Q 0.87 0.23 0.03
271_L 190_P 0.87 0.23 0.03
126_K 73_D 0.87 0.23 0.03
169_R 160_G 0.87 0.23 0.03
183_R 322_T 0.87 0.23 0.03
93_D 124_I 0.87 0.23 0.03
44_V 138_R 0.87 0.23 0.03
308_R 65_G 0.87 0.22 0.03
334_L 26_I 0.87 0.22 0.03
432_L 260_Q 0.87 0.22 0.03
375_S 58_F 0.86 0.22 0.03
272_A 287_G 0.86 0.22 0.03
260_H 269_L 0.86 0.22 0.03
333_A 35_L 0.86 0.22 0.03
304_S 212_V 0.86 0.22 0.03
77_E 231_H 0.86 0.22 0.03
424_C 32_C 0.86 0.22 0.03
337_A 264_E 0.86 0.22 0.02
37_G 318_Q 0.86 0.22 0.02
77_E 28_F 0.86 0.22 0.02
14_L 104_Y 0.86 0.22 0.02
103_L 21_K 0.86 0.22 0.02
109_N 37_Q 0.86 0.22 0.02
290_Y 64_M 0.86 0.22 0.02
324_K 201_V 0.85 0.22 0.02
248_P 182_A 0.85 0.22 0.02
157_Q 218_R 0.85 0.21 0.02
402_E 112_R 0.85 0.21 0.02
88_L 67_P 0.85 0.21 0.02
48_E 71_I 0.85 0.21 0.02
73_L 106_S 0.85 0.21 0.02
31_D 156_Q 0.85 0.21 0.02
214_R 286_L 0.85 0.21 0.02
384_G 243_G 0.85 0.21 0.02
377_V 290_L 0.84 0.21 0.02
408_L 239_R 0.84 0.21 0.02
125_W 128_R 0.84 0.21 0.02
444_R 200_L 0.84 0.21 0.02
408_L 276_S 0.84 0.21 0.02
77_E 105_I 0.84 0.21 0.02
48_E 255_L 0.84 0.21 0.02
143_V 51_A 0.84 0.21 0.02
43_G 243_G 0.84 0.20 0.02
278_F 108_I 0.84 0.20 0.02
22_Q 182_A 0.83 0.20 0.02
412_T 127_H 0.83 0.20 0.02
400_R 252_Q 0.83 0.20 0.02
123_R 268_W 0.83 0.20 0.02
209_Q 130_I 0.83 0.20 0.02
27_V 257_L 0.83 0.20 0.02
14_L 247_T 0.83 0.20 0.02
302_L 303_L 0.83 0.20 0.02
403_N 141_S 0.83 0.20 0.02
239_L 137_W 0.83 0.20 0.02
412_T 178_S 0.83 0.20 0.02
242_A 97_T 0.83 0.20 0.02
261_P 100_L 0.83 0.20 0.02
160_A 210_A 0.82 0.20 0.02
170_L 157_Y 0.82 0.20 0.02
404_Q 144_A 0.82 0.20 0.02
295_P 186_L 0.82 0.20 0.02
162_W 147_E 0.82 0.20 0.02
12_A 244_D 0.82 0.20 0.02
246_A 290_L 0.82 0.20 0.02
380_V 205_A 0.82 0.20 0.02
39_A 301_S 0.82 0.20 0.02
439_L 175_T 0.82 0.20 0.02
23_A 201_V 0.82 0.19 0.02
67_R 238_S 0.82 0.19 0.02
384_G 123_D 0.82 0.19 0.02
46_A 21_K 0.81 0.19 0.02
67_R 191_G 0.81 0.19 0.02
253_L 181_L 0.81 0.19 0.02
426_F 138_R 0.81 0.19 0.02
400_R 140_Y 0.81 0.19 0.02
16_P 115_H 0.81 0.19 0.02
323_L 140_Y 0.81 0.19 0.02
163_L 56_V 0.81 0.19 0.02
153_R 318_Q 0.81 0.19 0.02
384_G 128_R 0.81 0.19 0.02
99_I 96_V 0.81 0.19 0.02
9_E 219_R 0.81 0.19 0.02
326_K 56_V 0.81 0.19 0.02
358_L 17_T 0.81 0.19 0.02
113_L 129_L 0.81 0.19 0.02
400_R 139_K 0.81 0.19 0.02
169_R 208_T 0.80 0.19 0.02
76_T 303_L 0.80 0.19 0.02
324_K 117_A 0.80 0.18 0.02
148_H 20_R 0.80 0.18 0.02
238_W 286_L 0.80 0.18 0.02
36_M 144_A 0.80 0.18 0.02
197_L 269_L 0.80 0.18 0.02
332_G 286_L 0.80 0.18 0.02
57_S 240_P 0.80 0.18 0.02
187_P 94_Y 0.80 0.18 0.02
295_P 93_L 0.80 0.18 0.02
59_L 268_W 0.80 0.18 0.02
183_R 212_V 0.80 0.18 0.02
131_N 318_Q 0.80 0.18 0.02
280_L 29_Y 0.80 0.18 0.02
279_S 269_L 0.80 0.18 0.02
100_V 31_F 0.80 0.18 0.02
5_R 321_R 0.80 0.18 0.02
345_F 292_V 0.80 0.18 0.02
382_L 129_L 0.79 0.18 0.02
89_S 21_K 0.79 0.18 0.02
37_G 263_S 0.79 0.18 0.02
366_C 131_T 0.79 0.18 0.02
203_E 288_S 0.79 0.18 0.02
271_L 199_S 0.79 0.18 0.02
194_S 223_K 0.79 0.18 0.02
210_A 250_N 0.79 0.18 0.02
413_D 221_P 0.79 0.18 0.02
6_P 34_L 0.79 0.18 0.02
414_A 222_L 0.79 0.18 0.02
319_V 247_T 0.79 0.18 0.02
143_V 244_D 0.79 0.18 0.02
412_T 58_F 0.79 0.18 0.02
335_H 126_S 0.79 0.18 0.02
74_I 262_G 0.79 0.18 0.02
380_V 99_P 0.79 0.18 0.02
250_L 325_M 0.79 0.18 0.02
22_Q 176_P 0.79 0.18 0.02
436_K 255_L 0.79 0.18 0.02
245_S 268_W 0.78 0.18 0.02
339_L 220_I 0.78 0.18 0.02
398_P 92_G 0.78 0.18 0.02
151_T 280_A 0.78 0.17 0.02
113_L 294_L 0.78 0.17 0.02
143_V 290_L 0.78 0.17 0.02
153_R 257_L 0.78 0.17 0.02
243_L 206_P 0.78 0.17 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.913 seconds.