OPENSEQ.org
Francisella tularensis large and small

Genes: A B A+B
Length: 184 506 595
Sequences: 655 508 466
Seq/Len: 3.56 1 0.78
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.06 0.67
2 0.00 0.06 0.68
5 0.00 0.06 0.68
10 0.00 0.06 0.68
20 0.01 0.06 0.68
100 0.02 0.07 0.68
0.11 0.16 0.68
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
109_V 91_I 4.70 1.00 1.00
34_V 120_V 2.50 0.99 0.97
103_D 266_K 2.08 0.95 0.91
80_F 90_S 1.98 0.93 0.87
39_S 124_D 1.95 0.92 0.86
32_V 297_M 1.89 0.90 0.83
50_F 123_L 1.77 0.85 0.76
34_V 110_V 1.68 0.81 0.70
35_V 146_F 1.63 0.78 0.66
58_V 150_V 1.60 0.77 0.63
50_F 125_V 1.51 0.70 0.54
31_R 121_S 1.47 0.67 0.50
75_F 94_N 1.45 0.66 0.49
12_M 155_F 1.41 0.63 0.45
66_L 294_K 1.39 0.61 0.43
48_K 129_E 1.36 0.58 0.39
97_V 140_D 1.34 0.57 0.38
73_F 100_L 1.34 0.57 0.38
40_K 343_A 1.32 0.56 0.36
59_N 422_D 1.29 0.53 0.32
105_V 88_V 1.27 0.51 0.31
105_V 432_D 1.27 0.51 0.30
52_D 67_N 1.27 0.51 0.30
105_V 94_N 1.27 0.51 0.30
30_Y 155_F 1.26 0.50 0.30
116_L 276_D 1.26 0.50 0.30
107_K 447_L 1.25 0.49 0.29
41_G 96_E 1.25 0.49 0.29
143_F 249_D 1.24 0.48 0.28
73_F 102_Q 1.22 0.47 0.26
116_L 400_M 1.22 0.46 0.26
22_V 382_V 1.19 0.44 0.24
110_P 417_I 1.19 0.44 0.24
79_N 326_Y 1.18 0.43 0.23
32_V 293_V 1.18 0.43 0.23
33_L 348_L 1.17 0.42 0.22
139_I 95_D 1.16 0.42 0.21
89_K 460_E 1.15 0.41 0.21
78_P 90_S 1.15 0.41 0.20
6_I 141_I 1.15 0.40 0.20
69_M 122_I 1.11 0.37 0.18
50_F 129_E 1.11 0.37 0.18
91_N 412_V 1.11 0.37 0.18
105_V 372_V 1.10 0.37 0.17
58_V 272_N 1.10 0.37 0.17
66_L 275_V 1.10 0.36 0.17
50_F 133_D 1.09 0.36 0.17
80_F 86_L 1.09 0.36 0.17
105_V 97_F 1.09 0.36 0.17
21_G 356_I 1.09 0.36 0.16
134_N 314_S 1.09 0.36 0.16
3_K 242_Y 1.09 0.36 0.16
60_N 143_S 1.09 0.35 0.16
35_V 125_V 1.08 0.35 0.16
105_V 78_T 1.08 0.35 0.16
32_V 165_A 1.08 0.35 0.16
39_S 154_E 1.07 0.34 0.15
54_E 326_Y 1.07 0.34 0.15
139_I 263_V 1.07 0.34 0.15
9_S 345_Y 1.06 0.34 0.15
20_D 210_L 1.05 0.32 0.14
16_E 489_T 1.05 0.32 0.14
19_V 411_C 1.04 0.32 0.14
96_S 90_S 1.03 0.31 0.13
66_L 220_E 1.03 0.31 0.13
73_F 97_F 1.03 0.31 0.13
17_T 390_S 1.02 0.31 0.12
34_V 240_A 1.02 0.30 0.12
147_N 263_V 1.01 0.30 0.12
131_N 392_L 1.00 0.29 0.12
145_D 74_Q 1.00 0.29 0.11
139_I 495_R 1.00 0.29 0.11
109_V 244_G 1.00 0.29 0.11
137_K 198_A 1.00 0.29 0.11
139_I 80_I 1.00 0.29 0.11
83_K 212_E 1.00 0.29 0.11
54_E 73_I 0.99 0.28 0.11
142_I 181_W 0.99 0.28 0.11
105_V 464_I 0.99 0.28 0.11
60_N 216_I 0.99 0.28 0.11
147_N 343_A 0.99 0.28 0.11
130_E 134_F 0.98 0.28 0.10
116_L 427_Q 0.98 0.28 0.10
71_I 497_E 0.98 0.28 0.10
17_T 483_F 0.98 0.27 0.10
103_D 290_I 0.98 0.27 0.10
14_N 344_D 0.98 0.27 0.10
124_S 226_P 0.97 0.27 0.10
118_M 363_G 0.97 0.27 0.10
13_I 397_S 0.97 0.27 0.10
109_V 422_D 0.97 0.27 0.10
95_E 82_K 0.97 0.27 0.10
38_L 240_A 0.97 0.27 0.10
147_N 379_E 0.97 0.27 0.10
69_M 325_V 0.97 0.27 0.10
19_V 412_V 0.97 0.27 0.10
97_V 108_Q 0.96 0.26 0.10
101_R 242_Y 0.96 0.26 0.10
143_F 185_M 0.96 0.26 0.10
118_M 392_L 0.96 0.26 0.09
66_L 249_D 0.96 0.26 0.09
108_K 150_V 0.95 0.26 0.09
94_I 454_F 0.95 0.26 0.09
34_V 289_S 0.95 0.26 0.09
105_V 283_Y 0.95 0.25 0.09
32_V 326_Y 0.95 0.25 0.09
52_D 174_N 0.95 0.25 0.09
4_N 249_D 0.94 0.25 0.09
145_D 197_I 0.94 0.25 0.09
64_R 197_I 0.94 0.25 0.09
52_D 202_K 0.94 0.25 0.09
38_L 295_N 0.94 0.25 0.09
130_E 439_T 0.94 0.24 0.09
15_Y 437_F 0.94 0.24 0.09
101_R 205_F 0.93 0.24 0.08
33_L 142_S 0.93 0.24 0.08
69_M 466_G 0.93 0.24 0.08
30_Y 102_Q 0.93 0.24 0.08
33_L 150_V 0.93 0.24 0.08
95_E 281_E 0.93 0.24 0.08
39_S 446_P 0.93 0.24 0.08
22_V 434_I 0.93 0.24 0.08
71_I 482_Q 0.92 0.24 0.08
131_N 480_H 0.92 0.24 0.08
144_S 150_V 0.92 0.24 0.08
56_R 125_V 0.92 0.23 0.08
50_F 91_I 0.92 0.23 0.08
154_S 96_E 0.92 0.23 0.08
90_V 199_S 0.92 0.23 0.08
35_V 238_D 0.92 0.23 0.08
116_L 120_V 0.91 0.23 0.08
140_D 158_Y 0.91 0.23 0.07
54_E 189_A 0.91 0.23 0.07
75_F 228_Y 0.91 0.23 0.07
15_Y 222_L 0.90 0.22 0.07
51_A 226_P 0.90 0.22 0.07
28_L 162_P 0.90 0.22 0.07
150_E 240_A 0.90 0.22 0.07
78_P 85_D 0.90 0.22 0.07
158_A 399_T 0.90 0.22 0.07
142_I 234_F 0.90 0.22 0.07
154_S 377_K 0.89 0.22 0.07
38_L 204_F 0.89 0.22 0.07
152_L 179_I 0.89 0.22 0.07
67_E 208_K 0.89 0.22 0.07
94_I 106_K 0.89 0.22 0.07
38_L 357_P 0.89 0.21 0.07
105_V 99_A 0.89 0.21 0.07
3_K 193_H 0.89 0.21 0.07
35_V 194_A 0.89 0.21 0.07
66_L 296_M 0.89 0.21 0.07
24_K 200_I 0.89 0.21 0.07
24_K 161_E 0.88 0.21 0.07
52_D 198_A 0.88 0.21 0.07
106_A 197_I 0.88 0.21 0.07
35_V 170_Y 0.88 0.21 0.06
143_F 120_V 0.88 0.21 0.06
26_K 361_E 0.88 0.21 0.06
58_V 80_I 0.88 0.21 0.06
34_V 107_V 0.87 0.21 0.06
162_Y 201_D 0.87 0.21 0.06
34_V 490_M 0.87 0.21 0.06
31_R 169_L 0.87 0.20 0.06
131_N 439_T 0.87 0.20 0.06
138_T 150_V 0.86 0.20 0.06
17_T 313_E 0.86 0.20 0.06
64_R 246_T 0.86 0.20 0.06
31_R 346_M 0.86 0.20 0.06
124_S 186_G 0.86 0.20 0.06
68_E 244_G 0.86 0.20 0.06
41_G 326_Y 0.86 0.20 0.06
106_A 351_A 0.86 0.20 0.06
76_E 92_I 0.85 0.20 0.06
109_V 271_F 0.85 0.20 0.06
25_K 436_E 0.85 0.20 0.06
144_S 197_I 0.85 0.20 0.06
59_N 290_I 0.85 0.20 0.06
135_L 400_M 0.85 0.20 0.06
121_I 455_R 0.85 0.19 0.06
6_I 486_M 0.85 0.19 0.06
98_K 342_F 0.85 0.19 0.06
14_N 189_A 0.85 0.19 0.06
71_I 454_F 0.85 0.19 0.06
13_I 257_N 0.84 0.19 0.06
21_G 260_N 0.84 0.19 0.06
9_S 156_D 0.84 0.19 0.06
155_K 131_Q 0.84 0.19 0.05
116_L 125_V 0.84 0.19 0.05
103_D 359_V 0.84 0.19 0.05
73_F 447_L 0.84 0.19 0.05
9_S 216_I 0.84 0.19 0.05
139_I 179_I 0.84 0.19 0.05
143_F 314_S 0.84 0.19 0.05
75_F 417_I 0.84 0.19 0.05
106_A 434_I 0.84 0.19 0.05
54_E 319_K 0.84 0.19 0.05
75_F 319_K 0.84 0.19 0.05
153_K 351_A 0.84 0.19 0.05
125_F 267_L 0.83 0.19 0.05
141_M 377_K 0.83 0.19 0.05
109_V 103_E 0.83 0.19 0.05
118_M 480_H 0.83 0.18 0.05
24_K 395_N 0.83 0.18 0.05
139_I 197_I 0.83 0.18 0.05
130_E 395_N 0.83 0.18 0.05
95_E 86_L 0.83 0.18 0.05
83_K 377_K 0.83 0.18 0.05
132_N 368_C 0.83 0.18 0.05
131_N 496_L 0.83 0.18 0.05
36_G 376_K 0.83 0.18 0.05
85_P 438_V 0.83 0.18 0.05
47_K 302_K 0.83 0.18 0.05
131_N 481_I 0.82 0.18 0.05
58_V 111_C 0.82 0.18 0.05
38_L 199_S 0.82 0.18 0.05
56_R 276_D 0.82 0.18 0.05
9_S 114_D 0.82 0.18 0.05
81_V 360_S 0.82 0.18 0.05
146_S 167_L 0.82 0.18 0.05
129_I 145_D 0.82 0.18 0.05
18_N 491_T 0.82 0.18 0.05
39_S 442_Y 0.82 0.18 0.05
97_V 298_R 0.82 0.18 0.05
57_R 134_F 0.82 0.18 0.05
71_I 310_R 0.81 0.18 0.05
66_L 150_V 0.81 0.17 0.05
115_L 106_K 0.81 0.17 0.05
72_S 274_F 0.81 0.17 0.05
78_P 94_N 0.81 0.17 0.05
140_D 496_L 0.81 0.17 0.05
17_T 454_F 0.81 0.17 0.05
54_E 202_K 0.81 0.17 0.05
7_P 286_G 0.81 0.17 0.05
89_K 208_K 0.81 0.17 0.05
70_N 135_E 0.81 0.17 0.05
91_N 340_V 0.81 0.17 0.05
19_V 190_K 0.81 0.17 0.04
131_N 483_F 0.81 0.17 0.04
82_S 122_I 0.81 0.17 0.04
146_S 208_K 0.81 0.17 0.04
6_I 76_V 0.81 0.17 0.04
81_V 263_V 0.81 0.17 0.04
46_A 124_D 0.81 0.17 0.04
154_S 274_F 0.81 0.17 0.04
129_I 400_M 0.80 0.17 0.04
58_V 221_A 0.80 0.17 0.04
125_F 454_F 0.80 0.17 0.04
135_L 370_F 0.80 0.17 0.04
34_V 475_I 0.80 0.17 0.04
137_K 423_V 0.80 0.17 0.04
116_L 123_L 0.80 0.17 0.04
91_N 170_Y 0.80 0.17 0.04
31_R 292_L 0.80 0.17 0.04
143_F 457_V 0.80 0.17 0.04
107_K 73_I 0.80 0.17 0.04
132_N 76_V 0.80 0.17 0.04
40_K 388_A 0.80 0.17 0.04
156_I 108_Q 0.79 0.17 0.04
74_D 153_S 0.79 0.17 0.04
66_L 129_E 0.79 0.17 0.04
109_V 88_V 0.79 0.17 0.04
69_M 129_E 0.79 0.17 0.04
45_D 91_I 0.79 0.17 0.04
107_K 189_A 0.79 0.17 0.04
6_I 379_E 0.79 0.16 0.04
22_V 208_K 0.79 0.16 0.04
56_R 171_N 0.79 0.16 0.04
30_Y 394_A 0.79 0.16 0.04
135_L 494_T 0.79 0.16 0.04
105_V 357_P 0.79 0.16 0.04
126_A 374_S 0.79 0.16 0.04
126_A 134_F 0.79 0.16 0.04
131_N 193_H 0.79 0.16 0.04
123_A 344_D 0.79 0.16 0.04
78_P 200_I 0.79 0.16 0.04
157_P 167_L 0.79 0.16 0.04
93_R 270_G 0.78 0.16 0.04
43_S 192_S 0.78 0.16 0.04
143_F 73_I 0.78 0.16 0.04
113_R 167_L 0.78 0.16 0.04
127_K 225_H 0.78 0.16 0.04
127_K 427_Q 0.78 0.16 0.04
47_K 100_L 0.78 0.16 0.04
96_S 272_N 0.78 0.16 0.04
131_N 312_V 0.78 0.16 0.04
9_S 152_V 0.78 0.16 0.04
63_D 412_V 0.78 0.16 0.04
7_P 473_C 0.78 0.16 0.04
17_T 420_I 0.78 0.16 0.04
16_E 313_E 0.78 0.16 0.04
123_A 392_L 0.78 0.16 0.04
64_R 200_I 0.78 0.16 0.04
116_L 249_D 0.77 0.16 0.04
114_A 99_A 0.77 0.16 0.04
157_P 236_N 0.77 0.16 0.04
130_E 262_P 0.77 0.16 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

Page generated in 0.0503 seconds.