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OPENSEQ.org
FtsA - DivIB
Genes: A B A+B
Length: 440 263 612
Sequences: 2132 1002 349
Seq/Len: 4.85 3.81 0.57
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.02 0.35
2 0.01 0.02 0.37
5 0.01 0.02 0.50
10 0.01 0.02 0.50
20 0.01 0.02 0.50
100 0.01 0.02 0.51
∞ 0.03 0.02 0.64
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
259_L 59_I 1.87 0.83 0.09
175_R 106_A 1.86 0.83 0.09
255_V 239_I 1.44 0.55 0.03
237_I 109_S 1.40 0.53 0.03
194_A 103_V 1.40 0.52 0.03
242_S 244_A 1.39 0.52 0.02
300_E 86_W 1.34 0.48 0.02
207_I 89_D 1.34 0.47 0.02
139_D 246_Y 1.32 0.46 0.02
361_Y 38_L 1.31 0.46 0.02
226_S 86_W 1.30 0.44 0.02
337_L 48_Y 1.30 0.44 0.02
317_D 98_Q 1.27 0.42 0.02
270_D 82_D 1.27 0.42 0.02
122_E 246_Y 1.25 0.41 0.02
297_A 244_A 1.25 0.41 0.02
328_Q 241_L 1.20 0.37 0.01
370_F 155_G 1.20 0.37 0.01
180_I 170_M 1.19 0.36 0.01
18_K 244_A 1.19 0.36 0.01
336_S 120_I 1.18 0.35 0.01
195_L 220_R 1.18 0.35 0.01
42_L 88_L 1.17 0.34 0.01
59_K 120_I 1.15 0.33 0.01
207_I 70_K 1.15 0.33 0.01
367_L 226_S 1.15 0.33 0.01
197_K 202_L 1.15 0.33 0.01
120_P 120_I 1.15 0.33 0.01
241_I 135_Y 1.14 0.32 0.01
276_T 240_H 1.14 0.32 0.01
89_T 161_W 1.12 0.31 0.01
180_I 251_G 1.10 0.30 0.01
18_K 206_D 1.09 0.29 0.01
42_L 129_L 1.09 0.29 0.01
266_E 242_E 1.09 0.29 0.01
324_L 145_L 1.09 0.29 0.01
205_A 135_Y 1.08 0.28 0.01
211_G 242_E 1.08 0.28 0.01
128_V 215_K 1.07 0.28 0.01
163_K 185_I 1.07 0.28 0.01
323_V 79_N 1.07 0.28 0.01
368_I 49_L 1.07 0.28 0.01
196_S 239_I 1.06 0.27 0.01
19_V 238_I 1.06 0.27 0.01
75_A 128_Y 1.06 0.27 0.01
129_I 171_A 1.06 0.27 0.01
349_A 113_P 1.06 0.27 0.01
129_I 156_P 1.05 0.27 0.01
195_L 240_H 1.05 0.27 0.01
56_S 119_A 1.05 0.27 0.01
284_Q 86_W 1.05 0.26 0.01
77_V 46_I 1.04 0.26 0.01
294_I 76_S 1.04 0.26 0.01
18_K 242_E 1.04 0.26 0.01
207_I 67_V 1.03 0.26 0.01
61_F 235_K 1.03 0.25 0.01
169_L 161_W 1.02 0.25 0.01
293_N 244_A 1.02 0.25 0.01
141_I 82_D 1.02 0.25 0.01
171_R 196_D 1.02 0.25 0.01
180_I 160_N 1.02 0.25 0.01
167_H 139_L 1.02 0.25 0.01
84_I 74_D 1.02 0.25 0.01
27_D 101_K 1.02 0.24 0.01
318_L 243_V 1.01 0.24 0.01
12_I 157_I 1.01 0.24 0.01
7_Y 84_E 1.01 0.24 0.01
217_A 184_S 1.01 0.24 0.01
373_R 229_S 1.00 0.24 0.01
207_I 171_A 1.00 0.23 0.01
215_T 54_S 1.00 0.23 0.01
27_D 185_I 1.00 0.23 0.01
241_I 241_L 0.99 0.23 0.01
80_N 223_T 0.99 0.23 0.01
129_I 48_Y 0.99 0.23 0.01
362_M 214_I 0.99 0.23 0.01
299_V 121_E 0.99 0.23 0.01
362_M 108_I 0.98 0.23 0.01
79_V 94_E 0.98 0.23 0.01
345_N 35_F 0.98 0.23 0.01
194_A 76_S 0.98 0.22 0.01
306_V 121_E 0.98 0.22 0.01
18_K 204_M 0.98 0.22 0.01
371_A 53_I 0.97 0.22 0.01
291_A 241_L 0.97 0.22 0.01
371_A 48_Y 0.97 0.22 0.01
345_N 240_H 0.97 0.22 0.01
172_C 156_P 0.97 0.22 0.01
145_K 139_L 0.96 0.21 0.01
348_V 106_A 0.96 0.21 0.01
297_A 242_E 0.96 0.21 0.01
36_N 242_E 0.96 0.21 0.01
299_V 136_Y 0.96 0.21 0.01
159_I 55_K 0.95 0.21 0.01
303_L 129_L 0.95 0.21 0.01
175_R 44_L 0.95 0.21 0.01
293_N 223_T 0.95 0.21 0.01
204_V 125_A 0.95 0.21 0.01
9_S 247_F 0.95 0.21 0.01
61_F 197_E 0.95 0.21 0.01
198_D 247_F 0.95 0.21 0.01
95_V 77_D 0.94 0.20 0.01
204_V 82_D 0.94 0.20 0.01
297_A 227_I 0.94 0.20 0.01
363_T 245_T 0.94 0.20 0.01
161_G 138_V 0.94 0.20 0.01
320_G 223_T 0.94 0.20 0.01
156_G 237_G 0.94 0.20 0.01
217_A 175_D 0.94 0.20 0.01
301_E 112_L 0.93 0.20 0.01
161_G 241_L 0.93 0.20 0.01
14_T 181_L 0.93 0.20 0.01
48_V 105_K 0.93 0.20 0.01
95_V 48_Y 0.93 0.20 0.01
131_K 250_F 0.93 0.20 0.01
7_Y 190_Y 0.93 0.20 0.01
126_V 229_S 0.93 0.20 0.01
107_V 41_I 0.92 0.19 0.01
42_L 168_S 0.92 0.19 0.01
251_E 240_H 0.92 0.19 0.01
169_L 212_A 0.92 0.19 0.01
361_Y 218_A 0.92 0.19 0.01
348_V 96_K 0.92 0.19 0.01
163_K 161_W 0.92 0.19 0.01
307_S 103_V 0.92 0.19 0.01
310_L 93_T 0.92 0.19 0.01
357_R 206_D 0.91 0.19 0.01
12_I 185_I 0.91 0.19 0.01
73_R 106_A 0.91 0.19 0.01
158_L 85_F 0.91 0.19 0.01
196_S 72_I 0.91 0.19 0.01
328_Q 226_S 0.91 0.19 0.01
18_K 224_Y 0.91 0.19 0.01
61_F 194_K 0.91 0.19 0.01
358_D 186_S 0.91 0.19 0.01
224_L 126_I 0.91 0.18 0.01
63_Q 207_G 0.90 0.18 0.01
145_K 54_S 0.90 0.18 0.01
213_S 56_V 0.90 0.18 0.01
247_T 220_R 0.90 0.18 0.01
130_P 61_V 0.90 0.18 0.01
204_V 223_T 0.90 0.18 0.01
35_G 161_W 0.90 0.18 0.01
51_D 221_M 0.90 0.18 0.01
320_G 220_R 0.89 0.18 0.01
334_V 146_P 0.89 0.18 0.01
73_R 132_D 0.89 0.18 0.01
352_N 103_V 0.89 0.18 0.01
173_V 103_V 0.89 0.18 0.01
230_I 96_K 0.89 0.18 0.00
6_L 116_I 0.89 0.18 0.00
364_G 85_F 0.89 0.17 0.00
166_L 30_R 0.89 0.17 0.00
238_T 101_K 0.88 0.17 0.00
227_T 103_V 0.88 0.17 0.00
204_V 250_F 0.88 0.17 0.00
35_G 186_S 0.88 0.17 0.00
21_V 34_S 0.88 0.17 0.00
192_S 159_V 0.88 0.17 0.00
342_L 244_A 0.88 0.17 0.00
205_A 205_N 0.88 0.17 0.00
140_E 249_E 0.88 0.17 0.00
323_V 162_T 0.87 0.17 0.00
71_P 144_V 0.87 0.17 0.00
271_E 251_G 0.87 0.17 0.00
334_V 181_L 0.87 0.17 0.00
328_Q 58_T 0.87 0.17 0.00
74_K 79_N 0.87 0.17 0.00
127_D 125_A 0.87 0.17 0.00
361_Y 79_N 0.87 0.17 0.00
166_L 154_A 0.87 0.17 0.00
308_E 160_N 0.87 0.17 0.00
77_V 174_L 0.87 0.17 0.00
211_G 31_R 0.86 0.17 0.00
209_I 91_Q 0.86 0.17 0.00
165_I 194_K 0.86 0.17 0.00
19_V 224_Y 0.86 0.17 0.00
188_L 138_V 0.86 0.17 0.00
159_I 70_K 0.86 0.17 0.00
71_P 200_I 0.86 0.17 0.00
75_A 161_W 0.86 0.16 0.00
126_V 147_N 0.86 0.16 0.00
292_A 86_W 0.86 0.16 0.00
357_R 204_M 0.86 0.16 0.00
69_G 127_A 0.86 0.16 0.00
4_N 127_A 0.86 0.16 0.00
34_V 139_L 0.85 0.16 0.00
17_T 51_T 0.85 0.16 0.00
64_A 113_P 0.85 0.16 0.00
186_Q 103_V 0.85 0.16 0.00
315_I 112_L 0.85 0.16 0.00
303_L 91_Q 0.85 0.16 0.00
258_Q 191_T 0.85 0.16 0.00
178_I 36_I 0.85 0.16 0.00
236_N 49_L 0.84 0.16 0.00
370_F 240_H 0.84 0.16 0.00
140_E 185_I 0.84 0.16 0.00
28_S 121_E 0.84 0.16 0.00
122_E 243_V 0.84 0.16 0.00
18_K 212_A 0.84 0.16 0.00
12_I 158_L 0.84 0.16 0.00
348_V 40_F 0.84 0.16 0.00
207_I 252_K 0.84 0.16 0.00
133_F 78_I 0.84 0.16 0.00
259_L 91_Q 0.84 0.16 0.00
339_Q 105_K 0.84 0.16 0.00
77_V 72_I 0.84 0.15 0.00
76_I 245_T 0.84 0.15 0.00
291_A 184_S 0.84 0.15 0.00
259_L 53_I 0.84 0.15 0.00
108_R 111_S 0.84 0.15 0.00
197_K 157_I 0.84 0.15 0.00
35_G 39_F 0.84 0.15 0.00
357_R 207_G 0.83 0.15 0.00
200_K 145_L 0.83 0.15 0.00
158_L 216_T 0.83 0.15 0.00
35_G 187_E 0.83 0.15 0.00
17_T 79_N 0.83 0.15 0.00
255_V 78_I 0.83 0.15 0.00
297_A 212_A 0.83 0.15 0.00
126_V 122_E 0.83 0.15 0.00
61_F 69_K 0.83 0.15 0.00
61_F 252_K 0.83 0.15 0.00
73_R 120_I 0.83 0.15 0.00
99_N 146_P 0.83 0.15 0.00
133_F 35_F 0.83 0.15 0.00
229_V 86_W 0.83 0.15 0.00
168_N 210_V 0.83 0.15 0.00
77_V 51_T 0.83 0.15 0.00
43_K 247_F 0.83 0.15 0.00
191_G 58_T 0.83 0.15 0.00
22_G 36_I 0.83 0.15 0.00
29_L 244_A 0.83 0.15 0.00
324_L 200_I 0.83 0.15 0.00
184_C 154_A 0.83 0.15 0.00
123_Q 51_T 0.83 0.15 0.00
362_M 53_I 0.83 0.15 0.00
127_D 242_E 0.82 0.15 0.00
16_N 242_E 0.82 0.15 0.00
299_V 104_K 0.82 0.15 0.00
296_E 237_G 0.82 0.15 0.00
269_E 73_I 0.82 0.15 0.00
207_I 202_L 0.82 0.15 0.00
215_T 120_I 0.82 0.15 0.00
140_E 221_M 0.82 0.15 0.00
215_T 206_D 0.82 0.15 0.00
20_I 187_E 0.82 0.15 0.00
125_I 116_I 0.82 0.15 0.00
273_F 128_Y 0.82 0.15 0.00
133_F 243_V 0.82 0.15 0.00
167_H 204_M 0.82 0.15 0.00
352_N 241_L 0.82 0.15 0.00
367_L 211_T 0.82 0.15 0.00
31_I 188_I 0.82 0.15 0.00
7_Y 48_Y 0.82 0.15 0.00
81_G 145_L 0.82 0.15 0.00
223_H 188_I 0.81 0.14 0.00
310_L 260_E 0.81 0.14 0.00
148_L 32_L 0.81 0.14 0.00
14_T 133_D 0.81 0.14 0.00
248_S 56_V 0.81 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8114 0.57 FtsA - DivIB Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.09 Done - Shared
8109 0.62 FtsA - DivIB Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.03 Done - Shared
8099 0.62 FtsA - DivIB Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.05 Done - Shared
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