OPENSEQ.org
FtsA - pbpb

Genes: A B A+B
Length: 440 716 985
Sequences: 1721 1158 296
Seq/Len: 3.91 1.62 0.3
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.15 0.00
2 0.00 0.16 0.00
5 0.00 0.16 0.09
10 0.00 0.16 0.19
20 0.00 0.16 0.26
100 0.00 0.16 0.28
0.03 0.19 0.41
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
324_L 605_D 1.67 0.53 0.00
178_I 417_D 1.50 0.41 0.00
214_T 301_N 1.48 0.40 0.00
84_I 280_V 1.47 0.39 0.00
218_V 178_N 1.45 0.39 0.00
226_S 239_N 1.43 0.37 0.00
287_T 265_P 1.40 0.35 0.00
30_N 375_L 1.38 0.34 0.00
119_V 396_Q 1.36 0.33 0.00
286_F 612_A 1.35 0.33 0.00
237_I 38_I 1.34 0.32 0.00
17_T 543_D 1.33 0.31 0.00
349_A 76_I 1.28 0.28 0.00
124_L 575_T 1.26 0.27 0.00
111_M 125_L 1.24 0.26 0.00
120_P 318_T 1.24 0.26 0.00
107_V 86_I 1.23 0.25 0.00
255_V 200_K 1.23 0.25 0.00
166_L 362_D 1.19 0.24 0.00
18_K 550_Y 1.19 0.23 0.00
306_V 265_P 1.17 0.23 0.00
235_E 289_F 1.17 0.23 0.00
255_V 244_I 1.16 0.22 0.00
196_S 289_F 1.16 0.22 0.00
61_F 449_K 1.16 0.22 0.00
12_I 571_I 1.15 0.22 0.00
31_I 203_D 1.15 0.21 0.00
264_Y 458_D 1.13 0.21 0.00
361_Y 242_L 1.13 0.21 0.00
209_I 487_D 1.13 0.21 0.00
342_L 270_A 1.12 0.21 0.00
15_S 248_I 1.12 0.21 0.00
366_G 242_L 1.12 0.20 0.00
361_Y 213_V 1.12 0.20 0.00
331_M 436_Q 1.11 0.20 0.00
204_V 292_N 1.11 0.20 0.00
56_S 84_K 1.11 0.20 0.00
217_A 458_D 1.10 0.20 0.00
217_A 265_P 1.10 0.20 0.00
133_F 198_L 1.10 0.20 0.00
366_G 275_P 1.09 0.19 0.00
292_A 490_G 1.09 0.19 0.00
17_T 451_Y 1.09 0.19 0.00
325_T 262_K 1.08 0.19 0.00
216_I 536_F 1.08 0.18 0.00
238_T 198_L 1.07 0.18 0.00
195_L 307_A 1.07 0.18 0.00
324_L 320_A 1.07 0.18 0.00
306_V 505_I 1.06 0.18 0.00
125_I 202_L 1.06 0.18 0.00
186_Q 489_L 1.06 0.18 0.00
329_A 638_Y 1.06 0.18 0.00
241_I 139_S 1.04 0.17 0.00
306_V 209_R 1.04 0.17 0.00
177_G 304_I 1.04 0.17 0.00
302_I 85_L 1.04 0.17 0.00
47_I 244_I 1.04 0.17 0.00
367_L 469_K 1.04 0.17 0.00
195_L 371_A 1.04 0.17 0.00
114_A 203_D 1.03 0.17 0.00
61_F 150_Q 1.03 0.17 0.00
373_R 332_E 1.03 0.17 0.00
336_S 151_K 1.03 0.17 0.00
206_L 489_L 1.03 0.17 0.00
323_V 281_L 1.03 0.17 0.00
184_C 548_L 1.02 0.17 0.00
166_L 531_N 1.02 0.16 0.00
191_G 618_A 1.02 0.16 0.00
301_E 547_L 1.02 0.16 0.00
328_Q 485_V 1.02 0.16 0.00
200_K 291_P 1.02 0.16 0.00
169_L 422_A 1.02 0.16 0.00
246_R 142_R 1.01 0.16 0.00
339_Q 27_F 1.01 0.16 0.00
286_F 451_Y 1.01 0.16 0.00
233_G 425_Q 1.01 0.16 0.00
126_V 114_S 1.00 0.16 0.00
362_M 560_A 1.00 0.16 0.00
320_G 54_Q 1.00 0.16 0.00
133_F 575_T 1.00 0.16 0.00
178_I 179_L 1.00 0.16 0.00
362_M 284_G 1.00 0.15 0.00
237_I 42_A 1.00 0.15 0.00
357_R 550_Y 1.00 0.15 0.00
176_A 196_M 0.99 0.15 0.00
366_G 37_Q 0.99 0.15 0.00
51_D 61_I 0.99 0.15 0.00
174_E 307_A 0.99 0.15 0.00
292_A 465_I 0.99 0.15 0.00
361_Y 61_I 0.99 0.15 0.00
324_L 553_V 0.98 0.15 0.00
141_I 137_F 0.98 0.15 0.00
31_I 635_K 0.98 0.15 0.00
356_V 536_F 0.97 0.15 0.00
367_L 236_N 0.97 0.15 0.00
297_A 29_I 0.97 0.15 0.00
5_E 563_S 0.97 0.15 0.00
364_G 575_T 0.97 0.14 0.00
156_G 172_N 0.97 0.14 0.00
230_I 112_A 0.97 0.14 0.00
229_V 322_A 0.97 0.14 0.00
340_D 64_S 0.96 0.14 0.00
137_G 507_G 0.96 0.14 0.00
241_I 423_Y 0.96 0.14 0.00
180_I 402_L 0.96 0.14 0.00
15_S 553_V 0.96 0.14 0.00
299_V 239_N 0.96 0.14 0.00
311_R 331_N 0.96 0.14 0.00
348_V 24_L 0.96 0.14 0.00
180_I 117_I 0.96 0.14 0.00
184_C 207_K 0.96 0.14 0.00
59_K 342_G 0.96 0.14 0.00
133_F 323_M 0.96 0.14 0.00
12_I 322_A 0.95 0.14 0.00
42_L 393_N 0.95 0.14 0.00
341_V 396_Q 0.95 0.14 0.00
166_L 284_G 0.95 0.14 0.00
314_G 542_K 0.95 0.14 0.00
198_D 308_Y 0.95 0.14 0.00
373_R 111_E 0.95 0.14 0.00
303_L 524_G 0.95 0.14 0.00
276_T 204_K 0.95 0.14 0.00
142_T 180_I 0.95 0.14 0.00
340_D 244_I 0.94 0.14 0.00
67_M 426_A 0.94 0.14 0.00
296_E 203_D 0.94 0.14 0.00
126_V 281_L 0.94 0.14 0.00
154_V 611_V 0.94 0.14 0.00
349_A 256_M 0.94 0.14 0.00
368_I 540_A 0.94 0.14 0.00
61_F 407_S 0.94 0.14 0.00
49_D 160_I 0.94 0.14 0.00
176_A 253_E 0.94 0.14 0.00
5_E 575_T 0.94 0.14 0.00
79_V 24_L 0.94 0.14 0.00
32_I 548_L 0.94 0.14 0.00
341_V 85_L 0.94 0.14 0.00
236_N 446_K 0.94 0.14 0.00
239_K 228_K 0.93 0.13 0.00
296_E 160_I 0.93 0.13 0.00
346_V 272_V 0.93 0.13 0.00
161_G 313_T 0.93 0.13 0.00
61_F 627_V 0.93 0.13 0.00
27_D 330_A 0.93 0.13 0.00
133_F 594_D 0.93 0.13 0.00
159_I 279_K 0.93 0.13 0.00
171_R 115_K 0.92 0.13 0.00
181_T 24_L 0.92 0.13 0.00
243_I 504_K 0.92 0.13 0.00
61_F 432_I 0.92 0.13 0.00
310_L 439_T 0.92 0.13 0.00
215_T 550_Y 0.92 0.13 0.00
17_T 642_D 0.91 0.13 0.00
206_L 275_P 0.91 0.13 0.00
21_V 376_A 0.91 0.13 0.00
259_L 605_D 0.91 0.13 0.00
347_R 291_P 0.91 0.13 0.00
31_I 108_K 0.91 0.13 0.00
66_R 438_A 0.91 0.13 0.00
174_E 451_Y 0.91 0.13 0.00
324_L 79_D 0.91 0.13 0.00
47_I 483_K 0.91 0.13 0.00
230_I 326_N 0.91 0.13 0.00
323_V 261_Q 0.91 0.13 0.00
63_Q 477_I 0.91 0.13 0.00
133_F 387_Q 0.91 0.13 0.00
175_R 114_S 0.91 0.13 0.00
242_S 285_Q 0.91 0.13 0.00
128_V 28_V 0.91 0.13 0.00
132_Q 35_Y 0.91 0.13 0.00
21_V 144_I 0.91 0.13 0.00
28_S 63_A 0.91 0.13 0.00
39_S 569_S 0.90 0.12 0.00
178_I 36_I 0.90 0.12 0.00
22_G 542_K 0.90 0.12 0.00
102_I 23_A 0.90 0.12 0.00
7_Y 90_D 0.90 0.12 0.00
348_V 465_I 0.90 0.12 0.00
297_A 387_Q 0.90 0.12 0.00
291_A 546_E 0.90 0.12 0.00
134_I 35_Y 0.90 0.12 0.00
20_I 138_G 0.90 0.12 0.00
287_T 153_E 0.90 0.12 0.00
242_S 542_K 0.90 0.12 0.00
126_V 107_E 0.90 0.12 0.00
137_G 225_P 0.90 0.12 0.00
196_S 320_A 0.89 0.12 0.00
108_R 198_L 0.89 0.12 0.00
162_S 576_M 0.89 0.12 0.00
275_V 449_K 0.89 0.12 0.00
4_N 543_D 0.89 0.12 0.00
83_Y 142_R 0.89 0.12 0.00
308_E 616_K 0.89 0.12 0.00
352_N 85_L 0.89 0.12 0.00
310_L 236_N 0.89 0.12 0.00
251_E 239_N 0.89 0.12 0.00
17_T 114_S 0.89 0.12 0.00
61_F 185_V 0.89 0.12 0.00
108_R 428_A 0.89 0.12 0.00
286_F 296_V 0.89 0.12 0.00
159_I 581_H 0.89 0.12 0.00
102_I 122_A 0.89 0.12 0.00
95_V 553_V 0.89 0.12 0.00
244_G 54_Q 0.89 0.12 0.00
291_A 109_T 0.89 0.12 0.00
148_L 215_Y 0.88 0.12 0.00
336_S 304_I 0.88 0.12 0.00
171_R 524_G 0.88 0.12 0.00
107_V 214_T 0.88 0.12 0.00
55_H 25_F 0.88 0.12 0.00
22_G 173_G 0.88 0.12 0.00
342_L 276_K 0.88 0.12 0.00
61_F 198_L 0.88 0.12 0.00
61_F 341_V 0.88 0.12 0.00
77_V 508_F 0.88 0.12 0.00
207_I 198_L 0.88 0.12 0.00
80_N 200_K 0.88 0.12 0.00
30_N 179_L 0.88 0.12 0.00
18_K 177_S 0.88 0.12 0.00
90_N 359_T 0.88 0.12 0.00
69_G 320_A 0.88 0.12 0.00
356_V 372_F 0.87 0.12 0.00
297_A 531_N 0.87 0.12 0.00
111_M 144_I 0.87 0.12 0.00
20_I 234_P 0.87 0.12 0.00
129_I 407_S 0.87 0.12 0.00
361_Y 465_I 0.87 0.12 0.00
184_C 53_E 0.87 0.12 0.00
150_V 423_Y 0.87 0.12 0.00
82_N 145_T 0.87 0.12 0.00
142_T 274_D 0.87 0.12 0.00
332_P 555_Q 0.87 0.12 0.00
310_L 484_K 0.87 0.12 0.00
31_I 30_L 0.86 0.11 0.00
204_V 452_V 0.86 0.11 0.00
211_G 485_V 0.86 0.11 0.00
262_A 127_I 0.86 0.11 0.00
158_L 532_Y 0.86 0.11 0.00
332_P 145_T 0.86 0.11 0.00
95_V 479_A 0.86 0.11 0.00
119_V 235_K 0.86 0.11 0.00
61_F 201_V 0.86 0.11 0.00
37_V 374_K 0.86 0.11 0.00
17_T 279_K 0.86 0.11 0.00
149_G 394_F 0.86 0.11 0.00
97_S 277_T 0.86 0.11 0.00
348_V 239_N 0.86 0.11 0.00
3_N 465_I 0.86 0.11 0.00
322_F 85_L 0.85 0.11 0.00
367_L 334_Y 0.85 0.11 0.00
242_S 139_S 0.85 0.11 0.00
348_V 108_K 0.85 0.11 0.00
254_R 245_D 0.85 0.11 0.00
100_K 575_T 0.85 0.11 0.00
52_E 216_E 0.85 0.11 0.00
55_H 160_I 0.85 0.11 0.00
194_A 534_F 0.85 0.11 0.00
259_L 145_T 0.85 0.11 0.00
324_L 313_T 0.85 0.11 0.00
3_N 456_I 0.85 0.11 0.00
146_K 393_N 0.85 0.11 0.00
92_V 256_M 0.85 0.11 0.00
42_L 277_T 0.85 0.11 0.00
248_S 152_I 0.85 0.11 0.00
248_S 27_F 0.85 0.11 0.00
54_V 427_S 0.85 0.11 0.00
56_S 63_A 0.84 0.11 0.00
74_K 449_K 0.84 0.11 0.00
255_V 87_A 0.84 0.11 0.00
6_L 618_A 0.84 0.11 0.00
130_P 85_L 0.84 0.11 0.00
342_L 293_K 0.84 0.11 0.00
362_M 568_V 0.84 0.11 0.00
255_V 242_L 0.84 0.11 0.00
18_K 141_G 0.84 0.11 0.00
291_A 64_S 0.84 0.11 0.00
361_Y 460_D 0.84 0.11 0.00
211_G 177_S 0.84 0.11 0.00
322_F 144_I 0.84 0.11 0.00
180_I 446_K 0.84 0.11 0.00
291_A 489_L 0.84 0.11 0.00
270_D 387_Q 0.84 0.11 0.00
248_S 244_I 0.84 0.11 0.00
310_L 412_F 0.84 0.11 0.00
275_V 54_Q 0.84 0.11 0.00
198_D 377_K 0.84 0.11 0.00
366_G 101_Q 0.84 0.11 0.00
100_K 347_K 0.84 0.11 0.00
208_D 301_N 0.84 0.11 0.00
93_V 435_I 0.83 0.11 0.00
76_I 99_H 0.83 0.11 0.00
207_I 627_V 0.83 0.11 0.00
177_G 144_I 0.83 0.11 0.00
36_N 486_R 0.83 0.11 0.00
204_V 58_K 0.83 0.11 0.00
211_G 486_R 0.83 0.11 0.00
254_R 458_D 0.83 0.11 0.00
88_D 284_G 0.83 0.11 0.00
17_T 38_I 0.83 0.11 0.00
53_T 362_D 0.83 0.10 0.00
154_V 157_L 0.83 0.10 0.00
362_M 27_F 0.83 0.10 0.00
38_P 147_S 0.83 0.10 0.00
134_I 234_P 0.83 0.10 0.00
313_M 334_Y 0.83 0.10 0.00
56_S 489_L 0.83 0.10 0.00
103_Q 152_I 0.83 0.10 0.00
129_I 640_K 0.83 0.10 0.00
105_E 128_L 0.83 0.10 0.00
231_P 512_G 0.83 0.10 0.00
16_N 86_I 0.83 0.10 0.00
362_M 551_V 0.83 0.10 0.00
228_R 483_K 0.83 0.10 0.00
320_G 257_T 0.83 0.10 0.00
258_Q 575_T 0.82 0.10 0.00
120_P 32_R 0.82 0.10 0.00
292_A 436_Q 0.82 0.10 0.00
110_V 478_S 0.82 0.10 0.00
178_I 542_K 0.82 0.10 0.00
90_N 461_K 0.82 0.10 0.00
194_A 263_Y 0.82 0.10 0.00
32_I 225_P 0.82 0.10 0.00
303_L 38_I 0.82 0.10 0.00
238_T 510_V 0.82 0.10 0.00
135_V 446_K 0.82 0.10 0.00
323_V 616_K 0.82 0.10 0.00
306_V 147_S 0.82 0.10 0.00
320_G 259_V 0.82 0.10 0.00
49_D 388_Y 0.82 0.10 0.00
331_M 584_N 0.82 0.10 0.00
205_A 512_G 0.82 0.10 0.00
299_V 505_I 0.82 0.10 0.00
49_D 362_D 0.82 0.10 0.00
292_A 627_V 0.82 0.10 0.00
144_P 199_E 0.82 0.10 0.00
189_A 199_E 0.82 0.10 0.00
53_T 553_V 0.82 0.10 0.00
200_K 416_F 0.81 0.10 0.00
356_V 547_L 0.81 0.10 0.00
9_S 325_E 0.81 0.10 0.00
301_E 281_L 0.81 0.10 0.00
269_E 128_L 0.81 0.10 0.00
317_D 183_A 0.81 0.10 0.00
233_G 320_A 0.81 0.10 0.00
297_A 175_F 0.81 0.10 0.00
31_I 122_A 0.81 0.10 0.00
59_K 244_I 0.81 0.10 0.00
79_V 521_G 0.81 0.10 0.00
79_V 636_E 0.81 0.10 0.00
318_L 384_R 0.81 0.10 0.00
377_I 177_S 0.81 0.10 0.00
356_V 410_I 0.81 0.10 0.00
233_G 419_A 0.81 0.10 0.00
362_M 442_A 0.81 0.10 0.00
237_I 174_V 0.81 0.10 0.00
361_Y 175_F 0.81 0.10 0.00
300_E 523_G 0.80 0.10 0.00
134_I 24_L 0.80 0.10 0.00
348_V 412_F 0.80 0.10 0.00
208_D 517_A 0.80 0.10 0.00
331_M 510_V 0.80 0.10 0.00
129_I 290_D 0.80 0.10 0.00
126_V 435_I 0.80 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8105 0.3 FtsA - pbpb Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8098 0.3 FtsA - pbpb Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8095 0.3 FtsA - pbpb Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared

Page generated in 0.1213 seconds.