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OPENSEQ.org
mendy coevolution pilm and piln
Genes: A B A+B
Length: 372 295 631
Sequences: 2737 87 73
Seq/Len: 7.36 0.29 0.12
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.78
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.11
2 0.00 0.00 0.11
5 0.00 0.00 0.11
10 0.00 0.00 0.11
20 0.00 0.00 0.11
100 0.01 0.00 0.11
∞ 0.11 0.00 0.11
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
28_A 287_L 1.80 0.36 0.00
100_A 130_I 1.66 0.29 0.00
75_K 116_D 1.61 0.27 0.00
62_G 70_D 1.56 0.25 0.00
24_R 219_S 1.47 0.22 0.00
177_I 249_P 1.47 0.22 0.00
214_V 72_Q 1.46 0.21 0.00
9_F 96_Q 1.46 0.21 0.00
230_Y 89_Q 1.39 0.19 0.00
280_S 96_Q 1.37 0.18 0.00
246_R 4_L 1.36 0.18 0.00
65_E 11_D 1.35 0.18 0.00
64_A 83_V 1.34 0.18 0.00
138_V 288_R 1.33 0.17 0.00
279_A 194_N 1.33 0.17 0.00
9_F 36_I 1.32 0.17 0.00
188_Q 117_I 1.32 0.17 0.00
63_M 135_P 1.31 0.17 0.00
14_K 209_L 1.30 0.16 0.00
109_E 139_V 1.30 0.16 0.00
65_E 8_F 1.30 0.16 0.00
341_V 74_A 1.25 0.15 0.00
8_L 264_P 1.25 0.15 0.00
29_R 214_V 1.25 0.15 0.00
10_A 59_N 1.25 0.15 0.00
20_L 192_S 1.23 0.14 0.00
341_V 134_Q 1.21 0.14 0.00
326_F 6_V 1.21 0.14 0.00
368_L 74_A 1.20 0.14 0.00
289_A 226_T 1.20 0.14 0.00
92_V 248_L 1.19 0.13 0.00
21_T 185_R 1.19 0.13 0.00
193_F 252_V 1.19 0.13 0.00
98_V 135_P 1.18 0.13 0.00
326_F 120_R 1.18 0.13 0.00
92_V 101_A 1.17 0.13 0.00
122_F 10_N 1.17 0.13 0.00
27_V 193_F 1.17 0.13 0.00
181_S 88_Q 1.17 0.13 0.00
297_D 193_F 1.16 0.13 0.00
318_G 115_Q 1.16 0.13 0.00
100_A 30_D 1.16 0.13 0.00
281_M 10_N 1.16 0.12 0.00
109_E 66_S 1.15 0.12 0.00
91_T 124_N 1.15 0.12 0.00
292_L 11_D 1.14 0.12 0.00
311_L 35_Y 1.14 0.12 0.00
215_V 184_V 1.14 0.12 0.00
263_S 59_N 1.14 0.12 0.00
28_A 293_L 1.13 0.12 0.00
370_E 3_S 1.13 0.12 0.00
178_S 72_Q 1.13 0.12 0.00
168_A 198_D 1.13 0.12 0.00
284_V 89_Q 1.13 0.12 0.00
363_V 41_G 1.13 0.12 0.00
178_S 34_I 1.13 0.12 0.00
309_A 99_A 1.12 0.12 0.00
34_G 44_L 1.11 0.12 0.00
311_L 72_Q 1.11 0.12 0.00
20_L 56_Q 1.11 0.12 0.00
296_I 40_V 1.11 0.12 0.00
204_I 270_R 1.11 0.12 0.00
10_A 32_R 1.10 0.11 0.00
335_A 219_S 1.10 0.11 0.00
259_V 54_L 1.10 0.11 0.00
92_V 211_G 1.09 0.11 0.00
237_S 278_V 1.09 0.11 0.00
140_E 42_L 1.08 0.11 0.00
278_T 10_N 1.08 0.11 0.00
53_Q 290_R 1.08 0.11 0.00
216_D 73_L 1.08 0.11 0.00
170_L 254_Y 1.06 0.11 0.00
245_S 289_D 1.06 0.11 0.00
38_Q 107_I 1.06 0.11 0.00
323_L 219_S 1.06 0.11 0.00
247_N 57_S 1.06 0.10 0.00
80_N 217_V 1.06 0.10 0.00
110_M 11_D 1.06 0.10 0.00
338_V 248_L 1.06 0.10 0.00
211_I 195_D 1.05 0.10 0.00
194_S 119_S 1.05 0.10 0.00
320_I 65_R 1.05 0.10 0.00
279_A 270_R 1.05 0.10 0.00
311_L 121_V 1.05 0.10 0.00
93_T 128_R 1.04 0.10 0.00
201_I 177_P 1.04 0.10 0.00
282_L 138_P 1.03 0.10 0.00
186_I 200_V 1.03 0.10 0.00
20_L 186_I 1.03 0.10 0.00
157_V 23_Q 1.03 0.10 0.00
194_S 51_A 1.03 0.10 0.00
250_V 193_F 1.03 0.10 0.00
172_V 20_G 1.03 0.10 0.00
46_E 54_L 1.02 0.10 0.00
16_I 96_Q 1.02 0.10 0.00
44_S 95_A 1.02 0.10 0.00
341_V 49_G 1.02 0.10 0.00
61_A 200_V 1.02 0.10 0.00
353_P 253_E 1.01 0.10 0.00
234_T 101_A 1.01 0.10 0.00
11_K 270_R 1.01 0.10 0.00
362_V 10_N 1.01 0.10 0.00
76_L 140_A 1.01 0.10 0.00
320_I 106_Q 1.00 0.10 0.00
311_L 128_R 1.00 0.09 0.00
157_V 133_L 1.00 0.09 0.00
110_M 195_D 1.00 0.09 0.00
84_A 287_L 1.00 0.09 0.00
172_V 274_R 1.00 0.09 0.00
362_V 30_D 1.00 0.09 0.00
8_L 96_Q 0.99 0.09 0.00
91_T 22_R 0.99 0.09 0.00
316_P 214_V 0.98 0.09 0.00
241_N 214_V 0.98 0.09 0.00
357_R 208_F 0.98 0.09 0.00
53_Q 28_R 0.98 0.09 0.00
182_L 99_A 0.98 0.09 0.00
262_D 130_I 0.98 0.09 0.00
347_E 39_A 0.98 0.09 0.00
319_A 276_L 0.98 0.09 0.00
78_V 220_R 0.98 0.09 0.00
42_L 116_D 0.98 0.09 0.00
9_F 259_D 0.98 0.09 0.00
127_A 80_Q 0.98 0.09 0.00
320_I 246_V 0.97 0.09 0.00
122_F 113_V 0.97 0.09 0.00
145_K 103_V 0.97 0.09 0.00
345_S 254_Y 0.97 0.09 0.00
5_L 219_S 0.97 0.09 0.00
349_E 70_D 0.97 0.09 0.00
117_G 270_R 0.97 0.09 0.00
347_E 50_G 0.97 0.09 0.00
51_L 85_S 0.97 0.09 0.00
275_N 96_Q 0.96 0.09 0.00
216_D 121_V 0.96 0.09 0.00
234_T 226_T 0.96 0.09 0.00
204_I 93_I 0.96 0.09 0.00
241_N 287_L 0.96 0.09 0.00
276_P 292_V 0.96 0.09 0.00
242_L 109_P 0.96 0.09 0.00
243_P 109_P 0.96 0.09 0.00
338_V 181_V 0.96 0.09 0.00
244_P 139_V 0.95 0.09 0.00
249_D 49_G 0.95 0.09 0.00
40_T 218_G 0.95 0.09 0.00
350_Q 86_I 0.95 0.09 0.00
215_V 44_L 0.95 0.09 0.00
207_E 261_T 0.95 0.09 0.00
122_F 72_Q 0.94 0.08 0.00
311_L 253_E 0.94 0.08 0.00
35_Q 110_W 0.94 0.08 0.00
9_F 13_S 0.94 0.08 0.00
296_I 85_S 0.94 0.08 0.00
134_L 37_G 0.94 0.08 0.00
56_Q 113_V 0.94 0.08 0.00
297_D 48_T 0.94 0.08 0.00
84_A 214_V 0.94 0.08 0.00
37_F 117_I 0.94 0.08 0.00
188_Q 249_P 0.94 0.08 0.00
368_L 185_R 0.94 0.08 0.00
28_A 15_R 0.94 0.08 0.00
258_I 196_V 0.93 0.08 0.00
98_V 86_I 0.93 0.08 0.00
129_V 62_L 0.93 0.08 0.00
367_G 96_Q 0.93 0.08 0.00
336_S 139_V 0.93 0.08 0.00
172_V 130_I 0.93 0.08 0.00
248_T 269_L 0.93 0.08 0.00
356_Q 260_L 0.93 0.08 0.00
18_V 48_T 0.93 0.08 0.00
88_G 261_T 0.93 0.08 0.00
92_V 10_N 0.93 0.08 0.00
282_L 6_V 0.93 0.08 0.00
110_M 255_T 0.93 0.08 0.00
84_A 184_V 0.93 0.08 0.00
323_L 133_L 0.93 0.08 0.00
261_M 82_E 0.93 0.08 0.00
25_I 101_A 0.93 0.08 0.00
215_V 287_L 0.92 0.08 0.00
75_K 55_L 0.92 0.08 0.00
9_F 46_A 0.92 0.08 0.00
166_R 131_E 0.92 0.08 0.00
292_L 8_F 0.92 0.08 0.00
308_V 139_V 0.92 0.08 0.00
81_V 272_L 0.92 0.08 0.00
117_G 101_A 0.92 0.08 0.00
103_D 45_L 0.92 0.08 0.00
234_T 187_T 0.91 0.08 0.00
320_I 99_A 0.91 0.08 0.00
326_F 196_V 0.91 0.08 0.00
166_R 70_D 0.91 0.08 0.00
47_V 127_I 0.91 0.08 0.00
301_N 34_I 0.91 0.08 0.00
90_D 56_Q 0.91 0.08 0.00
142_G 190_A 0.91 0.08 0.00
92_V 45_L 0.91 0.08 0.00
34_G 248_L 0.91 0.08 0.00
362_V 17_S 0.91 0.08 0.00
337_A 219_S 0.91 0.08 0.00
181_S 71_N 0.91 0.08 0.00
208_S 79_Q 0.91 0.08 0.00
247_N 83_V 0.91 0.08 0.00
81_V 82_E 0.91 0.08 0.00
84_A 137_A 0.90 0.08 0.00
51_L 68_E 0.90 0.08 0.00
356_Q 101_A 0.90 0.08 0.00
117_G 209_L 0.90 0.08 0.00
172_V 43_A 0.90 0.08 0.00
297_D 62_L 0.90 0.08 0.00
174_V 288_R 0.90 0.08 0.00
95_I 245_D 0.90 0.08 0.00
247_N 135_P 0.90 0.08 0.00
254_M 187_T 0.90 0.08 0.00
173_D 215_R 0.90 0.08 0.00
177_I 58_Q 0.90 0.08 0.00
266_T 264_P 0.90 0.08 0.00
170_L 3_S 0.89 0.08 0.00
34_G 224_N 0.89 0.08 0.00
92_V 216_L 0.89 0.08 0.00
11_K 126_Q 0.89 0.08 0.00
103_D 204_Q 0.89 0.08 0.00
160_S 13_S 0.89 0.08 0.00
355_M 39_A 0.89 0.08 0.00
157_V 42_L 0.89 0.08 0.00
64_A 284_I 0.89 0.08 0.00
34_G 253_E 0.89 0.08 0.00
47_V 39_A 0.89 0.07 0.00
117_G 32_R 0.89 0.07 0.00
332_G 78_V 0.89 0.07 0.00
200_A 76_L 0.89 0.07 0.00
91_T 183_R 0.89 0.07 0.00
108_R 118_R 0.89 0.07 0.00
255_T 36_I 0.88 0.07 0.00
29_R 72_Q 0.88 0.07 0.00
181_S 257_E 0.88 0.07 0.00
90_D 116_D 0.88 0.07 0.00
282_L 211_G 0.88 0.07 0.00
352_I 73_L 0.88 0.07 0.00
36_G 284_I 0.88 0.07 0.00
152_A 8_F 0.88 0.07 0.00
229_T 76_L 0.88 0.07 0.00
129_V 66_S 0.88 0.07 0.00
309_A 260_L 0.88 0.07 0.00
147_Q 202_T 0.88 0.07 0.00
37_F 129_E 0.88 0.07 0.00
123_P 197_N 0.88 0.07 0.00
157_V 175_P 0.88 0.07 0.00
81_V 260_L 0.88 0.07 0.00
325_E 107_I 0.87 0.07 0.00
44_S 198_D 0.87 0.07 0.00
321_G 287_L 0.87 0.07 0.00
20_L 14_E 0.87 0.07 0.00
164_T 186_I 0.87 0.07 0.00
17_G 8_F 0.87 0.07 0.00
16_I 91_Q 0.87 0.07 0.00
27_V 22_R 0.87 0.07 0.00
16_I 49_G 0.87 0.07 0.00
348_V 194_N 0.87 0.07 0.00
215_V 204_Q 0.87 0.07 0.00
323_L 212_Q 0.87 0.07 0.00
312_L 88_Q 0.87 0.07 0.00
211_I 249_P 0.87 0.07 0.00
172_V 125_V 0.87 0.07 0.00
324_D 96_Q 0.87 0.07 0.00
195_P 286_A 0.86 0.07 0.00
28_A 68_E 0.86 0.07 0.00
157_V 68_E 0.86 0.07 0.00
323_L 72_Q 0.86 0.07 0.00
211_I 97_N 0.86 0.07 0.00
28_A 200_V 0.86 0.07 0.00
354_P 71_N 0.86 0.07 0.00
334_P 103_V 0.86 0.07 0.00
193_F 88_Q 0.86 0.07 0.00
47_V 83_V 0.86 0.07 0.00
46_E 102_T 0.86 0.07 0.00
183_I 90_V 0.86 0.07 0.00
42_L 271_D 0.86 0.07 0.00
44_S 137_A 0.86 0.07 0.00
90_D 139_V 0.86 0.07 0.00
155_K 131_E 0.86 0.07 0.00
222_S 8_F 0.86 0.07 0.00
84_A 74_A 0.85 0.07 0.00
287_E 103_V 0.85 0.07 0.00
8_L 106_Q 0.85 0.07 0.00
126_E 122_P 0.85 0.07 0.00
98_V 218_G 0.85 0.07 0.00
63_M 182_P 0.85 0.07 0.00
363_V 195_D 0.85 0.07 0.00
341_V 269_L 0.85 0.07 0.00
231_Q 4_L 0.85 0.07 0.00
362_V 80_Q 0.85 0.07 0.00
181_S 44_L 0.85 0.07 0.00
216_D 129_E 0.85 0.07 0.00
191_R 45_L 0.85 0.07 0.00
93_T 226_T 0.85 0.07 0.00
47_V 213_D 0.85 0.07 0.00
211_I 270_R 0.85 0.07 0.00
306_M 219_S 0.85 0.07 0.00
232_V 96_Q 0.85 0.07 0.00
201_I 254_Y 0.84 0.07 0.00
363_V 194_N 0.84 0.07 0.00
232_V 42_L 0.84 0.07 0.00
78_V 211_G 0.84 0.07 0.00
278_T 250_Q 0.84 0.07 0.00
90_D 218_G 0.84 0.07 0.00
249_D 174_P 0.84 0.07 0.00
230_Y 133_L 0.84 0.07 0.00
226_P 132_Q 0.84 0.07 0.00
54_E 275_T 0.84 0.07 0.00
193_F 40_V 0.84 0.07 0.00
96_I 193_F 0.84 0.07 0.00
109_E 247_Q 0.84 0.07 0.00
353_P 266_S 0.84 0.07 0.00
84_A 43_A 0.84 0.07 0.00
27_V 6_V 0.84 0.07 0.00
132_Q 110_W 0.84 0.07 0.00
61_A 68_E 0.84 0.07 0.00
175_L 96_Q 0.84 0.07 0.00
296_I 97_N 0.84 0.07 0.00
75_K 76_L 0.84 0.07 0.00
93_T 121_V 0.84 0.07 0.00
256_I 78_V 0.84 0.07 0.00
155_K 126_Q 0.84 0.07 0.00
98_V 70_D 0.84 0.07 0.00
29_R 196_V 0.83 0.07 0.00
117_G 4_L 0.83 0.07 0.00
101_E 126_Q 0.83 0.07 0.00
12_K 14_E 0.83 0.07 0.00
157_V 136_T 0.83 0.07 0.00
23_D 209_L 0.83 0.07 0.00
155_K 50_G 0.83 0.07 0.00
341_V 289_D 0.83 0.07 0.00
22_P 138_P 0.83 0.07 0.00
194_S 45_L 0.83 0.07 0.00
341_V 120_R 0.83 0.07 0.00
22_P 195_D 0.83 0.07 0.00
122_F 121_V 0.83 0.07 0.00
299_Y 132_Q 0.83 0.07 0.00
66_I 4_L 0.83 0.07 0.00
305_N 263_L 0.83 0.07 0.00
337_A 288_R 0.83 0.07 0.00
155_K 194_N 0.83 0.07 0.00
68_Q 116_D 0.83 0.07 0.00
8_L 284_I 0.83 0.07 0.00
32_K 103_V 0.83 0.07 0.00
95_I 135_P 0.83 0.07 0.00
146_V 107_I 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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