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OPENSEQ.org
4fhr_A_B
Genes: A B A+B
Length: 187 216 402
Sequences: 791 1109 514
Seq/Len: 4.23 5.13 1.28
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.02
2 0.00 0.00 0.05
5 0.00 0.00 0.20
10 0.00 0.00 0.81
20 0.00 0.00 1.28
100 0.00 0.01 1.47
∞ 0.02 0.04 1.76
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
103_I 19_T 2.00 0.97 0.88
159_V 71_K 1.58 0.87 0.63
21_R 188_R 1.57 0.87 0.62
159_V 33_A 1.52 0.84 0.58
37_V 94_M 1.44 0.79 0.50
174_F 177_L 1.43 0.78 0.49
99_P 145_V 1.42 0.78 0.48
140_P 55_E 1.38 0.75 0.44
138_T 28_D 1.35 0.73 0.42
142_F 94_M 1.35 0.73 0.42
119_L 33_A 1.35 0.72 0.41
17_E 48_L 1.35 0.72 0.41
53_V 142_L 1.34 0.72 0.41
61_I 5_P 1.33 0.71 0.40
180_L 41_E 1.30 0.69 0.37
111_E 141_V 1.29 0.67 0.35
145_I 176_L 1.28 0.67 0.35
153_L 136_R 1.24 0.63 0.31
161_W 73_I 1.23 0.62 0.30
19_F 150_L 1.21 0.60 0.28
159_V 122_R 1.20 0.60 0.28
126_F 145_V 1.20 0.60 0.28
114_N 92_E 1.17 0.56 0.25
87_I 8_L 1.16 0.56 0.25
88_M 110_V 1.16 0.55 0.24
83_M 20_I 1.16 0.55 0.24
71_A 164_K 1.15 0.55 0.24
119_L 195_A 1.15 0.54 0.23
32_R 116_L 1.14 0.54 0.23
51_R 180_E 1.13 0.53 0.22
150_E 116_L 1.13 0.53 0.22
142_F 212_I 1.12 0.52 0.22
83_M 214_I 1.12 0.52 0.22
131_P 57_T 1.11 0.51 0.21
81_Y 16_H 1.10 0.50 0.20
124_S 160_E 1.10 0.49 0.20
126_F 74_S 1.09 0.49 0.20
106_S 64_E 1.09 0.49 0.20
138_T 93_I 1.09 0.48 0.19
123_W 1_G 1.08 0.48 0.19
47_E 33_A 1.08 0.48 0.19
59_I 124_M 1.08 0.47 0.18
76_R 166_F 1.08 0.47 0.18
59_I 20_I 1.07 0.47 0.18
139_N 143_R 1.07 0.47 0.18
153_L 61_V 1.06 0.46 0.17
37_V 92_E 1.05 0.45 0.17
9_L 93_I 1.05 0.45 0.17
101_T 108_K 1.05 0.44 0.17
13_Q 156_G 1.03 0.42 0.15
172_W 54_L 1.02 0.41 0.15
80_F 167_K 1.01 0.41 0.14
170_V 181_L 1.00 0.40 0.14
168_I 165_I 1.00 0.40 0.14
69_G 196_Q 1.00 0.40 0.14
50_I 177_L 0.99 0.39 0.13
179_P 136_R 0.99 0.39 0.13
32_R 204_R 0.99 0.39 0.13
177_L 128_E 0.99 0.39 0.13
100_P 148_R 0.99 0.39 0.13
49_F 180_E 0.99 0.39 0.13
42_D 115_E 0.98 0.38 0.13
102_E 72_K 0.98 0.38 0.13
150_E 52_A 0.98 0.38 0.13
26_Y 162_K 0.98 0.38 0.13
80_F 79_R 0.98 0.38 0.13
73_F 145_V 0.97 0.37 0.12
174_F 196_Q 0.97 0.37 0.12
92_G 117_A 0.97 0.37 0.12
156_T 24_L 0.97 0.37 0.12
10_R 7_Q 0.97 0.37 0.12
66_V 185_G 0.97 0.37 0.12
30_R 158_S 0.97 0.37 0.12
61_I 92_E 0.96 0.36 0.12
25_T 91_A 0.96 0.36 0.12
180_L 69_L 0.96 0.36 0.12
103_I 207_E 0.95 0.36 0.12
42_D 48_L 0.95 0.36 0.12
104_E 15_E 0.95 0.36 0.12
170_V 6_V 0.95 0.36 0.12
90_G 124_M 0.95 0.35 0.11
136_V 33_A 0.94 0.35 0.11
135_N 166_F 0.94 0.35 0.11
36_D 24_L 0.94 0.35 0.11
81_Y 180_E 0.94 0.35 0.11
130_I 213_V 0.94 0.34 0.11
111_E 42_E 0.94 0.34 0.11
174_F 173_A 0.94 0.34 0.11
52_S 39_L 0.93 0.34 0.10
115_M 128_E 0.93 0.34 0.10
26_Y 130_I 0.93 0.33 0.10
80_F 138_I 0.93 0.33 0.10
70_S 23_V 0.93 0.33 0.10
140_P 129_D 0.93 0.33 0.10
92_G 161_L 0.92 0.33 0.10
147_P 46_E 0.92 0.33 0.10
7_E 34_Q 0.92 0.33 0.10
77_L 158_S 0.92 0.33 0.10
139_N 105_I 0.92 0.32 0.10
42_D 84_V 0.92 0.32 0.10
10_R 207_E 0.91 0.32 0.10
144_Q 211_E 0.91 0.32 0.10
21_R 139_Q 0.91 0.32 0.10
21_R 204_R 0.91 0.32 0.10
19_F 86_G 0.91 0.32 0.09
32_R 26_Y 0.91 0.31 0.09
178_E 178_K 0.91 0.31 0.09
67_F 186_P 0.90 0.31 0.09
61_I 182_E 0.90 0.31 0.09
5_S 152_L 0.90 0.31 0.09
67_F 52_A 0.90 0.31 0.09
134_E 194_E 0.90 0.31 0.09
161_W 35_I 0.90 0.31 0.09
57_S 101_T 0.90 0.31 0.09
48_E 74_S 0.90 0.30 0.09
89_G 127_F 0.90 0.30 0.09
184_L 186_P 0.89 0.30 0.09
36_D 191_D 0.89 0.30 0.09
142_F 56_R 0.89 0.30 0.09
125_D 33_A 0.89 0.30 0.09
156_T 176_L 0.89 0.30 0.09
176_L 126_V 0.89 0.30 0.09
113_T 214_I 0.89 0.30 0.09
103_I 129_D 0.89 0.30 0.09
118_L 13_Q 0.89 0.30 0.09
168_I 99_R 0.89 0.30 0.09
170_V 108_K 0.88 0.29 0.09
86_I 129_D 0.88 0.29 0.08
178_E 144_E 0.88 0.29 0.08
107_I 60_E 0.88 0.29 0.08
137_E 196_Q 0.88 0.29 0.08
17_E 193_E 0.88 0.29 0.08
155_V 197_Q 0.88 0.29 0.08
72_I 61_V 0.88 0.29 0.08
84_L 28_D 0.88 0.29 0.08
160_S 122_R 0.88 0.29 0.08
90_G 157_A 0.87 0.28 0.08
127_Q 180_E 0.87 0.28 0.08
31_L 70_E 0.87 0.28 0.08
70_S 88_D 0.87 0.28 0.08
186_D 23_V 0.87 0.28 0.08
131_P 91_A 0.87 0.28 0.08
107_I 33_A 0.87 0.28 0.08
181_L 57_T 0.87 0.28 0.08
115_M 131_L 0.87 0.28 0.08
7_E 142_L 0.86 0.28 0.08
46_Y 170_S 0.86 0.28 0.08
184_L 64_E 0.86 0.28 0.08
149_N 109_L 0.86 0.28 0.08
34_F 69_L 0.86 0.28 0.08
151_I 142_L 0.86 0.28 0.08
159_V 167_K 0.86 0.28 0.08
168_I 121_R 0.86 0.28 0.08
63_T 140_L 0.86 0.28 0.08
134_E 40_P 0.86 0.28 0.08
5_S 58_S 0.86 0.28 0.08
2_T 164_K 0.86 0.27 0.07
157_A 46_E 0.86 0.27 0.07
66_V 91_A 0.86 0.27 0.07
76_R 83_K 0.85 0.27 0.07
132_S 27_L 0.85 0.27 0.07
149_N 120_I 0.85 0.27 0.07
23_L 78_S 0.85 0.27 0.07
34_F 35_I 0.85 0.27 0.07
31_L 59_P 0.85 0.27 0.07
106_S 80_T 0.85 0.27 0.07
146_V 126_V 0.85 0.27 0.07
71_A 202_I 0.85 0.27 0.07
182_E 117_A 0.85 0.27 0.07
89_G 18_Q 0.85 0.27 0.07
56_P 173_A 0.84 0.26 0.07
105_T 25_S 0.84 0.26 0.07
79_L 180_E 0.84 0.26 0.07
80_F 128_E 0.84 0.26 0.07
115_M 71_K 0.84 0.26 0.07
100_P 181_L 0.84 0.26 0.07
17_E 24_L 0.84 0.26 0.07
97_N 20_I 0.84 0.26 0.07
120_A 71_K 0.83 0.26 0.07
27_L 142_L 0.83 0.26 0.07
153_L 171_K 0.83 0.26 0.07
152_V 46_E 0.83 0.26 0.07
8_Q 48_L 0.83 0.26 0.07
150_E 132_K 0.83 0.26 0.07
46_Y 85_G 0.83 0.26 0.07
142_F 136_R 0.83 0.26 0.07
50_I 126_V 0.83 0.25 0.07
73_F 181_L 0.83 0.25 0.07
159_V 144_E 0.83 0.25 0.07
59_I 190_K 0.83 0.25 0.07
98_R 133_L 0.83 0.25 0.07
154_L 8_L 0.83 0.25 0.07
73_F 71_K 0.83 0.25 0.07
13_Q 28_D 0.82 0.25 0.06
103_I 65_I 0.82 0.25 0.06
73_F 202_I 0.82 0.25 0.06
180_L 25_S 0.82 0.24 0.06
57_S 35_I 0.82 0.24 0.06
15_I 115_E 0.82 0.24 0.06
103_I 110_V 0.82 0.24 0.06
32_R 102_E 0.82 0.24 0.06
30_R 48_L 0.81 0.24 0.06
46_Y 168_N 0.81 0.24 0.06
81_Y 50_R 0.81 0.24 0.06
17_E 196_Q 0.81 0.24 0.06
82_T 21_A 0.81 0.24 0.06
37_V 77_V 0.81 0.24 0.06
111_E 155_K 0.81 0.24 0.06
166_S 82_S 0.81 0.24 0.06
174_F 179_D 0.81 0.24 0.06
32_R 87_I 0.81 0.24 0.06
79_L 123_R 0.81 0.24 0.06
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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