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OPENSEQ.org
TssLvs-TssM
Genes: A B A+B
Length: 217 400 591
Sequences: 830 232 150
Seq/Len: 3.82 0.58 0.25
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.01 0.00 0.01
5 0.01 0.00 0.02
10 0.02 0.00 0.14
20 0.04 0.00 0.24
100 0.06 0.02 0.25
∞ 0.14 0.08 0.27
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
36_Y 398_A 1.77 0.54 0.00
35_L 327_H 1.65 0.46 0.00
94_Q 255_L 1.63 0.45 0.00
38_R 362_L 1.62 0.44 0.00
126_T 117_K 1.61 0.44 0.00
125_L 111_G 1.52 0.38 0.00
157_A 211_E 1.49 0.37 0.00
76_L 220_Y 1.47 0.35 0.00
140_Y 369_L 1.44 0.34 0.00
35_L 123_I 1.42 0.32 0.00
110_R 172_R 1.41 0.32 0.00
210_V 284_E 1.39 0.31 0.00
117_L 206_V 1.33 0.28 0.00
159_V 222_W 1.33 0.28 0.00
120_P 171_L 1.33 0.27 0.00
127_C 200_D 1.32 0.27 0.00
18_L 266_G 1.32 0.27 0.00
115_L 286_F 1.31 0.27 0.00
193_V 375_T 1.30 0.26 0.00
124_V 153_G 1.29 0.26 0.00
103_A 380_S 1.26 0.24 0.00
50_L 135_P 1.26 0.24 0.00
48_E 316_P 1.25 0.24 0.00
136_F 175_P 1.25 0.23 0.00
204_S 292_A 1.24 0.23 0.00
36_Y 214_G 1.23 0.23 0.00
119_A 260_P 1.22 0.22 0.00
97_F 278_F 1.21 0.22 0.00
84_G 398_A 1.21 0.22 0.00
74_S 370_M 1.20 0.21 0.00
209_Q 326_R 1.20 0.21 0.00
132_L 241_L 1.19 0.21 0.00
151_V 206_V 1.19 0.21 0.00
68_C 135_P 1.19 0.21 0.00
107_L 117_K 1.18 0.21 0.00
74_S 247_S 1.16 0.20 0.00
130_R 154_G 1.15 0.20 0.00
65_Y 372_A 1.15 0.19 0.00
160_P 229_D 1.14 0.19 0.00
109_E 234_I 1.14 0.19 0.00
130_R 280_L 1.14 0.19 0.00
148_R 150_L 1.13 0.18 0.00
119_A 255_L 1.12 0.18 0.00
195_L 318_T 1.12 0.18 0.00
148_R 142_W 1.12 0.18 0.00
25_S 134_T 1.11 0.18 0.00
18_L 335_W 1.11 0.18 0.00
109_E 182_V 1.11 0.18 0.00
185_W 356_H 1.11 0.18 0.00
78_R 158_Q 1.11 0.18 0.00
128_L 202_V 1.10 0.17 0.00
112_R 243_P 1.10 0.17 0.00
193_V 273_A 1.09 0.17 0.00
42_L 215_W 1.09 0.17 0.00
65_Y 175_P 1.08 0.17 0.00
35_L 239_G 1.08 0.17 0.00
62_I 178_G 1.07 0.16 0.00
109_E 250_K 1.06 0.16 0.00
72_D 218_P 1.06 0.16 0.00
73_E 218_P 1.06 0.16 0.00
88_W 218_P 1.06 0.16 0.00
104_G 218_P 1.06 0.16 0.00
135_G 218_P 1.06 0.16 0.00
138_G 218_P 1.06 0.16 0.00
70_L 282_L 1.06 0.16 0.00
72_D 311_G 1.06 0.16 0.00
73_E 311_G 1.06 0.16 0.00
88_W 311_G 1.06 0.16 0.00
104_G 311_G 1.06 0.16 0.00
135_G 311_G 1.06 0.16 0.00
138_G 311_G 1.06 0.16 0.00
130_R 279_L 1.06 0.16 0.00
99_G 388_V 1.05 0.16 0.00
70_L 335_W 1.05 0.16 0.00
155_L 215_W 1.05 0.16 0.00
72_D 125_G 1.05 0.15 0.00
73_E 125_G 1.05 0.15 0.00
88_W 125_G 1.05 0.15 0.00
104_G 125_G 1.05 0.15 0.00
135_G 125_G 1.05 0.15 0.00
138_G 125_G 1.05 0.15 0.00
191_G 29_T 1.04 0.15 0.00
17_W 144_E 1.04 0.15 0.00
148_R 335_W 1.04 0.15 0.00
55_F 130_V 1.04 0.15 0.00
128_L 176_A 1.04 0.15 0.00
44_K 230_E 1.04 0.15 0.00
20_V 135_P 1.03 0.15 0.00
210_V 336_E 1.03 0.15 0.00
109_E 220_Y 1.03 0.15 0.00
162_F 236_Q 1.03 0.15 0.00
107_L 286_F 1.02 0.15 0.00
193_V 100_Q 1.02 0.15 0.00
70_L 215_W 1.02 0.15 0.00
211_A 380_S 1.02 0.15 0.00
17_W 182_V 1.02 0.15 0.00
14_Y 316_P 1.01 0.14 0.00
18_L 122_L 1.01 0.14 0.00
159_V 315_S 1.01 0.14 0.00
97_F 236_Q 1.01 0.14 0.00
9_A 248_S 1.01 0.14 0.00
193_V 18_F 1.01 0.14 0.00
149_E 371_M 1.01 0.14 0.00
49_E 216_R 1.00 0.14 0.00
198_L 243_P 0.99 0.14 0.00
118_P 362_L 0.99 0.14 0.00
70_L 355_G 0.99 0.14 0.00
122_V 27_L 0.99 0.14 0.00
23_L 150_L 0.99 0.14 0.00
36_Y 143_Q 0.99 0.14 0.00
94_Q 180_V 0.99 0.14 0.00
125_L 220_Y 0.99 0.14 0.00
35_L 312_I 0.99 0.14 0.00
131_T 187_S 0.98 0.14 0.00
24_R 297_L 0.98 0.14 0.00
193_V 90_A 0.98 0.13 0.00
17_W 315_S 0.98 0.13 0.00
72_D 384_N 0.98 0.13 0.00
73_E 384_N 0.98 0.13 0.00
88_W 384_N 0.98 0.13 0.00
104_G 384_N 0.98 0.13 0.00
135_G 384_N 0.98 0.13 0.00
138_G 384_N 0.98 0.13 0.00
107_L 142_W 0.97 0.13 0.00
75_V 331_M 0.97 0.13 0.00
159_V 374_G 0.97 0.13 0.00
190_A 395_I 0.97 0.13 0.00
157_A 283_A 0.97 0.13 0.00
115_L 142_W 0.97 0.13 0.00
196_A 247_S 0.97 0.13 0.00
97_F 317_A 0.96 0.13 0.00
45_Q 107_R 0.96 0.13 0.00
18_L 137_L 0.96 0.13 0.00
66_A 335_W 0.96 0.13 0.00
13_F 116_R 0.96 0.13 0.00
24_R 327_H 0.96 0.13 0.00
50_L 239_G 0.96 0.13 0.00
69_A 380_S 0.96 0.13 0.00
159_V 178_G 0.96 0.13 0.00
68_C 175_P 0.96 0.13 0.00
13_F 245_E 0.96 0.13 0.00
126_T 385_R 0.96 0.13 0.00
18_L 355_G 0.95 0.13 0.00
139_Q 149_L 0.95 0.13 0.00
167_D 348_R 0.95 0.13 0.00
13_F 265_Q 0.95 0.13 0.00
93_L 135_P 0.95 0.13 0.00
98_F 385_R 0.95 0.13 0.00
194_T 366_A 0.95 0.13 0.00
177_Y 264_A 0.95 0.12 0.00
126_T 243_P 0.95 0.12 0.00
19_M 316_P 0.95 0.12 0.00
111_I 306_Q 0.95 0.12 0.00
19_M 318_T 0.94 0.12 0.00
43_V 232_G 0.94 0.12 0.00
69_A 286_F 0.94 0.12 0.00
76_L 240_C 0.94 0.12 0.00
114_Q 204_R 0.94 0.12 0.00
46_A 120_I 0.94 0.12 0.00
105_E 214_G 0.94 0.12 0.00
105_E 163_D 0.94 0.12 0.00
100_T 200_D 0.94 0.12 0.00
196_A 248_S 0.93 0.12 0.00
89_Q 391_V 0.93 0.12 0.00
117_L 352_S 0.93 0.12 0.00
110_R 175_P 0.93 0.12 0.00
68_C 335_W 0.93 0.12 0.00
75_V 214_G 0.93 0.12 0.00
92_P 177_D 0.93 0.12 0.00
117_L 373_Q 0.93 0.12 0.00
12_I 221_V 0.93 0.12 0.00
24_R 315_S 0.93 0.12 0.00
125_L 241_L 0.93 0.12 0.00
121_D 254_Q 0.93 0.12 0.00
36_Y 300_L 0.93 0.12 0.00
170_V 249_D 0.93 0.12 0.00
109_E 199_L 0.93 0.12 0.00
155_L 135_P 0.93 0.12 0.00
209_Q 54_V 0.93 0.12 0.00
191_G 324_S 0.93 0.12 0.00
97_F 145_E 0.93 0.12 0.00
130_R 117_K 0.92 0.12 0.00
50_L 335_W 0.92 0.12 0.00
38_R 159_P 0.92 0.12 0.00
112_R 181_W 0.92 0.12 0.00
17_W 260_P 0.92 0.12 0.00
50_L 137_L 0.92 0.12 0.00
57_Q 375_T 0.92 0.12 0.00
131_T 161_N 0.92 0.12 0.00
193_V 247_S 0.92 0.12 0.00
69_A 142_W 0.92 0.12 0.00
17_W 222_W 0.92 0.12 0.00
134_L 154_G 0.91 0.12 0.00
75_V 208_S 0.91 0.12 0.00
193_V 17_V 0.91 0.12 0.00
131_T 109_Q 0.91 0.11 0.00
130_R 276_Y 0.91 0.11 0.00
39_A 122_L 0.91 0.11 0.00
120_P 373_Q 0.91 0.11 0.00
42_L 333_N 0.91 0.11 0.00
180_G 170_R 0.91 0.11 0.00
107_L 153_G 0.91 0.11 0.00
97_F 154_G 0.91 0.11 0.00
215_G 105_T 0.90 0.11 0.00
130_R 142_W 0.90 0.11 0.00
127_C 119_R 0.90 0.11 0.00
194_T 90_A 0.90 0.11 0.00
133_Q 176_A 0.90 0.11 0.00
72_D 213_L 0.90 0.11 0.00
73_E 213_L 0.90 0.11 0.00
88_W 213_L 0.90 0.11 0.00
104_G 213_L 0.90 0.11 0.00
135_G 213_L 0.90 0.11 0.00
138_G 213_L 0.90 0.11 0.00
160_P 268_Q 0.90 0.11 0.00
43_V 372_A 0.90 0.11 0.00
109_E 151_L 0.90 0.11 0.00
102_N 126_T 0.90 0.11 0.00
155_L 266_G 0.90 0.11 0.00
130_R 278_F 0.90 0.11 0.00
183_M 217_L 0.89 0.11 0.00
93_L 311_G 0.89 0.11 0.00
124_V 222_W 0.89 0.11 0.00
182_T 286_F 0.89 0.11 0.00
93_L 218_P 0.89 0.11 0.00
147_R 370_M 0.89 0.11 0.00
70_L 137_L 0.89 0.11 0.00
130_R 222_W 0.89 0.11 0.00
93_L 125_G 0.89 0.11 0.00
148_R 137_L 0.88 0.11 0.00
76_L 151_L 0.88 0.11 0.00
23_L 175_P 0.88 0.11 0.00
71_L 49_L 0.88 0.11 0.00
199_W 195_T 0.88 0.11 0.00
200_C 395_I 0.88 0.11 0.00
58_K 190_L 0.88 0.11 0.00
53_A 264_A 0.88 0.11 0.00
133_Q 141_F 0.88 0.11 0.00
211_A 206_V 0.88 0.11 0.00
214_T 395_I 0.88 0.11 0.00
79_E 369_L 0.88 0.11 0.00
207_A 363_A 0.88 0.11 0.00
202_L 277_Y 0.88 0.11 0.00
95_A 222_W 0.87 0.11 0.00
33_K 101_D 0.87 0.10 0.00
60_S 124_T 0.87 0.10 0.00
140_Y 71_T 0.87 0.10 0.00
136_F 335_W 0.87 0.10 0.00
134_L 142_W 0.87 0.10 0.00
142_S 179_I 0.87 0.10 0.00
109_E 134_T 0.87 0.10 0.00
112_R 153_G 0.87 0.10 0.00
33_K 312_I 0.87 0.10 0.00
177_Y 139_E 0.87 0.10 0.00
197_G 386_S 0.87 0.10 0.00
209_Q 286_F 0.87 0.10 0.00
12_I 119_R 0.87 0.10 0.00
110_R 150_L 0.86 0.10 0.00
197_G 332_D 0.86 0.10 0.00
94_Q 374_G 0.86 0.10 0.00
108_W 199_L 0.86 0.10 0.00
66_A 311_G 0.86 0.10 0.00
159_V 144_E 0.86 0.10 0.00
96_H 214_G 0.86 0.10 0.00
196_A 312_I 0.86 0.10 0.00
153_R 99_V 0.86 0.10 0.00
39_A 342_V 0.86 0.10 0.00
70_L 175_P 0.86 0.10 0.00
112_R 278_F 0.86 0.10 0.00
159_V 242_L 0.86 0.10 0.00
74_S 126_T 0.86 0.10 0.00
151_V 353_R 0.86 0.10 0.00
68_C 177_D 0.86 0.10 0.00
182_T 118_I 0.86 0.10 0.00
175_P 184_S 0.86 0.10 0.00
49_E 368_I 0.85 0.10 0.00
69_A 374_G 0.85 0.10 0.00
191_G 179_I 0.85 0.10 0.00
150_D 339_P 0.85 0.10 0.00
63_M 222_W 0.85 0.10 0.00
124_V 144_E 0.85 0.10 0.00
179_A 244_A 0.85 0.10 0.00
110_R 200_D 0.85 0.10 0.00
39_A 114_W 0.85 0.10 0.00
163_T 347_V 0.85 0.10 0.00
136_F 177_D 0.85 0.10 0.00
110_R 168_L 0.85 0.10 0.00
199_W 222_W 0.85 0.10 0.00
43_V 378_V 0.85 0.10 0.00
176_G 348_R 0.85 0.10 0.00
81_T 129_E 0.85 0.10 0.00
152_I 382_L 0.85 0.10 0.00
148_R 373_Q 0.85 0.10 0.00
84_G 143_Q 0.85 0.10 0.00
109_E 257_A 0.85 0.10 0.00
175_P 391_V 0.85 0.10 0.00
100_T 367_A 0.85 0.10 0.00
50_L 125_G 0.85 0.10 0.00
172_V 214_G 0.84 0.10 0.00
184_Y 117_K 0.84 0.10 0.00
136_F 314_F 0.84 0.10 0.00
118_P 309_L 0.84 0.10 0.00
169_P 169_R 0.84 0.10 0.00
170_V 383_A 0.84 0.10 0.00
132_L 255_L 0.84 0.10 0.00
15_P 326_R 0.84 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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