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OPENSEQ.org
TssM-vsTssL
Genes: A B A+B
Length: 729 217 877
Sequences: 795 830 663
Seq/Len: 1.09 3.82 0.76
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.82
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.44
2 0.00 0.01 0.45
5 0.00 0.01 0.54
10 0.00 0.02 0.63
20 0.02 0.04 0.70
100 0.04 0.06 0.72
∞ 0.13 0.14 0.72
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
691_L 130_R 1.82 0.87 0.18
479_W 76_L 1.71 0.82 0.14
197_M 73_E 1.66 0.80 0.12
107_H 73_E 1.64 0.79 0.12
239_I 202_L 1.47 0.67 0.07
93_Y 58_K 1.43 0.64 0.06
248_W 65_Y 1.43 0.63 0.06
520_I 108_W 1.40 0.61 0.06
43_D 207_A 1.38 0.59 0.05
605_N 103_A 1.37 0.58 0.05
304_L 111_I 1.36 0.58 0.05
483_V 190_A 1.32 0.55 0.04
231_V 92_P 1.31 0.54 0.04
206_T 20_V 1.31 0.53 0.04
278_F 139_Q 1.29 0.52 0.04
220_G 125_L 1.29 0.52 0.04
31_P 188_W 1.26 0.50 0.04
395_V 178_R 1.25 0.48 0.04
219_P 204_S 1.23 0.46 0.03
105_P 71_L 1.22 0.46 0.03
630_S 148_R 1.22 0.46 0.03
570_F 185_W 1.22 0.46 0.03
322_L 75_V 1.22 0.46 0.03
698_N 41_Q 1.22 0.46 0.03
52_Y 125_L 1.21 0.45 0.03
273_R 75_V 1.21 0.45 0.03
178_S 184_Y 1.20 0.45 0.03
221_M 35_L 1.20 0.44 0.03
278_F 103_A 1.20 0.44 0.03
319_M 182_T 1.20 0.44 0.03
615_W 136_F 1.19 0.43 0.03
240_N 108_W 1.19 0.43 0.03
678_L 149_E 1.18 0.43 0.03
37_G 24_R 1.18 0.42 0.03
626_L 19_M 1.17 0.41 0.03
293_K 24_R 1.13 0.39 0.02
162_V 175_P 1.13 0.39 0.02
221_M 43_V 1.13 0.38 0.02
126_G 155_L 1.13 0.38 0.02
376_M 155_L 1.11 0.37 0.02
220_G 148_R 1.11 0.37 0.02
104_Q 73_E 1.11 0.36 0.02
402_L 35_L 1.10 0.36 0.02
282_W 72_D 1.10 0.36 0.02
289_L 97_F 1.09 0.35 0.02
646_G 95_A 1.09 0.35 0.02
627_S 53_A 1.09 0.35 0.02
518_G 72_D 1.09 0.35 0.02
575_A 131_T 1.09 0.35 0.02
286_L 75_V 1.08 0.34 0.02
218_V 205_V 1.08 0.34 0.02
542_D 59_S 1.08 0.34 0.02
606_Q 68_C 1.08 0.34 0.02
66_A 197_G 1.07 0.34 0.02
616_P 136_F 1.07 0.34 0.02
222_F 194_T 1.07 0.34 0.02
56_A 94_Q 1.07 0.34 0.02
605_N 98_F 1.07 0.33 0.02
37_G 131_T 1.06 0.33 0.02
581_L 39_A 1.06 0.33 0.02
575_A 185_W 1.06 0.33 0.02
654_A 191_G 1.05 0.32 0.02
29_G 33_K 1.05 0.32 0.02
639_A 188_W 1.05 0.32 0.02
57_H 38_R 1.04 0.31 0.02
675_G 56_S 1.04 0.31 0.02
563_S 182_T 1.04 0.31 0.02
43_D 210_V 1.03 0.31 0.02
399_R 15_P 1.03 0.31 0.02
500_V 126_T 1.03 0.31 0.02
63_A 66_A 1.02 0.30 0.02
579_F 75_V 1.02 0.30 0.02
325_Q 148_R 1.02 0.30 0.02
592_T 73_E 1.02 0.30 0.02
266_L 112_R 1.02 0.30 0.02
100_L 63_M 1.01 0.29 0.01
148_I 47_R 1.01 0.29 0.01
106_Q 73_E 1.01 0.29 0.01
648_I 103_A 1.01 0.29 0.01
222_F 58_K 1.01 0.29 0.01
147_I 131_T 1.01 0.29 0.01
607_M 95_A 1.01 0.29 0.01
406_A 43_V 1.01 0.29 0.01
207_D 43_V 1.01 0.29 0.01
52_Y 68_C 1.01 0.29 0.01
500_V 175_P 1.00 0.29 0.01
502_S 121_D 1.00 0.29 0.01
691_L 47_R 1.00 0.29 0.01
313_S 71_L 1.00 0.28 0.01
68_L 57_Q 1.00 0.28 0.01
226_A 185_W 1.00 0.28 0.01
222_F 49_E 1.00 0.28 0.01
678_L 127_C 1.00 0.28 0.01
508_L 78_R 1.00 0.28 0.01
19_L 96_H 1.00 0.28 0.01
147_I 190_A 1.00 0.28 0.01
395_V 199_W 0.99 0.28 0.01
316_V 151_V 0.99 0.28 0.01
616_P 134_L 0.99 0.28 0.01
594_L 182_T 0.99 0.28 0.01
480_R 23_L 0.98 0.27 0.01
613_F 184_Y 0.98 0.27 0.01
19_L 125_L 0.98 0.27 0.01
277_D 31_D 0.98 0.27 0.01
569_A 156_T 0.98 0.27 0.01
431_T 155_L 0.98 0.27 0.01
529_S 184_Y 0.98 0.27 0.01
365_L 107_L 0.98 0.27 0.01
9_L 108_W 0.98 0.27 0.01
35_R 193_V 0.98 0.27 0.01
511_K 148_R 0.98 0.27 0.01
531_V 199_W 0.97 0.27 0.01
633_A 117_L 0.97 0.27 0.01
225_Q 87_T 0.97 0.27 0.01
683_R 66_A 0.97 0.26 0.01
231_V 105_E 0.97 0.26 0.01
489_N 78_R 0.97 0.26 0.01
282_W 138_G 0.97 0.26 0.01
12_L 88_W 0.97 0.26 0.01
71_Q 19_M 0.97 0.26 0.01
268_Q 192_I 0.97 0.26 0.01
503_D 28_P 0.97 0.26 0.01
13_L 98_F 0.96 0.26 0.01
514_N 93_L 0.96 0.26 0.01
646_G 44_K 0.96 0.26 0.01
111_A 119_A 0.96 0.26 0.01
596_T 191_G 0.96 0.26 0.01
518_G 138_G 0.96 0.26 0.01
645_W 97_F 0.96 0.26 0.01
300_V 202_L 0.96 0.25 0.01
530_G 122_V 0.95 0.25 0.01
179_D 47_R 0.95 0.25 0.01
559_I 89_Q 0.95 0.25 0.01
273_R 117_L 0.95 0.25 0.01
607_M 73_E 0.95 0.25 0.01
109_E 33_K 0.95 0.25 0.01
586_A 162_F 0.95 0.25 0.01
528_L 207_A 0.95 0.25 0.01
457_V 55_F 0.95 0.25 0.01
248_W 68_C 0.95 0.25 0.01
250_L 68_C 0.95 0.25 0.01
199_L 75_V 0.95 0.25 0.01
606_Q 103_A 0.94 0.25 0.01
162_V 183_M 0.94 0.24 0.01
250_L 46_A 0.94 0.24 0.01
222_F 130_R 0.94 0.24 0.01
110_P 71_L 0.94 0.24 0.01
569_A 59_S 0.94 0.24 0.01
282_W 135_G 0.94 0.24 0.01
184_Q 169_P 0.94 0.24 0.01
103_A 19_M 0.94 0.24 0.01
518_G 135_G 0.94 0.24 0.01
471_A 19_M 0.94 0.24 0.01
197_M 94_Q 0.93 0.24 0.01
222_F 186_L 0.93 0.24 0.01
52_Y 139_Q 0.93 0.24 0.01
665_G 205_V 0.93 0.24 0.01
379_Q 155_L 0.93 0.24 0.01
697_R 182_T 0.93 0.24 0.01
623_G 113_E 0.93 0.24 0.01
182_L 125_L 0.93 0.24 0.01
364_P 199_W 0.93 0.24 0.01
487_W 147_R 0.93 0.23 0.01
90_K 100_T 0.92 0.23 0.01
244_E 99_G 0.92 0.23 0.01
265_A 59_S 0.92 0.23 0.01
141_A 197_G 0.92 0.23 0.01
530_G 112_R 0.92 0.23 0.01
503_D 51_A 0.92 0.23 0.01
101_M 94_Q 0.92 0.23 0.01
105_P 24_R 0.92 0.23 0.01
249_V 89_Q 0.92 0.23 0.01
399_R 42_L 0.92 0.23 0.01
443_G 67_F 0.92 0.23 0.01
32_W 107_L 0.92 0.23 0.01
153_W 20_V 0.92 0.23 0.01
616_P 68_C 0.92 0.23 0.01
479_W 69_A 0.92 0.23 0.01
398_V 124_V 0.91 0.23 0.01
515_T 71_L 0.91 0.23 0.01
219_P 187_S 0.91 0.23 0.01
304_L 32_G 0.91 0.23 0.01
700_V 200_C 0.91 0.23 0.01
704_T 114_Q 0.91 0.23 0.01
204_G 68_C 0.91 0.22 0.01
218_V 139_Q 0.91 0.22 0.01
702_P 35_L 0.91 0.22 0.01
18_S 108_W 0.91 0.22 0.01
521_A 71_L 0.91 0.22 0.01
512_Y 178_R 0.91 0.22 0.01
701_L 166_Q 0.91 0.22 0.01
577_L 86_R 0.90 0.22 0.01
117_L 190_A 0.90 0.22 0.01
31_P 24_R 0.90 0.22 0.01
179_D 53_A 0.90 0.22 0.01
231_V 102_N 0.90 0.22 0.01
492_S 157_A 0.90 0.22 0.01
584_G 108_W 0.90 0.22 0.01
169_L 73_E 0.90 0.22 0.01
160_E 189_G 0.90 0.22 0.01
93_Y 24_R 0.90 0.22 0.01
318_L 140_Y 0.90 0.22 0.01
629_V 176_G 0.90 0.22 0.01
167_T 74_S 0.90 0.22 0.01
315_L 128_L 0.90 0.22 0.01
602_I 139_Q 0.90 0.22 0.01
143_Y 106_E 0.90 0.22 0.01
652_E 31_D 0.90 0.22 0.01
171_R 19_M 0.90 0.22 0.01
172_H 118_P 0.90 0.22 0.01
40_Q 68_C 0.90 0.22 0.01
559_I 167_D 0.90 0.22 0.01
605_N 70_L 0.89 0.21 0.01
27_E 131_T 0.89 0.21 0.01
429_D 110_R 0.89 0.21 0.01
503_D 124_V 0.89 0.21 0.01
195_A 196_A 0.89 0.21 0.01
448_W 130_R 0.89 0.21 0.01
605_N 94_Q 0.89 0.21 0.01
594_L 205_V 0.89 0.21 0.01
401_R 73_E 0.89 0.21 0.01
536_G 174_A 0.89 0.21 0.01
527_N 153_R 0.89 0.21 0.01
107_H 94_Q 0.89 0.21 0.01
229_E 15_P 0.89 0.21 0.01
690_P 124_V 0.89 0.21 0.01
630_S 80_K 0.89 0.21 0.01
190_V 90_Q 0.89 0.21 0.01
99_Y 132_L 0.89 0.21 0.01
282_W 73_E 0.89 0.21 0.01
461_E 199_W 0.89 0.21 0.01
297_L 206_L 0.89 0.21 0.01
402_L 155_L 0.88 0.21 0.01
467_V 181_R 0.88 0.21 0.01
566_A 108_W 0.88 0.21 0.01
523_F 132_L 0.88 0.21 0.01
164_Q 208_D 0.88 0.21 0.01
221_M 192_I 0.88 0.21 0.01
171_R 132_L 0.88 0.21 0.01
393_T 208_D 0.88 0.21 0.01
552_N 49_E 0.88 0.21 0.01
629_V 188_W 0.88 0.21 0.01
199_L 73_E 0.88 0.21 0.01
608_P 31_D 0.88 0.21 0.01
81_D 6_I 0.88 0.21 0.01
334_A 52_E 0.88 0.21 0.01
394_R 178_R 0.88 0.21 0.01
537_S 194_T 0.88 0.21 0.01
389_Q 67_F 0.88 0.21 0.01
48_V 58_K 0.88 0.21 0.01
43_D 211_A 0.88 0.21 0.01
179_D 117_L 0.88 0.21 0.01
368_T 137_T 0.88 0.21 0.01
657_K 35_L 0.88 0.20 0.01
28_H 6_I 0.88 0.20 0.01
443_G 16_G 0.87 0.20 0.01
100_L 18_L 0.87 0.20 0.01
476_N 114_Q 0.87 0.20 0.01
42_A 189_G 0.87 0.20 0.01
162_V 128_L 0.87 0.20 0.01
676_R 70_L 0.87 0.20 0.01
319_M 100_T 0.87 0.20 0.01
282_W 104_G 0.87 0.20 0.01
117_L 155_L 0.87 0.20 0.01
70_Q 114_Q 0.87 0.20 0.01
460_M 66_A 0.87 0.20 0.01
96_L 136_F 0.87 0.20 0.01
102_L 25_S 0.87 0.20 0.01
496_P 72_D 0.87 0.20 0.01
284_N 188_W 0.86 0.20 0.01
397_Q 146_E 0.86 0.20 0.01
39_N 61_D 0.86 0.20 0.01
72_L 137_T 0.86 0.20 0.01
40_Q 92_P 0.86 0.20 0.01
41_N 97_F 0.86 0.20 0.01
518_G 104_G 0.86 0.20 0.01
647_L 31_D 0.86 0.20 0.01
704_T 132_L 0.86 0.20 0.01
36_A 59_S 0.86 0.20 0.01
274_Y 136_F 0.86 0.20 0.01
161_L 53_A 0.86 0.20 0.01
498_K 36_Y 0.86 0.20 0.01
182_L 111_I 0.86 0.20 0.01
570_F 16_G 0.86 0.20 0.01
190_V 69_A 0.86 0.20 0.01
195_A 77_N 0.86 0.20 0.01
292_R 18_L 0.86 0.20 0.01
185_K 70_L 0.86 0.20 0.01
651_L 86_R 0.86 0.20 0.01
198_R 69_A 0.86 0.20 0.01
64_A 32_G 0.86 0.20 0.01
37_G 202_L 0.86 0.20 0.01
106_Q 193_V 0.86 0.20 0.01
401_R 94_Q 0.86 0.20 0.01
113_F 190_A 0.86 0.20 0.01
84_Q 6_I 0.86 0.20 0.01
613_F 79_E 0.86 0.20 0.01
80_P 10_E 0.86 0.20 0.01
592_T 94_Q 0.86 0.20 0.01
668_L 125_L 0.86 0.20 0.01
96_L 124_V 0.86 0.19 0.01
193_Q 43_V 0.85 0.19 0.01
605_N 101_L 0.85 0.19 0.01
569_A 86_R 0.85 0.19 0.01
467_V 56_S 0.85 0.19 0.01
176_Q 202_L 0.85 0.19 0.01
72_L 99_G 0.85 0.19 0.01
508_L 136_F 0.85 0.19 0.01
603_Y 104_G 0.85 0.19 0.01
451_F 127_C 0.85 0.19 0.01
571_T 193_V 0.85 0.19 0.01
600_K 189_G 0.85 0.19 0.01
83_P 10_E 0.85 0.19 0.01
236_D 209_Q 0.85 0.19 0.01
493_G 148_R 0.85 0.19 0.01
675_G 197_G 0.85 0.19 0.01
398_V 49_E 0.85 0.19 0.01
188_A 77_N 0.85 0.19 0.01
99_Y 139_Q 0.85 0.19 0.01
333_E 171_V 0.85 0.19 0.01
32_W 20_V 0.85 0.19 0.01
649_R 103_A 0.85 0.19 0.01
603_Y 76_L 0.84 0.19 0.01
575_A 166_Q 0.84 0.19 0.01
530_G 33_K 0.84 0.19 0.01
274_Y 72_D 0.84 0.19 0.01
365_L 114_Q 0.84 0.19 0.01
520_I 146_E 0.84 0.19 0.01
151_P 75_V 0.84 0.19 0.01
64_A 144_D 0.84 0.19 0.01
366_A 18_L 0.84 0.19 0.01
698_N 121_D 0.84 0.19 0.01
247_D 23_L 0.84 0.19 0.01
141_A 189_G 0.84 0.19 0.01
374_A 56_S 0.84 0.19 0.01
331_P 197_G 0.84 0.19 0.01
556_L 190_A 0.84 0.19 0.01
68_L 183_M 0.84 0.19 0.01
549_L 116_K 0.84 0.18 0.01
70_Q 176_G 0.84 0.18 0.01
259_S 55_F 0.84 0.18 0.01
586_A 98_F 0.84 0.18 0.01
451_F 98_F 0.84 0.18 0.01
489_N 28_P 0.84 0.18 0.01
69_E 79_E 0.84 0.18 0.01
531_V 149_E 0.84 0.18 0.01
181_M 127_C 0.84 0.18 0.01
105_P 73_E 0.84 0.18 0.01
389_Q 117_L 0.84 0.18 0.01
109_E 35_L 0.83 0.18 0.01
219_P 182_T 0.83 0.18 0.01
297_L 51_A 0.83 0.18 0.01
500_V 146_E 0.83 0.18 0.01
516_D 192_I 0.83 0.18 0.01
333_E 183_M 0.83 0.18 0.01
605_N 92_P 0.83 0.18 0.01
33_Y 37_R 0.83 0.18 0.01
391_Y 43_V 0.83 0.18 0.01
479_W 75_V 0.83 0.18 0.01
661_G 108_W 0.83 0.18 0.01
309_D 86_R 0.83 0.18 0.01
319_M 66_A 0.83 0.18 0.01
531_V 170_V 0.83 0.18 0.01
652_E 23_L 0.83 0.18 0.01
366_A 112_R 0.83 0.18 0.01
81_D 7_S 0.83 0.18 0.01
484_V 139_Q 0.83 0.18 0.01
480_R 51_A 0.83 0.18 0.01
501_S 113_E 0.83 0.18 0.01
649_R 47_R 0.83 0.18 0.01
566_A 94_Q 0.82 0.18 0.01
234_S 15_P 0.82 0.18 0.01
313_S 70_L 0.82 0.18 0.01
400_L 50_L 0.82 0.18 0.01
25_R 41_Q 0.82 0.18 0.01
568_V 125_L 0.82 0.18 0.01
586_A 94_Q 0.82 0.18 0.01
296_T 55_F 0.82 0.18 0.01
557_K 193_V 0.82 0.18 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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