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OPENSEQ.org
S2SLF2_S7Rnase
Genes: A B A+B
Length: 389 218 578
Sequences: 6008 1742 51
Seq/Len: 15.44 7.99 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.27
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.19 0.01 0.04
2 0.22 0.01 0.06
5 0.25 0.01 0.06
10 0.26 0.01 0.07
20 0.27 0.01 0.08
100 0.30 0.01 0.14
∞ 0.32 0.01 0.25
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
346_D 24_F 1.59 0.22 0.00
28_R 150_P 1.54 0.20 0.00
29_F 150_P 1.50 0.19 0.00
204_W 116_C 1.50 0.19 0.00
297_W 126_Y 1.36 0.15 0.00
204_W 58_P 1.33 0.14 0.00
17_I 114_G 1.30 0.14 0.00
133_P 126_Y 1.29 0.14 0.00
314_I 83_N 1.28 0.13 0.00
298_M 155_T 1.26 0.13 0.00
31_C 187_E 1.26 0.13 0.00
18_L 127_F 1.23 0.12 0.00
308_W 89_W 1.23 0.12 0.00
308_W 106_W 1.23 0.12 0.00
308_W 113_H 1.23 0.12 0.00
308_W 175_C 1.23 0.12 0.00
308_W 191_C 1.23 0.12 0.00
164_D 171_P 1.23 0.12 0.00
28_R 85_L 1.21 0.12 0.00
203_S 187_E 1.21 0.12 0.00
268_L 130_A 1.20 0.12 0.00
204_W 89_W 1.19 0.11 0.00
204_W 106_W 1.19 0.11 0.00
204_W 113_H 1.19 0.11 0.00
204_W 175_C 1.19 0.11 0.00
204_W 191_C 1.19 0.11 0.00
210_E 109_Q 1.19 0.11 0.00
136_R 173_L 1.18 0.11 0.00
18_L 34_P 1.17 0.11 0.00
346_D 100_R 1.17 0.11 0.00
268_L 188_I 1.16 0.11 0.00
118_G 110_Y 1.15 0.11 0.00
42_T 163_V 1.14 0.10 0.00
36_W 116_C 1.14 0.10 0.00
161_F 150_P 1.12 0.10 0.00
122_L 53_I 1.12 0.10 0.00
17_I 127_F 1.12 0.10 0.00
119_L 36_S 1.11 0.10 0.00
133_P 89_W 1.11 0.10 0.00
133_P 106_W 1.11 0.10 0.00
133_P 113_H 1.11 0.10 0.00
133_P 175_C 1.11 0.10 0.00
133_P 191_C 1.11 0.10 0.00
164_D 114_G 1.11 0.10 0.00
308_W 55_G 1.11 0.10 0.00
204_W 68_C 1.11 0.10 0.00
133_P 112_K 1.11 0.10 0.00
239_I 130_A 1.10 0.10 0.00
243_D 185_L 1.10 0.10 0.00
38_S 92_L 1.10 0.10 0.00
118_G 127_F 1.10 0.10 0.00
162_G 68_C 1.10 0.10 0.00
135_T 150_P 1.10 0.10 0.00
275_L 92_L 1.09 0.10 0.00
132_N 89_W 1.09 0.10 0.00
132_N 106_W 1.09 0.10 0.00
132_N 113_H 1.09 0.10 0.00
132_N 175_C 1.09 0.10 0.00
132_N 191_C 1.09 0.10 0.00
308_W 38_C 1.09 0.10 0.00
40_I 126_Y 1.09 0.10 0.00
235_E 115_S 1.08 0.09 0.00
195_D 65_L 1.08 0.09 0.00
308_W 54_H 1.08 0.09 0.00
308_W 57_W 1.08 0.09 0.00
308_W 114_G 1.08 0.09 0.00
172_V 52_T 1.06 0.09 0.00
204_W 55_G 1.06 0.09 0.00
118_G 89_W 1.06 0.09 0.00
118_G 106_W 1.06 0.09 0.00
118_G 113_H 1.06 0.09 0.00
118_G 175_C 1.06 0.09 0.00
118_G 191_C 1.06 0.09 0.00
69_E 108_Y 1.06 0.09 0.00
171_K 110_Y 1.05 0.09 0.00
251_T 161_D 1.04 0.09 0.00
308_W 185_L 1.04 0.09 0.00
218_P 193_T 1.04 0.09 0.00
204_W 38_C 1.04 0.09 0.00
204_W 54_H 1.04 0.09 0.00
204_W 57_W 1.04 0.09 0.00
199_L 85_L 1.03 0.09 0.00
204_W 114_G 1.03 0.09 0.00
249_F 150_P 1.03 0.09 0.00
277_L 85_L 1.03 0.09 0.00
132_N 51_F 1.03 0.09 0.00
61_I 115_S 1.03 0.09 0.00
244_I 134_K 1.02 0.09 0.00
142_P 89_W 1.02 0.09 0.00
142_P 106_W 1.02 0.09 0.00
142_P 113_H 1.02 0.09 0.00
142_P 175_C 1.02 0.09 0.00
142_P 191_C 1.02 0.09 0.00
301_E 85_L 1.02 0.08 0.00
369_Y 171_P 1.01 0.08 0.00
18_L 38_C 1.01 0.08 0.00
133_P 51_F 1.01 0.08 0.00
171_K 127_F 1.00 0.08 0.00
172_V 68_C 1.00 0.08 0.00
316_P 91_Q 1.00 0.08 0.00
204_W 185_L 1.00 0.08 0.00
80_F 192_F 1.00 0.08 0.00
294_I 74_Y 1.00 0.08 0.00
213_T 190_I 1.00 0.08 0.00
205_R 109_Q 1.00 0.08 0.00
29_F 18_S 1.00 0.08 0.00
173_V 126_Y 0.99 0.08 0.00
196_I 60_N 0.99 0.08 0.00
168_N 125_P 0.99 0.08 0.00
118_G 43_C 0.99 0.08 0.00
164_D 185_L 0.99 0.08 0.00
171_K 89_W 0.99 0.08 0.00
171_K 106_W 0.99 0.08 0.00
171_K 113_H 0.99 0.08 0.00
171_K 175_C 0.99 0.08 0.00
171_K 191_C 0.99 0.08 0.00
373_L 53_I 0.98 0.08 0.00
32_I 131_L 0.98 0.08 0.00
369_Y 85_L 0.98 0.08 0.00
43_K 109_Q 0.98 0.08 0.00
161_F 114_G 0.98 0.08 0.00
45_F 126_Y 0.97 0.08 0.00
17_I 90_I 0.97 0.08 0.00
229_H 188_I 0.97 0.08 0.00
133_P 55_G 0.97 0.08 0.00
368_V 109_Q 0.97 0.08 0.00
38_S 134_K 0.97 0.08 0.00
84_D 139_L 0.97 0.08 0.00
32_I 184_E 0.96 0.08 0.00
132_N 55_G 0.96 0.08 0.00
132_N 126_Y 0.96 0.07 0.00
338_K 164_K 0.96 0.07 0.00
242_F 185_L 0.96 0.07 0.00
12_D 56_L 0.95 0.07 0.00
33_S 133_L 0.95 0.07 0.00
309_I 187_E 0.95 0.07 0.00
318_P 151_G 0.95 0.07 0.00
18_L 114_G 0.94 0.07 0.00
133_P 38_C 0.94 0.07 0.00
118_G 143_L 0.94 0.07 0.00
191_E 109_Q 0.94 0.07 0.00
145_P 173_L 0.93 0.07 0.00
252_M 163_V 0.93 0.07 0.00
132_N 38_C 0.93 0.07 0.00
118_G 55_G 0.93 0.07 0.00
133_P 54_H 0.93 0.07 0.00
133_P 57_W 0.93 0.07 0.00
308_W 171_P 0.93 0.07 0.00
36_W 58_P 0.93 0.07 0.00
226_E 142_T 0.93 0.07 0.00
17_I 171_P 0.93 0.07 0.00
132_N 54_H 0.93 0.07 0.00
132_N 57_W 0.93 0.07 0.00
26_L 114_G 0.93 0.07 0.00
132_N 114_G 0.92 0.07 0.00
133_P 114_G 0.92 0.07 0.00
141_L 130_A 0.92 0.07 0.00
120_I 24_F 0.92 0.07 0.00
102_T 203_R 0.92 0.07 0.00
49_Y 200_F 0.92 0.07 0.00
308_W 116_C 0.92 0.07 0.00
226_E 116_C 0.92 0.07 0.00
162_G 143_L 0.92 0.07 0.00
355_F 82_L 0.92 0.07 0.00
273_E 105_S 0.91 0.07 0.00
151_G 30_V 0.91 0.07 0.00
196_I 161_D 0.91 0.07 0.00
197_F 110_Y 0.91 0.07 0.00
80_F 130_A 0.91 0.07 0.00
118_G 38_C 0.91 0.07 0.00
43_K 128_S 0.91 0.07 0.00
333_L 125_P 0.91 0.07 0.00
10_P 139_L 0.90 0.07 0.00
118_G 54_H 0.90 0.07 0.00
118_G 57_W 0.90 0.07 0.00
80_F 31_L 0.90 0.07 0.00
253_K 154_Y 0.90 0.07 0.00
133_P 185_L 0.90 0.07 0.00
34_K 25_E 0.90 0.07 0.00
133_P 150_P 0.90 0.07 0.00
118_G 114_G 0.90 0.07 0.00
275_L 161_D 0.89 0.07 0.00
271_L 123_Q 0.89 0.07 0.00
226_E 110_Y 0.89 0.07 0.00
117_H 52_T 0.89 0.07 0.00
21_F 210_E 0.89 0.07 0.00
308_W 33_W 0.89 0.07 0.00
308_W 58_P 0.89 0.07 0.00
132_N 185_L 0.89 0.07 0.00
335_L 192_F 0.89 0.07 0.00
152_Y 37_F 0.89 0.07 0.00
271_L 129_L 0.89 0.07 0.00
255_P 187_E 0.89 0.07 0.00
172_V 58_P 0.89 0.07 0.00
204_W 171_P 0.88 0.07 0.00
311_I 85_L 0.88 0.07 0.00
18_L 210_E 0.88 0.07 0.00
308_W 163_V 0.88 0.07 0.00
28_R 185_L 0.88 0.07 0.00
336_Q 20_T 0.88 0.07 0.00
142_P 55_G 0.88 0.07 0.00
308_W 56_L 0.88 0.07 0.00
171_K 43_C 0.88 0.07 0.00
36_W 89_W 0.88 0.07 0.00
36_W 106_W 0.88 0.07 0.00
36_W 113_H 0.88 0.07 0.00
36_W 175_C 0.88 0.07 0.00
36_W 191_C 0.88 0.07 0.00
118_G 51_F 0.88 0.07 0.00
205_R 147_H 0.87 0.07 0.00
12_D 143_L 0.87 0.07 0.00
121_A 90_I 0.87 0.06 0.00
346_D 27_L 0.87 0.06 0.00
308_W 110_Y 0.87 0.06 0.00
299_M 187_E 0.87 0.06 0.00
17_I 89_W 0.87 0.06 0.00
17_I 106_W 0.87 0.06 0.00
17_I 113_H 0.87 0.06 0.00
17_I 175_C 0.87 0.06 0.00
17_I 191_C 0.87 0.06 0.00
361_L 161_D 0.86 0.06 0.00
308_W 127_F 0.86 0.06 0.00
45_F 89_W 0.86 0.06 0.00
45_F 106_W 0.86 0.06 0.00
45_F 113_H 0.86 0.06 0.00
45_F 175_C 0.86 0.06 0.00
45_F 191_C 0.86 0.06 0.00
171_K 138_D 0.86 0.06 0.00
274_H 131_L 0.86 0.06 0.00
277_L 129_L 0.86 0.06 0.00
251_T 173_L 0.86 0.06 0.00
243_D 116_C 0.86 0.06 0.00
330_G 133_L 0.86 0.06 0.00
29_F 32_T 0.86 0.06 0.00
118_G 185_L 0.86 0.06 0.00
18_L 51_F 0.85 0.06 0.00
311_I 59_D 0.85 0.06 0.00
308_W 202_C 0.85 0.06 0.00
43_K 47_A 0.85 0.06 0.00
162_G 185_L 0.85 0.06 0.00
171_K 55_G 0.85 0.06 0.00
142_P 38_C 0.85 0.06 0.00
204_W 109_Q 0.85 0.06 0.00
139_V 122_K 0.85 0.06 0.00
226_E 43_C 0.85 0.06 0.00
142_P 54_H 0.85 0.06 0.00
142_P 57_W 0.85 0.06 0.00
226_E 112_K 0.85 0.06 0.00
46_V 173_L 0.85 0.06 0.00
118_G 126_Y 0.85 0.06 0.00
199_L 129_L 0.85 0.06 0.00
242_F 171_P 0.84 0.06 0.00
273_E 177_E 0.84 0.06 0.00
142_P 114_G 0.84 0.06 0.00
155_S 37_F 0.84 0.06 0.00
111_Q 201_R 0.84 0.06 0.00
56_T 201_R 0.84 0.06 0.00
45_F 187_E 0.84 0.06 0.00
32_I 130_A 0.84 0.06 0.00
12_D 192_F 0.83 0.06 0.00
98_V 31_L 0.83 0.06 0.00
224_Y 157_K 0.83 0.06 0.00
114_G 150_P 0.83 0.06 0.00
144_S 153_S 0.83 0.06 0.00
131_L 85_L 0.83 0.06 0.00
45_F 171_P 0.83 0.06 0.00
171_K 143_L 0.83 0.06 0.00
365_R 189_G 0.83 0.06 0.00
241_C 110_Y 0.83 0.06 0.00
42_T 27_L 0.82 0.06 0.00
204_W 33_W 0.82 0.06 0.00
171_K 38_C 0.82 0.06 0.00
173_V 167_T 0.82 0.06 0.00
311_I 148_I 0.82 0.06 0.00
167_V 111_E 0.82 0.06 0.00
18_L 185_L 0.82 0.06 0.00
171_K 54_H 0.82 0.06 0.00
171_K 57_W 0.82 0.06 0.00
30_K 168_Q 0.82 0.06 0.00
36_W 142_T 0.82 0.06 0.00
363_S 130_A 0.82 0.06 0.00
29_F 148_I 0.82 0.06 0.00
204_W 56_L 0.82 0.06 0.00
171_K 114_G 0.82 0.06 0.00
26_L 43_C 0.81 0.06 0.00
196_I 163_V 0.81 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8086 0.04 S2SLF2_S7RNase Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 4) B:(1E-04, 4) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
8085 0.09 S2SLF2_S7Rnase Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 4) B:(1E-04, 4) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
7835 0.04 S2SLF2_S7RNase Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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