May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
Mouse Trifunctional enzyme subunit beta Q99JY0 - Trifunctional enzyme subunit alpha Q8BMS1
Genes: A B A+B
Length: 475 763 1137
Sequences: 2182 1689 196
Seq/Len: 4.59 2.21 0.17
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.03 0.12
2 0.01 0.03 0.13
5 0.01 0.03 0.13
10 0.01 0.03 0.14
20 0.01 0.03 0.16
100 0.04 0.04 0.20
∞ 0.14 0.14 0.44
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
135_V 221_L 1.66 0.37 0.00
338_L 736_Y 1.62 0.35 0.00
102_I 511_I 1.51 0.29 0.00
238_S 495_I 1.43 0.26 0.00
132_A 693_I 1.41 0.25 0.00
94_I 90_L 1.41 0.25 0.00
385_G 141_I 1.39 0.24 0.00
413_P 393_T 1.36 0.23 0.00
317_S 55_N 1.34 0.22 0.00
236_A 43_Y 1.34 0.22 0.00
328_L 681_F 1.33 0.21 0.00
240_M 192_V 1.33 0.21 0.00
135_V 141_I 1.32 0.21 0.00
255_K 286_V 1.32 0.21 0.00
292_K 571_L 1.31 0.21 0.00
460_A 374_A 1.31 0.20 0.00
94_I 138_V 1.30 0.20 0.00
100_D 672_D 1.30 0.20 0.00
366_K 216_G 1.29 0.20 0.00
321_I 152_L 1.27 0.19 0.00
130_T 511_I 1.26 0.19 0.00
133_H 681_F 1.26 0.19 0.00
364_L 571_L 1.26 0.19 0.00
263_S 469_H 1.25 0.18 0.00
390_N 160_I 1.25 0.18 0.00
454_A 104_I 1.25 0.18 0.00
309_S 130_L 1.23 0.18 0.00
366_K 551_L 1.23 0.18 0.00
244_E 414_K 1.22 0.17 0.00
156_G 330_L 1.20 0.17 0.00
294_K 628_L 1.20 0.17 0.00
338_L 211_R 1.20 0.17 0.00
338_L 360_N 1.19 0.17 0.00
72_Y 50_A 1.19 0.17 0.00
438_L 365_A 1.18 0.16 0.00
309_S 169_L 1.18 0.16 0.00
425_L 456_H 1.18 0.16 0.00
67_L 124_Q 1.16 0.16 0.00
333_K 55_N 1.15 0.15 0.00
451_G 484_I 1.15 0.15 0.00
57_V 333_T 1.15 0.15 0.00
470_V 89_V 1.15 0.15 0.00
277_T 727_Q 1.15 0.15 0.00
80_L 406_K 1.15 0.15 0.00
363_V 178_I 1.15 0.15 0.00
81_A 636_F 1.14 0.15 0.00
388_L 521_T 1.14 0.15 0.00
339_R 392_T 1.13 0.15 0.00
224_M 104_I 1.12 0.14 0.00
150_V 571_L 1.12 0.14 0.00
374_I 55_N 1.12 0.14 0.00
443_A 693_I 1.12 0.14 0.00
375_D 72_F 1.10 0.14 0.00
291_A 67_E 1.10 0.14 0.00
374_I 507_Q 1.10 0.14 0.00
305_T 592_G 1.10 0.14 0.00
307_A 499_Y 1.10 0.14 0.00
413_P 85_I 1.10 0.14 0.00
132_A 562_L 1.10 0.14 0.00
413_P 410_D 1.10 0.14 0.00
102_I 52_I 1.09 0.14 0.00
369_L 389_L 1.08 0.13 0.00
159_D 441_A 1.08 0.13 0.00
173_P 685_A 1.08 0.13 0.00
460_A 536_I 1.08 0.13 0.00
247_L 220_Q 1.08 0.13 0.00
157_Q 417_L 1.07 0.13 0.00
295_P 155_A 1.07 0.13 0.00
64_P 691_E 1.07 0.13 0.00
85_L 522_T 1.07 0.13 0.00
322_M 610_R 1.07 0.13 0.00
454_A 51_V 1.07 0.13 0.00
253_A 575_T 1.07 0.13 0.00
385_G 571_L 1.07 0.13 0.00
470_V 495_I 1.07 0.13 0.00
294_K 286_V 1.06 0.13 0.00
469_I 393_T 1.06 0.13 0.00
418_F 202_L 1.05 0.13 0.00
261_H 92_S 1.05 0.13 0.00
320_L 417_L 1.05 0.13 0.00
228_A 554_M 1.05 0.12 0.00
291_A 511_I 1.05 0.12 0.00
312_L 205_R 1.05 0.12 0.00
435_G 181_G 1.04 0.12 0.00
454_A 587_L 1.04 0.12 0.00
252_L 64_L 1.04 0.12 0.00
327_A 303_K 1.04 0.12 0.00
229_D 152_L 1.04 0.12 0.00
168_L 711_P 1.04 0.12 0.00
106_T 596_A 1.04 0.12 0.00
94_I 363_Q 1.04 0.12 0.00
81_A 598_H 1.04 0.12 0.00
321_I 88_A 1.03 0.12 0.00
417_K 42_N 1.03 0.12 0.00
296_A 511_I 1.03 0.12 0.00
112_K 512_I 1.02 0.12 0.00
429_H 181_G 1.02 0.12 0.00
251_S 52_I 1.02 0.12 0.00
454_A 595_V 1.02 0.12 0.00
288_E 533_G 1.02 0.12 0.00
144_Q 593_V 1.02 0.12 0.00
469_I 495_I 1.01 0.12 0.00
324_E 434_D 1.01 0.12 0.00
99_V 198_F 1.01 0.12 0.00
397_D 318_A 1.01 0.12 0.00
324_E 694_L 1.01 0.12 0.00
159_D 490_R 1.01 0.11 0.00
162_V 705_V 1.00 0.11 0.00
328_L 70_S 1.00 0.11 0.00
225_G 503_V 1.00 0.11 0.00
320_L 167_T 1.00 0.11 0.00
417_K 427_S 1.00 0.11 0.00
334_P 511_I 1.00 0.11 0.00
235_F 252_A 1.00 0.11 0.00
94_I 430_I 0.99 0.11 0.00
338_L 329_E 0.99 0.11 0.00
287_L 511_I 0.99 0.11 0.00
121_A 403_Q 0.99 0.11 0.00
338_L 220_Q 0.99 0.11 0.00
339_R 329_E 0.99 0.11 0.00
105_G 545_F 0.99 0.11 0.00
98_V 515_D 0.99 0.11 0.00
357_T 675_Y 0.99 0.11 0.00
320_L 366_I 0.99 0.11 0.00
278_K 53_R 0.99 0.11 0.00
54_N 55_N 0.98 0.11 0.00
225_G 507_Q 0.98 0.11 0.00
236_A 305_I 0.98 0.11 0.00
304_V 306_D 0.98 0.11 0.00
87_G 467_P 0.98 0.11 0.00
415_L 571_L 0.98 0.11 0.00
146_M 325_Q 0.98 0.11 0.00
353_L 582_V 0.98 0.11 0.00
276_V 412_V 0.98 0.11 0.00
470_V 330_L 0.98 0.11 0.00
466_H 400_G 0.97 0.11 0.00
445_R 351_K 0.97 0.11 0.00
396_S 481_I 0.97 0.11 0.00
383_F 181_G 0.97 0.11 0.00
67_L 94_K 0.97 0.11 0.00
271_P 461_E 0.97 0.11 0.00
378_E 301_P 0.97 0.11 0.00
117_A 188_L 0.97 0.10 0.00
205_L 413_K 0.97 0.10 0.00
86_S 650_S 0.97 0.10 0.00
121_A 335_E 0.97 0.10 0.00
95_P 160_I 0.96 0.10 0.00
100_D 413_K 0.96 0.10 0.00
158_C 217_L 0.96 0.10 0.00
81_A 178_I 0.96 0.10 0.00
435_G 148_G 0.96 0.10 0.00
296_A 407_G 0.96 0.10 0.00
287_L 406_K 0.96 0.10 0.00
238_S 511_I 0.96 0.10 0.00
287_L 419_S 0.96 0.10 0.00
159_D 487_V 0.96 0.10 0.00
438_L 124_Q 0.96 0.10 0.00
375_D 511_I 0.96 0.10 0.00
102_I 303_K 0.96 0.10 0.00
228_A 392_T 0.96 0.10 0.00
148_T 448_V 0.96 0.10 0.00
259_E 512_I 0.95 0.10 0.00
224_M 102_A 0.95 0.10 0.00
321_I 274_T 0.95 0.10 0.00
223_T 93_S 0.95 0.10 0.00
338_L 174_V 0.95 0.10 0.00
132_A 258_A 0.95 0.10 0.00
382_A 148_G 0.95 0.10 0.00
373_D 87_S 0.95 0.10 0.00
135_V 603_L 0.95 0.10 0.00
288_E 519_K 0.94 0.10 0.00
399_F 598_H 0.94 0.10 0.00
334_P 104_I 0.94 0.10 0.00
297_F 104_I 0.94 0.10 0.00
335_K 514_T 0.94 0.10 0.00
417_K 336_S 0.94 0.10 0.00
330_M 454_V 0.94 0.10 0.00
57_V 89_V 0.94 0.10 0.00
429_H 148_G 0.94 0.10 0.00
394_M 93_S 0.93 0.10 0.00
136_T 397_L 0.93 0.10 0.00
291_A 141_I 0.93 0.10 0.00
331_G 414_K 0.93 0.10 0.00
101_Y 400_G 0.93 0.10 0.00
285_S 94_K 0.93 0.10 0.00
237_V 51_V 0.93 0.10 0.00
117_A 471_I 0.93 0.10 0.00
57_V 460_K 0.93 0.10 0.00
435_G 506_M 0.93 0.10 0.00
344_V 573_A 0.93 0.10 0.00
284_P 129_K 0.93 0.10 0.00
337_Y 608_G 0.93 0.10 0.00
64_P 681_F 0.93 0.10 0.00
435_G 173_E 0.93 0.10 0.00
317_S 560_R 0.92 0.10 0.00
144_Q 553_P 0.92 0.10 0.00
99_V 305_I 0.92 0.10 0.00
105_G 372_M 0.92 0.10 0.00
105_G 446_E 0.92 0.10 0.00
394_M 413_K 0.92 0.10 0.00
434_T 179_L 0.92 0.10 0.00
130_T 329_E 0.92 0.10 0.00
460_A 344_N 0.92 0.10 0.00
251_S 305_I 0.92 0.10 0.00
167_E 397_L 0.92 0.10 0.00
312_L 580_F 0.92 0.10 0.00
382_A 181_G 0.92 0.10 0.00
162_V 76_M 0.92 0.10 0.00
240_M 130_L 0.92 0.10 0.00
59_E 595_V 0.92 0.10 0.00
312_L 53_R 0.92 0.10 0.00
335_K 636_F 0.92 0.10 0.00
252_L 342_L 0.92 0.10 0.00
94_I 77_N 0.92 0.10 0.00
290_M 499_Y 0.92 0.10 0.00
385_G 366_I 0.92 0.10 0.00
447_R 286_V 0.92 0.10 0.00
286_S 384_G 0.92 0.10 0.00
99_V 155_A 0.91 0.09 0.00
413_P 130_L 0.91 0.09 0.00
364_L 222_V 0.91 0.09 0.00
433_A 94_K 0.91 0.09 0.00
225_G 591_V 0.91 0.09 0.00
145_A 555_M 0.91 0.09 0.00
332_Y 596_A 0.91 0.09 0.00
286_S 415_K 0.91 0.09 0.00
413_P 76_M 0.91 0.09 0.00
227_S 548_T 0.91 0.09 0.00
354_L 705_V 0.91 0.09 0.00
391_F 630_R 0.91 0.09 0.00
285_S 470_C 0.91 0.09 0.00
425_L 107_L 0.91 0.09 0.00
238_S 126_M 0.91 0.09 0.00
107_V 171_V 0.91 0.09 0.00
227_S 554_M 0.91 0.09 0.00
321_I 302_L 0.90 0.09 0.00
216_A 546_Y 0.90 0.09 0.00
297_F 591_V 0.90 0.09 0.00
117_A 157_Q 0.90 0.09 0.00
238_S 305_I 0.90 0.09 0.00
389_A 532_Q 0.90 0.09 0.00
388_L 174_V 0.90 0.09 0.00
225_G 587_L 0.90 0.09 0.00
288_E 125_R 0.90 0.09 0.00
385_G 443_M 0.90 0.09 0.00
106_T 336_S 0.90 0.09 0.00
335_K 634_K 0.90 0.09 0.00
287_L 695_A 0.90 0.09 0.00
141_S 340_M 0.90 0.09 0.00
292_K 248_A 0.90 0.09 0.00
340_D 649_N 0.90 0.09 0.00
241_E 141_I 0.89 0.09 0.00
292_K 430_I 0.89 0.09 0.00
429_H 506_M 0.89 0.09 0.00
294_K 509_L 0.89 0.09 0.00
102_I 435_Y 0.89 0.09 0.00
262_L 144_S 0.89 0.09 0.00
161_V 705_V 0.89 0.09 0.00
353_L 472_F 0.89 0.09 0.00
67_L 338_A 0.89 0.09 0.00
77_P 223_E 0.89 0.09 0.00
429_H 173_E 0.89 0.09 0.00
383_F 148_G 0.89 0.09 0.00
276_V 238_E 0.89 0.09 0.00
252_L 76_M 0.89 0.09 0.00
455_L 50_A 0.89 0.09 0.00
149_A 470_C 0.89 0.09 0.00
426_S 627_F 0.89 0.09 0.00
444_N 511_I 0.88 0.09 0.00
440_M 512_I 0.88 0.09 0.00
143_N 640_Q 0.88 0.09 0.00
237_V 400_G 0.88 0.09 0.00
373_D 155_A 0.88 0.09 0.00
89_L 155_A 0.88 0.09 0.00
100_D 325_Q 0.88 0.09 0.00
329_A 201_M 0.88 0.09 0.00
225_G 94_K 0.88 0.09 0.00
435_G 508_L 0.88 0.09 0.00
338_L 526_V 0.88 0.09 0.00
363_V 349_C 0.88 0.09 0.00
61_V 52_I 0.88 0.09 0.00
100_D 361_V 0.88 0.09 0.00
297_F 347_V 0.88 0.09 0.00
241_E 87_S 0.88 0.09 0.00
438_L 736_Y 0.88 0.09 0.00
273_K 580_F 0.88 0.09 0.00
436_C 726_A 0.88 0.09 0.00
334_P 393_T 0.87 0.09 0.00
225_G 547_T 0.87 0.09 0.00
286_S 533_G 0.87 0.09 0.00
447_R 282_V 0.87 0.09 0.00
121_A 330_L 0.87 0.09 0.00
455_L 211_R 0.87 0.09 0.00
295_P 104_I 0.87 0.09 0.00
153_I 301_P 0.87 0.09 0.00
292_K 489_K 0.87 0.09 0.00
354_L 131_E 0.87 0.09 0.00
70_T 199_D 0.87 0.09 0.00
61_V 521_T 0.87 0.09 0.00
401_Q 383_K 0.87 0.09 0.00
60_G 162_T 0.87 0.09 0.00
292_K 138_V 0.87 0.09 0.00
319_M 515_D 0.87 0.09 0.00
159_D 398_G 0.87 0.09 0.00
297_F 538_V 0.87 0.09 0.00
413_P 517_T 0.87 0.09 0.00
383_F 173_E 0.87 0.09 0.00
135_V 353_K 0.87 0.09 0.00
292_K 214_K 0.87 0.09 0.00
473_Y 471_I 0.87 0.09 0.00
266_V 336_S 0.87 0.09 0.00
338_L 328_G 0.87 0.09 0.00
90_H 427_S 0.86 0.09 0.00
357_T 574_L 0.86 0.09 0.00
157_Q 152_L 0.86 0.09 0.00
425_L 571_L 0.86 0.09 0.00
143_N 104_I 0.86 0.09 0.00
244_E 573_A 0.86 0.09 0.00
238_S 301_P 0.86 0.09 0.00
370_T 67_E 0.86 0.09 0.00
470_V 307_A 0.86 0.09 0.00
121_A 299_P 0.86 0.09 0.00
79_D 200_M 0.86 0.09 0.00
440_M 702_I 0.86 0.08 0.00
58_V 127_F 0.86 0.08 0.00
148_T 471_I 0.86 0.08 0.00
65_F 211_R 0.86 0.08 0.00
254_K 361_V 0.86 0.08 0.00
452_Q 168_V 0.86 0.08 0.00
324_E 438_F 0.86 0.08 0.00
415_L 142_S 0.86 0.08 0.00
406_R 263_G 0.86 0.08 0.00
359_A 692_G 0.86 0.08 0.00
121_A 599_V 0.86 0.08 0.00
182_K 276_P 0.86 0.08 0.00
136_T 497_M 0.86 0.08 0.00
160_V 67_E 0.86 0.08 0.00
289_Q 158_Y 0.86 0.08 0.00
296_A 201_M 0.86 0.08 0.00
253_A 517_T 0.86 0.08 0.00
133_H 746_P 0.86 0.08 0.00
410_V 561_I 0.86 0.08 0.00
189_K 170_G 0.86 0.08 0.00
67_L 600_A 0.86 0.08 0.00
149_A 161_A 0.86 0.08 0.00
246_A 697_P 0.86 0.08 0.00
416_E 643_S 0.86 0.08 0.00
122_L 551_L 0.86 0.08 0.00
262_L 192_V 0.86 0.08 0.00
275_T 365_A 0.86 0.08 0.00
200_L 687_L 0.86 0.08 0.00
461_A 154_I 0.85 0.08 0.00
383_F 506_M 0.85 0.08 0.00
413_P 416_A 0.85 0.08 0.00
418_F 338_A 0.85 0.08 0.00
360_T 571_L 0.85 0.08 0.00
392_K 87_S 0.85 0.08 0.00
322_M 68_V 0.85 0.08 0.00
117_A 681_F 0.85 0.08 0.00
157_Q 126_M 0.85 0.08 0.00
148_T 521_T 0.85 0.08 0.00
297_F 636_F 0.85 0.08 0.00
370_T 622_M 0.85 0.08 0.00
305_T 548_T 0.85 0.08 0.00
454_A 573_A 0.85 0.08 0.00
240_M 429_L 0.85 0.08 0.00
71_S 441_A 0.85 0.08 0.00
224_M 548_T 0.85 0.08 0.00
326_R 556_S 0.85 0.08 0.00
312_L 514_T 0.85 0.08 0.00
224_M 572_D 0.85 0.08 0.00
306_A 506_M 0.85 0.08 0.00
235_F 718_F 0.85 0.08 0.00
465_G 333_T 0.85 0.08 0.00
376_A 444_V 0.84 0.08 0.00
244_E 705_V 0.84 0.08 0.00
171_D 690_Q 0.84 0.08 0.00
227_S 343_Y 0.84 0.08 0.00
435_G 176_L 0.84 0.08 0.00
238_S 74_E 0.84 0.08 0.00
106_T 595_V 0.84 0.08 0.00
237_V 284_K 0.84 0.08 0.00
148_T 64_L 0.84 0.08 0.00
175_R 546_Y 0.84 0.08 0.00
241_E 607_F 0.84 0.08 0.00
365_E 48_D 0.84 0.08 0.00
77_P 533_G 0.84 0.08 0.00
325_D 77_N 0.84 0.08 0.00
388_L 77_N 0.84 0.08 0.00
321_I 282_V 0.84 0.08 0.00
357_T 693_I 0.84 0.08 0.00
429_H 508_L 0.84 0.08 0.00
95_P 314_Q 0.84 0.08 0.00
258_D 675_Y 0.84 0.08 0.00
224_M 592_G 0.84 0.08 0.00
54_N 694_L 0.84 0.08 0.00
286_S 525_A 0.84 0.08 0.00
241_E 644_K 0.84 0.08 0.00
350_D 72_F 0.84 0.08 0.00
103_I 593_V 0.83 0.08 0.00
325_D 200_M 0.83 0.08 0.00
245_Y 344_N 0.83 0.08 0.00
54_N 130_L 0.83 0.08 0.00
58_V 591_V 0.83 0.08 0.00
440_M 68_V 0.83 0.08 0.00
236_A 194_V 0.83 0.08 0.00
366_K 674_Q 0.83 0.08 0.00
82_R 221_L 0.83 0.08 0.00
184_M 155_A 0.83 0.08 0.00
315_G 376_I 0.83 0.08 0.00
324_E 109_S 0.83 0.08 0.00
172_V 307_A 0.83 0.08 0.00
449_D 57_P 0.83 0.08 0.00
470_V 542_G 0.83 0.08 0.00
92_T 336_S 0.83 0.08 0.00
454_A 441_A 0.83 0.08 0.00
416_E 512_I 0.83 0.08 0.00
340_D 588_A 0.83 0.08 0.00
253_A 541_D 0.83 0.08 0.00
296_A 587_L 0.83 0.08 0.00
329_A 308_V 0.83 0.08 0.00
258_D 53_R 0.83 0.08 0.00
107_V 741_G 0.83 0.08 0.00
254_K 130_L 0.83 0.08 0.00
292_K 406_K 0.83 0.08 0.00
457_A 410_D 0.83 0.08 0.00
442_A 138_V 0.83 0.08 0.00
438_L 104_I 0.83 0.08 0.00
399_F 41_I 0.83 0.08 0.00
166_V 243_V 0.83 0.08 0.00
240_M 737_E 0.83 0.08 0.00
293_L 343_Y 0.83 0.08 0.00
310_S 304_I 0.83 0.08 0.00
329_A 290_V 0.83 0.08 0.00
57_V 509_L 0.83 0.08 0.00
444_N 141_I 0.83 0.08 0.00
235_F 693_I 0.83 0.08 0.00
327_A 366_I 0.83 0.08 0.00
323_S 301_P 0.82 0.08 0.00
374_I 63_T 0.82 0.08 0.00
338_L 416_A 0.82 0.08 0.00
196_R 318_A 0.82 0.08 0.00
403_Y 595_V 0.82 0.08 0.00
317_S 400_G 0.82 0.08 0.00
445_R 55_N 0.82 0.08 0.00
325_D 168_V 0.82 0.08 0.00
436_C 574_L 0.82 0.08 0.00
89_L 330_L 0.82 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.1519 seconds.