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OPENSEQ.org
pilm (protein a) vs pilo (protein b)gabi
Genes: A B A+B
Length: 371 282 588
Sequences: 2730 73 66
Seq/Len: 7.36 0.26 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.73
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.10
5 0.00 0.00 0.10
10 0.00 0.00 0.10
20 0.00 0.00 0.10
100 0.01 0.00 0.10
∞ 0.11 0.00 0.10
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
161_I 242_A 1.62 0.26 0.00
128_V 135_F 1.58 0.24 0.00
215_D 41_A 1.52 0.22 0.00
90_E 249_N 1.51 0.22 0.00
161_I 196_Q 1.50 0.22 0.00
65_Q 195_Y 1.45 0.20 0.00
28_V 23_S 1.42 0.19 0.00
194_P 106_A 1.42 0.19 0.00
28_V 36_Q 1.39 0.18 0.00
154_K 35_I 1.39 0.18 0.00
279_I 26_I 1.38 0.18 0.00
173_I 23_S 1.36 0.17 0.00
154_K 219_S 1.34 0.17 0.00
8_F 85_R 1.34 0.17 0.00
343_A 85_R 1.30 0.15 0.00
336_V 194_N 1.30 0.15 0.00
333_S 258_P 1.30 0.15 0.00
344_L 178_L 1.29 0.15 0.00
345_E 170_P 1.29 0.15 0.00
18_L 269_P 1.27 0.15 0.00
159_T 214_F 1.26 0.14 0.00
86_V 258_P 1.26 0.14 0.00
180_A 68_T 1.25 0.14 0.00
50_G 132_L 1.25 0.14 0.00
277_Q 119_L 1.25 0.14 0.00
52_V 179_S 1.25 0.14 0.00
295_D 204_R 1.22 0.14 0.00
10_S 53_F 1.22 0.14 0.00
50_G 208_L 1.22 0.13 0.00
339_V 113_T 1.22 0.13 0.00
63_M 26_I 1.22 0.13 0.00
126_A 84_I 1.21 0.13 0.00
95_I 257_P 1.20 0.13 0.00
347_D 105_L 1.19 0.13 0.00
116_G 257_P 1.17 0.12 0.00
103_N 47_L 1.17 0.12 0.00
125_E 94_L 1.17 0.12 0.00
324_F 197_Q 1.17 0.12 0.00
44_T 244_L 1.17 0.12 0.00
28_V 24_Y 1.16 0.12 0.00
272_S 119_L 1.14 0.12 0.00
88_A 124_I 1.14 0.12 0.00
370_A 86_Q 1.14 0.12 0.00
30_L 99_Q 1.13 0.12 0.00
309_L 103_N 1.13 0.11 0.00
46_E 129_G 1.12 0.11 0.00
121_F 31_L 1.12 0.11 0.00
161_I 244_L 1.12 0.11 0.00
186_R 32_T 1.12 0.11 0.00
156_V 213_V 1.12 0.11 0.00
92_V 173_T 1.10 0.11 0.00
8_F 71_A 1.10 0.11 0.00
295_D 100_Q 1.09 0.11 0.00
308_Q 72_A 1.09 0.11 0.00
64_A 32_T 1.09 0.11 0.00
10_S 41_A 1.09 0.11 0.00
88_A 31_L 1.09 0.10 0.00
84_T 206_E 1.08 0.10 0.00
93_I 26_I 1.08 0.10 0.00
161_I 219_S 1.07 0.10 0.00
16_I 213_V 1.07 0.10 0.00
92_V 240_A 1.07 0.10 0.00
215_D 73_K 1.07 0.10 0.00
83_A 79_N 1.07 0.10 0.00
347_D 258_P 1.07 0.10 0.00
171_I 30_V 1.07 0.10 0.00
180_A 190_E 1.07 0.10 0.00
47_V 40_I 1.06 0.10 0.00
249_M 87_M 1.06 0.10 0.00
109_E 219_S 1.06 0.10 0.00
136_F 209_Q 1.06 0.10 0.00
20_I 22_G 1.06 0.10 0.00
310_L 195_Y 1.06 0.10 0.00
361_V 90_A 1.05 0.10 0.00
5_F 254_M 1.05 0.10 0.00
79_I 170_P 1.05 0.10 0.00
199_V 124_I 1.05 0.10 0.00
354_M 101_K 1.05 0.10 0.00
82_V 215_G 1.05 0.10 0.00
8_F 213_V 1.04 0.10 0.00
131_Q 107_L 1.04 0.10 0.00
103_N 126_R 1.04 0.10 0.00
111_M 115_E 1.04 0.10 0.00
88_A 84_I 1.04 0.10 0.00
154_K 216_E 1.03 0.10 0.00
72_A 35_I 1.03 0.10 0.00
280_I 125_V 1.03 0.10 0.00
126_A 204_R 1.03 0.09 0.00
154_K 107_L 1.03 0.09 0.00
134_G 250_L 1.03 0.09 0.00
92_V 210_Q 1.02 0.09 0.00
79_I 101_K 1.02 0.09 0.00
51_V 261_L 1.02 0.09 0.00
318_I 186_T 1.02 0.09 0.00
370_A 47_L 1.02 0.09 0.00
56_L 253_V 1.02 0.09 0.00
88_A 253_V 1.02 0.09 0.00
37_Y 134_S 1.02 0.09 0.00
306_V 84_I 1.02 0.09 0.00
348_E 125_V 1.01 0.09 0.00
22_P 48_A 1.01 0.09 0.00
347_D 243_N 1.01 0.09 0.00
98_V 124_I 1.01 0.09 0.00
318_I 77_I 1.00 0.09 0.00
181_L 48_A 1.00 0.09 0.00
177_S 84_I 1.00 0.09 0.00
199_V 31_L 1.00 0.09 0.00
37_Y 189_L 1.00 0.09 0.00
161_I 54_K 0.99 0.09 0.00
243_P 70_I 0.99 0.09 0.00
199_V 112_A 0.99 0.09 0.00
294_I 40_I 0.99 0.09 0.00
231_V 172_T 0.99 0.09 0.00
356_R 255_P 0.99 0.09 0.00
282_V 26_I 0.98 0.09 0.00
9_L 180_Q 0.98 0.09 0.00
361_V 89_E 0.98 0.09 0.00
93_I 80_Q 0.98 0.09 0.00
121_F 240_A 0.98 0.09 0.00
258_N 184_G 0.98 0.09 0.00
93_I 124_I 0.98 0.09 0.00
126_A 124_I 0.98 0.09 0.00
25_L 66_L 0.98 0.09 0.00
162_S 77_I 0.97 0.09 0.00
126_A 31_L 0.97 0.09 0.00
367_M 103_N 0.97 0.09 0.00
206_D 190_E 0.97 0.09 0.00
260_T 87_M 0.97 0.09 0.00
31_R 34_Q 0.97 0.08 0.00
64_A 130_G 0.97 0.08 0.00
214_V 84_I 0.97 0.08 0.00
287_G 57_L 0.97 0.08 0.00
91_G 195_Y 0.97 0.08 0.00
30_L 108_F 0.97 0.08 0.00
156_V 89_E 0.97 0.08 0.00
21_A 196_Q 0.97 0.08 0.00
109_E 70_I 0.96 0.08 0.00
246_N 134_S 0.96 0.08 0.00
307_G 253_V 0.96 0.08 0.00
180_A 267_P 0.96 0.08 0.00
272_S 174_P 0.96 0.08 0.00
90_E 42_V 0.96 0.08 0.00
35_A 182_V 0.96 0.08 0.00
246_N 217_F 0.96 0.08 0.00
23_E 63_Q 0.96 0.08 0.00
370_A 195_Y 0.96 0.08 0.00
254_T 46_G 0.96 0.08 0.00
46_E 195_Y 0.95 0.08 0.00
263_T 172_T 0.95 0.08 0.00
370_A 110_Q 0.95 0.08 0.00
44_T 119_L 0.95 0.08 0.00
276_T 31_L 0.95 0.08 0.00
121_F 112_A 0.95 0.08 0.00
345_E 130_G 0.95 0.08 0.00
210_I 122_N 0.95 0.08 0.00
272_S 25_K 0.95 0.08 0.00
270_G 31_L 0.94 0.08 0.00
50_G 201_T 0.94 0.08 0.00
7_K 213_V 0.94 0.08 0.00
90_E 78_A 0.94 0.08 0.00
13_S 76_E 0.94 0.08 0.00
195_E 253_V 0.94 0.08 0.00
246_N 219_S 0.94 0.08 0.00
128_V 26_I 0.94 0.08 0.00
326_N 31_L 0.94 0.08 0.00
314_P 97_T 0.94 0.08 0.00
370_A 48_A 0.93 0.08 0.00
295_D 139_E 0.93 0.08 0.00
103_N 54_K 0.93 0.08 0.00
287_G 195_Y 0.93 0.08 0.00
206_D 193_G 0.93 0.08 0.00
360_G 173_T 0.93 0.08 0.00
38_Q 259_E 0.93 0.08 0.00
344_L 26_I 0.93 0.08 0.00
277_Q 177_T 0.93 0.08 0.00
316_A 213_V 0.93 0.08 0.00
204_Q 266_A 0.93 0.08 0.00
200_L 252_A 0.93 0.08 0.00
328_R 54_K 0.93 0.08 0.00
353_L 257_P 0.93 0.08 0.00
336_V 262_K 0.93 0.08 0.00
88_A 204_R 0.92 0.08 0.00
25_L 41_A 0.92 0.08 0.00
54_E 217_F 0.92 0.08 0.00
198_V 257_P 0.92 0.08 0.00
156_V 113_T 0.92 0.08 0.00
279_I 204_R 0.92 0.08 0.00
153_R 209_Q 0.92 0.08 0.00
303_G 244_L 0.92 0.08 0.00
71_L 125_V 0.92 0.08 0.00
217_I 79_N 0.92 0.08 0.00
5_F 245_D 0.92 0.08 0.00
154_K 60_M 0.92 0.08 0.00
58_A 88_D 0.92 0.08 0.00
128_V 35_I 0.92 0.08 0.00
22_P 181_A 0.92 0.08 0.00
109_E 49_G 0.91 0.08 0.00
70_T 261_L 0.91 0.08 0.00
60_P 121_I 0.91 0.08 0.00
44_T 113_T 0.91 0.08 0.00
321_L 128_S 0.91 0.08 0.00
210_I 199_L 0.91 0.07 0.00
146_Q 250_L 0.91 0.07 0.00
199_V 190_E 0.91 0.07 0.00
305_E 32_T 0.91 0.07 0.00
37_Y 244_L 0.90 0.07 0.00
349_E 173_T 0.90 0.07 0.00
95_I 252_A 0.90 0.07 0.00
77_T 93_N 0.90 0.07 0.00
201_T 132_L 0.90 0.07 0.00
92_V 213_V 0.90 0.07 0.00
240_N 217_F 0.90 0.07 0.00
76_L 79_N 0.90 0.07 0.00
156_V 67_K 0.90 0.07 0.00
217_I 31_L 0.90 0.07 0.00
243_P 112_A 0.90 0.07 0.00
214_V 195_Y 0.90 0.07 0.00
339_V 65_N 0.90 0.07 0.00
213_V 101_K 0.90 0.07 0.00
367_M 88_D 0.89 0.07 0.00
352_P 203_R 0.89 0.07 0.00
355_Q 225_T 0.89 0.07 0.00
84_T 117_L 0.89 0.07 0.00
211_A 112_A 0.89 0.07 0.00
26_N 211_M 0.89 0.07 0.00
176_I 191_M 0.89 0.07 0.00
56_L 129_G 0.89 0.07 0.00
5_F 45_L 0.89 0.07 0.00
316_A 57_L 0.89 0.07 0.00
65_Q 106_A 0.89 0.07 0.00
171_I 252_A 0.89 0.07 0.00
325_F 91_R 0.88 0.07 0.00
116_G 130_G 0.88 0.07 0.00
10_S 99_Q 0.88 0.07 0.00
12_G 40_I 0.88 0.07 0.00
217_I 259_E 0.88 0.07 0.00
62_E 93_N 0.88 0.07 0.00
243_P 80_Q 0.88 0.07 0.00
27_I 49_G 0.88 0.07 0.00
27_I 186_T 0.88 0.07 0.00
196_E 137_P 0.88 0.07 0.00
7_K 232_P 0.87 0.07 0.00
83_A 192_A 0.87 0.07 0.00
154_K 115_E 0.87 0.07 0.00
9_L 79_N 0.87 0.07 0.00
20_I 100_Q 0.87 0.07 0.00
344_L 256_L 0.87 0.07 0.00
210_I 208_L 0.87 0.07 0.00
367_M 95_A 0.87 0.07 0.00
285_E 253_V 0.87 0.07 0.00
347_D 263_N 0.87 0.07 0.00
53_E 218_T 0.87 0.07 0.00
79_I 196_Q 0.87 0.07 0.00
125_E 66_L 0.87 0.07 0.00
343_A 34_Q 0.87 0.07 0.00
210_I 119_L 0.87 0.07 0.00
178_S 246_T 0.87 0.07 0.00
10_S 65_N 0.86 0.07 0.00
324_F 229_F 0.86 0.07 0.00
194_P 26_I 0.86 0.07 0.00
190_L 132_L 0.86 0.07 0.00
18_L 74_E 0.86 0.07 0.00
98_V 20_P 0.86 0.07 0.00
79_I 194_N 0.86 0.07 0.00
215_D 22_G 0.86 0.07 0.00
253_M 170_P 0.86 0.07 0.00
27_I 139_E 0.86 0.07 0.00
23_E 53_F 0.86 0.07 0.00
6_K 91_R 0.86 0.07 0.00
186_R 47_L 0.86 0.07 0.00
26_N 260_Q 0.85 0.07 0.00
25_L 51_A 0.85 0.07 0.00
231_V 104_V 0.85 0.07 0.00
116_G 129_G 0.85 0.07 0.00
244_S 254_M 0.85 0.07 0.00
121_F 70_I 0.85 0.07 0.00
75_N 215_G 0.85 0.07 0.00
231_V 41_A 0.85 0.07 0.00
165_Q 225_T 0.85 0.07 0.00
260_T 41_A 0.85 0.07 0.00
204_Q 35_I 0.85 0.07 0.00
355_Q 111_G 0.85 0.07 0.00
80_K 205_L 0.85 0.07 0.00
321_L 189_L 0.85 0.07 0.00
96_I 248_F 0.85 0.07 0.00
126_A 26_I 0.85 0.07 0.00
11_K 217_F 0.85 0.07 0.00
92_V 237_T 0.85 0.07 0.00
206_D 114_L 0.85 0.07 0.00
187_E 238_E 0.85 0.07 0.00
187_E 62_E 0.85 0.07 0.00
74_H 21_P 0.85 0.07 0.00
156_V 63_Q 0.84 0.07 0.00
104_D 138_L 0.84 0.07 0.00
180_A 107_L 0.84 0.07 0.00
9_L 92_A 0.84 0.07 0.00
316_A 183_E 0.84 0.07 0.00
21_A 121_I 0.84 0.07 0.00
283_F 247_V 0.84 0.07 0.00
357_P 23_S 0.84 0.07 0.00
39_L 95_A 0.84 0.07 0.00
309_L 51_A 0.84 0.07 0.00
302_E 43_L 0.84 0.07 0.00
279_I 93_N 0.84 0.07 0.00
68_Q 80_Q 0.84 0.07 0.00
177_S 50_F 0.84 0.07 0.00
94_R 58_P 0.84 0.07 0.00
151_A 58_P 0.84 0.07 0.00
179_F 58_P 0.84 0.07 0.00
296_F 58_P 0.84 0.07 0.00
368_R 58_P 0.84 0.07 0.00
125_E 76_E 0.84 0.07 0.00
339_V 216_E 0.84 0.07 0.00
164_F 197_Q 0.84 0.07 0.00
74_H 213_V 0.84 0.07 0.00
214_V 202_L 0.83 0.07 0.00
310_L 226_Q 0.83 0.07 0.00
51_V 174_P 0.83 0.07 0.00
351_M 184_G 0.83 0.07 0.00
321_L 258_P 0.83 0.07 0.00
263_T 224_G 0.83 0.07 0.00
73_E 52_A 0.83 0.07 0.00
82_V 190_E 0.83 0.07 0.00
176_I 183_E 0.83 0.07 0.00
279_I 223_E 0.83 0.07 0.00
5_F 131_N 0.83 0.07 0.00
60_P 235_K 0.83 0.07 0.00
87_P 195_Y 0.83 0.07 0.00
4_F 205_L 0.83 0.07 0.00
16_I 216_E 0.83 0.07 0.00
274_P 202_L 0.83 0.07 0.00
348_E 228_I 0.83 0.07 0.00
254_T 217_F 0.83 0.07 0.00
236_S 87_M 0.83 0.06 0.00
64_A 209_Q 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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